ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52490

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 2, 0, 2, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.012, 0.044, 0.076, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.044 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.009, 0.045, 0.082, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.045 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.063, 0.195, 0.328, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.195 std_dev=0.132
O2' A 0, 0.055, 0.189, 0.322, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.189 std_dev=0.133
O4' A 0, 0.075, 0.239, 0.403, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.239 std_dev=0.164
C3' A 0, 0.134, 0.368, 0.602, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.368 std_dev=0.234
C4' A 0, 0.134, 0.383, 0.631, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.383 std_dev=0.249
OP1 B 0, 0.230, 0.517, 0.805, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.517 std_dev=0.288
O3' A 0, 0.175, 0.477, 0.779, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.477 std_dev=0.302
P B 0, 0.288, 0.600, 0.911, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.600 std_dev=0.311
C5 B 0, 0.026, 0.451, 0.876, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.451 std_dev=0.425
C5' A 0, 0.184, 0.619, 1.055, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.619 std_dev=0.436
C4 B 0, 0.034, 0.473, 0.912, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.473 std_dev=0.439
O4 B 0, 0.033, 0.482, 0.931, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.482 std_dev=0.449
N3 B 0, 0.089, 0.549, 1.009, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.549 std_dev=0.460
C6 B 0, 0.062, 0.527, 0.992, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.527 std_dev=0.465
C2 B 0, 0.121, 0.632, 1.143, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.632 std_dev=0.511
N1 B 0, 0.119, 0.642, 1.164, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.642 std_dev=0.522
O5' A 0, 0.171, 0.694, 1.216, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.694 std_dev=0.522
OP2 B 0, 0.119, 0.667, 1.215, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.667 std_dev=0.548
O2 B 0, 0.164, 0.740, 1.317, 2.111 max_d=2.111 avg_d=0.740 std_dev=0.576
O3' B 0, 0.186, 0.763, 1.341, 2.396 max_d=2.396 avg_d=0.763 std_dev=0.577
C3' B 0, 0.137, 0.793, 1.449, 2.462 max_d=2.462 avg_d=0.793 std_dev=0.656
C1' B 0, 0.204, 0.870, 1.536, 2.349 max_d=2.349 avg_d=0.870 std_dev=0.666
O5' B 0, 0.155, 0.828, 1.501, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.828 std_dev=0.673
C2' B 0, 0.208, 0.894, 1.579, 2.417 max_d=2.417 avg_d=0.894 std_dev=0.685
OP1 A 0, 0.423, 1.205, 1.988, 3.119 max_d=3.119 avg_d=1.205 std_dev=0.783
P A 0, 0.067, 0.873, 1.679, 2.908 max_d=2.908 avg_d=0.873 std_dev=0.806
O4' B 0, 0.238, 1.055, 1.871, 2.493 max_d=2.493 avg_d=1.055 std_dev=0.816
OP2 A 0, 0.119, 0.941, 1.762, 3.056 max_d=3.056 avg_d=0.941 std_dev=0.822
C4' B 0, 0.226, 1.074, 1.922, 2.566 max_d=2.566 avg_d=1.074 std_dev=0.848
O2' B 0, 0.278, 1.310, 2.342, 3.522 max_d=3.522 avg_d=1.310 std_dev=1.032
C5' B 0, 0.266, 1.364, 2.461, 2.969 max_d=2.969 avg_d=1.364 std_dev=1.098

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.07 0.18 0.06 0.03
C2 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.14 0.31 0.17 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.34 0.09 0.09
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.09 0.01 0.00 0.01 0.06 0.37 0.11 0.12
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.17 0.25 0.20 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.17 0.20 0.22 0.13
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.11 0.01 0.09 0.00 0.06 0.05 0.11 0.12 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.16 0.18 0.19 0.14
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.20 0.10 0.04
N3 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.18 0.33 0.21 0.14
N4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.19 0.27 0.23 0.13
O2 0.04 0.00 0.05 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.03 0.14 0.38 0.20 0.16
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.02 0.02 0.03 0.32 0.07 0.09
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.09 0.02 0.00 0.01 0.12 0.47 0.15 0.18
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.09 0.08 0.08
O5' 0.07 0.14 0.03 0.06 0.17 0.01 0.17 0.01 0.16 0.11 0.18 0.19 0.14 0.03 0.12 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.31 0.34 0.37 0.25 0.15 0.20 0.07 0.18 0.20 0.33 0.27 0.38 0.32 0.47 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.17 0.09 0.11 0.20 0.02 0.22 0.02 0.19 0.10 0.21 0.23 0.20 0.07 0.15 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.12 0.09 0.12 0.10 0.03 0.13 0.01 0.14 0.04 0.14 0.13 0.16 0.09 0.18 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.21 0.26 0.21 0.30 0.28 0.26 0.59 0.17 0.15 0.26 0.25 0.54 0.23 0.35 0.16 0.15 0.14 0.55 0.18
C2 0.26 0.23 0.34 0.23 0.16 0.39 0.15 0.67 0.15 0.22 0.19 0.27 0.56 0.22 0.18 0.35 0.26 0.16 0.48 0.15
C2' 0.16 0.21 0.27 0.22 0.27 0.32 0.22 0.66 0.14 0.15 0.25 0.26 0.55 0.20 0.32 0.19 0.21 0.13 0.51 0.16
C3' 0.16 0.24 0.26 0.23 0.30 0.33 0.25 0.70 0.18 0.17 0.29 0.28 0.56 0.16 0.34 0.19 0.24 0.12 0.49 0.15
C4 0.34 0.24 0.40 0.23 0.07 0.50 0.09 0.77 0.17 0.27 0.15 0.29 0.56 0.18 0.10 0.49 0.37 0.13 0.48 0.15
C4' 0.19 0.29 0.22 0.22 0.36 0.27 0.32 0.61 0.25 0.23 0.34 0.31 0.52 0.21 0.39 0.15 0.18 0.11 0.52 0.17
C5 0.31 0.22 0.42 0.24 0.17 0.49 0.20 0.80 0.14 0.21 0.16 0.27 0.60 0.16 0.21 0.43 0.28 0.11 0.55 0.17
C5' 0.22 0.30 0.23 0.24 0.35 0.29 0.32 0.65 0.27 0.25 0.34 0.31 0.54 0.19 0.37 0.17 0.21 0.10 0.49 0.15
C6 0.24 0.22 0.37 0.23 0.26 0.40 0.27 0.71 0.18 0.19 0.22 0.27 0.62 0.18 0.29 0.30 0.20 0.12 0.56 0.18
N1 0.20 0.19 0.32 0.22 0.22 0.35 0.20 0.66 0.11 0.15 0.18 0.25 0.57 0.20 0.26 0.26 0.19 0.14 0.53 0.16
N3 0.32 0.27 0.37 0.23 0.15 0.45 0.17 0.71 0.22 0.28 0.21 0.30 0.56 0.21 0.14 0.45 0.33 0.16 0.44 0.15
N4 0.39 0.27 0.40 0.21 0.10 0.54 0.12 0.78 0.24 0.31 0.17 0.30 0.53 0.18 0.08 0.58 0.48 0.13 0.41 0.16
O2 0.26 0.26 0.33 0.24 0.22 0.37 0.19 0.64 0.20 0.24 0.25 0.29 0.54 0.24 0.24 0.34 0.25 0.18 0.46 0.15
O2' 0.14 0.21 0.24 0.20 0.29 0.25 0.23 0.59 0.16 0.15 0.27 0.25 0.51 0.23 0.35 0.13 0.17 0.15 0.53 0.18
O3' 0.17 0.26 0.25 0.24 0.31 0.33 0.25 0.71 0.18 0.19 0.31 0.31 0.55 0.16 0.35 0.19 0.27 0.13 0.48 0.15
O4' 0.17 0.27 0.21 0.19 0.36 0.23 0.33 0.54 0.26 0.22 0.33 0.29 0.51 0.22 0.38 0.13 0.15 0.14 0.56 0.20
O5' 0.28 0.27 0.35 0.34 0.29 0.45 0.27 0.79 0.24 0.25 0.28 0.29 0.64 0.21 0.31 0.33 0.34 0.20 0.43 0.17
OP1 0.27 0.29 0.32 0.43 0.31 0.48 0.26 0.81 0.23 0.25 0.31 0.33 0.41 0.49 0.35 0.34 0.47 0.38 0.31 0.23
OP2 0.32 0.18 0.36 0.49 0.17 0.67 0.16 1.02 0.17 0.21 0.16 0.23 0.49 0.39 0.21 0.53 0.58 0.40 0.28 0.27
P 0.15 0.19 0.19 0.35 0.27 0.44 0.26 0.78 0.21 0.17 0.24 0.19 0.36 0.31 0.29 0.30 0.42 0.35 0.38 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.34 0.02 0.00 0.15 0.50 0.12 0.29
C2 0.02 0.00 0.10 0.07 0.01 0.02 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.36 0.01 0.05 0.14 0.44 0.28 0.27
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.03 0.12 0.24 0.13 0.04 0.07 0.19 0.00 0.11 0.08 0.03 0.30 0.27 0.38 0.26
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.10 0.01 0.16 0.03 0.17 0.06 0.07 0.15 0.04 0.02 0.10 0.02 0.34 0.19 0.35 0.21
C4 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.10 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.20 0.00 0.01 0.11 0.37 0.40 0.25
C4' 0.01 0.02 0.03 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.13 0.05 0.05 0.05 0.12 0.06 0.11 0.01 0.01 0.40 0.19 0.19
C5 0.00 0.01 0.12 0.16 0.01 0.14 0.00 0.38 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.13 0.01 0.03 0.13 0.36 0.39 0.25
C5' 0.12 0.24 0.24 0.03 0.35 0.00 0.38 0.00 0.34 0.24 0.30 0.19 0.14 0.21 0.37 0.02 0.01 0.14 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.17 0.01 0.13 0.00 0.34 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.13 0.01 0.05 0.13 0.40 0.31 0.27
N1 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.26 0.01 0.01 0.14 0.45 0.24 0.28
N3 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.05 0.01 0.30 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.31 0.01 0.04 0.11 0.41 0.35 0.25
O2 0.03 0.00 0.19 0.15 0.01 0.05 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.30 0.48 0.01 0.08 0.16 0.47 0.24 0.28
O2' 0.03 0.23 0.00 0.04 0.25 0.12 0.23 0.14 0.19 0.14 0.25 0.30 0.00 0.16 0.27 0.07 0.30 0.25 0.43 0.26
O3' 0.34 0.36 0.11 0.02 0.20 0.06 0.13 0.21 0.13 0.26 0.31 0.48 0.16 0.00 0.20 0.27 0.41 0.43 0.45 0.35
O4 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.11 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.20 0.00 0.02 0.11 0.35 0.43 0.24
O4' 0.00 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.08 0.07 0.27 0.02 0.00 0.13 0.64 0.18 0.41
O5' 0.15 0.14 0.30 0.34 0.11 0.01 0.13 0.01 0.13 0.14 0.11 0.16 0.30 0.41 0.11 0.13 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.50 0.44 0.27 0.19 0.37 0.40 0.36 0.14 0.40 0.45 0.41 0.47 0.25 0.43 0.35 0.64 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.28 0.38 0.35 0.40 0.19 0.39 0.32 0.31 0.24 0.35 0.24 0.43 0.45 0.43 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.29 0.27 0.26 0.21 0.25 0.19 0.25 0.02 0.27 0.28 0.25 0.28 0.26 0.35 0.24 0.41 0.00 0.01 0.00 0.00