ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52457

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.012, 0.029, 0.047, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.011, 0.029, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.012, 0.033, 0.053, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.019, 0.055, 0.091, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.055 std_dev=0.036
O3' A 0, 0.074, 0.182, 0.290, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.182 std_dev=0.108
O4' A 0, 0.026, 0.134, 0.242, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.134 std_dev=0.108
C4' A 0, 0.065, 0.202, 0.338, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.202 std_dev=0.137
C3' A 0, 0.047, 0.187, 0.327, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.187 std_dev=0.140
O5' A 0, 0.072, 0.214, 0.356, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.214 std_dev=0.142
C2' A 0, 0.018, 0.162, 0.307, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.162 std_dev=0.145
P A 0, 0.042, 0.196, 0.350, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.196 std_dev=0.154
OP1 A 0, 0.129, 0.313, 0.496, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.313 std_dev=0.184
O5' B 0, 0.119, 0.321, 0.524, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.321 std_dev=0.203
C5' A 0, 0.089, 0.299, 0.508, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.299 std_dev=0.209
O2' B 0, 0.105, 0.315, 0.526, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.315 std_dev=0.210
P B 0, 0.105, 0.320, 0.535, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.320 std_dev=0.215
OP2 B 0, 0.058, 0.288, 0.518, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.288 std_dev=0.230
C4' B 0, 0.093, 0.323, 0.553, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.323 std_dev=0.230
C2' B 0, 0.071, 0.302, 0.534, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.302 std_dev=0.231
C5' B 0, 0.144, 0.388, 0.633, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.388 std_dev=0.244
C3' B 0, 0.081, 0.326, 0.572, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.326 std_dev=0.246
O2' A 0, 0.028, 0.278, 0.528, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.278 std_dev=0.250
O4' B 0, 0.020, 0.279, 0.537, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.279 std_dev=0.258
O3' B 0, 0.152, 0.413, 0.673, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.413 std_dev=0.261
C1' B 0, 0.022, 0.284, 0.546, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.284 std_dev=0.262
N9 B 0, 0.039, 0.341, 0.642, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.341 std_dev=0.301
C8 B 0, 0.064, 0.366, 0.669, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.366 std_dev=0.302
OP2 A 0, 0.096, 0.402, 0.709, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.402 std_dev=0.306
OP1 B 0, 0.158, 0.478, 0.799, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.478 std_dev=0.320
N7 B 0, 0.028, 0.420, 0.811, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.420 std_dev=0.391
C4 B 0, 0.021, 0.456, 0.890, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.456 std_dev=0.434
C5 B 0, 0.001, 0.480, 0.958, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.480 std_dev=0.479
N3 B 0, 0.076, 0.582, 1.089, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.582 std_dev=0.506
C6 B 0, 0.032, 0.629, 1.226, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.629 std_dev=0.597
C2 B 0, 0.101, 0.726, 1.350, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.726 std_dev=0.624
N6 B 0, 0.043, 0.688, 1.333, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.688 std_dev=0.645
N1 B 0, 0.087, 0.764, 1.441, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.764 std_dev=0.677

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.17 0.11 0.06
C2 0.04 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.07 0.07 0.09 0.15 0.07 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.10 0.07
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.16 0.11 0.04
C4 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.09 0.15 0.09 0.06
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.14 0.03
C5 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.10 0.09 0.05
C5' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.15 0.02
C6 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.13 0.08 0.09 0.05
C8 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.09 0.04 0.05 0.11 0.11 0.11 0.08
N1 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.05 0.11 0.12 0.07 0.03
N3 0.04 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.07 0.07 0.08 0.17 0.08 0.05
N6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.16 0.02 0.12 0.09
N7 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.03 0.04 0.13 0.07 0.10 0.07
N9 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.17 0.11 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.06 0.09 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.17 0.18 0.12 0.11
O3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.09 0.15 0.12 0.03
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.16 0.15 0.07
O5' 0.04 0.09 0.14 0.13 0.09 0.02 0.12 0.01 0.13 0.11 0.11 0.08 0.16 0.13 0.08 0.17 0.09 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.17 0.15 0.17 0.16 0.15 0.15 0.10 0.15 0.08 0.11 0.12 0.17 0.02 0.07 0.17 0.18 0.15 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.07 0.10 0.11 0.09 0.14 0.09 0.15 0.09 0.11 0.07 0.08 0.12 0.10 0.11 0.12 0.12 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.03 0.07 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.08 0.03 0.05 0.09 0.07 0.08 0.11 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.08 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.09 0.04 0.03 0.08 0.07 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.07 0.02
C2 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.17 0.08
C2' 0.04 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03 0.07 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.07 0.02 0.04 0.05 0.05 0.10 0.04
C3' 0.05 0.09 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.09 0.04 0.06 0.08 0.07 0.05 0.05 0.04 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.09 0.04
C4 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.05 0.02 0.08 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.08 0.05 0.04 0.03 0.11 0.03
C4' 0.06 0.12 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.09 0.07 0.06 0.11 0.11 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.09 0.04
C5 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.05 0.04 0.07 0.09 0.04 0.06 0.04 0.12 0.06
C5' 0.07 0.14 0.07 0.05 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.12 0.13 0.06 0.06 0.06 0.09 0.05 0.07 0.07 0.06 0.10 0.05
C6 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.06 0.10 0.09 0.18 0.11
C8 0.04 0.06 0.05 0.07 0.04 0.05 0.04 0.09 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.09 0.03 0.04 0.07 0.06 0.04
N1 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.05 0.05 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.18 0.10
N3 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.07 0.05 0.06 0.02 0.13 0.05
N6 0.10 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.12 0.12 0.12 0.15 0.13 0.12 0.11 0.14 0.10 0.15 0.16 0.23 0.17
N7 0.03 0.02 0.06 0.07 0.03 0.03 0.03 0.07 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.06 0.10 0.02 0.06 0.06 0.09 0.06
N9 0.05 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.09 0.05 0.04 0.07 0.07 0.03 0.04 0.04 0.06 0.08 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03
O2' 0.10 0.09 0.12 0.07 0.09 0.06 0.10 0.05 0.09 0.12 0.09 0.08 0.10 0.11 0.10 0.15 0.07 0.09 0.08 0.06 0.12 0.07
O3' 0.04 0.09 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.08 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.06 0.06 0.09 0.04
O4' 0.06 0.13 0.05 0.07 0.08 0.08 0.06 0.10 0.08 0.04 0.12 0.11 0.07 0.03 0.05 0.06 0.07 0.07 0.04 0.08 0.07 0.03
O5' 0.07 0.14 0.08 0.02 0.07 0.04 0.05 0.08 0.07 0.07 0.12 0.12 0.07 0.06 0.05 0.14 0.01 0.05 0.09 0.10 0.14 0.10
OP1 0.11 0.13 0.10 0.08 0.13 0.08 0.14 0.11 0.14 0.16 0.13 0.13 0.16 0.16 0.14 0.09 0.01 0.09 0.09 0.12 0.07 0.08
OP2 0.11 0.13 0.11 0.06 0.09 0.06 0.11 0.04 0.12 0.15 0.14 0.10 0.13 0.13 0.11 0.15 0.02 0.08 0.09 0.13 0.07 0.07
P 0.05 0.09 0.06 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.01 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.02 0.04
C2 0.04 0.00 0.10 0.08 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.11 0.11 0.06 0.04 0.09 0.05 0.06
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.08 0.09 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.01
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.07 0.08 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.03 0.09 0.04 0.05
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.07 0.04 0.04
C5' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01
C6 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03 0.02 0.07 0.04 0.03
C8 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.07 0.07 0.03 0.07 0.06 0.03
N1 0.04 0.01 0.08 0.07 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.09 0.04 0.03 0.08 0.05 0.05
N3 0.04 0.00 0.09 0.08 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.10 0.10 0.06 0.05 0.10 0.06 0.06
N6 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03
N7 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.07 0.03
N9 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.04
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.09 0.10 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.07 0.09 0.10 0.06 0.05 0.03 0.04 0.00 0.02 0.08 0.02 0.11 0.06
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.04 0.06 0.03 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.07 0.03 0.05
O5' 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.08 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.07 0.09 0.05 0.03 0.09 0.03 0.07 0.02 0.07 0.07 0.08 0.10 0.05 0.06 0.08 0.05 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.03 0.06 0.11 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00