ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52485

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 6, 3, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.010, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.008, 0.012, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.012 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.017, 0.025, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C2' A 0, 0.071, 0.148, 0.224, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.148 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.120, 0.201, 0.283, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.201 std_dev=0.081
O4' A 0, 0.041, 0.123, 0.206, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.123 std_dev=0.082
O5' A 0, 0.095, 0.211, 0.327, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.211 std_dev=0.116
C4' A 0, 0.068, 0.187, 0.307, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.187 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.089, 0.214, 0.340, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.214 std_dev=0.126
O3' A 0, 0.136, 0.326, 0.517, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.326 std_dev=0.190
P A 0, 0.120, 0.311, 0.503, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.311 std_dev=0.192
C5' A 0, 0.110, 0.302, 0.494, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.302 std_dev=0.192
P B 0, 0.116, 0.315, 0.514, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.315 std_dev=0.199
O4' B 0, 0.145, 0.346, 0.547, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.346 std_dev=0.201
OP2 A 0, 0.119, 0.327, 0.534, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.327 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.266, 0.475, 0.684, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.475 std_dev=0.209
C2' B 0, 0.122, 0.340, 0.559, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.340 std_dev=0.219
O5' B 0, 0.398, 0.622, 0.846, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.622 std_dev=0.224
C1' B 0, 0.157, 0.385, 0.613, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.385 std_dev=0.228
C5 B 0, 0.290, 0.527, 0.764, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.527 std_dev=0.237
O2' B 0, 0.188, 0.426, 0.663, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.426 std_dev=0.237
N1 B 0, 0.213, 0.451, 0.689, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.451 std_dev=0.238
OP1 A 0, 0.191, 0.433, 0.674, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.433 std_dev=0.241
C3' B 0, 0.256, 0.511, 0.765, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.511 std_dev=0.255
OP1 B 0, 0.038, 0.307, 0.576, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.307 std_dev=0.269
C4' B 0, 0.134, 0.405, 0.676, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.405 std_dev=0.271
C4 B 0, 0.267, 0.559, 0.851, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.559 std_dev=0.292
C2 B 0, 0.191, 0.499, 0.807, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.499 std_dev=0.308
OP2 B 0, 0.021, 0.345, 0.668, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.345 std_dev=0.324
N3 B 0, 0.217, 0.542, 0.867, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.542 std_dev=0.325
O4 B 0, 0.306, 0.637, 0.968, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.637 std_dev=0.331
C5' B 0, 0.175, 0.518, 0.862, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.518 std_dev=0.343
O3' B 0, 0.786, 1.135, 1.484, 1.494 max_d=1.494 avg_d=1.135 std_dev=0.349
O2 B 0, 0.148, 0.515, 0.881, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.515 std_dev=0.367

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.09 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.08 0.10 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.04 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05 0.05 0.07 0.06
N4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.09 0.11 0.09
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.06 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.07 0.08 0.10 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.05 0.03
O5' 0.02 0.04 0.04 0.05 0.07 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.05 0.08 0.03 0.03 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.04 0.05 0.05 0.08 0.05 0.08 0.06 0.06 0.04 0.05 0.09 0.03 0.06 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.05 0.05 0.06 0.09 0.05 0.10 0.04 0.07 0.05 0.07 0.11 0.04 0.05 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.02 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.06 0.09 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.13 0.10 0.08 0.08 0.10 0.11 0.14 0.08 0.08 0.10 0.13 0.21 0.14
C2 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.09 0.13 0.13 0.12 0.11 0.12 0.12 0.14 0.17 0.12 0.10 0.11 0.11 0.26 0.14
C2' 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.16 0.11 0.09 0.08 0.09 0.11 0.17 0.09 0.10 0.09 0.14 0.24 0.15
C3' 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.13 0.19 0.13 0.11 0.09 0.09 0.12 0.19 0.10 0.11 0.08 0.19 0.23 0.17
C4 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.14 0.19 0.12 0.11 0.11 0.11 0.26 0.14
C4' 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.14 0.11 0.10 0.09 0.10 0.12 0.15 0.09 0.09 0.09 0.17 0.18 0.15
C5 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.14 0.11 0.09 0.08 0.07 0.11 0.17 0.08 0.09 0.10 0.14 0.21 0.14
C5' 0.12 0.12 0.13 0.10 0.11 0.09 0.12 0.13 0.12 0.12 0.11 0.12 0.15 0.16 0.11 0.11 0.09 0.19 0.14 0.13
C6 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.14 0.10 0.08 0.07 0.08 0.10 0.15 0.08 0.09 0.10 0.14 0.20 0.14
N1 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.13 0.11 0.09 0.08 0.10 0.11 0.15 0.09 0.09 0.10 0.12 0.22 0.14
N3 0.11 0.13 0.11 0.12 0.14 0.10 0.15 0.13 0.14 0.12 0.13 0.12 0.15 0.19 0.14 0.11 0.12 0.11 0.28 0.14
N4 0.12 0.14 0.13 0.14 0.15 0.12 0.16 0.14 0.15 0.14 0.14 0.13 0.16 0.21 0.15 0.13 0.13 0.11 0.28 0.14
O2 0.10 0.13 0.11 0.11 0.13 0.09 0.14 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.15 0.17 0.14 0.10 0.12 0.11 0.28 0.14
O2' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.15 0.11 0.09 0.08 0.10 0.12 0.16 0.08 0.09 0.10 0.13 0.23 0.15
O3' 0.13 0.11 0.13 0.13 0.12 0.14 0.14 0.21 0.14 0.13 0.11 0.10 0.14 0.22 0.11 0.14 0.08 0.22 0.25 0.19
O4' 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.13 0.10 0.08 0.08 0.10 0.10 0.12 0.08 0.08 0.10 0.15 0.18 0.14
O5' 0.11 0.11 0.12 0.10 0.13 0.09 0.14 0.15 0.13 0.12 0.12 0.10 0.13 0.16 0.13 0.10 0.07 0.20 0.16 0.14
OP1 0.13 0.12 0.14 0.10 0.11 0.10 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.16 0.16 0.11 0.13 0.11 0.23 0.08 0.12
OP2 0.16 0.14 0.16 0.13 0.14 0.11 0.14 0.13 0.15 0.15 0.14 0.13 0.19 0.21 0.14 0.14 0.13 0.23 0.08 0.12
P 0.12 0.11 0.13 0.09 0.11 0.08 0.11 0.13 0.12 0.12 0.11 0.10 0.15 0.15 0.11 0.10 0.09 0.22 0.09 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.09 0.02 0.00 0.17 0.16 0.27 0.04
C2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.14 0.01 0.03 0.20 0.09 0.31 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.04 0.01 0.15 0.14 0.28 0.06
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.22 0.20 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.10 0.00 0.01 0.24 0.09 0.32 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.21 0.21 0.03
C5 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.08 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.01 0.03 0.24 0.10 0.31 0.12
C5' 0.07 0.15 0.08 0.02 0.22 0.01 0.24 0.00 0.22 0.16 0.18 0.11 0.07 0.05 0.23 0.01 0.01 0.21 0.22 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.23 0.09 0.31 0.09
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.01 0.21 0.10 0.30 0.06
N3 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.12 0.01 0.03 0.22 0.08 0.32 0.09
O2 0.05 0.00 0.05 0.08 0.02 0.06 0.02 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.19 0.03 0.07 0.17 0.10 0.32 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.03 0.07 0.08 0.00 0.07 0.08 0.01 0.14 0.15 0.29 0.08
O3' 0.09 0.14 0.04 0.01 0.10 0.01 0.06 0.05 0.06 0.09 0.12 0.19 0.07 0.00 0.10 0.09 0.06 0.32 0.16 0.12
O4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.10 0.00 0.02 0.24 0.11 0.32 0.13
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.01 0.09 0.02 0.00 0.16 0.22 0.21 0.09
O5' 0.17 0.20 0.15 0.08 0.24 0.01 0.24 0.01 0.23 0.21 0.22 0.17 0.14 0.06 0.24 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.16 0.09 0.14 0.22 0.09 0.21 0.10 0.21 0.09 0.10 0.08 0.10 0.15 0.32 0.11 0.22 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.31 0.28 0.20 0.32 0.21 0.31 0.22 0.31 0.30 0.32 0.32 0.29 0.16 0.32 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.06 0.07 0.11 0.03 0.12 0.02 0.09 0.06 0.09 0.05 0.08 0.12 0.13 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00