ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52472

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N6 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C1' A 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C1' B 0, 0.000, 0.240, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.240 std_dev=0.240
C4 B 0, 0.000, 0.263, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.263 std_dev=0.263
N9 B 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
O4' B 0, 0.000, 0.349, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C5 B 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
C2' B 0, 0.000, 0.432, 0.863, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.432 std_dev=0.432
O4' A 0, 0.000, 0.579, 1.157, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.579 std_dev=0.579
C6 B 0, 0.000, 0.592, 1.184, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.592 std_dev=0.592
O2' A 0, 0.000, 0.617, 1.234, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.617 std_dev=0.617
C2' A 0, 0.000, 0.636, 1.272, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.636 std_dev=0.636
C4' B 0, 0.000, 0.651, 1.301, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.651 std_dev=0.651
O2' B 0, 0.000, 0.707, 1.414, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.707 std_dev=0.707
N3 B 0, 0.000, 0.728, 1.456, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.728 std_dev=0.728
C8 B 0, 0.000, 0.774, 1.548, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.774 std_dev=0.774
N6 B 0, 0.000, 0.801, 1.601, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.801 std_dev=0.801
N7 B 0, 0.000, 0.809, 1.618, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.809 std_dev=0.809
O5' B 0, 0.000, 0.843, 1.685, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.843 std_dev=0.843
N1 B 0, 0.000, 0.884, 1.767, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.884 std_dev=0.884
C4' A 0, 0.000, 0.884, 1.768, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.884 std_dev=0.884
O5' A 0, 0.000, 0.912, 1.824, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.912 std_dev=0.912
C3' A 0, 0.000, 0.990, 1.980, 1.980 max_d=1.980 avg_d=0.990 std_dev=0.990
C2 B 0, 0.000, 1.002, 2.003, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.002 std_dev=1.002
C3' B 0, 0.000, 1.028, 2.056, 2.056 max_d=2.056 avg_d=1.028 std_dev=1.028
C5' B 0, 0.000, 1.109, 2.219, 2.219 max_d=2.219 avg_d=1.109 std_dev=1.109
OP1 A 0, 0.000, 1.204, 2.409, 2.409 max_d=2.409 avg_d=1.204 std_dev=1.204
P B 0, 0.000, 1.241, 2.482, 2.482 max_d=2.482 avg_d=1.241 std_dev=1.241
OP2 B 0, 0.000, 1.306, 2.612, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.306 std_dev=1.306
P A 0, 0.000, 1.313, 2.625, 2.625 max_d=2.625 avg_d=1.313 std_dev=1.313
O3' A 0, 0.000, 1.389, 2.778, 2.778 max_d=2.778 avg_d=1.389 std_dev=1.389
OP2 A 0, 0.000, 1.550, 3.099, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.550 std_dev=1.550
C5' A 0, 0.000, 1.558, 3.116, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.558 std_dev=1.558
O3' B 0, 0.000, 1.698, 3.395, 3.395 max_d=3.395 avg_d=1.698 std_dev=1.698
OP1 B 0, 0.000, 2.508, 5.017, 5.017 max_d=5.017 avg_d=2.508 std_dev=2.508

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01
C2 0.05 0.00 0.35 0.35 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.46 0.07 0.07 0.10 0.06 0.07
C2' 0.00 0.35 0.00 0.01 0.19 0.00 0.12 0.02 0.20 0.11 0.30 0.34 0.17 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.19 0.25 0.20 0.18
C3' 0.01 0.35 0.01 0.00 0.20 0.00 0.15 0.01 0.22 0.07 0.31 0.32 0.20 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00 0.33 0.43 0.26 0.30
C4 0.02 0.01 0.19 0.20 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.11 0.24 0.04 0.09 0.08 0.10 0.07
C4' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.04 0.10 0.08 0.08 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.11 0.00
C5 0.02 0.00 0.12 0.15 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.19 0.01 0.13 0.08 0.18 0.12
C5' 0.03 0.10 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.13 0.14 0.12 0.09 0.14 0.14 0.10 0.01 0.03 0.02 0.00 0.36 0.24 0.00
C6 0.04 0.00 0.20 0.22 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.14 0.29 0.03 0.13 0.10 0.18 0.13
C8 0.01 0.01 0.11 0.07 0.00 0.04 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.08 0.07 0.13 0.02 0.21 0.09
N1 0.05 0.01 0.30 0.31 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.22 0.41 0.05 0.10 0.10 0.11 0.10
N3 0.04 0.01 0.34 0.32 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.40 0.07 0.05 0.08 0.03 0.04
N6 0.04 0.01 0.17 0.20 0.03 0.08 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.11 0.26 0.02 0.17 0.11 0.24 0.16
N7 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.16 0.05 0.25 0.13
N9 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.02 0.10 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.08 0.05 0.10 0.05
O2' 0.01 0.27 0.00 0.02 0.11 0.00 0.07 0.01 0.14 0.09 0.22 0.24 0.11 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.15 0.05 0.06
O3' 0.03 0.46 0.03 0.01 0.24 0.00 0.19 0.03 0.29 0.08 0.41 0.40 0.26 0.01 0.08 0.05 0.00 0.01 0.36 0.56 0.32 0.37
O4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.10
O5' 0.02 0.07 0.19 0.33 0.09 0.00 0.13 0.00 0.13 0.13 0.10 0.05 0.17 0.16 0.08 0.05 0.36 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.10 0.25 0.43 0.08 0.20 0.08 0.36 0.10 0.02 0.10 0.08 0.11 0.05 0.05 0.15 0.56 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.03 0.06 0.20 0.26 0.10 0.11 0.18 0.24 0.18 0.21 0.11 0.03 0.24 0.25 0.10 0.05 0.32 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.01 0.07 0.18 0.30 0.07 0.00 0.12 0.00 0.13 0.09 0.10 0.04 0.16 0.13 0.05 0.06 0.37 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.27 0.17 0.11 0.05 0.18 0.05 0.34 0.03 0.26 0.17 0.23 0.04 0.22 0.10 0.41 0.04 0.14 0.20 0.43 0.26 0.05
C2 0.14 0.53 0.21 0.30 0.10 0.34 0.08 0.67 0.08 0.45 0.37 0.43 0.05 0.40 0.15 0.31 0.07 0.21 0.14 1.23 0.60 0.54
C2' 0.41 0.01 0.47 0.31 0.23 0.40 0.30 0.49 0.22 0.49 0.09 0.06 0.27 0.44 0.37 0.75 0.08 0.42 0.02 0.58 0.28 0.18
C3' 0.43 0.05 0.56 0.39 0.20 0.48 0.26 0.55 0.16 0.48 0.03 0.02 0.20 0.41 0.36 0.85 0.14 0.45 0.12 0.54 0.34 0.26
C4 0.13 0.46 0.20 0.26 0.10 0.32 0.05 0.61 0.08 0.39 0.32 0.39 0.02 0.33 0.13 0.32 0.04 0.20 0.06 1.00 0.41 0.39
C4' 0.03 0.35 0.16 0.05 0.14 0.15 0.06 0.30 0.14 0.15 0.26 0.31 0.08 0.10 0.01 0.43 0.08 0.07 0.10 0.21 0.32 0.07
C5 0.15 0.52 0.21 0.33 0.11 0.37 0.06 0.69 0.10 0.45 0.37 0.43 0.02 0.38 0.15 0.28 0.07 0.23 0.20 1.25 0.36 0.53
C5' 0.19 0.58 0.03 0.03 0.37 0.06 0.28 0.25 0.36 0.04 0.49 0.55 0.30 0.10 0.20 0.25 0.13 0.12 0.04 0.06 0.30 0.07
C6 0.15 0.59 0.22 0.37 0.12 0.39 0.07 0.73 0.11 0.49 0.43 0.47 0.03 0.44 0.16 0.25 0.11 0.23 0.29 1.48 0.47 0.67
C8 0.14 0.37 0.19 0.24 0.09 0.31 0.03 0.52 0.07 0.33 0.25 0.33 0.00 0.26 0.11 0.32 0.01 0.21 0.00 0.73 0.08 0.20
N1 0.15 0.59 0.21 0.34 0.12 0.37 0.08 0.72 0.10 0.48 0.43 0.47 0.04 0.44 0.16 0.27 0.10 0.22 0.24 1.42 0.58 0.65
N3 0.13 0.48 0.19 0.24 0.10 0.30 0.06 0.60 0.08 0.39 0.33 0.39 0.04 0.34 0.13 0.33 0.03 0.19 0.04 1.01 0.53 0.40
N6 0.16 0.65 0.23 0.42 0.13 0.41 0.07 0.75 0.14 0.53 0.50 0.50 0.01 0.49 0.17 0.21 0.14 0.23 0.41 1.68 0.42 0.79
N7 0.16 0.48 0.21 0.33 0.11 0.37 0.04 0.64 0.10 0.42 0.34 0.40 0.00 0.34 0.15 0.27 0.06 0.24 0.20 1.12 0.13 0.43
N9 0.12 0.37 0.18 0.20 0.09 0.27 0.04 0.50 0.07 0.31 0.25 0.32 0.02 0.26 0.11 0.35 0.01 0.18 0.06 0.70 0.26 0.20
O2' 0.32 0.04 0.37 0.17 0.20 0.26 0.27 0.33 0.22 0.41 0.12 0.07 0.27 0.38 0.31 0.68 0.01 0.32 0.17 0.43 0.26 0.05
O3' 0.53 0.11 0.69 0.43 0.32 0.51 0.36 0.54 0.28 0.54 0.16 0.18 0.30 0.48 0.46 1.03 0.19 0.51 0.15 0.52 0.34 0.26
O4' 0.11 0.45 0.01 0.05 0.25 0.02 0.15 0.23 0.22 0.07 0.35 0.43 0.15 0.03 0.11 0.22 0.13 0.07 0.25 0.19 0.30 0.00
O5' 0.14 0.02 0.27 0.08 0.08 0.15 0.12 0.17 0.09 0.23 0.03 0.01 0.12 0.20 0.15 0.52 0.01 0.14 0.02 0.01 0.27 0.06
OP1 0.22 0.19 0.16 0.35 0.20 0.27 0.20 0.32 0.20 0.20 0.18 0.19 0.20 0.20 0.20 0.09 0.01 0.23 0.22 0.65 0.05 0.28
OP2 0.39 0.31 0.59 0.23 0.37 0.27 0.38 0.23 0.36 0.42 0.34 0.33 0.37 0.40 0.40 0.88 0.01 0.32 0.31 0.09 0.30 0.25
P 0.03 0.05 0.20 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.11 0.01 0.04 0.04 0.09 0.06 0.41 0.01 0.02 0.09 0.18 0.21 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.00 0.05 0.02 0.50 0.13
C2 0.03 0.00 0.12 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.38 0.06 0.03 0.32 0.97 0.18
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.18 0.01 0.14 0.08 0.14 0.03 0.11 0.02 0.00 0.06 0.02 0.07 0.38 0.42 0.20
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.09 0.14 0.07 0.02 0.10 0.14 0.08 0.02 0.01 0.01 0.27 0.18 0.09 0.10
C4 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.27 0.03 0.08 0.27 0.84 0.11
C4' 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.12 0.01 0.04 0.06 0.10 0.05 0.09 0.02 0.00 0.01 0.14 0.01 0.06
C5 0.00 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.19 0.19 0.01 0.19 0.41 0.85 0.01
C5' 0.05 0.04 0.18 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.11 0.02 0.05 0.08 0.11 0.02 0.09 0.13 0.01 0.01 0.23 0.24 0.03
C6 0.02 0.02 0.01 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.23 0.00 0.14 0.47 0.92 0.03
C8 0.01 0.00 0.14 0.14 0.00 0.12 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.04 0.07 0.37 0.27 0.58 0.10
N1 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.31 0.02 0.05 0.43 0.97 0.10
N3 0.03 0.00 0.14 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.38 0.07 0.04 0.24 0.89 0.19
N6 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.19 0.02 0.19 0.54 0.90 0.03
N7 0.01 0.01 0.11 0.14 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.06 0.05 0.34 0.43 0.71 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.19 0.01 0.16 0.17 0.67 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.06 0.09 0.19 0.09 0.15 0.32 0.02 0.13 0.23 0.32 0.13 0.00 0.06 0.09 0.10 0.41 0.42 0.20
O3' 0.29 0.38 0.06 0.01 0.27 0.02 0.19 0.13 0.23 0.04 0.31 0.38 0.19 0.06 0.19 0.06 0.00 0.21 0.27 0.11 0.23 0.17
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.05 0.01 0.09 0.21 0.00 0.11 0.03 0.40 0.17
O5' 0.05 0.03 0.07 0.27 0.08 0.01 0.19 0.01 0.14 0.37 0.05 0.04 0.19 0.34 0.16 0.10 0.27 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.32 0.38 0.18 0.27 0.14 0.41 0.23 0.47 0.27 0.43 0.24 0.54 0.43 0.17 0.41 0.11 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.50 0.97 0.42 0.09 0.84 0.01 0.85 0.24 0.92 0.58 0.97 0.89 0.90 0.71 0.67 0.42 0.23 0.40 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.18 0.20 0.10 0.11 0.06 0.01 0.03 0.03 0.10 0.10 0.19 0.03 0.12 0.07 0.20 0.17 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00