ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52456

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.015, 0.035, 0.056, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.035 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.015, 0.043, 0.072, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.043 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.016, 0.054, 0.092, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.054 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.060, 0.263, 0.466, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.263 std_dev=0.203
O2' A 0, 0.100, 0.314, 0.528, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.314 std_dev=0.214
O4' A 0, 0.038, 0.255, 0.472, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.255 std_dev=0.217
C4' A 0, 0.071, 0.382, 0.694, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.382 std_dev=0.311
C3' A 0, 0.124, 0.436, 0.748, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.436 std_dev=0.312
O3' A 0, 0.214, 0.653, 1.092, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.653 std_dev=0.439
C5' A 0, 0.151, 0.662, 1.173, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.662 std_dev=0.511
C2' B 0, 0.377, 0.943, 1.510, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.943 std_dev=0.566
O2' B 0, 0.389, 1.009, 1.629, 1.665 max_d=1.665 avg_d=1.009 std_dev=0.620
C3' B 0, 0.402, 1.102, 1.801, 1.752 max_d=1.752 avg_d=1.102 std_dev=0.700
P A 0, 0.147, 0.851, 1.554, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.851 std_dev=0.703
OP2 A 0, 0.226, 1.011, 1.795, 1.826 max_d=1.826 avg_d=1.011 std_dev=0.784
O5' A 0, 0.229, 1.049, 1.869, 1.869 max_d=1.869 avg_d=1.049 std_dev=0.820
C4' B 0, 0.454, 1.276, 2.097, 2.122 max_d=2.122 avg_d=1.276 std_dev=0.822
C1' B 0, 0.467, 1.386, 2.305, 2.511 max_d=2.511 avg_d=1.386 std_dev=0.919
O4' B 0, 0.629, 1.557, 2.485, 2.438 max_d=2.438 avg_d=1.557 std_dev=0.928
O3' B 0, 0.274, 1.262, 2.250, 2.287 max_d=2.287 avg_d=1.262 std_dev=0.988
O5' B 0, 0.463, 1.662, 2.862, 3.342 max_d=3.342 avg_d=1.662 std_dev=1.199
C5' B 0, 0.549, 1.831, 3.112, 3.086 max_d=3.086 avg_d=1.831 std_dev=1.282
OP1 A 0, 0.072, 1.438, 2.804, 2.868 max_d=2.868 avg_d=1.438 std_dev=1.366
P B 0, 0.451, 1.909, 3.367, 4.104 max_d=4.104 avg_d=1.909 std_dev=1.458
N9 B 0, 0.564, 2.351, 4.137, 4.403 max_d=4.403 avg_d=2.351 std_dev=1.787
OP2 B 0, 0.830, 2.796, 4.763, 5.399 max_d=5.399 avg_d=2.796 std_dev=1.967
C8 B 0, 0.662, 2.652, 4.641, 4.594 max_d=4.594 avg_d=2.652 std_dev=1.990
OP1 B 0, 0.425, 2.555, 4.684, 5.441 max_d=5.441 avg_d=2.555 std_dev=2.130
C4 B 0, 0.531, 3.331, 6.132, 6.812 max_d=6.812 avg_d=3.331 std_dev=2.800
N7 B 0, 0.653, 3.629, 6.605, 6.870 max_d=6.870 avg_d=3.629 std_dev=2.976
N3 B 0, 0.498, 3.686, 6.873, 7.849 max_d=7.849 avg_d=3.686 std_dev=3.188
C5 B 0, 0.567, 4.042, 7.518, 8.209 max_d=8.209 avg_d=4.042 std_dev=3.475
C2 B 0, 0.503, 4.745, 8.987, 10.270 max_d=10.270 avg_d=4.745 std_dev=4.242
C6 B 0, 0.539, 5.129, 9.719, 10.800 max_d=10.800 avg_d=5.129 std_dev=4.590
N1 B 0, 0.515, 5.446, 10.376, 11.748 max_d=11.748 avg_d=5.446 std_dev=4.931
N6 B 0, 0.555, 5.926, 11.297, 12.458 max_d=12.458 avg_d=5.926 std_dev=5.371

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.12 0.35 0.10
C2 0.04 0.00 0.15 0.17 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.21 0.03 0.08 0.05 0.60 0.13
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.10 0.03 0.14 0.14 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.24 0.13
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.13 0.04 0.16 0.14 0.12 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.14 0.09 0.12 0.14
C4 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.12 0.02 0.13 0.06 0.55 0.11
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.12 0.12 0.07
C5 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.00 0.17 0.04 0.61 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.08 0.04 0.04 0.07 0.08 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.14 0.14 0.02
C6 0.03 0.00 0.10 0.13 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.15 0.03 0.64 0.10
C8 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.23 0.07 0.52 0.08
N1 0.04 0.00 0.14 0.16 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.02 0.12 0.03 0.63 0.11
N3 0.04 0.01 0.14 0.14 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.03 0.08 0.06 0.55 0.13
N6 0.03 0.01 0.09 0.12 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.17 0.01 0.17 0.05 0.65 0.08
N7 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.22 0.04 0.60 0.07
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.15 0.08 0.48 0.11
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.08 0.02 0.12 0.11 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.20 0.12
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.04 0.17 0.04 0.21 0.18 0.17 0.06 0.04 0.03 0.00 0.02 0.24 0.17 0.09 0.16
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.11 0.18 0.30 0.10
O5' 0.09 0.08 0.05 0.14 0.13 0.02 0.17 0.01 0.15 0.23 0.12 0.08 0.17 0.22 0.15 0.06 0.24 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.12 0.05 0.04 0.09 0.06 0.12 0.04 0.14 0.03 0.07 0.03 0.06 0.05 0.04 0.08 0.05 0.17 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.60 0.24 0.12 0.55 0.12 0.61 0.14 0.64 0.52 0.63 0.55 0.65 0.60 0.48 0.20 0.09 0.30 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.13 0.13 0.14 0.11 0.07 0.09 0.02 0.10 0.08 0.11 0.13 0.08 0.07 0.11 0.12 0.16 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.68 2.72 0.53 0.30 1.89 0.33 1.95 0.40 2.39 1.02 2.74 2.30 2.38 1.44 1.21 0.34 0.30 0.50 0.60 0.85 0.63 0.64
C2 1.09 4.01 0.53 0.38 2.84 0.54 3.29 0.64 4.19 1.85 4.55 3.17 4.50 2.62 1.90 0.39 0.07 0.91 0.74 1.24 1.28 1.03
C2' 0.54 2.52 0.52 0.28 1.71 0.28 1.85 0.38 2.32 0.97 2.63 2.05 2.38 1.41 1.08 0.35 0.29 0.37 0.57 0.72 0.60 0.54
C3' 0.32 1.84 0.47 0.22 1.27 0.24 1.41 0.33 1.75 0.74 1.95 1.49 1.83 1.09 0.78 0.37 0.32 0.20 0.48 0.50 0.53 0.37
C4 0.96 3.50 0.53 0.36 2.57 0.47 2.88 0.56 3.52 1.63 3.81 2.86 3.61 2.27 1.72 0.36 0.06 0.77 0.73 1.12 1.04 0.91
C4' 0.27 1.49 0.48 0.21 1.02 0.19 1.07 0.28 1.33 0.53 1.52 1.25 1.35 0.79 0.62 0.39 0.44 0.14 0.41 0.43 0.52 0.32
C5 1.00 3.31 0.50 0.41 2.60 0.53 3.03 0.63 3.61 1.83 3.71 2.73 3.80 2.53 1.81 0.32 0.17 0.83 0.80 1.23 1.23 1.02
C5' 0.15 0.79 0.41 0.12 0.55 0.18 0.62 0.24 0.77 0.30 0.84 0.64 0.82 0.48 0.32 0.44 0.44 0.17 0.28 0.18 0.62 0.20
C6 1.08 3.54 0.49 0.44 2.76 0.59 3.32 0.71 4.04 2.02 4.08 2.87 4.41 2.83 1.94 0.33 0.24 0.93 0.84 1.35 1.47 1.15
C8 0.77 2.51 0.50 0.37 2.03 0.43 2.23 0.50 2.57 1.37 2.69 2.16 2.62 1.83 1.42 0.28 0.06 0.61 0.75 1.01 0.83 0.81
N1 1.12 3.88 0.51 0.42 2.88 0.58 3.43 0.70 4.31 2.00 4.49 3.09 4.75 2.84 1.97 0.37 0.17 0.96 0.80 1.34 1.46 1.13
N3 1.00 3.85 0.53 0.35 2.68 0.47 3.00 0.56 3.80 1.65 4.23 3.06 3.94 2.33 1.76 0.39 0.08 0.81 0.70 1.14 1.08 0.92
N6 1.08 3.33 0.47 0.47 2.68 0.64 3.29 0.78 3.94 2.12 3.88 2.71 4.42 2.96 1.94 0.29 0.36 0.97 0.92 1.48 1.68 1.28
N7 0.88 2.71 0.48 0.42 2.26 0.51 2.61 0.60 2.99 1.69 3.01 2.30 3.13 2.27 1.64 0.28 0.22 0.74 0.83 1.18 1.12 0.98
N9 0.81 2.97 0.52 0.33 2.20 0.40 2.37 0.47 2.84 1.33 3.12 2.51 2.86 1.84 1.47 0.34 0.13 0.62 0.69 0.99 0.81 0.78
O2' 0.53 2.54 0.52 0.27 1.65 0.26 1.75 0.36 2.24 0.87 2.61 2.05 2.29 1.28 1.02 0.34 0.37 0.35 0.53 0.70 0.58 0.51
O3' 0.20 1.59 0.44 0.20 1.06 0.25 1.22 0.33 1.55 0.61 1.72 1.25 1.65 0.95 0.63 0.38 0.36 0.18 0.43 0.37 0.56 0.29
O4' 0.51 2.01 0.51 0.28 1.42 0.28 1.41 0.34 1.70 0.71 1.97 1.77 1.67 1.01 0.90 0.35 0.43 0.36 0.53 0.70 0.50 0.52
O5' 0.37 1.00 0.68 0.24 0.85 0.10 0.96 0.21 1.09 0.67 1.10 0.85 1.16 0.86 0.64 0.66 0.03 0.19 0.29 0.28 0.61 0.14
OP1 0.52 0.45 0.61 0.29 0.41 0.26 0.36 0.32 0.35 0.36 0.38 0.49 0.35 0.36 0.41 1.01 0.04 0.40 0.20 0.47 1.05 0.52
OP2 0.36 0.52 0.20 0.41 0.50 0.64 0.69 0.74 0.77 0.57 0.69 0.39 0.90 0.73 0.42 0.20 0.02 0.60 0.55 0.35 0.81 0.45
P 0.15 0.30 0.31 0.03 0.28 0.26 0.43 0.31 0.50 0.30 0.43 0.19 0.60 0.45 0.17 0.49 0.01 0.30 0.23 0.22 0.71 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.09 0.04 0.01 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.02 0.32 0.00 0.50 0.76 0.35 0.47
C2 0.07 0.00 0.39 0.44 0.01 0.17 0.01 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.33 0.43 0.39 0.67 1.18 0.49 0.68
C2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.22 0.03 0.11 0.19 0.19 0.21 0.31 0.39 0.14 0.11 0.03 0.00 0.11 0.02 0.73 0.99 0.35 0.70
C3' 0.02 0.44 0.01 0.00 0.42 0.00 0.50 0.01 0.54 0.37 0.51 0.37 0.59 0.48 0.31 0.02 0.02 0.01 0.33 0.35 0.25 0.20
C4 0.04 0.01 0.22 0.42 0.00 0.13 0.01 0.31 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.36 0.19 0.63 1.13 0.53 0.68
C4' 0.00 0.17 0.03 0.00 0.13 0.00 0.25 0.01 0.23 0.38 0.16 0.16 0.30 0.38 0.17 0.30 0.07 0.00 0.01 0.14 0.43 0.19
C5 0.03 0.01 0.11 0.50 0.01 0.25 0.00 0.47 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.45 0.06 0.62 1.30 0.91 0.85
C5' 0.09 0.32 0.19 0.01 0.31 0.01 0.47 0.00 0.48 0.54 0.39 0.27 0.58 0.61 0.28 0.16 0.18 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01
C6 0.04 0.00 0.19 0.54 0.01 0.23 0.00 0.48 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.34 0.50 0.15 0.63 1.32 0.95 0.85
C8 0.01 0.00 0.21 0.37 0.01 0.38 0.01 0.54 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.40 0.32 0.24 0.61 1.31 0.97 0.91
N1 0.06 0.00 0.31 0.51 0.02 0.16 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.48 0.29 0.65 1.25 0.69 0.74
N3 0.07 0.00 0.39 0.37 0.01 0.16 0.01 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.30 0.38 0.39 0.66 1.11 0.45 0.65
N6 0.03 0.00 0.14 0.59 0.01 0.30 0.01 0.58 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.39 0.57 0.08 0.63 1.42 1.25 0.99
N7 0.03 0.01 0.11 0.48 0.02 0.38 0.00 0.61 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.41 0.45 0.14 0.63 1.46 1.22 1.02
N9 0.01 0.02 0.03 0.31 0.01 0.17 0.01 0.28 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.20 0.27 0.01 0.60 1.05 0.49 0.65
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.22 0.30 0.31 0.16 0.34 0.40 0.33 0.30 0.39 0.41 0.20 0.00 0.15 0.29 0.59 0.89 0.19 0.57
O3' 0.32 0.43 0.11 0.02 0.36 0.07 0.45 0.18 0.50 0.32 0.48 0.38 0.57 0.45 0.27 0.15 0.00 0.30 0.33 0.42 0.60 0.24
O4' 0.00 0.39 0.02 0.01 0.19 0.00 0.06 0.02 0.15 0.24 0.29 0.39 0.08 0.14 0.01 0.29 0.30 0.00 0.29 0.49 0.43 0.36
O5' 0.50 0.67 0.73 0.33 0.63 0.01 0.62 0.01 0.63 0.61 0.65 0.66 0.63 0.63 0.60 0.59 0.33 0.29 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.76 1.18 0.99 0.35 1.13 0.14 1.30 0.02 1.32 1.31 1.25 1.11 1.42 1.46 1.05 0.89 0.42 0.49 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.49 0.35 0.25 0.53 0.43 0.91 0.04 0.95 0.97 0.69 0.45 1.25 1.22 0.49 0.19 0.60 0.43 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.47 0.68 0.70 0.20 0.68 0.19 0.85 0.01 0.85 0.91 0.74 0.65 0.99 1.02 0.65 0.57 0.24 0.36 0.00 0.01 0.00 0.00