Doublet Group distance statistics: 52462

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6	A	0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1'	A	0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.015
N9	A	0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.018
N7	A	0, 0.001, 0.025, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.023
N6	A	0, -0.003, 0.022, 0.047, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.025
C8	A	0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O2'	B	0, -0.107, 0.370, 0.847, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.370 std_dev=0.477
C3'	B	0, -0.121, 0.365, 0.851, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.365 std_dev=0.486
C2'	B	0, -0.118, 0.386, 0.891, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.386 std_dev=0.505
C2'	A	0, -0.172, 0.428, 1.027, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.428 std_dev=0.599
O4'	A	0, -0.173, 0.434, 1.041, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.434 std_dev=0.607
O2'	A	0, -0.194, 0.523, 1.240, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.523 std_dev=0.717
C4'	A	0, -0.241, 0.600, 1.442, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.600 std_dev=0.842
C3'	A	0, -0.259, 0.653, 1.566, 1.944 max_d=1.944 avg_d=0.653 std_dev=0.913
C1'	B	0, -0.252, 0.713, 1.678, 2.077 max_d=2.077 avg_d=0.713 std_dev=0.965
O3'	B	0, -0.275, 0.728, 1.731, 2.146 max_d=2.146 avg_d=0.728 std_dev=1.003
N3	B	0, -0.270, 0.751, 1.772, 2.194 max_d=2.194 avg_d=0.751 std_dev=1.021
C2	B	0, -0.328, 0.896, 2.120, 2.627 max_d=2.627 avg_d=0.896 std_dev=1.224
P	A	0, -0.384, 0.976, 2.335, 2.898 max_d=2.898 avg_d=0.976 std_dev=1.360
O5'	A	0, -0.384, 0.981, 2.346, 2.912 max_d=2.912 avg_d=0.981 std_dev=1.365
C4'	B	0, -0.384, 0.982, 2.348, 2.913 max_d=2.913 avg_d=0.982 std_dev=1.366
OP2	A	0, -0.386, 1.010, 2.407, 2.985 max_d=2.985 avg_d=1.010 std_dev=1.396
O3'	A	0, -0.393, 1.012, 2.417, 2.999 max_d=2.999 avg_d=1.012 std_dev=1.405
C5'	A	0, -0.409, 1.023, 2.455, 3.049 max_d=3.049 avg_d=1.023 std_dev=1.432
O4'	B	0, -0.401, 1.075, 2.551, 3.162 max_d=3.162 avg_d=1.075 std_dev=1.476
N9	B	0, -0.409, 1.098, 2.606, 3.230 max_d=3.230 avg_d=1.098 std_dev=1.507
C4	B	0, -0.415, 1.119, 2.654, 3.289 max_d=3.289 avg_d=1.119 std_dev=1.535
OP1	A	0, -0.483, 1.209, 2.901, 3.602 max_d=3.602 avg_d=1.209 std_dev=1.692
O5'	B	0, -0.516, 1.393, 3.303, 4.093 max_d=4.093 avg_d=1.393 std_dev=1.910
N1	B	0, -0.526, 1.387, 3.299, 4.090 max_d=4.090 avg_d=1.387 std_dev=1.912
OP2	B	0, -0.518, 1.462, 3.441, 4.260 max_d=4.260 avg_d=1.462 std_dev=1.979
C5'	B	0, -0.561, 1.420, 3.401, 4.222 max_d=4.222 avg_d=1.420 std_dev=1.981
C8	B	0, -0.612, 1.593, 3.797, 4.710 max_d=4.710 avg_d=1.593 std_dev=2.204
C5	B	0, -0.627, 1.647, 3.921, 4.863 max_d=4.863 avg_d=1.647 std_dev=2.274
C6	B	0, -0.686, 1.789, 4.264, 5.289 max_d=5.289 avg_d=1.789 std_dev=2.475
P	B	0, -0.695, 1.852, 4.398, 5.452 max_d=5.452 avg_d=1.852 std_dev=2.547
N7	B	0, -0.753, 1.952, 4.657, 5.777 max_d=5.777 avg_d=1.952 std_dev=2.705
OP1	B	0, -0.851, 2.278, 5.407, 6.702 max_d=6.702 avg_d=2.278 std_dev=3.129
N6	B	0, -0.902, 2.309, 5.519, 6.849 max_d=6.849 avg_d=2.309 std_dev=3.211

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.31	0.02	0.16
C2	0.01	0.00	0.38	0.33	0.01	0.02	0.01	0.19	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.37	0.49	0.19	0.34	0.31	0.17	0.21
C2'	0.00	0.38	0.00	0.00	0.21	0.03	0.11	0.03	0.19	0.15	0.31	0.38	0.14	0.07	0.02	0.00	0.04	0.01	0.20	0.21	0.21	0.00
C3'	0.02	0.33	0.00	0.00	0.16	0.00	0.08	0.03	0.15	0.18	0.27	0.31	0.10	0.10	0.01	0.01	0.00	0.04	0.14	0.14	0.28	0.04
C4	0.01	0.01	0.21	0.16	0.00	0.03	0.00	0.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.18	0.24	0.12	0.37	0.21	0.15	0.16
C4'	0.01	0.02	0.03	0.00	0.03	0.00	0.09	0.01	0.08	0.16	0.03	0.03	0.12	0.16	0.07	0.12	0.03	0.00	0.02	0.32	0.09	0.14
C5	0.01	0.01	0.11	0.08	0.00	0.09	0.00	0.34	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.10	0.15	0.10	0.48	0.43	0.24	0.32
C5'	0.07	0.19	0.03	0.03	0.23	0.01	0.34	0.00	0.34	0.37	0.27	0.15	0.41	0.41	0.23	0.11	0.01	0.03	0.00	0.10	0.18	0.00
C6	0.01	0.01	0.19	0.15	0.00	0.08	0.01	0.34	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.18	0.26	0.14	0.49	0.56	0.28	0.39
C8	0.01	0.01	0.15	0.18	0.00	0.16	0.00	0.37	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.11	0.18	0.04	0.51	0.19	0.18	0.21
N1	0.01	0.00	0.31	0.27	0.00	0.03	0.00	0.27	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.30	0.42	0.18	0.42	0.48	0.24	0.32
N3	0.01	0.00	0.38	0.31	0.00	0.03	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.35	0.44	0.17	0.28	0.15	0.12	0.11
N6	0.01	0.00	0.14	0.10	0.00	0.12	0.01	0.41	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.14	0.21	0.13	0.55	0.71	0.35	0.50
N7	0.01	0.01	0.07	0.10	0.00	0.16	0.00	0.41	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.08	0.02	0.56	0.45	0.27	0.37
N9	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.07	0.00	0.23	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.04	0.35	0.02	0.10	0.06
O2'	0.00	0.37	0.00	0.01	0.18	0.12	0.10	0.11	0.18	0.11	0.30	0.35	0.14	0.05	0.02	0.00	0.04	0.01	0.08	0.43	0.11	0.14
O3'	0.01	0.49	0.04	0.00	0.24	0.03	0.15	0.01	0.26	0.18	0.42	0.44	0.21	0.08	0.03	0.04	0.00	0.00	0.08	0.11	0.43	0.11
O4'	0.01	0.19	0.01	0.04	0.12	0.00	0.10	0.03	0.14	0.04	0.18	0.17	0.13	0.02	0.04	0.01	0.00	0.00	0.04	0.45	0.21	0.37
O5'	0.15	0.34	0.20	0.14	0.37	0.02	0.48	0.00	0.49	0.51	0.42	0.28	0.55	0.56	0.35	0.08	0.08	0.04	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.31	0.31	0.21	0.14	0.21	0.32	0.43	0.10	0.56	0.19	0.48	0.15	0.71	0.45	0.02	0.43	0.11	0.45	0.02	0.00	0.00	0.00
OP2	0.02	0.17	0.21	0.28	0.15	0.09	0.24	0.18	0.28	0.18	0.24	0.12	0.35	0.27	0.10	0.11	0.43	0.21	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.16	0.21	0.00	0.04	0.16	0.14	0.32	0.00	0.39	0.21	0.32	0.11	0.50	0.37	0.06	0.14	0.11	0.37	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.36	0.24	0.05	0.27	0.16	0.90	0.02	0.91	0.04	0.03	0.08	0.31	0.16	0.12	0.16	0.40	0.44	0.74	0.93	1.38	0.35	0.91
C2	0.26	0.23	0.11	0.10	0.15	0.68	0.03	0.71	0.02	0.03	0.11	0.27	0.07	0.03	0.15	0.43	0.06	0.59	0.69	0.96	0.42	0.74
C2'	0.09	0.04	0.51	0.17	0.29	0.37	0.54	0.29	0.52	0.65	0.28	0.01	0.70	0.75	0.36	0.73	0.18	0.23	0.35	0.80	0.33	0.27
C3'	0.20	0.00	0.55	0.30	0.30	0.12	0.54	0.00	0.49	0.73	0.23	0.01	0.65	0.78	0.42	0.62	0.13	0.01	0.11	0.56	0.63	0.01
C4	0.31	0.27	0.09	0.14	0.19	0.73	0.06	0.73	0.04	0.04	0.14	0.33	0.05	0.02	0.17	0.43	0.13	0.64	0.74	1.02	0.39	0.75
C4'	0.11	0.14	0.18	0.06	0.00	0.51	0.16	0.53	0.15	0.25	0.00	0.18	0.26	0.30	0.05	0.36	0.33	0.37	0.59	1.12	0.12	0.54
C5	0.27	0.33	0.09	0.05	0.24	0.58	0.15	0.57	0.16	0.11	0.24	0.36	0.10	0.09	0.20	0.40	0.05	0.53	0.60	0.77	0.38	0.62
C5'	0.12	0.04	0.28	0.14	0.17	0.15	0.27	0.22	0.25	0.36	0.14	0.03	0.33	0.38	0.22	0.36	0.10	0.04	0.32	0.89	0.34	0.29
C6	0.21	0.33	0.10	0.01	0.24	0.48	0.18	0.49	0.20	0.13	0.27	0.33	0.16	0.13	0.19	0.37	0.14	0.44	0.50	0.62	0.39	0.55
C8	0.35	0.32	0.05	0.14	0.24	0.70	0.13	0.64	0.12	0.08	0.22	0.37	0.05	0.04	0.22	0.42	0.12	0.63	0.71	0.94	0.33	0.68
N1	0.22	0.27	0.11	0.04	0.19	0.56	0.11	0.59	0.11	0.09	0.19	0.29	0.06	0.06	0.17	0.39	0.07	0.50	0.57	0.75	0.42	0.63
N3	0.30	0.23	0.10	0.15	0.15	0.76	0.01	0.79	0.02	0.01	0.09	0.29	0.12	0.07	0.15	0.44	0.16	0.66	0.78	1.11	0.41	0.81
N6	0.14	0.40	0.10	0.08	0.28	0.31	0.29	0.33	0.34	0.20	0.38	0.34	0.33	0.24	0.21	0.31	0.28	0.30	0.34	0.37	0.37	0.40
N7	0.29	0.38	0.07	0.03	0.29	0.52	0.21	0.48	0.22	0.15	0.30	0.41	0.17	0.14	0.24	0.39	0.11	0.50	0.55	0.69	0.34	0.55
N9	0.35	0.27	0.07	0.20	0.19	0.80	0.04	0.79	0.03	0.02	0.14	0.34	0.07	0.04	0.18	0.42	0.25	0.69	0.81	1.14	0.36	0.80
O2'	0.03	0.08	0.47	0.08	0.30	0.53	0.58	0.49	0.59	0.64	0.35	0.01	0.80	0.78	0.33	0.73	0.29	0.36	0.52	1.05	0.21	0.46
O3'	0.39	0.07	0.72	0.51	0.47	0.16	0.76	0.36	0.68	1.02	0.34	0.08	0.88	1.08	0.64	0.67	0.02	0.24	0.22	0.23	1.10	0.41
O4'	0.58	0.42	0.26	0.54	0.40	1.08	0.28	1.14	0.24	0.29	0.32	0.49	0.16	0.22	0.42	0.06	0.67	0.91	1.16	1.63	0.55	1.15
O5'	0.26	0.15	0.34	0.23	0.27	0.04	0.34	0.03	0.32	0.43	0.22	0.15	0.37	0.43	0.33	0.37	0.01	0.16	0.20	0.69	0.34	0.16
OP1	0.06	0.11	0.09	0.23	0.01	0.45	0.06	0.85	0.01	0.18	0.06	0.09	0.04	0.15	0.09	0.12	0.00	0.25	0.79	1.39	0.38	0.90
OP2	0.07	0.10	0.06	0.07	0.04	0.24	0.04	0.17	0.07	0.04	0.10	0.07	0.07	0.01	0.02	0.15	0.00	0.17	0.14	0.60	0.38	0.10
P	0.09	0.05	0.04	0.01	0.06	0.06	0.06	0.24	0.06	0.08	0.05	0.05	0.07	0.07	0.08	0.07	0.00	0.04	0.37	0.84	0.09	0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.11	0.00	0.16	0.12	0.21	0.13
C2	0.01	0.00	0.09	0.04	0.01	0.03	0.01	0.18	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.17	0.03	0.10	0.07	0.34	0.29	0.11
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.04	0.02	0.00	0.14	0.01	0.10	0.06	0.10	0.02	0.07	0.02	0.00	0.00	0.00	0.30	0.37	0.15	0.20
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.06	0.02	0.04	0.03	0.05	0.02	0.01	0.00	0.00	0.33	0.51	0.02	0.24
C4	0.00	0.01	0.04	0.01	0.00	0.04	0.00	0.20	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.06	0.06	0.04	0.18	0.35	0.02
C4'	0.01	0.03	0.02	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.08	0.10	0.05	0.01	0.10	0.10	0.05	0.04	0.00	0.00	0.02	0.18	0.23	0.01
C5	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.08	0.00	0.27	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.07	0.04	0.05	0.22	0.45	0.02
C5'	0.07	0.18	0.14	0.01	0.20	0.01	0.27	0.00	0.29	0.29	0.24	0.15	0.33	0.32	0.20	0.08	0.08	0.00	0.01	0.36	0.42	0.00
C6	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.01	0.29	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.03	0.06	0.07	0.03	0.34	0.43	0.09
C8	0.00	0.01	0.10	0.06	0.00	0.10	0.00	0.29	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.13	0.11	0.03	0.18	0.02	0.49	0.12
N1	0.01	0.00	0.06	0.02	0.01	0.05	0.01	0.24	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.12	0.04	0.09	0.06	0.38	0.36	0.12
N3	0.00	0.01	0.10	0.04	0.00	0.01	0.01	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.17	0.04	0.09	0.03	0.24	0.26	0.06
N6	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.10	0.02	0.33	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.07	0.06	0.04	0.38	0.48	0.10
N7	0.01	0.02	0.07	0.05	0.00	0.10	0.00	0.32	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.10	0.09	0.00	0.11	0.12	0.54	0.05
N9	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.05	0.00	0.20	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.09	0.01	0.12	0.02	0.35	0.08
O2'	0.01	0.17	0.00	0.01	0.06	0.04	0.01	0.08	0.03	0.13	0.12	0.17	0.02	0.10	0.04	0.00	0.04	0.01	0.30	0.40	0.14	0.21
O3'	0.11	0.03	0.00	0.00	0.06	0.00	0.07	0.08	0.06	0.11	0.04	0.04	0.07	0.09	0.09	0.04	0.00	0.11	0.22	0.50	0.11	0.20
O4'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.06	0.00	0.04	0.00	0.07	0.03	0.09	0.09	0.06	0.00	0.01	0.01	0.11	0.00	0.06	0.04	0.12	0.09
O5'	0.16	0.07	0.30	0.33	0.04	0.02	0.05	0.01	0.03	0.18	0.06	0.03	0.04	0.11	0.12	0.30	0.22	0.06	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.12	0.34	0.37	0.51	0.18	0.18	0.22	0.36	0.34	0.02	0.38	0.24	0.38	0.12	0.02	0.40	0.50	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00
OP2	0.21	0.29	0.15	0.02	0.35	0.23	0.45	0.42	0.43	0.49	0.36	0.26	0.48	0.54	0.35	0.14	0.11	0.12	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.13	0.11	0.20	0.24	0.02	0.01	0.02	0.00	0.09	0.12	0.12	0.06	0.10	0.05	0.08	0.21	0.20	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00