ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52466

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C5 A 0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C1' A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
N3 A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
N1 A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C4 A 0, 0.000, 0.061, 0.122, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.061
N9 A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
N6 A 0, 0.000, 0.079, 0.157, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.079 std_dev=0.079
N7 A 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
C8 A 0, 0.000, 0.115, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.115 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.000, 0.321, 0.641, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.321 std_dev=0.321
O2' B 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
C4' A 0, 0.000, 0.325, 0.649, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C2' B 0, 0.000, 0.349, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.349 std_dev=0.349
N3 B 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
C2 B 0, 0.000, 0.419, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.419 std_dev=0.419
O3' A 0, 0.000, 0.430, 0.860, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.430 std_dev=0.430
C4 B 0, 0.000, 0.437, 0.874, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.437 std_dev=0.437
N9 B 0, 0.000, 0.447, 0.895, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.447 std_dev=0.447
O4' A 0, 0.000, 0.473, 0.946, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.473 std_dev=0.473
C8 B 0, 0.000, 0.492, 0.984, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.492 std_dev=0.492
C1' B 0, 0.000, 0.496, 0.991, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.496 std_dev=0.496
OP2 A 0, 0.000, 0.511, 1.022, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.511 std_dev=0.511
C5 B 0, 0.000, 0.530, 1.061, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.530 std_dev=0.530
N1 B 0, 0.000, 0.547, 1.095, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.547 std_dev=0.547
N7 B 0, 0.000, 0.553, 1.107, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.553 std_dev=0.553
C3' B 0, 0.000, 0.561, 1.123, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.561 std_dev=0.561
C6 B 0, 0.000, 0.615, 1.230, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.615 std_dev=0.615
C5' A 0, 0.000, 0.620, 1.241, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.620 std_dev=0.620
P A 0, 0.000, 0.642, 1.284, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.642 std_dev=0.642
O3' B 0, 0.000, 0.643, 1.286, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.643 std_dev=0.643
C2' A 0, 0.000, 0.661, 1.321, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.661 std_dev=0.661
O4' B 0, 0.000, 0.692, 1.384, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.692 std_dev=0.692
C4' B 0, 0.000, 0.769, 1.538, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.769 std_dev=0.769
O5' B 0, 0.000, 0.809, 1.618, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.809 std_dev=0.809
N6 B 0, 0.000, 0.820, 1.640, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.820 std_dev=0.820
O5' A 0, 0.000, 0.943, 1.887, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.943 std_dev=0.943
C5' B 0, 0.000, 0.986, 1.972, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.986 std_dev=0.986
OP1 A 0, 0.000, 1.060, 2.119, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.060 std_dev=1.060
P B 0, 0.000, 1.098, 2.197, 2.197 max_d=2.197 avg_d=1.098 std_dev=1.098
OP2 B 0, 0.000, 1.171, 2.342, 2.342 max_d=2.342 avg_d=1.171 std_dev=1.171
OP1 B 0, 0.000, 1.210, 2.421, 2.421 max_d=2.421 avg_d=1.210 std_dev=1.210
O2' A 0, 0.000, 1.369, 2.737, 2.737 max_d=2.737 avg_d=1.369 std_dev=1.369

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.25 0.01 0.31 0.46 0.05 0.13
C2 0.05 0.00 0.14 0.03 0.01 0.04 0.00 0.19 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.31 0.14 0.49 0.29 0.07 0.02
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.22 0.01 0.19 0.07 0.17 0.05 0.16 0.06 0.00 0.05 0.02 0.58 0.01 0.54 0.34
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.23 0.19 0.36 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.20 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.25 0.06 0.51 0.28 0.06 0.02
C4' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.17 0.04 0.01 0.00 0.39 0.12 0.19
C5 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.24 0.02 0.58 0.17 0.03 0.07
C5' 0.09 0.19 0.22 0.02 0.20 0.00 0.24 0.00 0.24 0.25 0.22 0.17 0.25 0.26 0.20 0.05 0.23 0.01 0.00 0.04 0.26 0.00
C6 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.26 0.04 0.57 0.15 0.02 0.08
C8 0.01 0.02 0.19 0.04 0.01 0.03 0.01 0.25 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.25 0.18 0.08 0.60 0.17 0.03 0.06
N1 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.05 0.01 0.22 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.29 0.10 0.55 0.21 0.05 0.06
N3 0.05 0.01 0.17 0.04 0.00 0.03 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.30 0.14 0.46 0.32 0.09 0.00
N6 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.25 0.01 0.58 0.09 0.01 0.09
N7 0.01 0.01 0.16 0.02 0.00 0.03 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.20 0.05 0.61 0.08 0.00 0.10
N9 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.20 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.10 0.22 0.00 0.50 0.31 0.06 0.01
O2' 0.03 0.08 0.00 0.00 0.03 0.17 0.15 0.05 0.12 0.25 0.03 0.13 0.17 0.25 0.10 0.00 0.00 0.09 0.39 0.11 0.49 0.27
O3' 0.25 0.31 0.05 0.01 0.25 0.04 0.24 0.23 0.26 0.18 0.29 0.30 0.25 0.20 0.22 0.00 0.00 0.17 0.05 0.32 0.16 0.12
O4' 0.01 0.14 0.02 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.10 0.14 0.01 0.05 0.00 0.09 0.17 0.00 0.03 0.68 0.19 0.43
O5' 0.31 0.49 0.58 0.23 0.51 0.00 0.58 0.00 0.57 0.60 0.55 0.46 0.58 0.61 0.50 0.39 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.46 0.29 0.01 0.19 0.28 0.39 0.17 0.04 0.15 0.17 0.21 0.32 0.09 0.08 0.31 0.11 0.32 0.68 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.05 0.07 0.54 0.36 0.06 0.12 0.03 0.26 0.02 0.03 0.05 0.09 0.01 0.00 0.06 0.49 0.16 0.19 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.13 0.02 0.34 0.07 0.02 0.19 0.07 0.00 0.08 0.06 0.06 0.00 0.09 0.10 0.01 0.27 0.12 0.43 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.09 0.18 0.23 0.13 0.27 0.08 0.28 0.04 0.12 0.04 0.15 0.00 0.08 0.15 0.18 0.28 0.23 0.18 0.26 0.24 0.21
C2 0.11 0.02 0.09 0.09 0.07 0.13 0.02 0.12 0.02 0.07 0.03 0.07 0.06 0.03 0.09 0.10 0.09 0.13 0.04 0.11 0.11 0.07
C2' 0.29 0.15 0.29 0.28 0.23 0.28 0.27 0.28 0.25 0.32 0.20 0.16 0.28 0.32 0.28 0.28 0.24 0.29 0.34 0.28 0.26 0.31
C3' 0.10 0.18 0.11 0.11 0.12 0.12 0.05 0.11 0.04 0.01 0.11 0.20 0.01 0.01 0.08 0.13 0.13 0.11 0.03 0.07 0.05 0.04
C4 0.19 0.12 0.16 0.14 0.16 0.21 0.11 0.19 0.08 0.14 0.08 0.17 0.05 0.11 0.17 0.18 0.13 0.22 0.09 0.16 0.14 0.12
C4' 0.35 0.34 0.35 0.39 0.34 0.40 0.27 0.39 0.25 0.26 0.28 0.38 0.20 0.23 0.32 0.34 0.41 0.38 0.29 0.32 0.32 0.31
C5 0.21 0.14 0.16 0.12 0.18 0.21 0.15 0.18 0.11 0.17 0.11 0.18 0.09 0.14 0.19 0.18 0.08 0.24 0.07 0.13 0.11 0.09
C5' 0.42 0.50 0.39 0.39 0.49 0.37 0.47 0.34 0.47 0.41 0.49 0.51 0.45 0.42 0.45 0.30 0.29 0.41 0.28 0.23 0.31 0.28
C6 0.16 0.09 0.12 0.07 0.13 0.15 0.11 0.13 0.07 0.14 0.06 0.13 0.05 0.11 0.15 0.13 0.04 0.19 0.03 0.10 0.08 0.06
C8 0.30 0.22 0.24 0.21 0.26 0.32 0.22 0.28 0.19 0.24 0.19 0.26 0.17 0.21 0.26 0.27 0.16 0.34 0.15 0.21 0.17 0.17
N1 0.11 0.03 0.08 0.06 0.08 0.12 0.05 0.10 0.00 0.09 0.01 0.08 0.02 0.05 0.10 0.09 0.04 0.14 0.01 0.09 0.08 0.04
N3 0.13 0.06 0.12 0.12 0.09 0.16 0.04 0.15 0.00 0.08 0.01 0.11 0.04 0.04 0.11 0.13 0.13 0.16 0.07 0.14 0.13 0.10
N6 0.17 0.09 0.11 0.06 0.14 0.15 0.13 0.11 0.09 0.16 0.07 0.13 0.08 0.14 0.16 0.12 0.01 0.20 0.02 0.08 0.07 0.04
N7 0.28 0.20 0.20 0.15 0.24 0.27 0.22 0.23 0.19 0.23 0.18 0.24 0.18 0.21 0.25 0.23 0.08 0.31 0.10 0.16 0.12 0.12
N9 0.23 0.15 0.20 0.19 0.19 0.26 0.14 0.25 0.11 0.17 0.11 0.20 0.08 0.13 0.20 0.22 0.19 0.26 0.13 0.20 0.18 0.16
O2' 0.74 0.74 0.65 0.51 0.72 0.60 0.71 0.52 0.73 0.67 0.74 0.73 0.73 0.69 0.71 0.77 0.38 0.68 0.51 0.42 0.34 0.47
O3' 0.19 0.24 0.20 0.25 0.23 0.22 0.19 0.25 0.17 0.19 0.19 0.26 0.13 0.17 0.21 0.11 0.24 0.21 0.24 0.26 0.32 0.26
O4' 0.56 0.41 0.55 0.61 0.47 0.66 0.41 0.66 0.35 0.46 0.35 0.48 0.31 0.40 0.50 0.52 0.67 0.62 0.53 0.58 0.55 0.55
O5' 0.08 0.12 0.02 0.12 0.18 0.12 0.23 0.19 0.22 0.25 0.17 0.11 0.26 0.27 0.17 0.16 0.01 0.13 0.21 0.23 0.42 0.29
OP1 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01 0.11 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.26 0.23 0.17 0.24
OP2 0.02 0.12 0.13 0.01 0.08 0.23 0.08 0.41 0.10 0.05 0.12 0.10 0.08 0.07 0.07 0.13 0.01 0.13 0.26 0.45 0.34 0.36
P 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.09 0.04 0.13 0.04 0.04 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02 0.07 0.00 0.05 0.02 0.10 0.13 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02
C2 0.04 0.00 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.06 0.05 0.03 0.09 0.07 0.04 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.05 0.00 0.02
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.07 0.02 0.06 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02 0.16 0.13 0.07 0.11
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.10 0.00 0.06 0.12 0.12 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
C6 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.16 0.13 0.09 0.12
C8 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.16 0.14 0.03 0.11
N1 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.10 0.07 0.05 0.05
N3 0.05 0.00 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04
N6 0.02 0.02 0.02 0.09 0.01 0.06 0.02 0.12 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.08 0.05 0.23 0.21 0.17 0.20
N7 0.02 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.00 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.20 0.18 0.09 0.16
N9 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.08 0.06 0.02 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06
O3' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.05 0.04 0.08 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.00 0.06
O4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.08 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.02
O5' 0.02 0.05 0.03 0.05 0.08 0.01 0.16 0.01 0.16 0.16 0.10 0.02 0.23 0.20 0.08 0.05 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.13 0.03 0.13 0.14 0.07 0.01 0.21 0.18 0.06 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.05 0.03 0.17 0.09 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01
P 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.03 0.11 0.02 0.12 0.11 0.05 0.04 0.20 0.16 0.02 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00