Doublet Group distance statistics: 52461

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C2	A	0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N1	A	0, 0.010, 0.033, 0.057, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C5	A	0, 0.007, 0.034, 0.062, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.027
N3	A	0, 0.013, 0.043, 0.074, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.043 std_dev=0.031
C4	A	0, 0.006, 0.040, 0.074, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.040 std_dev=0.034
N6	A	0, 0.017, 0.059, 0.102, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.059 std_dev=0.043
C1'	A	0, 0.015, 0.058, 0.101, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.058 std_dev=0.043
N9	A	0, 0.015, 0.070, 0.125, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.070 std_dev=0.055
N7	A	0, 0.013, 0.074, 0.135, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.074 std_dev=0.061
C8	A	0, 0.012, 0.080, 0.147, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.080 std_dev=0.067
O4'	A	0, 0.029, 0.107, 0.185, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.107 std_dev=0.078
C4'	A	0, 0.023, 0.133, 0.243, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.133 std_dev=0.110
C3'	A	0, 0.045, 0.188, 0.331, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.188 std_dev=0.143
C2'	A	0, 0.048, 0.211, 0.373, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.211 std_dev=0.163
O3'	A	0, 0.059, 0.278, 0.496, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.278 std_dev=0.218
O2'	B	0, 0.111, 0.386, 0.661, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.386 std_dev=0.275
O2'	A	0, 0.084, 0.367, 0.650, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.367 std_dev=0.283
C5'	A	0, 0.031, 0.386, 0.740, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.386 std_dev=0.354
C2'	B	0, 0.149, 0.542, 0.935, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.542 std_dev=0.393
O5'	A	0, 0.034, 0.535, 1.036, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.535 std_dev=0.501
O3'	B	0, -0.091, 0.617, 1.325, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.617 std_dev=0.708
C3'	B	0, -0.085, 0.718, 1.522, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.718 std_dev=0.804
P	A	0, -0.028, 0.778, 1.585, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.778 std_dev=0.806
C1'	B	0, 0.293, 1.178, 2.063, 2.133 max_d=2.133 avg_d=1.178 std_dev=0.885
OP2	A	0, 0.071, 0.982, 1.892, 2.194 max_d=2.194 avg_d=0.982 std_dev=0.910
OP1	A	0, -0.029, 1.018, 2.066, 2.460 max_d=2.460 avg_d=1.018 std_dev=1.048
O4'	B	0, 0.342, 1.423, 2.504, 2.617 max_d=2.617 avg_d=1.423 std_dev=1.081
O5'	B	0, 0.274, 1.413, 2.552, 2.790 max_d=2.790 avg_d=1.413 std_dev=1.139
C4'	B	0, -0.054, 1.107, 2.267, 2.710 max_d=2.710 avg_d=1.107 std_dev=1.160
N9	B	0, 0.198, 1.714, 3.229, 3.685 max_d=3.685 avg_d=1.714 std_dev=1.515
C8	B	0, 0.485, 2.192, 3.899, 4.164 max_d=4.164 avg_d=2.192 std_dev=1.707
C5'	B	0, -0.079, 1.634, 3.348, 4.000 max_d=4.000 avg_d=1.634 std_dev=1.713
P	B	0, 0.576, 2.313, 4.051, 4.187 max_d=4.187 avg_d=2.313 std_dev=1.737
OP2	B	0, 0.210, 1.958, 3.707, 4.244 max_d=4.244 avg_d=1.958 std_dev=1.748
C4	B	0, -0.191, 2.078, 4.347, 5.235 max_d=5.235 avg_d=2.078 std_dev=2.269
OP1	B	0, 0.937, 3.268, 5.599, 5.277 max_d=5.277 avg_d=3.268 std_dev=2.331
N7	B	0, 0.413, 2.840, 5.268, 5.930 max_d=5.930 avg_d=2.840 std_dev=2.427
N3	B	0, -0.465, 2.096, 4.656, 5.700 max_d=5.700 avg_d=2.096 std_dev=2.560
C5	B	0, 0.041, 2.775, 5.509, 6.494 max_d=6.494 avg_d=2.775 std_dev=2.734
C2	B	0, -0.272, 2.890, 6.052, 7.291 max_d=7.291 avg_d=2.890 std_dev=3.162
C6	B	0, -0.049, 3.428, 6.906, 8.196 max_d=8.196 avg_d=3.428 std_dev=3.477
N1	B	0, -0.168, 3.480, 7.128, 8.519 max_d=8.519 avg_d=3.480 std_dev=3.648
N6	B	0, 0.136, 4.181, 8.226, 9.652 max_d=9.652 avg_d=4.181 std_dev=4.045

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.00	0.02	0.04	0.04	0.01	0.04	0.04	0.05	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.08	0.09	0.11	0.08
C2	0.04	0.00	0.04	0.06	0.01	0.05	0.01	0.14	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.09	0.05	0.04	0.19	0.24	0.38	0.27
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.02	0.04	0.02	0.05	0.02	0.05	0.05	0.07	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.05	0.12	0.06
C3'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.05	0.03	0.05	0.06	0.06	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.05	0.03	0.09	0.05
C4	0.03	0.01	0.03	0.04	0.00	0.05	0.00	0.15	0.02	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.01	0.06	0.04	0.03	0.16	0.19	0.28	0.21
C4'	0.00	0.05	0.02	0.01	0.05	0.00	0.08	0.01	0.08	0.09	0.07	0.05	0.09	0.09	0.05	0.04	0.01	0.00	0.02	0.08	0.02	0.04
C5	0.02	0.01	0.04	0.04	0.00	0.08	0.00	0.20	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.06	0.04	0.04	0.18	0.26	0.32	0.27
C5'	0.04	0.14	0.02	0.01	0.15	0.01	0.20	0.00	0.20	0.20	0.18	0.12	0.23	0.23	0.14	0.04	0.05	0.01	0.00	0.07	0.01	0.01
C6	0.04	0.00	0.05	0.05	0.02	0.08	0.01	0.20	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.08	0.05	0.05	0.19	0.31	0.38	0.31
C8	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.09	0.01	0.20	0.02	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.00	0.02	0.03	0.04	0.12	0.17	0.18	0.16
N1	0.04	0.00	0.05	0.05	0.02	0.07	0.01	0.18	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.09	0.05	0.05	0.21	0.30	0.41	0.31
N3	0.04	0.01	0.05	0.06	0.00	0.05	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.06	0.04	0.16	0.18	0.32	0.21
N6	0.05	0.01	0.07	0.06	0.03	0.09	0.02	0.23	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.04	0.09	0.07	0.06	0.19	0.36	0.39	0.34
N7	0.01	0.01	0.03	0.03	0.01	0.09	0.00	0.23	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.04	0.03	0.04	0.16	0.26	0.26	0.25
N9	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.05	0.02	0.14	0.03	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.00	0.02	0.03	0.02	0.12	0.13	0.19	0.14
O2'	0.01	0.09	0.00	0.02	0.06	0.04	0.06	0.04	0.08	0.02	0.09	0.08	0.09	0.04	0.02	0.00	0.04	0.03	0.04	0.07	0.10	0.05
O3'	0.02	0.05	0.01	0.01	0.04	0.01	0.04	0.05	0.05	0.03	0.05	0.06	0.07	0.03	0.03	0.04	0.00	0.01	0.07	0.01	0.13	0.07
O4'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.03	0.00	0.04	0.01	0.05	0.04	0.05	0.04	0.06	0.04	0.02	0.03	0.01	0.00	0.14	0.17	0.16	0.16
O5'	0.08	0.19	0.06	0.05	0.16	0.02	0.18	0.00	0.19	0.12	0.21	0.16	0.19	0.16	0.12	0.04	0.07	0.14	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.09	0.24	0.05	0.03	0.19	0.08	0.26	0.07	0.31	0.17	0.30	0.18	0.36	0.26	0.13	0.07	0.01	0.17	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.11	0.38	0.12	0.09	0.28	0.02	0.32	0.01	0.38	0.18	0.41	0.32	0.39	0.26	0.19	0.10	0.13	0.16	0.01	0.02	0.00	0.01
P	0.08	0.27	0.06	0.05	0.21	0.04	0.27	0.01	0.31	0.16	0.31	0.21	0.34	0.25	0.14	0.05	0.07	0.16	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.37	1.12	0.12	0.08	0.76	0.19	0.72	0.34	0.88	0.39	1.06	0.99	0.85	0.51	0.50	0.20	0.05	0.17	0.34	0.81	0.02	0.25
C2	0.06	0.19	0.15	0.17	0.19	0.11	0.30	0.11	0.36	0.24	0.31	0.11	0.43	0.33	0.13	0.12	0.23	0.10	0.08	0.21	0.56	0.27
C2'	0.41	0.95	0.12	0.01	0.64	0.04	0.55	0.23	0.67	0.29	0.85	0.87	0.60	0.36	0.44	0.20	0.05	0.26	0.32	0.89	0.02	0.28
C3'	0.50	0.90	0.11	0.03	0.61	0.11	0.46	0.18	0.54	0.24	0.74	0.87	0.43	0.25	0.44	0.18	0.06	0.39	0.33	1.00	0.12	0.36
C4	0.12	0.34	0.14	0.12	0.27	0.12	0.33	0.12	0.39	0.24	0.39	0.27	0.42	0.31	0.19	0.15	0.19	0.08	0.13	0.33	0.42	0.17
C4'	0.65	1.31	0.06	0.01	0.92	0.05	0.78	0.29	0.92	0.42	1.16	1.24	0.82	0.51	0.66	0.10	0.01	0.45	0.36	1.07	0.20	0.44
C5	0.04	0.20	0.14	0.21	0.10	0.07	0.18	0.15	0.20	0.19	0.20	0.16	0.25	0.23	0.07	0.10	0.29	0.07	0.05	0.04	0.63	0.39
C5'	0.78	1.20	0.17	0.11	0.89	0.25	0.70	0.20	0.79	0.40	1.02	1.20	0.66	0.43	0.69	0.07	0.08	0.64	0.31	1.10	0.24	0.45
C6	0.11	0.52	0.15	0.26	0.26	0.07	0.27	0.22	0.36	0.21	0.47	0.44	0.39	0.28	0.14	0.08	0.33	0.11	0.11	0.14	0.80	0.53
C8	0.17	0.30	0.12	0.13	0.26	0.07	0.27	0.12	0.29	0.21	0.30	0.28	0.29	0.24	0.20	0.14	0.21	0.06	0.11	0.29	0.37	0.16
N1	0.08	0.34	0.15	0.23	0.17	0.07	0.25	0.16	0.31	0.22	0.33	0.27	0.38	0.30	0.10	0.09	0.30	0.11	0.07	0.03	0.74	0.46
N3	0.14	0.47	0.14	0.11	0.35	0.14	0.41	0.15	0.50	0.27	0.52	0.37	0.54	0.37	0.23	0.17	0.17	0.10	0.16	0.40	0.40	0.13
N6	0.21	1.01	0.15	0.33	0.53	0.11	0.49	0.35	0.67	0.26	0.92	0.83	0.66	0.36	0.30	0.13	0.38	0.15	0.23	0.40	0.99	0.74
N7	0.03	0.27	0.13	0.23	0.11	0.08	0.13	0.19	0.16	0.15	0.22	0.23	0.18	0.17	0.06	0.10	0.31	0.05	0.06	0.01	0.63	0.41
N9	0.23	0.62	0.13	0.07	0.45	0.13	0.46	0.19	0.54	0.28	0.61	0.55	0.53	0.36	0.31	0.18	0.12	0.10	0.21	0.50	0.25	0.07
O2'	0.45	1.28	0.10	0.06	0.84	0.10	0.78	0.34	0.96	0.39	1.20	1.12	0.91	0.52	0.55	0.20	0.04	0.26	0.37	1.02	0.11	0.38
O3'	0.56	0.98	0.10	0.06	0.65	0.19	0.48	0.17	0.56	0.24	0.80	0.94	0.44	0.25	0.48	0.17	0.07	0.47	0.35	1.14	0.21	0.46
O4'	0.50	1.36	0.10	0.14	0.93	0.21	0.85	0.44	1.03	0.45	1.25	1.23	0.96	0.59	0.63	0.19	0.14	0.24	0.41	0.96	0.17	0.40
O5'	0.40	0.43	0.12	0.00	0.26	0.20	0.10	0.16	0.11	0.11	0.24	0.49	0.14	0.17	0.19	0.17	0.01	0.38	0.41	1.05	0.23	0.46
OP1	0.45	0.26	0.08	0.09	0.14	0.48	0.15	0.22	0.16	0.20	0.07	0.36	0.33	0.32	0.12	0.04	0.00	0.54	0.41	1.21	0.40	0.63
OP2	0.22	0.77	0.42	0.11	0.75	0.14	1.00	0.16	1.10	0.82	0.99	0.61	1.24	1.03	0.63	0.27	0.01	0.03	0.52	0.84	0.16	0.40
P	0.23	0.06	0.14	0.01	0.11	0.24	0.32	0.14	0.34	0.33	0.20	0.12	0.48	0.44	0.11	0.14	0.01	0.27	0.45	0.99	0.22	0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.00	0.30	0.01	0.14	0.24	0.24	0.24
C2	0.02	0.00	0.21	0.16	0.00	0.01	0.02	0.03	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.19	0.27	0.07	0.19	0.39	0.42	0.14
C2'	0.01	0.21	0.00	0.00	0.08	0.01	0.02	0.17	0.07	0.16	0.15	0.20	0.04	0.11	0.02	0.00	0.03	0.04	0.27	0.32	0.47	0.49
C3'	0.02	0.16	0.00	0.00	0.17	0.01	0.25	0.01	0.26	0.23	0.22	0.11	0.30	0.28	0.17	0.02	0.00	0.01	0.27	0.37	0.19	0.13
C4	0.01	0.00	0.08	0.17	0.00	0.05	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.27	0.17	0.04	0.19	0.39	0.40	0.15
C4'	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00	0.10	0.00	0.09	0.13	0.05	0.00	0.11	0.13	0.07	0.26	0.01	0.00	0.00	0.22	0.31	0.05
C5	0.01	0.02	0.02	0.25	0.01	0.10	0.00	0.11	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.39	0.05	0.02	0.25	0.46	0.60	0.12
C5'	0.04	0.03	0.17	0.01	0.05	0.00	0.11	0.00	0.11	0.13	0.07	0.01	0.14	0.15	0.06	0.08	0.19	0.00	0.01	0.32	0.41	0.00
C6	0.01	0.02	0.07	0.26	0.00	0.09	0.00	0.11	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.38	0.06	0.04	0.26	0.49	0.67	0.12
C8	0.03	0.00	0.16	0.23	0.00	0.13	0.01	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.39	0.07	0.04	0.24	0.45	0.50	0.13
N1	0.01	0.01	0.15	0.22	0.01	0.05	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.29	0.16	0.06	0.23	0.45	0.57	0.12
N3	0.02	0.00	0.20	0.11	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.15	0.31	0.07	0.17	0.35	0.32	0.16
N6	0.01	0.02	0.04	0.30	0.01	0.11	0.00	0.14	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.43	0.04	0.03	0.30	0.54	0.81	0.13
N7	0.03	0.02	0.11	0.28	0.02	0.13	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.00	0.02	0.45	0.09	0.01	0.28	0.51	0.69	0.11
N9	0.01	0.01	0.02	0.17	0.01	0.07	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.24	0.13	0.01	0.17	0.36	0.32	0.17
O2'	0.00	0.19	0.00	0.02	0.27	0.26	0.39	0.08	0.38	0.39	0.29	0.15	0.43	0.45	0.24	0.00	0.04	0.16	0.13	0.22	0.51	0.41
O3'	0.30	0.27	0.03	0.00	0.17	0.01	0.05	0.19	0.06	0.07	0.16	0.31	0.04	0.09	0.13	0.04	0.00	0.18	0.38	0.75	0.02	0.28
O4'	0.01	0.07	0.04	0.01	0.04	0.00	0.02	0.00	0.04	0.04	0.06	0.07	0.03	0.01	0.01	0.16	0.18	0.00	0.15	0.13	0.31	0.17
O5'	0.14	0.19	0.27	0.27	0.19	0.00	0.25	0.01	0.26	0.24	0.23	0.17	0.30	0.28	0.17	0.13	0.38	0.15	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.24	0.39	0.32	0.37	0.39	0.22	0.46	0.32	0.49	0.45	0.45	0.35	0.54	0.51	0.36	0.22	0.75	0.13	0.01	0.00	0.00	0.01
OP2	0.24	0.42	0.47	0.19	0.40	0.31	0.60	0.41	0.67	0.50	0.57	0.32	0.81	0.69	0.32	0.51	0.02	0.31	0.02	0.00	0.00	0.01
P	0.24	0.14	0.49	0.13	0.15	0.05	0.12	0.00	0.12	0.13	0.12	0.16	0.13	0.11	0.17	0.41	0.28	0.17	0.00	0.01	0.01	0.00