ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52492

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 0, 4, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.008, 0.014, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.013, 0.035, 0.057, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.035 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.018, 0.043, 0.068, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.043 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.251, 0.467, 0.684, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.467 std_dev=0.217
C2' A 0, 0.258, 0.477, 0.697, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.477 std_dev=0.220
P B 0, 0.156, 0.435, 0.713, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.435 std_dev=0.279
OP2 B 0, 0.165, 0.465, 0.765, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.465 std_dev=0.300
O5' B 0, 0.248, 0.637, 1.026, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.637 std_dev=0.389
OP1 B 0, 0.177, 0.627, 1.077, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.627 std_dev=0.450
O5' A 0, 0.775, 1.306, 1.837, 1.808 max_d=1.808 avg_d=1.306 std_dev=0.531
C4' B 0, 0.955, 1.487, 2.018, 2.022 max_d=2.022 avg_d=1.487 std_dev=0.531
C5' B 0, 1.171, 1.750, 2.329, 2.231 max_d=2.231 avg_d=1.750 std_dev=0.579
O2' A 0, 0.673, 1.258, 1.844, 1.735 max_d=1.735 avg_d=1.258 std_dev=0.585
C2' B 0, 0.775, 1.362, 1.949, 2.122 max_d=2.122 avg_d=1.362 std_dev=0.587
O2' B 0, 1.037, 1.646, 2.254, 2.702 max_d=2.702 avg_d=1.646 std_dev=0.608
C4' A 0, 0.499, 1.110, 1.720, 1.663 max_d=1.663 avg_d=1.110 std_dev=0.611
O4' B 0, 1.033, 1.681, 2.329, 2.664 max_d=2.664 avg_d=1.681 std_dev=0.648
C3' A 0, 0.637, 1.295, 1.952, 1.822 max_d=1.822 avg_d=1.295 std_dev=0.657
C5' A 0, 0.875, 1.593, 2.311, 2.261 max_d=2.261 avg_d=1.593 std_dev=0.718
C3' B 0, 0.872, 1.650, 2.428, 2.549 max_d=2.549 avg_d=1.650 std_dev=0.778
OP2 A 0, 0.819, 1.619, 2.418, 3.454 max_d=3.454 avg_d=1.619 std_dev=0.800
P A 0, 0.913, 1.740, 2.567, 2.647 max_d=2.647 avg_d=1.740 std_dev=0.827
C1' B 0, 0.882, 1.734, 2.586, 3.361 max_d=3.361 avg_d=1.734 std_dev=0.852
C6 B 0, 1.872, 2.856, 3.839, 4.114 max_d=4.114 avg_d=2.856 std_dev=0.984
O3' B 0, 1.172, 2.233, 3.295, 3.314 max_d=3.314 avg_d=2.233 std_dev=1.062
N1 B 0, 1.244, 2.322, 3.400, 4.311 max_d=4.311 avg_d=2.322 std_dev=1.078
OP1 A 0, 1.363, 2.576, 3.789, 3.789 max_d=3.789 avg_d=2.576 std_dev=1.213
O3' A 0, 0.916, 2.156, 3.397, 3.255 max_d=3.255 avg_d=2.156 std_dev=1.240
C5 B 0, 2.382, 3.625, 4.868, 5.709 max_d=5.709 avg_d=3.625 std_dev=1.243
O2 B 0, 2.105, 3.572, 5.040, 6.478 max_d=6.478 avg_d=3.572 std_dev=1.468
C2 B 0, 1.408, 2.973, 4.538, 5.970 max_d=5.970 avg_d=2.973 std_dev=1.565
C4 B 0, 1.973, 3.781, 5.588, 7.330 max_d=7.330 avg_d=3.781 std_dev=1.807
N3 B 0, 1.527, 3.499, 5.471, 7.269 max_d=7.269 avg_d=3.499 std_dev=1.972
O4 B 0, 2.235, 4.453, 6.670, 8.844 max_d=8.844 avg_d=4.453 std_dev=2.217

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.29 0.00 0.23 0.89 0.72 0.55
C2 0.03 0.00 0.06 0.25 0.01 0.17 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.41 0.17 0.04 0.21 0.81 0.47 0.38
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.15 0.09 0.03 0.04 0.05 0.13 0.00 0.03 0.02 0.16 0.79 0.54 0.43
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.46 0.00 0.51 0.02 0.46 0.29 0.35 0.49 0.15 0.02 0.01 0.01 0.38 0.33 0.16 0.22
C4 0.03 0.01 0.04 0.46 0.00 0.32 0.00 0.67 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.40 0.20 0.04 0.34 0.77 0.25 0.30
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.32 0.00 0.37 0.01 0.35 0.21 0.24 0.34 0.07 0.28 0.02 0.00 0.04 0.40 0.34 0.19
C5 0.02 0.01 0.08 0.51 0.00 0.37 0.00 0.74 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.32 0.03 0.35 0.79 0.20 0.31
C5' 0.08 0.39 0.15 0.02 0.67 0.01 0.74 0.00 0.65 0.41 0.53 0.72 0.25 0.10 0.13 0.05 0.01 0.36 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.46 0.01 0.35 0.00 0.65 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.27 0.04 0.29 0.87 0.42 0.39
N1 0.02 0.01 0.03 0.29 0.01 0.21 0.01 0.41 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.23 0.07 0.03 0.20 0.86 0.54 0.43
N3 0.03 0.00 0.04 0.35 0.00 0.24 0.01 0.53 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.46 0.10 0.04 0.28 0.78 0.35 0.33
N4 0.03 0.02 0.05 0.49 0.01 0.34 0.01 0.72 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.44 0.25 0.04 0.38 0.72 0.23 0.30
O2 0.04 0.01 0.13 0.15 0.01 0.07 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.45 0.39 0.05 0.16 0.79 0.52 0.39
O2' 0.02 0.41 0.00 0.02 0.40 0.28 0.28 0.10 0.18 0.23 0.46 0.44 0.45 0.00 0.04 0.28 0.24 0.64 0.51 0.27
O3' 0.29 0.17 0.03 0.01 0.20 0.02 0.32 0.13 0.27 0.07 0.10 0.25 0.39 0.04 0.00 0.16 0.66 0.63 0.40 0.56
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.28 0.16 0.00 0.38 0.90 0.90 0.69
O5' 0.23 0.21 0.16 0.38 0.34 0.04 0.35 0.01 0.29 0.20 0.28 0.38 0.16 0.24 0.66 0.38 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.89 0.81 0.79 0.33 0.77 0.40 0.79 0.36 0.87 0.86 0.78 0.72 0.79 0.64 0.63 0.90 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.72 0.47 0.54 0.16 0.25 0.34 0.20 0.21 0.42 0.54 0.35 0.23 0.52 0.51 0.40 0.90 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.55 0.38 0.43 0.22 0.30 0.19 0.31 0.02 0.39 0.43 0.33 0.30 0.39 0.27 0.56 0.69 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.83 0.21 0.16 1.37 0.27 1.35 0.38 1.05 0.74 1.13 0.70 0.51 0.31 1.55 0.30 0.23 0.21 0.20 0.16
C2 0.48 1.18 0.20 0.17 1.81 0.26 1.76 0.36 1.34 0.97 1.55 1.17 0.40 0.25 2.07 0.45 0.17 0.10 0.13 0.11
C2' 0.24 0.67 0.20 0.13 1.25 0.31 1.27 0.48 0.97 0.64 0.97 0.50 0.54 0.25 1.43 0.27 0.17 0.32 0.18 0.13
C3' 0.58 0.73 0.56 0.44 1.18 0.36 1.24 0.35 1.05 0.78 0.93 0.54 0.76 0.34 1.30 0.45 0.61 0.69 0.51 0.58
C4 0.49 1.24 0.22 0.22 1.76 0.27 1.79 0.34 1.40 0.97 1.55 1.40 0.38 0.26 1.98 0.49 0.18 0.09 0.13 0.13
C4' 0.51 0.68 0.51 0.31 1.05 0.20 1.07 0.18 0.91 0.70 0.86 0.52 0.77 0.16 1.15 0.33 0.48 0.47 0.38 0.44
C5 0.38 1.02 0.20 0.21 1.41 0.25 1.52 0.34 1.23 0.80 1.25 1.21 0.42 0.25 1.56 0.40 0.17 0.11 0.17 0.12
C5' 0.78 0.86 0.82 0.65 1.08 0.50 1.11 0.48 1.02 0.89 0.96 0.75 0.93 0.36 1.14 0.61 0.85 0.80 0.76 0.83
C6 0.31 0.85 0.18 0.15 1.29 0.25 1.37 0.36 1.11 0.72 1.09 0.94 0.47 0.25 1.43 0.33 0.20 0.18 0.20 0.14
N1 0.38 0.96 0.18 0.15 1.51 0.26 1.52 0.36 1.19 0.83 1.27 0.94 0.46 0.26 1.70 0.37 0.19 0.16 0.17 0.13
N3 0.52 1.30 0.21 0.20 1.92 0.27 1.87 0.35 1.43 1.03 1.67 1.37 0.37 0.25 2.19 0.50 0.17 0.09 0.12 0.12
N4 0.54 1.35 0.26 0.26 1.82 0.29 1.84 0.33 1.44 1.02 1.66 1.59 0.36 0.27 2.07 0.53 0.22 0.17 0.18 0.18
O2 0.50 1.23 0.22 0.17 1.90 0.26 1.79 0.36 1.35 1.01 1.63 1.17 0.40 0.25 2.20 0.45 0.18 0.10 0.13 0.12
O2' 0.39 0.70 0.39 0.11 1.26 0.24 1.27 0.47 1.00 0.69 0.98 0.51 0.82 0.15 1.44 0.21 0.18 0.36 0.38 0.22
O3' 0.72 0.76 0.65 0.58 1.09 0.51 1.15 0.45 0.99 0.80 0.89 0.70 0.86 0.60 1.19 0.60 0.66 0.77 0.46 0.57
O4' 0.31 0.71 0.25 0.19 1.17 0.27 1.16 0.33 0.92 0.67 0.96 0.56 0.54 0.36 1.30 0.25 0.29 0.26 0.25 0.23
O5' 0.21 0.30 0.23 0.18 0.67 0.12 0.77 0.34 0.64 0.37 0.45 0.24 0.40 0.02 0.73 0.12 0.37 0.59 0.32 0.38
OP1 0.29 0.33 0.12 0.19 0.28 0.27 0.36 0.51 0.29 0.21 0.28 0.54 0.17 0.02 0.31 0.28 0.26 0.43 0.55 0.37
OP2 0.07 0.29 0.17 0.05 0.49 0.22 0.63 0.49 0.55 0.24 0.36 0.48 0.30 0.03 0.54 0.17 0.45 0.71 0.22 0.38
P 0.18 0.08 0.03 0.02 0.35 0.06 0.48 0.31 0.40 0.16 0.16 0.23 0.14 0.01 0.39 0.13 0.22 0.45 0.15 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.24 0.03 0.01 0.39 0.36 0.38 0.32
C2 0.03 0.00 0.15 0.21 0.01 0.29 0.01 0.47 0.01 0.00 0.00 0.00 0.27 0.19 0.02 0.26 1.15 1.30 1.24 1.25
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.03 0.03 0.13 0.18 0.16 0.02 0.10 0.26 0.00 0.03 0.03 0.02 0.28 0.23 0.30 0.29
C3' 0.03 0.21 0.01 0.00 0.24 0.00 0.34 0.01 0.34 0.15 0.21 0.36 0.02 0.01 0.26 0.02 0.16 0.13 0.20 0.14
C4 0.02 0.01 0.03 0.24 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.20 0.00 0.04 0.88 0.95 1.13 0.92
C4' 0.01 0.29 0.03 0.00 0.11 0.00 0.33 0.01 0.38 0.06 0.19 0.60 0.20 0.02 0.11 0.00 0.01 0.15 0.16 0.02
C5 0.02 0.01 0.13 0.34 0.01 0.33 0.00 0.63 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.26 0.01 0.23 0.82 0.82 1.12 0.82
C5' 0.09 0.47 0.18 0.01 0.25 0.01 0.63 0.00 0.68 0.16 0.34 1.00 0.12 0.14 0.25 0.03 0.00 0.19 0.27 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.34 0.01 0.38 0.00 0.68 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.23 0.01 0.28 0.76 0.68 0.94 0.72
N1 0.01 0.00 0.02 0.15 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.01 0.02 0.66 0.60 0.70 0.59
N3 0.03 0.00 0.10 0.21 0.01 0.19 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.16 0.02 0.16 1.13 1.31 1.31 1.26
O2 0.04 0.00 0.26 0.36 0.02 0.60 0.01 1.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.45 0.30 0.02 0.49 1.66 1.93 1.77 1.87
O2' 0.01 0.27 0.00 0.02 0.23 0.20 0.29 0.12 0.29 0.14 0.25 0.45 0.00 0.06 0.24 0.14 0.19 0.16 0.30 0.22
O3' 0.24 0.19 0.03 0.01 0.20 0.02 0.26 0.14 0.23 0.17 0.16 0.30 0.06 0.00 0.21 0.19 0.15 0.25 0.14 0.09
O4 0.03 0.02 0.03 0.26 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.21 0.00 0.04 0.93 1.06 1.25 1.01
O4' 0.01 0.26 0.02 0.02 0.04 0.00 0.23 0.03 0.28 0.02 0.16 0.49 0.14 0.19 0.04 0.00 0.39 0.35 0.41 0.33
O5' 0.39 1.15 0.28 0.16 0.88 0.01 0.82 0.00 0.76 0.66 1.13 1.66 0.19 0.15 0.93 0.39 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 1.30 0.23 0.13 0.95 0.15 0.82 0.19 0.68 0.60 1.31 1.93 0.16 0.25 1.06 0.35 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 1.24 0.30 0.20 1.13 0.16 1.12 0.27 0.94 0.70 1.31 1.77 0.30 0.14 1.25 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 1.25 0.29 0.14 0.92 0.02 0.82 0.01 0.72 0.59 1.26 1.87 0.22 0.09 1.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.00