ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52488

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 4, 1, 1, 2, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, -0.002, 0.017, 0.037, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.017 std_dev=0.020
C1' A 0, -0.002, 0.024, 0.050, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.024 std_dev=0.026
C2 A 0, -0.003, 0.023, 0.049, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.023 std_dev=0.026
C6 A 0, -0.003, 0.023, 0.050, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.023 std_dev=0.027
C4 A 0, -0.004, 0.023, 0.050, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.023 std_dev=0.027
O2 A 0, -0.005, 0.062, 0.130, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.062 std_dev=0.068
N4 A 0, -0.014, 0.071, 0.157, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.071 std_dev=0.086
O4' A 0, 0.035, 0.211, 0.387, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.211 std_dev=0.176
P B 0, 0.243, 0.453, 0.664, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.453 std_dev=0.210
C4' A 0, 0.072, 0.339, 0.606, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.339 std_dev=0.267
C2' A 0, -0.015, 0.255, 0.525, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.255 std_dev=0.270
C3' A 0, 0.070, 0.369, 0.668, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.369 std_dev=0.299
OP2 B 0, 0.211, 0.534, 0.857, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.534 std_dev=0.323
C3' B 0, 0.368, 0.696, 1.025, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.696 std_dev=0.328
C4' B 0, 0.410, 0.754, 1.097, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.754 std_dev=0.343
O3' A 0, 0.135, 0.542, 0.949, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.542 std_dev=0.407
O5' B 0, 0.507, 0.916, 1.325, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.916 std_dev=0.409
O4' B 0, 0.427, 0.851, 1.275, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.851 std_dev=0.424
C5' A 0, 0.110, 0.550, 0.990, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.550 std_dev=0.440
O2' A 0, -0.115, 0.331, 0.777, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.331 std_dev=0.446
O5' A 0, 0.201, 0.649, 1.097, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.649 std_dev=0.448
OP1 B 0, 0.419, 0.869, 1.320, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.869 std_dev=0.451
O3' B 0, 0.327, 0.839, 1.351, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.839 std_dev=0.512
C6 B 0, 0.327, 0.905, 1.483, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.905 std_dev=0.578
C1' B 0, 0.223, 0.802, 1.380, 2.033 max_d=2.033 avg_d=0.802 std_dev=0.578
C2' B 0, 0.291, 0.873, 1.455, 2.156 max_d=2.156 avg_d=0.873 std_dev=0.582
C5' B 0, 0.603, 1.199, 1.795, 1.954 max_d=1.954 avg_d=1.199 std_dev=0.596
N1 B 0, 0.285, 0.910, 1.535, 2.078 max_d=2.078 avg_d=0.910 std_dev=0.625
C5 B 0, 0.363, 1.023, 1.683, 2.197 max_d=2.197 avg_d=1.023 std_dev=0.660
P A 0, 0.105, 0.847, 1.589, 2.629 max_d=2.629 avg_d=0.847 std_dev=0.742
C2 B 0, 0.381, 1.149, 1.917, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.149 std_dev=0.768
O2' B 0, 0.544, 1.334, 2.124, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.334 std_dev=0.790
C4 B 0, 0.333, 1.156, 1.979, 2.641 max_d=2.641 avg_d=1.156 std_dev=0.823
N3 B 0, 0.390, 1.247, 2.103, 2.746 max_d=2.746 avg_d=1.247 std_dev=0.856
O2 B 0, 0.425, 1.301, 2.177, 2.695 max_d=2.695 avg_d=1.301 std_dev=0.876
O4 B 0, 0.361, 1.296, 2.230, 3.186 max_d=3.186 avg_d=1.296 std_dev=0.934
OP2 A 0, -0.059, 1.168, 2.394, 4.239 max_d=4.239 avg_d=1.168 std_dev=1.226
OP1 A 0, 0.058, 1.507, 2.956, 4.710 max_d=4.710 avg_d=1.507 std_dev=1.449

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.10 0.19 0.26 0.09
C2 0.02 0.00 0.08 0.16 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.12 0.03 0.11 0.27 0.50 0.11
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.10 0.02 0.14 0.08 0.13 0.04 0.07 0.12 0.19 0.00 0.02 0.01 0.20 0.26 0.40 0.23
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.11 0.00 0.12 0.02 0.12 0.09 0.15 0.12 0.22 0.03 0.01 0.02 0.11 0.27 0.29 0.10
C4 0.03 0.02 0.10 0.11 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.22 0.13 0.03 0.15 0.44 0.65 0.12
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.06 0.07 0.09 0.15 0.03 0.00 0.02 0.14 0.23 0.03
C5 0.02 0.02 0.14 0.12 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.19 0.15 0.04 0.18 0.51 0.55 0.13
C5' 0.04 0.09 0.08 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.14 0.08 0.11 0.16 0.10 0.09 0.11 0.01 0.01 0.17 0.29 0.01
C6 0.02 0.02 0.13 0.12 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.14 0.13 0.04 0.18 0.44 0.39 0.13
N1 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.10 0.06 0.01 0.11 0.30 0.37 0.09
N3 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.14 0.02 0.12 0.35 0.62 0.12
N4 0.03 0.02 0.12 0.12 0.01 0.07 0.03 0.16 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.26 0.14 0.04 0.16 0.48 0.75 0.16
O2 0.05 0.01 0.19 0.22 0.02 0.09 0.02 0.10 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.15 0.20 0.06 0.13 0.20 0.50 0.15
O2' 0.02 0.15 0.00 0.03 0.22 0.15 0.19 0.09 0.14 0.10 0.20 0.26 0.15 0.00 0.08 0.10 0.14 0.23 0.36 0.17
O3' 0.08 0.12 0.02 0.01 0.13 0.03 0.15 0.11 0.13 0.06 0.14 0.14 0.20 0.08 0.00 0.05 0.19 0.44 0.35 0.14
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.06 0.10 0.05 0.00 0.13 0.22 0.17 0.11
O5' 0.10 0.11 0.20 0.11 0.15 0.02 0.18 0.01 0.18 0.11 0.12 0.16 0.13 0.14 0.19 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.27 0.26 0.27 0.44 0.14 0.51 0.17 0.44 0.30 0.35 0.48 0.20 0.23 0.44 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.50 0.40 0.29 0.65 0.23 0.55 0.29 0.39 0.37 0.62 0.75 0.50 0.36 0.35 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.11 0.23 0.10 0.12 0.03 0.13 0.01 0.13 0.09 0.12 0.16 0.15 0.17 0.14 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 0.79 0.72 0.38 0.61 0.36 0.48 0.62 0.47 0.61 0.76 0.97 1.02 0.32 0.62 0.38 0.14 0.36 0.28 0.20
C2 0.60 0.74 0.76 0.36 0.58 0.36 0.49 0.65 0.48 0.58 0.72 0.89 1.02 0.45 0.60 0.37 0.16 0.32 0.29 0.18
C2' 0.39 0.53 0.48 0.26 0.34 0.34 0.25 0.62 0.24 0.35 0.50 0.71 0.76 0.35 0.37 0.23 0.21 0.48 0.38 0.34
C3' 0.28 0.45 0.35 0.17 0.33 0.28 0.27 0.56 0.22 0.28 0.43 0.62 0.60 0.29 0.36 0.14 0.22 0.37 0.26 0.24
C4 0.54 0.64 0.75 0.31 0.52 0.34 0.47 0.64 0.46 0.53 0.62 0.75 0.94 0.48 0.54 0.36 0.16 0.35 0.27 0.17
C4' 0.47 0.60 0.47 0.32 0.40 0.30 0.29 0.52 0.29 0.42 0.55 0.79 0.75 0.19 0.42 0.29 0.14 0.35 0.28 0.21
C5 0.58 0.65 0.76 0.32 0.50 0.38 0.44 0.69 0.45 0.54 0.61 0.77 0.97 0.45 0.51 0.39 0.16 0.35 0.26 0.19
C5' 0.41 0.47 0.33 0.33 0.28 0.32 0.19 0.46 0.20 0.32 0.42 0.66 0.60 0.23 0.29 0.31 0.15 0.38 0.35 0.24
C6 0.62 0.72 0.76 0.36 0.53 0.39 0.44 0.67 0.45 0.57 0.67 0.86 1.03 0.40 0.53 0.41 0.15 0.35 0.26 0.20
N1 0.62 0.75 0.75 0.37 0.57 0.37 0.47 0.65 0.47 0.59 0.72 0.91 1.03 0.40 0.59 0.39 0.15 0.34 0.27 0.19
N3 0.56 0.68 0.75 0.33 0.56 0.34 0.48 0.63 0.47 0.55 0.67 0.81 0.98 0.49 0.58 0.35 0.17 0.33 0.29 0.17
N4 0.49 0.58 0.71 0.30 0.51 0.32 0.48 0.57 0.45 0.49 0.57 0.66 0.87 0.50 0.54 0.34 0.17 0.37 0.27 0.17
O2 0.61 0.77 0.77 0.38 0.61 0.36 0.51 0.64 0.49 0.60 0.75 0.94 1.03 0.44 0.64 0.37 0.17 0.31 0.30 0.17
O2' 0.41 0.60 0.48 0.26 0.43 0.35 0.31 0.65 0.28 0.40 0.59 0.80 0.76 0.29 0.47 0.24 0.25 0.59 0.45 0.42
O3' 0.24 0.45 0.29 0.20 0.37 0.35 0.33 0.60 0.28 0.29 0.44 0.60 0.52 0.33 0.40 0.21 0.34 0.40 0.26 0.29
O4' 0.70 0.84 0.74 0.46 0.62 0.42 0.49 0.61 0.50 0.66 0.79 1.03 1.07 0.30 0.63 0.48 0.20 0.32 0.25 0.18
O5' 0.37 0.49 0.36 0.27 0.35 0.27 0.24 0.44 0.19 0.33 0.46 0.64 0.63 0.02 0.38 0.23 0.14 0.37 0.36 0.25
OP1 0.70 0.99 0.79 0.37 1.15 0.32 1.07 0.22 0.93 0.89 1.11 0.94 0.89 0.05 1.22 0.50 0.45 0.51 0.66 0.49
OP2 0.26 0.41 0.40 0.31 0.45 0.65 0.46 0.91 0.43 0.35 0.46 0.49 0.74 0.02 0.48 0.49 0.72 0.91 0.72 0.76
P 0.18 0.39 0.31 0.02 0.47 0.25 0.41 0.33 0.33 0.29 0.45 0.42 0.49 0.01 0.51 0.16 0.11 0.44 0.29 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.23 0.03 0.01 0.23 0.25 0.30 0.18
C2 0.03 0.00 0.11 0.15 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.21 0.01 0.08 0.30 0.23 0.37 0.27
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.03 0.12 0.16 0.15 0.03 0.08 0.22 0.01 0.08 0.06 0.03 0.47 0.58 0.44 0.45
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.28 0.01 0.31 0.05 0.28 0.17 0.21 0.14 0.03 0.01 0.30 0.02 0.36 0.58 0.28 0.38
C4 0.03 0.01 0.06 0.28 0.00 0.12 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.26 0.01 0.06 0.40 0.40 0.62 0.47
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.14 0.06 0.07 0.07 0.22 0.05 0.12 0.00 0.03 0.22 0.26 0.05
C5 0.02 0.01 0.12 0.31 0.01 0.15 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01 0.27 0.31 0.01 0.10 0.42 0.46 0.69 0.52
C5' 0.10 0.12 0.16 0.05 0.18 0.01 0.21 0.00 0.19 0.13 0.14 0.11 0.11 0.17 0.19 0.02 0.01 0.18 0.37 0.01
C6 0.02 0.02 0.15 0.28 0.01 0.14 0.00 0.19 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.26 0.02 0.11 0.39 0.35 0.57 0.42
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.17 0.02 0.02 0.30 0.23 0.40 0.28
N3 0.03 0.01 0.08 0.21 0.01 0.07 0.02 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01 0.25 0.21 0.01 0.06 0.35 0.29 0.48 0.36
O2 0.04 0.01 0.22 0.14 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.33 0.31 0.01 0.13 0.27 0.24 0.30 0.21
O2' 0.03 0.24 0.01 0.03 0.26 0.22 0.27 0.11 0.24 0.15 0.25 0.33 0.00 0.13 0.28 0.13 0.45 0.64 0.50 0.47
O3' 0.23 0.21 0.08 0.01 0.26 0.05 0.31 0.17 0.26 0.17 0.21 0.31 0.13 0.00 0.28 0.16 0.40 0.81 0.48 0.55
O4 0.03 0.01 0.06 0.30 0.01 0.12 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.01 0.28 0.28 0.00 0.06 0.42 0.46 0.67 0.52
O4' 0.01 0.08 0.03 0.02 0.06 0.00 0.10 0.02 0.11 0.02 0.06 0.13 0.13 0.16 0.06 0.00 0.12 0.09 0.38 0.17
O5' 0.23 0.30 0.47 0.36 0.40 0.03 0.42 0.01 0.39 0.30 0.35 0.27 0.45 0.40 0.42 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.23 0.58 0.58 0.40 0.22 0.46 0.18 0.35 0.23 0.29 0.24 0.64 0.81 0.46 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.37 0.44 0.28 0.62 0.26 0.69 0.37 0.57 0.40 0.48 0.30 0.50 0.48 0.67 0.38 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.27 0.45 0.38 0.47 0.05 0.52 0.01 0.42 0.28 0.36 0.21 0.47 0.55 0.52 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00