ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52470

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N3 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.000, 0.111, 0.221, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.111 std_dev=0.111
O4' A 0, 0.000, 0.131, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.131 std_dev=0.131
O2' A 0, 0.000, 0.139, 0.277, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.139 std_dev=0.139
C4' A 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C3' A 0, 0.000, 0.200, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.200 std_dev=0.200
OP2 B 0, 0.000, 0.286, 0.572, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.286 std_dev=0.286
C5' A 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
O3' A 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
OP1 B 0, 0.000, 0.355, 0.711, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.355 std_dev=0.355
O5' A 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
P B 0, 0.000, 0.403, 0.806, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.403 std_dev=0.403
OP2 A 0, 0.000, 0.440, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.440 std_dev=0.440
O3' B 0, 0.000, 0.445, 0.890, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.445 std_dev=0.445
P A 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449
C5' B 0, 0.000, 0.528, 1.057, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.528 std_dev=0.528
C3' B 0, 0.000, 0.529, 1.058, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.529 std_dev=0.529
OP1 A 0, 0.000, 0.542, 1.083, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.542 std_dev=0.542
C4' B 0, 0.000, 0.544, 1.088, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.544 std_dev=0.544
O5' B 0, 0.000, 0.555, 1.109, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.555 std_dev=0.555
O4' B 0, 0.000, 0.599, 1.197, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.599 std_dev=0.599
C2' B 0, 0.000, 0.660, 1.321, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.660 std_dev=0.660
C1' B 0, 0.000, 0.681, 1.362, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.681 std_dev=0.681
O2' B 0, 0.000, 0.689, 1.378, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.689 std_dev=0.689
C8 B 0, 0.000, 0.692, 1.384, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.692 std_dev=0.692
N9 B 0, 0.000, 0.729, 1.459, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.729 std_dev=0.729
N7 B 0, 0.000, 0.757, 1.513, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.757 std_dev=0.757
C4 B 0, 0.000, 0.853, 1.705, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.853 std_dev=0.853
C5 B 0, 0.000, 0.859, 1.719, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.859 std_dev=0.859
C6 B 0, 0.000, 0.960, 1.920, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.960 std_dev=0.960
N6 B 0, 0.000, 0.967, 1.934, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.967 std_dev=0.967
N3 B 0, 0.000, 0.969, 1.937, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.969 std_dev=0.969
C2 B 0, 0.000, 1.080, 2.161, 2.161 max_d=2.161 avg_d=1.080 std_dev=1.080
N1 B 0, 0.000, 1.083, 2.165, 2.165 max_d=2.165 avg_d=1.083 std_dev=1.083

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00
C2 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.08 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C4 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04
C8 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.05 0.05 0.10 0.08
N1 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02
N3 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02
N6 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.06 0.09 0.08
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.10 0.00 0.02 0.04 0.09 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02
O4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
O5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.10 0.00 0.01 0.04 0.09 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.02 0.02 0.04 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.09 0.09 0.06 0.02 0.13 0.10 0.04 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
C2 0.05 0.11 0.06 0.06 0.06 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.10 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04
C2' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.03 0.08 0.08 0.06 0.01 0.12 0.09 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01
C3' 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.05 0.05 0.01 0.10 0.07 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00
C4 0.04 0.07 0.06 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06 0.01 0.06 0.04 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.03 0.10 0.06 0.10 0.05 0.13 0.08 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02
C5 0.05 0.09 0.07 0.07 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.09 0.04 0.06 0.02 0.06 0.06 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01
C5' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.10 0.04 0.10 0.06 0.13 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02
C6 0.06 0.13 0.06 0.07 0.06 0.07 0.02 0.03 0.03 0.05 0.09 0.12 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.02 0.03 0.05 0.04
C8 0.04 0.03 0.07 0.06 0.00 0.05 0.06 0.02 0.06 0.09 0.02 0.04 0.11 0.11 0.01 0.09 0.08 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03
N1 0.05 0.13 0.05 0.06 0.06 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.09 0.11 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04
N3 0.05 0.08 0.06 0.06 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02
N6 0.07 0.16 0.07 0.07 0.08 0.08 0.03 0.04 0.05 0.06 0.11 0.14 0.01 0.05 0.04 0.06 0.06 0.07 0.03 0.05 0.06 0.05
N7 0.06 0.07 0.08 0.08 0.03 0.07 0.03 0.00 0.03 0.08 0.02 0.08 0.07 0.09 0.01 0.09 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02
N9 0.03 0.02 0.05 0.04 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.08 0.02 0.03 0.09 0.09 0.01 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01
O2' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.09 0.06 0.07 0.02 0.12 0.08 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01
O3' 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.00 0.08 0.05 0.00 0.07 0.03 0.05 0.00 0.04 0.05 0.02
O4' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.07 0.02 0.10 0.04 0.12 0.09 0.10 0.05 0.15 0.11 0.06 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.00 0.04
O5' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.08 0.04 0.07 0.04 0.10 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
OP1 0.03 0.07 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.06 0.08 0.02 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.00 0.06 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.04 0.07 0.05 0.08 0.05 0.09 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02
P 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.04 0.08 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00
C2 0.04 0.00 0.07 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.08 0.02 0.03 0.15 0.16 0.13 0.14
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.02 0.07 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00
C4 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.05 0.05 0.04
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C5 0.03 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00
C5' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02
C6 0.04 0.03 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.08 0.04 0.03 0.03
C8 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.06 0.12 0.09 0.11
N1 0.05 0.01 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.00 0.12 0.11 0.08 0.10
N3 0.03 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.13 0.13 0.11 0.11
N6 0.04 0.04 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00
N7 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.06 0.03 0.10 0.07 0.09
N9 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.07 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.01 0.07 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00
O4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.08 0.00 0.03 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
O5' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.06 0.12 0.13 0.06 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.00 0.16 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.11 0.13 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.02 0.13 0.03 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.03 0.09 0.08 0.11 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.00 0.14 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.11 0.10 0.11 0.00 0.09 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00