ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52480

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 14, 13, 15, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.028 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.018, 0.042, 0.066, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.042 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.031, 0.077, 0.122, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.077 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.029, 0.085, 0.141, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.085 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.051, 0.117, 0.184, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.117 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.058, 0.133, 0.208, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.133 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.071, 0.150, 0.229, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.150 std_dev=0.079
O3' A 0, 0.085, 0.191, 0.296, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.191 std_dev=0.106
C5' A 0, 0.124, 0.234, 0.344, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.234 std_dev=0.110
O5' A 0, 0.161, 0.281, 0.401, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.281 std_dev=0.120
OP2 B 0, 0.211, 0.332, 0.453, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.332 std_dev=0.121
P B 0, 0.280, 0.436, 0.592, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.436 std_dev=0.156
P A 0, 0.251, 0.409, 0.567, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.409 std_dev=0.158
C2' B 0, 0.202, 0.361, 0.521, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.361 std_dev=0.159
O2' B 0, 0.180, 0.349, 0.519, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.349 std_dev=0.170
C3' B 0, 0.247, 0.422, 0.597, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.422 std_dev=0.175
N1 B 0, 0.277, 0.454, 0.631, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.454 std_dev=0.177
C6 B 0, 0.260, 0.439, 0.617, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.439 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.250, 0.429, 0.608, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.429 std_dev=0.179
C2 B 0, 0.295, 0.473, 0.652, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.473 std_dev=0.179
N3 B 0, 0.287, 0.466, 0.645, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.466 std_dev=0.179
O5' B 0, 0.271, 0.451, 0.631, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.451 std_dev=0.180
C4 B 0, 0.260, 0.441, 0.622, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.441 std_dev=0.181
OP2 A 0, 0.281, 0.466, 0.650, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.466 std_dev=0.185
C1' B 0, 0.271, 0.457, 0.642, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.457 std_dev=0.185
O3' B 0, 0.278, 0.463, 0.649, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.463 std_dev=0.186
OP1 A 0, 0.271, 0.457, 0.643, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.457 std_dev=0.186
O2 B 0, 0.318, 0.508, 0.698, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.508 std_dev=0.190
OP1 B 0, 0.352, 0.545, 0.737, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.545 std_dev=0.193
O4 B 0, 0.252, 0.451, 0.650, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.451 std_dev=0.199
C4' B 0, 0.297, 0.499, 0.701, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.499 std_dev=0.202
O4' B 0, 0.317, 0.519, 0.722, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.519 std_dev=0.202
C5' B 0, 0.317, 0.537, 0.758, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.537 std_dev=0.221

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.09 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.09 0.09 0.14 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.10 0.12 0.17 0.13
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.10 0.13 0.17 0.13
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.10 0.11 0.14 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.09 0.13 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.09 0.11 0.16 0.12
N4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.10 0.14 0.18 0.14
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.03 0.08 0.09 0.13 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.05 0.06 0.00 0.03 0.04 0.06 0.09 0.08 0.07
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.04 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.06 0.09 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.06 0.06 0.08 0.06
O5' 0.06 0.09 0.04 0.04 0.10 0.02 0.10 0.01 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.06 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.09 0.06 0.07 0.12 0.05 0.13 0.05 0.11 0.09 0.11 0.14 0.09 0.09 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.14 0.07 0.07 0.17 0.03 0.17 0.01 0.14 0.13 0.16 0.18 0.13 0.08 0.08 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.05 0.05 0.13 0.02 0.13 0.01 0.11 0.09 0.12 0.14 0.09 0.07 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.09 0.08 0.12 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.08 0.16 0.10 0.09 0.11 0.08 0.08
C2 0.10 0.10 0.09 0.09 0.13 0.10 0.13 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.16 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09
C2' 0.09 0.10 0.09 0.08 0.13 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.11 0.08 0.17 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08
C3' 0.08 0.10 0.08 0.07 0.14 0.09 0.12 0.10 0.10 0.09 0.12 0.10 0.11 0.07 0.17 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08
C4 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.13 0.08 0.13 0.11 0.09 0.11 0.09 0.08
C4' 0.08 0.09 0.08 0.07 0.13 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.12 0.07 0.16 0.10 0.08 0.11 0.08 0.08
C5 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.14 0.09 0.13 0.11 0.09 0.11 0.08 0.09
C5' 0.08 0.09 0.08 0.06 0.13 0.07 0.12 0.08 0.10 0.09 0.12 0.09 0.12 0.06 0.17 0.09 0.07 0.11 0.07 0.07
C6 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.14 0.08 0.14 0.11 0.09 0.11 0.08 0.08
N1 0.09 0.09 0.09 0.08 0.12 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.12 0.08 0.15 0.10 0.09 0.11 0.08 0.08
N3 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09 0.14 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09
N4 0.10 0.11 0.10 0.08 0.12 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.15 0.08 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.09
O2 0.12 0.12 0.10 0.10 0.15 0.11 0.15 0.12 0.14 0.12 0.14 0.12 0.12 0.10 0.18 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10
O2' 0.11 0.12 0.10 0.10 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.12 0.13 0.10 0.16 0.12 0.09 0.11 0.09 0.08
O3' 0.09 0.11 0.08 0.07 0.15 0.09 0.12 0.10 0.10 0.10 0.14 0.11 0.10 0.07 0.18 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08
O4' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.12 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.13 0.08 0.15 0.10 0.09 0.12 0.09 0.09
O5' 0.09 0.11 0.10 0.07 0.16 0.08 0.14 0.09 0.12 0.10 0.14 0.11 0.14 0.07 0.19 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08
OP1 0.11 0.13 0.12 0.10 0.17 0.11 0.16 0.12 0.14 0.13 0.15 0.13 0.16 0.10 0.20 0.11 0.11 0.14 0.11 0.12
OP2 0.15 0.17 0.16 0.13 0.21 0.13 0.21 0.14 0.18 0.16 0.19 0.16 0.19 0.13 0.24 0.13 0.13 0.15 0.13 0.13
P 0.11 0.13 0.12 0.10 0.17 0.10 0.17 0.11 0.14 0.13 0.16 0.13 0.16 0.10 0.21 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.15 0.09 0.08
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.06 0.16 0.12 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.18 0.11 0.11
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.14 0.06 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.09 0.17 0.16 0.13
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.03 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.09 0.17 0.17 0.13
C5' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.08 0.17 0.14 0.12
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.16 0.12 0.10
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.07 0.17 0.14 0.11
O2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.07 0.01 0.05 0.05 0.16 0.11 0.10
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.09 0.00 0.04 0.05 0.01 0.06 0.21 0.15 0.14
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.13 0.06 0.06
O4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.09 0.18 0.18 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.11 0.07 0.06
O5' 0.04 0.06 0.05 0.04 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.16 0.18 0.14 0.17 0.10 0.17 0.04 0.17 0.16 0.17 0.16 0.21 0.13 0.18 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.12 0.11 0.06 0.16 0.03 0.17 0.02 0.14 0.12 0.14 0.11 0.15 0.06 0.18 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.10 0.11 0.07 0.13 0.04 0.13 0.01 0.12 0.10 0.11 0.10 0.14 0.06 0.14 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00