Doublet Group distance statistics: 52459

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1	A	0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5	A	0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2	A	0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N6	A	0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N3	A	0, 0.005, 0.023, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C4	A	0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N9	A	0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C8	A	0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C1'	A	0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C2'	B	0, 0.075, 0.521, 0.967, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.521 std_dev=0.446
O2'	B	0, 0.071, 0.535, 0.999, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.535 std_dev=0.464
C2'	A	0, 0.132, 0.747, 1.363, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.747 std_dev=0.615
O4'	A	0, 0.126, 0.750, 1.373, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.750 std_dev=0.623
O5'	B	0, 0.255, 0.896, 1.537, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.896 std_dev=0.641
C3'	B	0, 0.136, 0.821, 1.506, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.821 std_dev=0.685
P	B	0, 0.325, 1.109, 1.892, 1.666 max_d=1.666 avg_d=1.109 std_dev=0.784
C1'	B	0, 0.073, 0.865, 1.656, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.865 std_dev=0.792
O5'	A	0, 0.306, 1.110, 1.914, 1.878 max_d=1.878 avg_d=1.110 std_dev=0.804
C8	B	0, 0.059, 0.902, 1.746, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.902 std_dev=0.843
O2'	A	0, 0.125, 0.977, 1.829, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.977 std_dev=0.852
O3'	B	0, 0.142, 1.018, 1.894, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.018 std_dev=0.876
N9	B	0, 0.051, 0.927, 1.803, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.927 std_dev=0.876
C4'	B	0, 0.268, 1.146, 2.025, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.146 std_dev=0.879
C5'	B	0, 0.358, 1.238, 2.118, 1.968 max_d=1.968 avg_d=1.238 std_dev=0.880
C3'	A	0, 0.213, 1.117, 2.021, 2.214 max_d=2.214 avg_d=1.117 std_dev=0.904
O4'	B	0, 0.224, 1.152, 2.079, 2.272 max_d=2.272 avg_d=1.152 std_dev=0.928
C4'	A	0, 0.163, 1.117, 2.070, 2.329 max_d=2.329 avg_d=1.117 std_dev=0.953
P	A	0, 0.150, 1.108, 2.067, 2.339 max_d=2.339 avg_d=1.108 std_dev=0.959
OP2	B	0, 0.376, 1.367, 2.357, 2.316 max_d=2.316 avg_d=1.367 std_dev=0.991
N7	B	0, 0.017, 1.123, 2.229, 2.627 max_d=2.627 avg_d=1.123 std_dev=1.106
C4	B	0, 0.001, 1.132, 2.263, 2.677 max_d=2.677 avg_d=1.132 std_dev=1.131
O3'	A	0, 0.313, 1.461, 2.609, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.461 std_dev=1.148
OP2	A	0, 0.415, 1.614, 2.812, 2.870 max_d=2.870 avg_d=1.614 std_dev=1.199
C5	B	0, -0.014, 1.233, 2.480, 2.941 max_d=2.941 avg_d=1.233 std_dev=1.247
OP1	B	0, 0.380, 1.636, 2.893, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.636 std_dev=1.257
N3	B	0, -0.042, 1.265, 2.572, 3.065 max_d=3.065 avg_d=1.265 std_dev=1.307
C5'	A	0, 0.343, 1.808, 3.274, 3.590 max_d=3.590 avg_d=1.808 std_dev=1.466
OP1	A	0, -0.155, 1.359, 2.872, 3.471 max_d=3.471 avg_d=1.359 std_dev=1.514
C6	B	0, -0.068, 1.456, 2.980, 3.560 max_d=3.560 avg_d=1.456 std_dev=1.524
C2	B	0, -0.085, 1.448, 2.982, 3.571 max_d=3.571 avg_d=1.448 std_dev=1.534
N1	B	0, -0.097, 1.541, 3.179, 3.810 max_d=3.810 avg_d=1.541 std_dev=1.638
N6	B	0, -0.095, 1.630, 3.355, 4.017 max_d=4.017 avg_d=1.630 std_dev=1.725

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.20	0.00	0.08	0.08	0.45	0.20
C2	0.02	0.00	0.30	0.42	0.01	0.14	0.01	0.19	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.14	0.22	0.08	0.29	0.35	0.68	0.40
C2'	0.00	0.30	0.00	0.01	0.16	0.02	0.08	0.09	0.14	0.12	0.23	0.31	0.10	0.07	0.01	0.00	0.02	0.00	0.33	0.37	0.41	0.27
C3'	0.02	0.42	0.01	0.00	0.34	0.01	0.38	0.04	0.43	0.25	0.44	0.37	0.44	0.33	0.23	0.01	0.01	0.02	0.21	0.27	0.27	0.04
C4	0.01	0.01	0.16	0.34	0.00	0.11	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.19	0.12	0.05	0.28	0.29	0.61	0.35
C4'	0.00	0.14	0.02	0.01	0.11	0.00	0.13	0.00	0.14	0.13	0.14	0.12	0.15	0.14	0.09	0.26	0.01	0.00	0.01	0.11	0.37	0.10
C5	0.01	0.01	0.08	0.38	0.00	0.13	0.00	0.17	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.25	0.19	0.03	0.37	0.42	0.67	0.43
C5'	0.02	0.19	0.09	0.04	0.14	0.00	0.17	0.00	0.19	0.17	0.20	0.16	0.21	0.18	0.09	0.15	0.20	0.01	0.01	0.13	0.27	0.01
C6	0.01	0.01	0.14	0.43	0.00	0.14	0.00	0.19	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.25	0.24	0.05	0.40	0.49	0.73	0.48
C8	0.01	0.01	0.12	0.25	0.00	0.13	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.23	0.14	0.04	0.33	0.29	0.51	0.32
N1	0.02	0.00	0.23	0.44	0.00	0.14	0.01	0.20	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.20	0.24	0.07	0.36	0.45	0.73	0.46
N3	0.03	0.00	0.31	0.37	0.00	0.12	0.00	0.16	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.11	0.18	0.07	0.24	0.25	0.61	0.34
N6	0.01	0.01	0.10	0.44	0.00	0.15	0.00	0.21	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.27	0.28	0.04	0.44	0.58	0.78	0.54
N7	0.01	0.01	0.07	0.33	0.01	0.14	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.27	0.20	0.01	0.40	0.44	0.63	0.43
N9	0.00	0.00	0.01	0.23	0.00	0.09	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.17	0.02	0.01	0.23	0.19	0.52	0.27
O2'	0.01	0.14	0.00	0.01	0.19	0.26	0.25	0.15	0.25	0.23	0.20	0.11	0.27	0.27	0.17	0.00	0.03	0.19	0.14	0.24	0.44	0.19
O3'	0.20	0.22	0.02	0.01	0.12	0.01	0.19	0.20	0.24	0.14	0.24	0.18	0.28	0.20	0.02	0.03	0.00	0.14	0.24	0.32	0.35	0.21
O4'	0.00	0.08	0.00	0.02	0.05	0.00	0.03	0.01	0.05	0.04	0.07	0.07	0.04	0.01	0.01	0.19	0.14	0.00	0.09	0.14	0.54	0.30
O5'	0.08	0.29	0.33	0.21	0.28	0.01	0.37	0.01	0.40	0.33	0.36	0.24	0.44	0.40	0.23	0.14	0.24	0.09	0.00	0.03	0.00	0.01
OP1	0.08	0.35	0.37	0.27	0.29	0.11	0.42	0.13	0.49	0.29	0.45	0.25	0.58	0.44	0.19	0.24	0.32	0.14	0.03	0.00	0.01	0.00
OP2	0.45	0.68	0.41	0.27	0.61	0.37	0.67	0.27	0.73	0.51	0.73	0.61	0.78	0.63	0.52	0.44	0.35	0.54	0.00	0.01	0.00	0.01
P	0.20	0.40	0.27	0.04	0.35	0.10	0.43	0.01	0.48	0.32	0.46	0.34	0.54	0.43	0.27	0.19	0.21	0.30	0.01	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.46	0.96	0.22	0.24	0.70	0.34	0.68	0.29	0.79	0.45	0.91	0.86	0.76	0.54	0.53	0.18	0.32	0.44	0.22	0.62	0.33	0.32
C2	0.32	0.59	0.24	0.32	0.41	0.34	0.38	0.34	0.45	0.25	0.55	0.52	0.43	0.29	0.31	0.26	0.40	0.33	0.20	0.74	0.56	0.18
C2'	0.20	0.86	0.08	0.13	0.51	0.11	0.49	0.12	0.64	0.19	0.81	0.71	0.62	0.31	0.29	0.17	0.13	0.16	0.55	1.09	0.34	0.78
C3'	0.27	0.63	0.19	0.12	0.44	0.13	0.42	0.11	0.51	0.26	0.60	0.56	0.50	0.32	0.32	0.28	0.09	0.20	0.30	0.74	0.11	0.52
C4	0.37	0.68	0.25	0.31	0.49	0.34	0.46	0.33	0.54	0.30	0.64	0.62	0.51	0.35	0.37	0.27	0.39	0.36	0.20	0.72	0.49	0.21
C4'	0.24	0.50	0.15	0.08	0.36	0.16	0.34	0.15	0.40	0.23	0.47	0.46	0.38	0.27	0.28	0.30	0.09	0.21	0.17	0.53	0.14	0.35
C5	0.32	0.51	0.26	0.35	0.37	0.35	0.32	0.36	0.37	0.21	0.46	0.47	0.33	0.23	0.28	0.30	0.43	0.33	0.20	0.75	0.60	0.16
C5'	0.29	0.32	0.33	0.20	0.31	0.14	0.30	0.11	0.30	0.29	0.31	0.32	0.29	0.29	0.31	0.50	0.19	0.21	0.31	0.58	0.09	0.45
C6	0.26	0.38	0.25	0.36	0.27	0.34	0.22	0.38	0.25	0.14	0.33	0.36	0.20	0.14	0.21	0.29	0.44	0.29	0.21	0.78	0.68	0.12
C8	0.40	0.66	0.27	0.32	0.51	0.36	0.46	0.33	0.52	0.32	0.61	0.63	0.48	0.36	0.40	0.31	0.41	0.39	0.21	0.71	0.47	0.24
N1	0.28	0.44	0.24	0.35	0.31	0.34	0.26	0.36	0.31	0.17	0.39	0.40	0.27	0.18	0.23	0.28	0.42	0.30	0.20	0.77	0.65	0.13
N3	0.36	0.72	0.24	0.30	0.51	0.34	0.49	0.32	0.57	0.31	0.68	0.63	0.55	0.37	0.38	0.25	0.38	0.36	0.19	0.71	0.48	0.22
N6	0.21	0.21	0.24	0.38	0.14	0.35	0.07	0.41	0.07	0.05	0.14	0.22	0.03	0.04	0.11	0.30	0.45	0.25	0.22	0.80	0.79	0.06
N7	0.33	0.48	0.27	0.36	0.36	0.36	0.31	0.37	0.34	0.21	0.42	0.46	0.30	0.22	0.28	0.33	0.44	0.34	0.21	0.76	0.60	0.17
N9	0.42	0.79	0.25	0.29	0.58	0.34	0.55	0.31	0.63	0.37	0.74	0.72	0.60	0.43	0.44	0.25	0.37	0.40	0.20	0.68	0.41	0.26
O2'	0.49	1.27	0.12	0.12	0.85	0.28	0.82	0.19	1.01	0.47	1.22	1.10	0.98	0.60	0.59	0.12	0.20	0.46	0.40	0.97	0.32	0.68
O3'	0.30	0.48	0.24	0.24	0.37	0.27	0.35	0.26	0.39	0.27	0.45	0.44	0.38	0.29	0.31	0.30	0.23	0.29	0.16	0.56	0.05	0.37
O4'	0.42	0.72	0.20	0.27	0.56	0.38	0.53	0.35	0.58	0.38	0.67	0.68	0.56	0.43	0.45	0.18	0.35	0.43	0.15	0.41	0.39	0.21
O5'	0.12	0.31	0.16	0.04	0.20	0.16	0.18	0.14	0.22	0.10	0.28	0.29	0.21	0.12	0.13	0.38	0.03	0.16	0.38	0.76	0.17	0.57
OP1	0.12	0.14	0.11	0.16	0.14	0.18	0.14	0.26	0.14	0.14	0.14	0.14	0.14	0.15	0.13	0.01	0.02	0.13	0.30	0.57	0.42	0.60
OP2	0.11	0.35	0.15	0.17	0.21	0.17	0.19	0.27	0.24	0.12	0.32	0.31	0.22	0.13	0.13	0.16	0.03	0.11	0.73	1.19	0.34	0.95
P	0.09	0.24	0.06	0.04	0.16	0.05	0.15	0.04	0.18	0.08	0.22	0.22	0.16	0.10	0.11	0.12	0.01	0.07	0.42	0.76	0.21	0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.09	0.00	0.14	0.14	0.38	0.32
C2	0.02	0.00	0.09	0.09	0.00	0.05	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.15	0.20	0.07	0.26	0.43	0.52	0.59
C2'	0.00	0.09	0.00	0.01	0.07	0.02	0.07	0.07	0.08	0.05	0.09	0.09	0.09	0.06	0.04	0.00	0.02	0.02	0.16	0.27	0.46	0.16
C3'	0.02	0.09	0.01	0.00	0.06	0.01	0.05	0.04	0.06	0.03	0.08	0.08	0.06	0.04	0.03	0.02	0.02	0.01	0.31	0.43	0.19	0.27
C4	0.02	0.00	0.07	0.06	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.11	0.15	0.03	0.27	0.42	0.54	0.61
C4'	0.00	0.05	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.02	0.08	0.02	0.05	0.04	0.07	0.02	0.02	0.03	0.01	0.03	0.02	0.08	0.01
C5	0.02	0.00	0.07	0.05	0.00	0.03	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.14	0.14	0.02	0.32	0.56	0.64	0.76
C5'	0.01	0.02	0.07	0.04	0.04	0.00	0.08	0.00	0.08	0.12	0.04	0.02	0.11	0.12	0.05	0.07	0.04	0.01	0.01	0.04	0.09	0.04
C6	0.02	0.01	0.08	0.06	0.00	0.02	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.15	0.16	0.02	0.33	0.61	0.65	0.79
C8	0.02	0.01	0.05	0.03	0.01	0.08	0.01	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.14	0.09	0.09	0.32	0.50	0.64	0.75
N1	0.02	0.00	0.09	0.08	0.01	0.02	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.15	0.18	0.04	0.30	0.54	0.59	0.70
N3	0.02	0.00	0.09	0.08	0.00	0.05	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.19	0.07	0.24	0.35	0.48	0.52
N6	0.02	0.01	0.09	0.06	0.00	0.04	0.00	0.11	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.16	0.15	0.03	0.36	0.71	0.71	0.88
N7	0.02	0.00	0.06	0.04	0.01	0.07	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.16	0.11	0.06	0.35	0.63	0.70	0.85
N9	0.01	0.01	0.04	0.03	0.00	0.02	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.07	0.11	0.02	0.24	0.34	0.52	0.56
O2'	0.01	0.15	0.00	0.02	0.11	0.02	0.14	0.07	0.15	0.14	0.15	0.13	0.16	0.16	0.07	0.00	0.04	0.01	0.21	0.38	0.50	0.18
O3'	0.09	0.20	0.02	0.02	0.15	0.03	0.14	0.04	0.16	0.09	0.18	0.19	0.15	0.11	0.11	0.04	0.00	0.05	0.25	0.43	0.12	0.34
O4'	0.00	0.07	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.02	0.09	0.04	0.07	0.03	0.06	0.02	0.01	0.05	0.00	0.33	0.37	0.27	0.39
O5'	0.14	0.26	0.16	0.31	0.27	0.03	0.32	0.01	0.33	0.32	0.30	0.24	0.36	0.35	0.24	0.21	0.25	0.33	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.14	0.43	0.27	0.43	0.42	0.02	0.56	0.04	0.61	0.50	0.54	0.35	0.71	0.63	0.34	0.38	0.43	0.37	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.38	0.52	0.46	0.19	0.54	0.08	0.64	0.09	0.65	0.64	0.59	0.48	0.71	0.70	0.52	0.50	0.12	0.27	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.32	0.59	0.16	0.27	0.61	0.01	0.76	0.04	0.79	0.75	0.70	0.52	0.88	0.85	0.56	0.18	0.34	0.39	0.01	0.00	0.00	0.00