ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52481

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 8, 5, 10, 6, 2, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.010, 0.032, 0.055, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.032 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.041, 0.102, 0.162, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.102 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.027, 0.104, 0.180, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.104 std_dev=0.077
C4' A 0, 0.054, 0.168, 0.282, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.168 std_dev=0.114
C3' A 0, 0.069, 0.188, 0.308, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.188 std_dev=0.119
O2' A 0, 0.091, 0.222, 0.353, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.222 std_dev=0.131
O3' A 0, 0.120, 0.305, 0.489, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.305 std_dev=0.184
OP2 B 0, 0.170, 0.356, 0.542, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.356 std_dev=0.186
O5' A 0, 0.117, 0.313, 0.509, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.313 std_dev=0.196
O2 B 0, 0.207, 0.414, 0.621, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.414 std_dev=0.207
C5' A 0, 0.077, 0.289, 0.501, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.289 std_dev=0.212
P B 0, 0.163, 0.376, 0.590, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.376 std_dev=0.214
P A 0, 0.199, 0.417, 0.635, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.417 std_dev=0.218
C3' B 0, 0.215, 0.462, 0.708, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.462 std_dev=0.247
C2 B 0, 0.214, 0.464, 0.715, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.464 std_dev=0.250
O5' B 0, 0.140, 0.391, 0.642, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.391 std_dev=0.251
O3' B 0, 0.230, 0.483, 0.736, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.483 std_dev=0.253
OP1 B 0, 0.237, 0.502, 0.767, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.502 std_dev=0.265
N3 B 0, 0.229, 0.495, 0.761, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.495 std_dev=0.266
C2' B 0, 0.249, 0.516, 0.783, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.516 std_dev=0.267
OP2 A 0, 0.122, 0.392, 0.663, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.392 std_dev=0.271
C4' B 0, 0.217, 0.497, 0.777, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.497 std_dev=0.280
O4' B 0, 0.272, 0.565, 0.857, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.565 std_dev=0.292
N1 B 0, 0.263, 0.557, 0.850, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.557 std_dev=0.293
C1' B 0, 0.277, 0.574, 0.870, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.574 std_dev=0.296
C5' B 0, 0.112, 0.416, 0.719, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.416 std_dev=0.303
OP1 A 0, 0.253, 0.557, 0.860, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.557 std_dev=0.303
O2' B 0, 0.333, 0.651, 0.969, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.651 std_dev=0.318
C4 B 0, 0.260, 0.582, 0.903, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.582 std_dev=0.322
C6 B 0, 0.342, 0.678, 1.014, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.678 std_dev=0.336
O4 B 0, 0.276, 0.621, 0.965, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.621 std_dev=0.345
C5 B 0, 0.324, 0.677, 1.030, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.677 std_dev=0.353

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.12 0.14 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.19 0.07 0.14 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.14 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.14 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.20 0.08 0.17 0.06
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.04 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.14 0.16 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.21 0.09 0.20 0.08
C5' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.14 0.00 0.16 0.00 0.14 0.08 0.10 0.15 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.18 0.18 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.22 0.08 0.19 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.08 0.16 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.20 0.06 0.15 0.05
N4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.19 0.12 0.17 0.08
O2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.18 0.10 0.14 0.08
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.03 0.05 0.03 0.11 0.14 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.04 0.07 0.08 0.03 0.00 0.02 0.14 0.10 0.13 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.15 0.16 0.14 0.07
O5' 0.15 0.19 0.06 0.03 0.20 0.01 0.21 0.01 0.22 0.19 0.20 0.19 0.18 0.03 0.14 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.12 0.07 0.10 0.11 0.08 0.14 0.09 0.18 0.08 0.08 0.06 0.12 0.10 0.11 0.10 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.14 0.14 0.14 0.17 0.16 0.20 0.18 0.19 0.16 0.15 0.17 0.14 0.14 0.13 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.08 0.01 0.07 0.05 0.05 0.08 0.08 0.04 0.07 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.05 0.08 0.08 0.13 0.08 0.26 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.13 0.09 0.05 0.08 0.05
C2 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.14 0.06 0.27 0.05 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.14 0.08 0.07 0.09 0.05
C2' 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.10 0.06 0.22 0.05 0.04 0.06 0.05 0.12 0.03 0.08 0.10 0.10 0.05 0.09 0.05
C3' 0.05 0.05 0.09 0.04 0.06 0.06 0.05 0.16 0.05 0.05 0.06 0.06 0.14 0.04 0.07 0.06 0.13 0.08 0.10 0.08
C4 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.12 0.06 0.24 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.13 0.09 0.07 0.09 0.06
C4' 0.06 0.06 0.10 0.04 0.06 0.05 0.06 0.15 0.06 0.06 0.06 0.08 0.15 0.03 0.08 0.06 0.16 0.10 0.11 0.09
C5 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.13 0.07 0.26 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.14 0.10 0.05 0.09 0.05
C5' 0.10 0.12 0.12 0.06 0.11 0.05 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.14 0.14 0.04 0.12 0.08 0.22 0.18 0.17 0.16
C6 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.14 0.06 0.27 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.14 0.09 0.05 0.08 0.05
N1 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.14 0.06 0.27 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.14 0.09 0.05 0.08 0.05
N3 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.13 0.06 0.25 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.14 0.08 0.08 0.09 0.06
N4 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.11 0.08 0.21 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.12 0.10 0.09 0.11 0.07
O2 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.15 0.06 0.27 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.14 0.08 0.07 0.09 0.06
O2' 0.06 0.06 0.09 0.05 0.08 0.08 0.07 0.20 0.06 0.05 0.07 0.07 0.16 0.04 0.09 0.09 0.11 0.05 0.09 0.05
O3' 0.09 0.07 0.13 0.06 0.07 0.05 0.07 0.13 0.07 0.07 0.07 0.08 0.19 0.07 0.08 0.06 0.14 0.10 0.11 0.09
O4' 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.13 0.07 0.25 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07 0.08 0.12 0.10 0.05 0.09 0.05
O5' 0.08 0.15 0.04 0.11 0.15 0.15 0.13 0.28 0.11 0.12 0.16 0.16 0.11 0.01 0.15 0.15 0.07 0.11 0.16 0.14
OP1 0.04 0.06 0.06 0.03 0.07 0.03 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.07 0.09 0.02 0.08 0.02 0.13 0.19 0.20 0.15
OP2 0.08 0.15 0.10 0.08 0.16 0.07 0.13 0.15 0.11 0.11 0.17 0.16 0.06 0.01 0.17 0.06 0.11 0.11 0.12 0.11
P 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.11 0.02 0.02 0.04 0.05 0.06 0.00 0.05 0.04 0.08 0.09 0.10 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.05 0.15 0.10 0.08 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.11 0.10 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.13 0.11 0.09
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.03 0.16 0.13 0.10 0.10
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.09 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.15 0.15 0.10 0.11
C5' 0.01 0.12 0.02 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.04 0.05 0.12 0.17 0.04 0.04 0.10 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.13 0.15 0.09 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.13 0.11 0.08 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.17 0.11 0.09 0.09
O2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.08 0.16 0.10 0.09 0.08
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.08 0.00 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.09 0.06
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.10 0.09 0.06
O4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.04 0.17 0.13 0.10 0.11
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.08 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.07 0.05
O5' 0.07 0.15 0.11 0.12 0.16 0.01 0.15 0.01 0.13 0.13 0.17 0.16 0.06 0.07 0.17 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.11 0.13 0.13 0.07 0.15 0.12 0.15 0.11 0.11 0.10 0.07 0.10 0.13 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.08 0.10 0.11 0.10 0.05 0.10 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.07 0.09 0.10 0.02 0.11 0.01 0.10 0.07 0.09 0.08 0.06 0.06 0.11 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00