ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52489

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.033 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.014, 0.042, 0.070, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.042 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.067, 0.147, 0.226, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.147 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.063, 0.154, 0.245, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.154 std_dev=0.091
C3' A 0, 0.080, 0.185, 0.291, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.185 std_dev=0.106
OP1 B 0, 0.125, 0.234, 0.344, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.234 std_dev=0.109
O2' A 0, 0.094, 0.272, 0.451, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.272 std_dev=0.178
O3' A 0, 0.081, 0.267, 0.452, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.267 std_dev=0.186
C4' A 0, -0.015, 0.182, 0.379, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.182 std_dev=0.197
OP2 B 0, 0.187, 0.485, 0.782, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.485 std_dev=0.298
P B 0, 0.058, 0.368, 0.678, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.368 std_dev=0.310
C5' A 0, -0.015, 0.319, 0.652, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.319 std_dev=0.334
O5' B 0, -0.348, 0.472, 1.292, 3.282 max_d=3.282 avg_d=0.472 std_dev=0.820
O5' A 0, -0.433, 0.514, 1.461, 3.774 max_d=3.774 avg_d=0.514 std_dev=0.947
C5' B 0, -0.746, 0.626, 1.999, 5.355 max_d=5.355 avg_d=0.626 std_dev=1.373
P A 0, -0.851, 0.769, 2.389, 6.365 max_d=6.365 avg_d=0.769 std_dev=1.620
OP1 A 0, -0.934, 0.834, 2.602, 6.938 max_d=6.938 avg_d=0.834 std_dev=1.768
C3' B 0, -1.049, 0.719, 2.487, 6.827 max_d=6.827 avg_d=0.719 std_dev=1.768
O3' B 0, -1.095, 0.720, 2.535, 6.998 max_d=6.998 avg_d=0.720 std_dev=1.815
C4' B 0, -1.103, 0.798, 2.698, 7.360 max_d=7.360 avg_d=0.798 std_dev=1.900
OP2 A 0, -1.249, 0.922, 3.094, 8.432 max_d=8.432 avg_d=0.922 std_dev=2.171
O4' B 0, -1.338, 1.061, 3.459, 9.343 max_d=9.343 avg_d=1.061 std_dev=2.399
C2' B 0, -1.394, 1.005, 3.405, 9.293 max_d=9.293 avg_d=1.005 std_dev=2.399
C6 B 0, -1.580, 1.163, 3.906, 10.632 max_d=10.632 avg_d=1.163 std_dev=2.743
C1' B 0, -1.576, 1.174, 3.923, 10.672 max_d=10.672 avg_d=1.174 std_dev=2.750
O2' B 0, -1.542, 1.216, 3.975, 10.745 max_d=10.745 avg_d=1.216 std_dev=2.758
N1 B 0, -1.721, 1.213, 4.146, 11.345 max_d=11.345 avg_d=1.213 std_dev=2.933
C5 B 0, -1.792, 1.258, 4.308, 11.789 max_d=11.789 avg_d=1.258 std_dev=3.050
C2 B 0, -2.060, 1.354, 4.768, 13.151 max_d=13.151 avg_d=1.354 std_dev=3.414
O2 B 0, -2.127, 1.461, 5.049, 13.862 max_d=13.862 avg_d=1.461 std_dev=3.588
C4 B 0, -2.234, 1.399, 5.032, 13.948 max_d=13.948 avg_d=1.399 std_dev=3.633
N3 B 0, -2.328, 1.418, 5.164, 14.362 max_d=14.362 avg_d=1.418 std_dev=3.746
O4 B 0, -2.512, 1.542, 5.596, 15.547 max_d=15.547 avg_d=1.542 std_dev=4.054

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.23 0.18 0.06 0.16
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.37 0.29 0.42 0.42
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.04 0.04 0.08 0.00 0.02 0.01 0.37 0.42 0.24 0.32
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.24 0.35 0.15 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.04 0.48 0.44 0.81 0.68
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.03 0.03 0.07 0.06 0.01 0.02 0.00 0.02 0.09 0.42 0.13
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.04 0.06 0.48 0.46 0.83 0.70
C5' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.15 0.00 0.17 0.00 0.14 0.07 0.11 0.17 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.24 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04 0.07 0.43 0.38 0.61 0.56
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.36 0.28 0.37 0.39
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.09 0.02 0.43 0.37 0.63 0.56
N4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.09 0.06 0.04 0.50 0.48 0.94 0.75
O2 0.03 0.01 0.08 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.12 0.15 0.06 0.30 0.21 0.22 0.28
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.09 0.04 0.06 0.09 0.12 0.00 0.04 0.01 0.37 0.45 0.27 0.33
O3' 0.06 0.10 0.02 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.09 0.06 0.15 0.04 0.00 0.03 0.13 0.22 0.44 0.11
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.05 0.26 0.06
O5' 0.23 0.37 0.37 0.24 0.48 0.02 0.48 0.01 0.43 0.36 0.43 0.50 0.30 0.37 0.13 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.29 0.42 0.35 0.44 0.09 0.46 0.24 0.38 0.28 0.37 0.48 0.21 0.45 0.22 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.42 0.24 0.15 0.81 0.42 0.83 0.20 0.61 0.37 0.63 0.94 0.22 0.27 0.44 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.42 0.32 0.11 0.68 0.13 0.70 0.01 0.56 0.39 0.56 0.75 0.28 0.33 0.11 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.71 1.13 0.80 0.46 0.79 0.20 0.48 0.04 0.44 0.76 1.09 1.45 0.93 0.13 0.81 0.41 0.10 0.10 0.17 0.29
C2 0.15 0.74 0.26 0.10 0.59 0.36 0.25 0.41 0.13 0.34 0.82 0.99 0.21 0.53 0.68 0.20 0.18 0.09 0.21 0.21
C2' 0.48 0.73 0.54 0.32 0.36 0.14 0.13 0.05 0.15 0.45 0.64 1.03 0.70 0.06 0.34 0.29 0.06 0.07 0.15 0.28
C3' 0.86 1.03 0.89 0.66 0.61 0.48 0.39 0.22 0.45 0.78 0.91 1.35 1.12 0.47 0.56 0.67 0.26 0.15 0.23 0.40
C4 0.18 0.87 0.34 0.07 0.75 0.35 0.37 0.42 0.20 0.43 0.97 1.08 0.24 0.49 0.86 0.22 0.20 0.09 0.19 0.16
C4' 1.36 1.59 1.40 1.05 1.13 0.82 0.86 0.49 0.92 1.29 1.46 1.93 1.69 0.86 1.08 1.08 0.45 0.22 0.28 0.49
C5 0.70 1.28 0.87 0.45 1.01 0.19 0.64 0.07 0.55 0.87 1.29 1.54 0.81 0.07 1.05 0.31 0.09 0.09 0.14 0.24
C5' 1.74 1.82 1.76 1.44 1.29 1.23 1.07 0.82 1.19 1.58 1.63 2.15 2.10 1.36 1.19 1.50 0.71 0.33 0.38 0.63
C6 0.87 1.35 1.03 0.62 1.00 0.33 0.66 0.13 0.61 0.96 1.31 1.66 1.07 0.22 1.02 0.50 0.15 0.10 0.14 0.29
N1 0.57 1.08 0.69 0.33 0.79 0.08 0.45 0.12 0.38 0.68 1.08 1.38 0.74 0.11 0.84 0.23 0.06 0.09 0.17 0.26
N3 0.10 0.64 0.12 0.25 0.56 0.55 0.20 0.57 0.07 0.22 0.76 0.85 0.11 0.70 0.69 0.41 0.28 0.09 0.22 0.16
N4 0.11 0.69 0.15 0.25 0.69 0.57 0.29 0.63 0.08 0.26 0.86 0.86 0.15 0.64 0.84 0.48 0.34 0.12 0.20 0.09
O2 0.11 0.56 0.12 0.23 0.45 0.50 0.15 0.51 0.11 0.19 0.66 0.79 0.12 0.67 0.56 0.35 0.23 0.09 0.23 0.20
O2' 0.07 0.22 0.05 0.17 0.12 0.31 0.33 0.40 0.32 0.08 0.17 0.49 0.11 0.48 0.14 0.19 0.23 0.08 0.07 0.12
O3' 0.69 0.90 0.69 0.47 0.53 0.28 0.30 0.06 0.34 0.64 0.81 1.21 0.90 0.26 0.50 0.50 0.13 0.08 0.17 0.31
O4' 1.25 1.64 1.33 0.91 1.22 0.64 0.89 0.35 0.89 1.26 1.55 1.99 1.57 0.63 1.21 0.89 0.33 0.18 0.23 0.40
O5' 2.09 2.15 2.16 1.94 1.64 1.69 1.42 1.25 1.55 1.93 1.97 2.45 2.38 1.84 1.54 1.87 1.18 0.69 0.83 1.07
OP1 2.62 2.51 2.55 2.41 2.02 2.27 1.88 1.70 2.05 2.39 2.31 2.75 2.74 2.50 1.89 2.51 1.63 0.84 1.13 1.34
OP2 2.48 2.43 2.44 2.47 2.07 2.38 1.96 2.00 2.09 2.34 2.29 2.60 2.41 2.30 1.97 2.46 2.10 1.46 1.86 1.99
P 2.60 2.52 2.58 2.50 2.06 2.34 1.92 1.85 2.07 2.40 2.33 2.75 2.69 2.49 1.94 2.50 1.81 1.14 1.39 1.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.19 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.15 0.03 0.00 0.07 0.35 0.14 0.06
C2 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.11 0.01 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.09 0.02 0.02 0.12 0.86 0.07 0.34
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.19 0.10 0.01 0.04 0.17 0.00 0.03 0.07 0.01 0.06 0.50 0.09 0.29
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.16 0.00 0.24 0.02 0.23 0.09 0.06 0.14 0.01 0.01 0.18 0.02 0.04 0.21 0.04 0.16
C4 0.03 0.01 0.05 0.16 0.00 0.08 0.01 0.46 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.12 0.01 0.04 0.05 0.76 0.22 0.16
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.03 0.06 0.11 0.12 0.18 0.01 0.08 0.00 0.02 0.09 0.03 0.06
C5 0.02 0.01 0.10 0.24 0.01 0.05 0.00 0.36 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.17 0.01 0.04 0.16 0.45 0.44 0.11
C5' 0.19 0.47 0.19 0.02 0.46 0.00 0.36 0.00 0.30 0.36 0.51 0.46 0.03 0.15 0.48 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.23 0.01 0.03 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.04 0.20 0.32 0.43 0.15
N1 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.54 0.17 0.11
N3 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.11 0.00 0.51 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.03 0.01 0.03 0.12 0.93 0.07 0.34
O2 0.02 0.01 0.17 0.14 0.02 0.12 0.02 0.46 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.20 0.02 0.02 0.21 0.97 0.20 0.49
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.18 0.02 0.03 0.03 0.04 0.12 0.23 0.00 0.07 0.07 0.06 0.06 0.36 0.05 0.19
O3' 0.15 0.09 0.03 0.01 0.12 0.01 0.17 0.15 0.12 0.03 0.03 0.20 0.07 0.00 0.16 0.18 0.12 0.09 0.10 0.05
O4 0.03 0.02 0.07 0.18 0.01 0.08 0.01 0.48 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.16 0.00 0.05 0.06 0.82 0.22 0.19
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.18 0.05 0.00 0.20 0.04 0.28 0.18
O5' 0.07 0.12 0.06 0.04 0.05 0.02 0.16 0.01 0.20 0.04 0.12 0.21 0.06 0.12 0.06 0.20 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.35 0.86 0.50 0.21 0.76 0.09 0.45 0.05 0.32 0.54 0.93 0.97 0.36 0.09 0.82 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.07 0.09 0.04 0.22 0.03 0.44 0.03 0.43 0.17 0.07 0.20 0.05 0.10 0.22 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.34 0.29 0.16 0.16 0.06 0.11 0.01 0.15 0.11 0.34 0.49 0.19 0.05 0.19 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00