ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52465

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N3 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C5 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C1' A 0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C4 A 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
N7 A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
N6 A 0, 0.000, 0.067, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.067 std_dev=0.067
N9 A 0, 0.000, 0.070, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.070 std_dev=0.070
C8 A 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
O4' A 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
C4' A 0, 0.000, 0.230, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.230 std_dev=0.230
C2' A 0, 0.000, 0.290, 0.581, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C3' A 0, 0.000, 0.384, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.384 std_dev=0.384
O2' A 0, 0.000, 0.441, 0.881, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.441 std_dev=0.441
O2' B 0, 0.000, 0.469, 0.937, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.469 std_dev=0.469
C5' A 0, 0.000, 0.495, 0.990, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.495 std_dev=0.495
OP1 A 0, 0.000, 0.535, 1.070, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.535 std_dev=0.535
OP2 A 0, 0.000, 0.550, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.550 std_dev=0.550
P A 0, 0.000, 0.567, 1.135, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.567 std_dev=0.567
O3' A 0, 0.000, 0.588, 1.175, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.588 std_dev=0.588
O5' A 0, 0.000, 0.647, 1.295, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.647 std_dev=0.647
O3' B 0, 0.000, 0.665, 1.330, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.665 std_dev=0.665
C2' B 0, 0.000, 0.706, 1.411, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.706 std_dev=0.706
C3' B 0, 0.000, 0.811, 1.622, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.811 std_dev=0.811
C1' B 0, 0.000, 0.984, 1.969, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.984 std_dev=0.984
C4' B 0, 0.000, 1.052, 2.104, 2.104 max_d=2.104 avg_d=1.052 std_dev=1.052
O4' B 0, 0.000, 1.124, 2.247, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.124 std_dev=1.124
N9 B 0, 0.000, 1.336, 2.672, 2.672 max_d=2.672 avg_d=1.336 std_dev=1.336
C5' B 0, 0.000, 1.530, 3.059, 3.059 max_d=3.059 avg_d=1.530 std_dev=1.530
C4 B 0, 0.000, 1.546, 3.092, 3.092 max_d=3.092 avg_d=1.546 std_dev=1.546
C8 B 0, 0.000, 1.560, 3.121, 3.121 max_d=3.121 avg_d=1.560 std_dev=1.560
N3 B 0, 0.000, 1.578, 3.157, 3.157 max_d=3.157 avg_d=1.578 std_dev=1.578
N7 B 0, 0.000, 1.805, 3.609, 3.609 max_d=3.609 avg_d=1.805 std_dev=1.805
C5 B 0, 0.000, 1.812, 3.625, 3.625 max_d=3.625 avg_d=1.812 std_dev=1.812
C2 B 0, 0.000, 1.927, 3.853, 3.853 max_d=3.853 avg_d=1.927 std_dev=1.927
O5' B 0, 0.000, 1.939, 3.878, 3.878 max_d=3.878 avg_d=1.939 std_dev=1.939
C6 B 0, 0.000, 2.110, 4.220, 4.220 max_d=4.220 avg_d=2.110 std_dev=2.110
N1 B 0, 0.000, 2.171, 4.342, 4.342 max_d=4.342 avg_d=2.171 std_dev=2.171
P B 0, 0.000, 2.377, 4.754, 4.754 max_d=4.754 avg_d=2.377 std_dev=2.377
N6 B 0, 0.000, 2.382, 4.764, 4.764 max_d=4.764 avg_d=2.382 std_dev=2.382
OP2 B 0, 0.000, 2.473, 4.946, 4.946 max_d=4.946 avg_d=2.473 std_dev=2.473
OP1 B 0, 0.000, 2.478, 4.956, 4.956 max_d=4.956 avg_d=2.478 std_dev=2.478

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.18 0.16
C2 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.12 0.25 0.16
C2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.04 0.02 0.10 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.08
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.08 0.12 0.03 0.03 0.13 0.13 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.03 0.01
C4 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.09 0.22 0.14
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.07 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.08
C5 0.02 0.03 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.01 0.11 0.10 0.21 0.11
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.10 0.05 0.02 0.10 0.09 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.03 0.02 0.07 0.08 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.10 0.11 0.21 0.11
C8 0.02 0.02 0.07 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.13 0.05 0.16 0.08 0.17 0.10
N1 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.06 0.12 0.24 0.14
N3 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.10 0.24 0.15
N6 0.04 0.02 0.10 0.13 0.01 0.07 0.02 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.10 0.15 0.00 0.14 0.10 0.17 0.07
N7 0.01 0.03 0.08 0.13 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.05 0.15 0.05 0.15 0.11 0.18 0.10
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.08 0.07 0.19 0.13
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03 0.06 0.01 0.10 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.07 0.11
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.09 0.13 0.03 0.06 0.15 0.15 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.17 0.13 0.05
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.11 0.21 0.20
O5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.10 0.16 0.06 0.03 0.14 0.15 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.08 0.12 0.02 0.09 0.09 0.03 0.10 0.06 0.11 0.08 0.12 0.10 0.10 0.11 0.07 0.00 0.17 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.25 0.06 0.03 0.22 0.05 0.21 0.02 0.21 0.17 0.24 0.24 0.17 0.18 0.19 0.07 0.13 0.21 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.16 0.08 0.01 0.14 0.08 0.11 0.01 0.11 0.10 0.14 0.15 0.07 0.10 0.13 0.11 0.05 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 0.26 0.34 0.50 0.41 0.71 0.48 0.96 0.43 0.62 0.32 0.29 0.48 0.59 0.50 0.22 0.38 0.64 1.09 1.19 1.04 1.17
C2 0.20 0.17 0.12 0.30 0.03 0.51 0.08 0.72 0.00 0.27 0.13 0.10 0.03 0.22 0.16 0.07 0.27 0.39 0.77 0.94 0.70 0.86
C2' 0.37 0.12 0.23 0.40 0.29 0.61 0.37 0.89 0.31 0.53 0.18 0.16 0.35 0.50 0.39 0.13 0.30 0.55 1.05 1.25 1.02 1.17
C3' 0.26 0.05 0.14 0.29 0.21 0.45 0.29 0.70 0.24 0.44 0.12 0.08 0.29 0.42 0.30 0.04 0.21 0.41 0.93 1.11 0.91 1.03
C4 0.24 0.06 0.15 0.31 0.11 0.51 0.16 0.71 0.10 0.33 0.02 0.01 0.13 0.28 0.22 0.09 0.28 0.41 0.77 0.88 0.69 0.84
C4' 0.40 0.29 0.29 0.41 0.42 0.54 0.51 0.79 0.47 0.62 0.36 0.30 0.53 0.62 0.48 0.15 0.27 0.52 1.07 1.18 1.06 1.15
C5 0.14 0.19 0.07 0.22 0.02 0.41 0.02 0.56 0.05 0.19 0.16 0.13 0.02 0.14 0.09 0.05 0.22 0.30 0.60 0.68 0.49 0.63
C5' 0.25 0.22 0.18 0.26 0.32 0.29 0.42 0.47 0.40 0.51 0.30 0.21 0.47 0.53 0.36 0.04 0.13 0.31 0.84 0.84 0.86 0.88
C6 0.07 0.32 0.02 0.18 0.12 0.37 0.08 0.52 0.17 0.10 0.29 0.25 0.15 0.04 0.01 0.01 0.19 0.24 0.53 0.64 0.42 0.58
C8 0.25 0.02 0.18 0.31 0.16 0.47 0.21 0.60 0.16 0.33 0.06 0.06 0.19 0.30 0.24 0.14 0.28 0.38 0.68 0.68 0.57 0.68
N1 0.11 0.30 0.05 0.22 0.08 0.42 0.04 0.61 0.14 0.16 0.26 0.22 0.11 0.09 0.05 0.02 0.23 0.29 0.63 0.78 0.54 0.70
N3 0.26 0.06 0.17 0.34 0.13 0.55 0.18 0.78 0.11 0.36 0.01 0.00 0.15 0.31 0.24 0.09 0.29 0.45 0.85 1.01 0.79 0.94
N6 0.04 0.47 0.07 0.08 0.26 0.26 0.24 0.39 0.33 0.04 0.45 0.39 0.32 0.11 0.12 0.04 0.13 0.13 0.37 0.47 0.24 0.40
N7 0.14 0.15 0.08 0.21 0.00 0.37 0.04 0.48 0.02 0.19 0.11 0.10 0.01 0.14 0.10 0.08 0.21 0.27 0.52 0.54 0.40 0.53
N9 0.31 0.07 0.22 0.37 0.22 0.56 0.27 0.75 0.22 0.42 0.11 0.11 0.26 0.38 0.31 0.14 0.31 0.47 0.85 0.92 0.76 0.89
O2' 0.52 0.29 0.34 0.51 0.46 0.75 0.54 1.07 0.48 0.70 0.36 0.33 0.54 0.68 0.56 0.22 0.36 0.72 1.25 1.51 1.27 1.41
O3' 0.22 0.01 0.10 0.23 0.17 0.41 0.26 0.65 0.20 0.41 0.08 0.04 0.26 0.40 0.26 0.01 0.15 0.38 0.90 1.15 0.92 1.04
O4' 0.53 0.41 0.42 0.56 0.53 0.71 0.61 0.95 0.57 0.72 0.47 0.42 0.62 0.71 0.59 0.27 0.42 0.66 1.14 1.16 1.09 1.18
O5' 0.04 0.02 0.00 0.07 0.08 0.09 0.17 0.22 0.15 0.27 0.05 0.03 0.22 0.28 0.12 0.10 0.01 0.08 0.52 0.51 0.52 0.54
OP1 0.21 0.36 0.25 0.10 0.36 0.05 0.43 0.18 0.45 0.41 0.41 0.32 0.50 0.46 0.33 0.20 0.02 0.09 0.10 0.24 0.08 0.01
OP2 0.08 0.18 0.05 0.10 0.14 0.06 0.11 0.08 0.13 0.06 0.16 0.17 0.10 0.07 0.11 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.14 0.05
P 0.04 0.04 0.05 0.01 0.08 0.02 0.13 0.02 0.13 0.17 0.08 0.03 0.17 0.19 0.09 0.05 0.00 0.01 0.19 0.05 0.13 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.10 0.03 0.05
C2 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.15 0.14 0.13 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.06 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.01 0.00 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.06 0.08
C4 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.17 0.16 0.13 0.13
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.21 0.21 0.19 0.20
C5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.05 0.10 0.02 0.02 0.07 0.10 0.04 0.07 0.05 0.00 0.01 0.09 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.21 0.21 0.20 0.20
C8 0.00 0.02 0.07 0.07 0.01 0.02 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.10 0.04 0.22 0.20 0.15 0.19
N1 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.19 0.18 0.18 0.17
N3 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.13 0.12 0.10 0.09
N6 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.08 0.02 0.23 0.23 0.24 0.24
N7 0.01 0.03 0.07 0.07 0.02 0.02 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.11 0.03 0.25 0.24 0.22 0.24
N9 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.16 0.15 0.09 0.11
O2' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03 0.07 0.02 0.05 0.01 0.04 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.05 0.07
O3' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.06 0.10 0.01 0.02 0.08 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00 0.21 0.10 0.15 0.17
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.07 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.10 0.01 0.02
O5' 0.09 0.15 0.01 0.09 0.17 0.02 0.21 0.01 0.21 0.22 0.19 0.13 0.23 0.25 0.16 0.07 0.21 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.10 0.14 0.04 0.01 0.16 0.06 0.21 0.09 0.21 0.20 0.18 0.12 0.23 0.24 0.15 0.02 0.10 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.13 0.01 0.06 0.13 0.03 0.19 0.02 0.20 0.15 0.18 0.10 0.24 0.22 0.09 0.05 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.05 0.12 0.02 0.08 0.13 0.03 0.20 0.02 0.20 0.19 0.17 0.09 0.24 0.24 0.11 0.07 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00