ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52469

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.000, 0.067, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.000, 0.122, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O2' A 0, 0.000, 0.147, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.147 std_dev=0.147
OP2 A 0, 0.000, 0.178, 0.356, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.178 std_dev=0.178
P A 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C5' A 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
O3' A 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
O5' A 0, 0.000, 0.281, 0.562, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C1' B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
O2' B 0, 0.000, 0.353, 0.706, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C2' B 0, 0.000, 0.373, 0.745, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.373 std_dev=0.373
O3' B 0, 0.000, 0.426, 0.851, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C3' B 0, 0.000, 0.447, 0.894, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.447 std_dev=0.447
OP1 A 0, 0.000, 0.465, 0.929, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.465 std_dev=0.465
OP2 B 0, 0.000, 0.640, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.640 std_dev=0.640
O4' B 0, 0.000, 0.641, 1.282, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.641 std_dev=0.641
C4' B 0, 0.000, 0.829, 1.657, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.829 std_dev=0.829
N9 B 0, 0.000, 0.873, 1.746, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.873 std_dev=0.873
C5' B 0, 0.000, 1.151, 2.302, 2.302 max_d=2.302 avg_d=1.151 std_dev=1.151
O5' B 0, 0.000, 1.175, 2.349, 2.349 max_d=2.349 avg_d=1.175 std_dev=1.175
C4 B 0, 0.000, 1.500, 3.000, 3.000 max_d=3.000 avg_d=1.500 std_dev=1.500
P B 0, 0.000, 1.606, 3.212, 3.212 max_d=3.212 avg_d=1.606 std_dev=1.606
C8 B 0, 0.000, 1.790, 3.580, 3.580 max_d=3.580 avg_d=1.790 std_dev=1.790
C5 B 0, 0.000, 1.950, 3.900, 3.900 max_d=3.900 avg_d=1.950 std_dev=1.950
N3 B 0, 0.000, 2.307, 4.615, 4.615 max_d=4.615 avg_d=2.307 std_dev=2.307
N7 B 0, 0.000, 2.308, 4.615, 4.615 max_d=4.615 avg_d=2.308 std_dev=2.308
C6 B 0, 0.000, 2.563, 5.126, 5.126 max_d=5.126 avg_d=2.563 std_dev=2.563
OP1 B 0, 0.000, 2.861, 5.721, 5.721 max_d=5.721 avg_d=2.861 std_dev=2.861
N1 B 0, 0.000, 3.006, 6.011, 6.011 max_d=6.011 avg_d=3.006 std_dev=3.006
C2 B 0, 0.000, 3.007, 6.014, 6.014 max_d=6.014 avg_d=3.007 std_dev=3.007
N6 B 0, 0.000, 3.131, 6.262, 6.262 max_d=6.262 avg_d=3.131 std_dev=3.131

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.19 0.01 0.10
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.12 0.14 0.03 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.14 0.02 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.09 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.13 0.13 0.03 0.07
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.17 0.09 0.06
C5 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.15 0.07 0.06 0.06
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.03 0.08 0.10 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.15 0.07 0.06 0.06
C8 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.16 0.05 0.05 0.05
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.13 0.10 0.05 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.10 0.16 0.02 0.08
N6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.16 0.03 0.08 0.05
N7 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.01 0.17 0.01 0.06 0.03
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.13 0.13 0.03 0.07
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.03 0.08 0.06 0.06 0.03 0.09 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.13 0.03 0.06
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.15 0.11 0.05
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.25 0.02 0.14
O5' 0.06 0.12 0.05 0.02 0.13 0.00 0.15 0.00 0.15 0.16 0.13 0.10 0.16 0.17 0.13 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.19 0.14 0.14 0.14 0.13 0.17 0.07 0.09 0.07 0.05 0.10 0.16 0.03 0.01 0.13 0.13 0.15 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03 0.09 0.06 0.13 0.06 0.05 0.05 0.02 0.08 0.06 0.03 0.03 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.08 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.00 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.03 0.07 0.06 0.05 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 1.00 0.25 0.23 0.44 0.36 0.20 0.34 0.42 0.35 0.79 0.88 0.27 0.25 0.09 0.11 0.26 0.29 0.23 0.08 0.27 0.20
C2 0.12 0.65 0.25 0.27 0.13 0.50 0.22 0.55 0.06 0.63 0.35 0.61 0.30 0.67 0.13 0.21 0.26 0.39 0.41 0.33 0.27 0.39
C2' 0.22 1.16 0.25 0.19 0.54 0.31 0.27 0.26 0.52 0.38 0.93 1.04 0.34 0.25 0.14 0.09 0.21 0.27 0.14 0.17 0.24 0.08
C3' 0.23 1.39 0.21 0.11 0.73 0.18 0.53 0.10 0.82 0.20 1.23 1.20 0.68 0.01 0.26 0.01 0.16 0.18 0.01 0.29 0.21 0.06
C4 0.12 0.64 0.26 0.28 0.17 0.48 0.11 0.52 0.04 0.51 0.39 0.59 0.15 0.51 0.07 0.20 0.27 0.37 0.40 0.32 0.28 0.38
C4' 0.17 1.19 0.19 0.10 0.66 0.15 0.55 0.10 0.81 0.05 1.11 1.01 0.74 0.14 0.27 0.02 0.16 0.14 0.01 0.06 0.23 0.02
C5 0.09 0.37 0.25 0.30 0.03 0.54 0.23 0.62 0.14 0.50 0.14 0.37 0.31 0.53 0.13 0.23 0.26 0.41 0.50 0.49 0.29 0.50
C5' 0.08 1.01 0.08 0.00 0.63 0.00 0.64 0.04 0.86 0.14 1.03 0.82 0.87 0.36 0.29 0.15 0.05 0.02 0.07 0.01 0.20 0.02
C6 0.08 0.28 0.25 0.31 0.04 0.56 0.33 0.66 0.26 0.56 0.03 0.30 0.46 0.63 0.18 0.24 0.25 0.43 0.54 0.55 0.30 0.55
C8 0.10 0.44 0.25 0.29 0.14 0.49 0.05 0.54 0.05 0.34 0.28 0.42 0.06 0.32 0.04 0.19 0.26 0.37 0.44 0.41 0.29 0.43
N1 0.10 0.44 0.25 0.30 0.01 0.54 0.32 0.62 0.21 0.62 0.15 0.43 0.44 0.69 0.17 0.23 0.26 0.42 0.49 0.47 0.29 0.49
N3 0.13 0.78 0.25 0.26 0.22 0.46 0.11 0.49 0.08 0.58 0.50 0.71 0.14 0.57 0.08 0.19 0.27 0.36 0.35 0.24 0.27 0.33
N6 0.06 0.06 0.25 0.32 0.16 0.59 0.42 0.73 0.41 0.53 0.17 0.12 0.59 0.64 0.21 0.26 0.24 0.46 0.62 0.69 0.31 0.65
N7 0.07 0.23 0.24 0.31 0.01 0.55 0.20 0.64 0.15 0.39 0.06 0.24 0.27 0.42 0.12 0.22 0.24 0.42 0.53 0.55 0.30 0.54
N9 0.13 0.71 0.26 0.27 0.26 0.44 0.01 0.46 0.18 0.41 0.50 0.65 0.02 0.37 0.01 0.17 0.27 0.34 0.35 0.26 0.28 0.33
O2' 0.24 1.26 0.24 0.18 0.51 0.33 0.12 0.28 0.39 0.61 0.92 1.15 0.13 0.53 0.05 0.14 0.20 0.29 0.14 0.32 0.20 0.03
O3' 0.27 1.61 0.23 0.12 0.80 0.20 0.54 0.11 0.90 0.27 1.40 1.37 0.72 0.09 0.27 0.07 0.17 0.21 0.03 0.37 0.20 0.10
O4' 0.18 1.00 0.26 0.23 0.53 0.32 0.39 0.31 0.60 0.12 0.89 0.87 0.51 0.02 0.21 0.08 0.28 0.26 0.22 0.21 0.32 0.23
O5' 0.06 0.84 0.08 0.02 0.57 0.02 0.60 0.02 0.77 0.19 0.88 0.70 0.78 0.39 0.29 0.21 0.01 0.03 0.04 0.05 0.26 0.08
OP1 0.10 0.27 0.03 0.00 0.23 0.04 0.37 0.01 0.43 0.25 0.38 0.17 0.52 0.38 0.14 0.11 0.00 0.05 0.08 0.49 0.12 0.19
OP2 0.09 0.52 0.03 0.01 0.54 0.06 0.76 0.06 0.82 0.67 0.71 0.40 0.96 0.84 0.45 0.14 0.00 0.01 0.02 0.32 0.34 0.15
P 0.01 0.43 0.03 0.00 0.37 0.03 0.50 0.00 0.58 0.35 0.54 0.33 0.65 0.49 0.25 0.14 0.00 0.02 0.05 0.29 0.19 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.14 0.49 0.01 0.03
C2 0.01 0.00 0.31 0.12 0.00 0.39 0.01 0.56 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.38 0.11 0.51 0.36 1.54 0.77 0.83
C2' 0.00 0.31 0.00 0.01 0.17 0.02 0.08 0.01 0.15 0.17 0.25 0.30 0.10 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.49 0.03 0.13
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.19 0.00 0.27 0.02 0.26 0.31 0.20 0.09 0.31 0.33 0.20 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.17 0.19 0.00 0.13 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.27 0.09 0.93 0.03 0.21
C4' 0.03 0.39 0.02 0.00 0.13 0.00 0.03 0.00 0.08 0.34 0.26 0.39 0.01 0.26 0.07 0.20 0.01 0.01 0.01 0.14 0.27 0.07
C5 0.00 0.01 0.08 0.27 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.21 0.13 0.39 0.67 0.49 0.15
C5' 0.02 0.56 0.01 0.02 0.12 0.00 0.14 0.00 0.03 0.63 0.35 0.53 0.11 0.53 0.18 0.18 0.05 0.02 0.00 0.17 0.34 0.00
C6 0.00 0.00 0.15 0.26 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.24 0.22 0.94 0.24 0.09
C8 0.00 0.00 0.17 0.31 0.00 0.34 0.00 0.63 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.49 0.18 0.24 0.91 0.05 1.16 0.81
N1 0.00 0.00 0.25 0.20 0.00 0.26 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.19 0.40 0.12 1.35 0.35 0.54
N3 0.01 0.00 0.30 0.09 0.00 0.39 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.39 0.06 0.52 0.34 1.39 0.72 0.75
N6 0.00 0.01 0.10 0.31 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.28 0.16 0.39 0.76 0.57 0.13
N7 0.00 0.00 0.08 0.33 0.00 0.26 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.41 0.24 0.12 0.84 0.09 1.20 0.74
N9 0.00 0.00 0.00 0.20 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.08 0.02 0.38 0.49 0.36 0.17
O2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.08 0.20 0.12 0.18 0.00 0.49 0.22 0.39 0.11 0.41 0.15 0.00 0.05 0.16 0.09 0.31 0.01 0.01
O3' 0.10 0.11 0.01 0.00 0.12 0.01 0.21 0.05 0.23 0.18 0.19 0.06 0.28 0.24 0.08 0.05 0.00 0.04 0.08 0.16 0.03 0.10
O4' 0.01 0.51 0.02 0.00 0.27 0.01 0.13 0.02 0.24 0.24 0.40 0.52 0.16 0.12 0.02 0.16 0.04 0.00 0.06 0.49 0.23 0.12
O5' 0.14 0.36 0.01 0.03 0.09 0.01 0.39 0.00 0.22 0.91 0.12 0.34 0.39 0.84 0.38 0.09 0.08 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.49 1.54 0.49 0.14 0.93 0.14 0.67 0.17 0.94 0.05 1.35 1.39 0.76 0.09 0.49 0.31 0.16 0.49 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.77 0.03 0.02 0.03 0.27 0.49 0.34 0.24 1.16 0.35 0.72 0.57 1.20 0.36 0.01 0.03 0.23 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.83 0.13 0.01 0.21 0.07 0.15 0.00 0.09 0.81 0.54 0.75 0.13 0.74 0.17 0.01 0.10 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00