Doublet Group distance statistics: 52460

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5	A	0, 0.004, 0.032, 0.060, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.032 std_dev=0.028
N7	A	0, 0.008, 0.041, 0.074, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.033
C4	A	0, 0.010, 0.047, 0.085, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.047 std_dev=0.037
C8	A	0, 0.014, 0.054, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.054 std_dev=0.040
N6	A	0, 0.009, 0.049, 0.088, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.040
N9	A	0, 0.014, 0.057, 0.099, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.057 std_dev=0.043
N3	A	0, 0.004, 0.056, 0.108, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.056 std_dev=0.052
N1	A	0, 0.002, 0.054, 0.107, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.054 std_dev=0.053
C2	A	0, -0.008, 0.050, 0.109, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.050 std_dev=0.059
C1'	A	0, -0.007, 0.060, 0.127, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.060 std_dev=0.067
C2'	A	0, -0.007, 0.139, 0.285, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.139 std_dev=0.146
O4'	A	0, 0.083, 0.292, 0.500, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.292 std_dev=0.209
C3'	B	0, 0.102, 0.398, 0.693, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.398 std_dev=0.296
O2'	A	0, -0.079, 0.223, 0.524, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.223 std_dev=0.301
O3'	B	0, 0.137, 0.468, 0.800, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.468 std_dev=0.332
C3'	A	0, 0.132, 0.498, 0.864, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.498 std_dev=0.366
C4'	A	0, 0.172, 0.588, 1.005, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.588 std_dev=0.416
C2'	B	0, 0.079, 0.559, 1.038, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.559 std_dev=0.480
O3'	A	0, 0.202, 0.718, 1.234, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.718 std_dev=0.516
O2'	B	0, 0.004, 0.526, 1.049, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.526 std_dev=0.523
C4'	B	0, 0.246, 0.884, 1.523, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.884 std_dev=0.638
C5'	A	0, 0.266, 0.909, 1.552, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.909 std_dev=0.643
C1'	B	0, 0.217, 0.868, 1.518, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.868 std_dev=0.651
O5'	A	0, 0.299, 1.026, 1.754, 1.602 max_d=1.602 avg_d=1.026 std_dev=0.727
N9	B	0, 0.300, 1.084, 1.869, 1.830 max_d=1.830 avg_d=1.084 std_dev=0.785
O4'	B	0, 0.357, 1.219, 2.080, 1.831 max_d=1.831 avg_d=1.219 std_dev=0.862
C5'	B	0, 0.263, 1.193, 2.123, 2.269 max_d=2.269 avg_d=1.193 std_dev=0.930
C4	B	0, 0.283, 1.230, 2.178, 2.305 max_d=2.305 avg_d=1.230 std_dev=0.947
P	A	0, 0.379, 1.363, 2.346, 2.287 max_d=2.287 avg_d=1.363 std_dev=0.984
N3	B	0, 0.335, 1.362, 2.388, 2.479 max_d=2.479 avg_d=1.362 std_dev=1.027
C8	B	0, 0.250, 1.307, 2.365, 2.590 max_d=2.590 avg_d=1.307 std_dev=1.058
O5'	B	0, 0.450, 1.564, 2.678, 2.508 max_d=2.508 avg_d=1.564 std_dev=1.114
C5	B	0, 0.163, 1.418, 2.674, 3.052 max_d=3.052 avg_d=1.418 std_dev=1.255
P	B	0, 0.354, 1.660, 2.965, 3.190 max_d=3.190 avg_d=1.660 std_dev=1.306
N7	B	0, 0.142, 1.462, 2.782, 3.199 max_d=3.199 avg_d=1.462 std_dev=1.320
C2	B	0, 0.297, 1.666, 3.034, 3.352 max_d=3.352 avg_d=1.666 std_dev=1.368
OP2	A	0, 0.516, 1.970, 3.424, 3.466 max_d=3.466 avg_d=1.970 std_dev=1.454
OP1	A	0, 0.582, 2.126, 3.669, 3.619 max_d=3.619 avg_d=2.126 std_dev=1.544
OP2	B	0, 0.491, 2.048, 3.605, 3.773 max_d=3.773 avg_d=2.048 std_dev=1.557
C6	B	0, 0.083, 1.660, 3.238, 3.781 max_d=3.781 avg_d=1.660 std_dev=1.578
OP1	B	0, 0.169, 1.778, 3.387, 3.897 max_d=3.897 avg_d=1.778 std_dev=1.609
N1	B	0, 0.175, 1.788, 3.401, 3.909 max_d=3.909 avg_d=1.788 std_dev=1.613
N6	B	0, -0.074, 1.879, 3.832, 4.571 max_d=4.571 avg_d=1.879 std_dev=1.953

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.11	0.00	0.01	0.05	0.01	0.03	0.02	0.06	0.02	0.11	0.11	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.13	0.28	0.07
C2	0.11	0.00	0.19	0.17	0.02	0.11	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.27	0.21	0.09	0.12	0.12	0.65	0.25
C2'	0.00	0.19	0.00	0.01	0.10	0.01	0.09	0.01	0.13	0.01	0.19	0.17	0.11	0.04	0.03	0.01	0.02	0.01	0.04	0.06	0.24	0.08
C3'	0.01	0.17	0.01	0.00	0.11	0.01	0.13	0.01	0.16	0.08	0.18	0.15	0.16	0.11	0.07	0.01	0.01	0.01	0.06	0.02	0.17	0.09
C4	0.05	0.02	0.10	0.11	0.00	0.06	0.00	0.08	0.02	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.12	0.04	0.11	0.10	0.57	0.23
C4'	0.01	0.11	0.01	0.01	0.06	0.00	0.08	0.00	0.08	0.10	0.10	0.11	0.10	0.11	0.04	0.03	0.03	0.01	0.01	0.13	0.09	0.02
C5	0.03	0.01	0.09	0.13	0.00	0.08	0.00	0.16	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.11	0.14	0.01	0.17	0.24	0.70	0.33
C5'	0.02	0.07	0.01	0.01	0.08	0.00	0.16	0.00	0.16	0.17	0.11	0.06	0.22	0.21	0.08	0.03	0.04	0.00	0.01	0.12	0.04	0.01
C6	0.06	0.01	0.13	0.16	0.02	0.08	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.17	0.18	0.02	0.20	0.30	0.79	0.38
C8	0.02	0.01	0.01	0.08	0.00	0.10	0.00	0.17	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.00	0.09	0.05	0.13	0.14	0.51	0.25
N1	0.11	0.01	0.19	0.18	0.04	0.10	0.02	0.11	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.05	0.26	0.21	0.07	0.16	0.22	0.74	0.32
N3	0.11	0.01	0.17	0.15	0.00	0.11	0.01	0.06	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.03	0.24	0.18	0.09	0.08	0.06	0.55	0.19
N6	0.04	0.01	0.11	0.16	0.01	0.10	0.01	0.22	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.15	0.18	0.02	0.25	0.43	0.87	0.46
N7	0.01	0.00	0.04	0.11	0.01	0.11	0.00	0.21	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.04	0.12	0.04	0.20	0.29	0.71	0.37
N9	0.01	0.04	0.03	0.07	0.01	0.04	0.01	0.08	0.02	0.00	0.05	0.03	0.01	0.01	0.00	0.04	0.07	0.02	0.06	0.04	0.43	0.16
O2'	0.01	0.27	0.01	0.01	0.13	0.03	0.11	0.03	0.17	0.00	0.26	0.24	0.15	0.04	0.04	0.00	0.02	0.04	0.05	0.08	0.21	0.08
O3'	0.02	0.21	0.02	0.01	0.12	0.03	0.14	0.04	0.18	0.09	0.21	0.18	0.18	0.12	0.07	0.02	0.00	0.03	0.10	0.07	0.12	0.09
O4'	0.00	0.09	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.02	0.05	0.07	0.09	0.02	0.04	0.02	0.04	0.03	0.00	0.06	0.22	0.14	0.03
O5'	0.02	0.12	0.04	0.06	0.11	0.01	0.17	0.01	0.20	0.13	0.16	0.08	0.25	0.20	0.06	0.05	0.10	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00
OP1	0.13	0.12	0.06	0.02	0.10	0.13	0.24	0.12	0.30	0.14	0.22	0.06	0.43	0.29	0.04	0.08	0.07	0.22	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.28	0.65	0.24	0.17	0.57	0.09	0.70	0.04	0.79	0.51	0.74	0.55	0.87	0.71	0.43	0.21	0.12	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00
P	0.07	0.25	0.08	0.09	0.23	0.02	0.33	0.01	0.38	0.25	0.32	0.19	0.46	0.37	0.16	0.08	0.09	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.28	0.69	0.34	0.16	0.49	0.20	0.48	0.21	0.57	0.37	0.67	0.60	0.56	0.41	0.37	0.27	0.07	0.20	0.25	0.39	0.44	0.24
C2	0.48	1.27	0.44	0.30	0.96	0.18	1.04	0.14	1.22	0.76	1.33	1.06	1.27	0.91	0.74	0.10	0.09	0.31	0.15	0.29	1.00	0.44
C2'	0.22	0.67	0.27	0.13	0.45	0.12	0.45	0.14	0.55	0.33	0.65	0.57	0.54	0.38	0.33	0.20	0.07	0.12	0.25	0.36	0.36	0.17
C3'	0.18	0.49	0.22	0.11	0.34	0.10	0.35	0.10	0.39	0.32	0.46	0.43	0.39	0.34	0.27	0.18	0.10	0.11	0.29	0.38	0.29	0.19
C4	0.38	0.96	0.38	0.25	0.74	0.15	0.78	0.10	0.90	0.58	0.98	0.83	0.91	0.69	0.57	0.10	0.08	0.23	0.06	0.22	0.81	0.31
C4'	0.22	0.44	0.27	0.14	0.31	0.20	0.31	0.23	0.33	0.36	0.39	0.39	0.33	0.36	0.28	0.29	0.14	0.19	0.37	0.54	0.30	0.36
C5	0.40	0.98	0.37	0.31	0.80	0.18	0.87	0.19	0.97	0.68	1.02	0.85	0.99	0.80	0.65	0.05	0.12	0.28	0.16	0.37	1.01	0.48
C5'	0.22	0.30	0.26	0.17	0.26	0.18	0.32	0.19	0.30	0.42	0.27	0.28	0.34	0.42	0.29	0.28	0.19	0.19	0.39	0.53	0.29	0.38
C6	0.48	1.20	0.39	0.35	0.97	0.23	1.08	0.27	1.22	0.84	1.28	1.02	1.27	0.99	0.77	0.07	0.14	0.36	0.29	0.52	1.21	0.64
C8	0.24	0.61	0.27	0.20	0.48	0.11	0.51	0.08	0.56	0.42	0.60	0.54	0.56	0.47	0.39	0.07	0.10	0.14	0.06	0.22	0.69	0.25
N1	0.50	1.33	0.42	0.33	1.03	0.21	1.14	0.22	1.32	0.85	1.42	1.10	1.38	1.02	0.80	0.01	0.11	0.36	0.26	0.44	1.17	0.60
N3	0.42	1.11	0.41	0.25	0.83	0.15	0.88	0.11	1.03	0.63	1.14	0.94	1.06	0.76	0.63	0.14	0.06	0.25	0.07	0.21	0.81	0.30
N6	0.50	1.25	0.36	0.39	1.05	0.30	1.21	0.40	1.35	0.95	1.37	1.03	1.41	1.13	0.84	0.15	0.19	0.42	0.44	0.73	1.41	0.84
N7	0.32	0.72	0.30	0.29	0.64	0.16	0.69	0.21	0.73	0.59	0.75	0.65	0.75	0.67	0.54	0.15	0.14	0.23	0.14	0.40	0.96	0.47
N9	0.29	0.75	0.33	0.19	0.56	0.14	0.58	0.11	0.67	0.44	0.75	0.66	0.67	0.51	0.43	0.14	0.06	0.17	0.12	0.23	0.61	0.20
O2'	0.27	0.71	0.32	0.15	0.46	0.21	0.45	0.23	0.55	0.34	0.68	0.59	0.54	0.37	0.34	0.30	0.11	0.20	0.30	0.51	0.33	0.29
O3'	0.16	0.45	0.19	0.09	0.30	0.10	0.31	0.10	0.35	0.32	0.42	0.39	0.36	0.34	0.24	0.18	0.12	0.09	0.34	0.44	0.20	0.23
O4'	0.25	0.53	0.32	0.14	0.36	0.23	0.35	0.29	0.39	0.33	0.49	0.47	0.38	0.33	0.30	0.33	0.08	0.22	0.35	0.50	0.36	0.35
O5'	0.03	0.19	0.04	0.04	0.14	0.06	0.23	0.10	0.22	0.30	0.18	0.18	0.29	0.33	0.14	0.02	0.01	0.04	0.36	0.26	0.23	0.16
OP1	0.04	0.12	0.07	0.10	0.25	0.05	0.46	0.12	0.45	0.54	0.28	0.07	0.58	0.62	0.28	0.11	0.01	0.05	0.53	0.50	0.51	0.48
OP2	0.11	0.42	0.18	0.04	0.42	0.29	0.57	0.50	0.61	0.47	0.54	0.34	0.70	0.59	0.34	0.15	0.00	0.16	0.44	0.20	0.36	0.20
P	0.04	0.15	0.08	0.02	0.22	0.11	0.37	0.13	0.37	0.42	0.26	0.11	0.46	0.48	0.23	0.03	0.00	0.05	0.36	0.19	0.30	0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.02	0.03	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.04	0.04	0.04	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.21	0.52	0.15
C2	0.04	0.00	0.12	0.07	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.27	0.11	0.04	0.02	0.27	0.80	0.30
C2'	0.00	0.12	0.00	0.01	0.06	0.02	0.05	0.00	0.06	0.09	0.09	0.13	0.07	0.08	0.02	0.01	0.01	0.00	0.12	0.06	0.46	0.09
C3'	0.02	0.07	0.01	0.00	0.06	0.00	0.14	0.01	0.11	0.25	0.03	0.08	0.15	0.23	0.12	0.01	0.01	0.01	0.22	0.08	0.41	0.13
C4	0.03	0.00	0.06	0.06	0.00	0.02	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.16	0.04	0.02	0.05	0.26	0.79	0.30
C4'	0.01	0.03	0.02	0.00	0.02	0.00	0.07	0.00	0.05	0.13	0.01	0.04	0.08	0.12	0.05	0.10	0.02	0.00	0.00	0.12	0.30	0.04
C5	0.03	0.00	0.05	0.14	0.01	0.07	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.14	0.15	0.01	0.11	0.36	0.91	0.39
C5'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.07	0.00	0.14	0.00	0.12	0.20	0.07	0.03	0.16	0.21	0.09	0.09	0.04	0.01	0.01	0.02	0.18	0.00
C6	0.04	0.01	0.06	0.11	0.01	0.05	0.00	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.18	0.11	0.02	0.10	0.39	0.92	0.41
C8	0.01	0.00	0.09	0.25	0.00	0.13	0.00	0.20	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.04	0.26	0.02	0.16	0.31	0.86	0.37
N1	0.04	0.00	0.09	0.03	0.01	0.01	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.23	0.03	0.03	0.05	0.34	0.87	0.36
N3	0.04	0.00	0.13	0.08	0.00	0.04	0.01	0.03	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.25	0.13	0.04	0.01	0.23	0.73	0.25
N6	0.04	0.00	0.07	0.15	0.01	0.08	0.01	0.16	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.17	0.18	0.02	0.13	0.46	0.97	0.46
N7	0.02	0.00	0.08	0.23	0.01	0.12	0.00	0.21	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.07	0.26	0.01	0.17	0.41	0.97	0.44
N9	0.01	0.01	0.02	0.12	0.01	0.05	0.01	0.09	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.06	0.10	0.01	0.07	0.22	0.71	0.26
O2'	0.01	0.27	0.01	0.01	0.16	0.10	0.14	0.09	0.18	0.04	0.23	0.25	0.17	0.07	0.06	0.00	0.05	0.09	0.08	0.05	0.46	0.12
O3'	0.01	0.11	0.01	0.01	0.04	0.02	0.15	0.04	0.11	0.26	0.03	0.13	0.18	0.26	0.10	0.05	0.00	0.02	0.27	0.17	0.37	0.18
O4'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.04	0.02	0.01	0.01	0.09	0.02	0.00	0.13	0.27	0.37	0.14
O5'	0.04	0.02	0.12	0.22	0.05	0.00	0.11	0.01	0.10	0.16	0.05	0.01	0.13	0.17	0.07	0.08	0.27	0.13	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.21	0.27	0.06	0.08	0.26	0.12	0.36	0.02	0.39	0.31	0.34	0.23	0.46	0.41	0.22	0.05	0.17	0.27	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.52	0.80	0.46	0.41	0.79	0.30	0.91	0.18	0.92	0.86	0.87	0.73	0.97	0.97	0.71	0.46	0.37	0.37	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.15	0.30	0.09	0.13	0.30	0.04	0.39	0.00	0.41	0.37	0.36	0.25	0.46	0.44	0.26	0.12	0.18	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00