Doublet Group distance statistics: 52493

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5	A	0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C2	A	0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.014
O2	A	0, 0.037, 0.071, 0.104, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.071 std_dev=0.033
N4	A	0, 0.038, 0.075, 0.112, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.075 std_dev=0.037
O4'	A	0, 0.046, 0.218, 0.391, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.218 std_dev=0.173
C2'	A	0, 0.066, 0.282, 0.498, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.282 std_dev=0.216
O2'	A	0, 0.116, 0.370, 0.623, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.370 std_dev=0.254
O5'	A	0, 0.226, 0.494, 0.762, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.494 std_dev=0.268
C4'	A	0, 0.064, 0.345, 0.625, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.345 std_dev=0.280
C3'	A	0, 0.088, 0.402, 0.716, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.402 std_dev=0.314
OP1	B	0, 0.297, 0.674, 1.052, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.674 std_dev=0.378
O3'	A	0, 0.124, 0.551, 0.977, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.551 std_dev=0.426
P	A	0, 0.204, 0.664, 1.125, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.664 std_dev=0.461
C5'	A	0, 0.121, 0.624, 1.127, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.624 std_dev=0.503
P	B	0, 0.379, 0.889, 1.400, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.889 std_dev=0.510
OP2	B	0, 0.359, 0.922, 1.485, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.922 std_dev=0.563
OP2	A	0, 0.181, 0.744, 1.308, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.744 std_dev=0.564
O5'	B	0, 0.521, 1.143, 1.765, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.143 std_dev=0.622
OP1	A	0, 0.141, 0.771, 1.401, 2.143 max_d=2.143 avg_d=0.771 std_dev=0.630
C4'	B	0, 0.432, 1.075, 1.718, 2.260 max_d=2.260 avg_d=1.075 std_dev=0.643
C5'	B	0, 0.447, 1.091, 1.734, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.091 std_dev=0.643
O4'	B	0, 0.354, 1.021, 1.688, 2.351 max_d=2.351 avg_d=1.021 std_dev=0.667
C3'	B	0, 0.445, 1.179, 1.913, 2.175 max_d=2.175 avg_d=1.179 std_dev=0.734
O3'	B	0, 0.502, 1.260, 2.018, 2.309 max_d=2.309 avg_d=1.260 std_dev=0.758
C1'	B	0, 0.353, 1.125, 1.897, 2.254 max_d=2.254 avg_d=1.125 std_dev=0.772
N1	B	0, 0.350, 1.159, 1.968, 2.332 max_d=2.332 avg_d=1.159 std_dev=0.809
O2	B	0, 0.259, 1.092, 1.925, 2.195 max_d=2.195 avg_d=1.092 std_dev=0.833
C2	B	0, 0.325, 1.159, 1.993, 2.335 max_d=2.335 avg_d=1.159 std_dev=0.834
C2'	B	0, 0.401, 1.243, 2.085, 2.463 max_d=2.463 avg_d=1.243 std_dev=0.842
C6	B	0, 0.405, 1.252, 2.100, 2.442 max_d=2.442 avg_d=1.252 std_dev=0.847
N3	B	0, 0.408, 1.291, 2.174, 2.512 max_d=2.512 avg_d=1.291 std_dev=0.883
C5	B	0, 0.468, 1.401, 2.333, 2.621 max_d=2.621 avg_d=1.401 std_dev=0.932
C4	B	0, 0.496, 1.446, 2.397, 2.678 max_d=2.678 avg_d=1.446 std_dev=0.951
O2'	B	0, 0.358, 1.391, 2.425, 2.949 max_d=2.949 avg_d=1.391 std_dev=1.033
O4	B	0, 0.647, 1.738, 2.829, 3.012 max_d=3.012 avg_d=1.738 std_dev=1.091

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.04	0.03	0.02	0.00	0.09	0.23	0.16	0.09
C2	0.02	0.00	0.11	0.14	0.01	0.05	0.02	0.09	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.05	0.15	0.04	0.16	0.26	0.09	0.12
C2'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.02	0.01	0.08	0.02	0.10	0.01	0.07	0.03	0.20	0.01	0.02	0.01	0.15	0.29	0.17	0.08
C3'	0.02	0.14	0.00	0.00	0.07	0.01	0.04	0.02	0.05	0.06	0.13	0.08	0.20	0.01	0.01	0.01	0.24	0.32	0.23	0.15
C4	0.01	0.01	0.02	0.07	0.00	0.05	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.05	0.09	0.03	0.21	0.23	0.14	0.13
C4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.05	0.00	0.04	0.01	0.03	0.04	0.05	0.05	0.07	0.05	0.02	0.00	0.01	0.22	0.23	0.02
C5	0.02	0.02	0.08	0.04	0.01	0.04	0.00	0.12	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.08	0.05	0.03	0.22	0.24	0.18	0.14
C5'	0.02	0.09	0.02	0.02	0.12	0.01	0.12	0.00	0.11	0.09	0.11	0.13	0.09	0.05	0.03	0.01	0.01	0.21	0.27	0.01
C6	0.02	0.01	0.10	0.05	0.01	0.03	0.00	0.11	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.08	0.06	0.03	0.20	0.26	0.12	0.14
N1	0.00	0.01	0.01	0.06	0.01	0.04	0.01	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.05	0.01	0.16	0.26	0.09	0.12
N3	0.01	0.00	0.07	0.13	0.01	0.05	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.15	0.04	0.19	0.25	0.09	0.11
N4	0.01	0.02	0.03	0.08	0.00	0.05	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.05	0.10	0.03	0.21	0.22	0.19	0.13
O2	0.04	0.01	0.20	0.20	0.02	0.07	0.03	0.09	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.13	0.22	0.07	0.14	0.27	0.13	0.12
O2'	0.03	0.05	0.01	0.01	0.05	0.05	0.08	0.05	0.08	0.02	0.03	0.05	0.13	0.00	0.07	0.08	0.07	0.24	0.24	0.05
O3'	0.02	0.15	0.02	0.01	0.09	0.02	0.05	0.03	0.06	0.05	0.15	0.10	0.22	0.07	0.00	0.02	0.28	0.34	0.27	0.20
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.04	0.03	0.07	0.08	0.02	0.00	0.14	0.20	0.21	0.12
O5'	0.09	0.16	0.15	0.24	0.21	0.01	0.22	0.01	0.20	0.16	0.19	0.21	0.14	0.07	0.28	0.14	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.23	0.26	0.29	0.32	0.23	0.22	0.24	0.21	0.26	0.26	0.25	0.22	0.27	0.24	0.34	0.20	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.16	0.09	0.17	0.23	0.14	0.23	0.18	0.27	0.12	0.09	0.09	0.19	0.13	0.24	0.27	0.21	0.01	0.02	0.00	0.01
P	0.09	0.12	0.08	0.15	0.13	0.02	0.14	0.01	0.14	0.12	0.11	0.13	0.12	0.05	0.20	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.14	0.17	0.13	0.12	0.13	0.18	0.13	0.40	0.10	0.12	0.15	0.26	0.26	0.23	0.16	0.15	0.27	0.14	0.11	0.11
C2	0.16	0.17	0.16	0.17	0.11	0.23	0.11	0.48	0.10	0.13	0.14	0.24	0.27	0.30	0.12	0.17	0.34	0.14	0.16	0.16
C2'	0.10	0.10	0.07	0.09	0.12	0.13	0.16	0.36	0.11	0.05	0.08	0.21	0.21	0.24	0.17	0.10	0.23	0.14	0.09	0.11
C3'	0.11	0.11	0.08	0.08	0.19	0.12	0.23	0.33	0.17	0.10	0.13	0.17	0.17	0.21	0.24	0.10	0.21	0.10	0.05	0.07
C4	0.08	0.11	0.08	0.07	0.14	0.14	0.15	0.48	0.12	0.08	0.11	0.16	0.16	0.26	0.16	0.07	0.35	0.14	0.13	0.16
C4'	0.09	0.09	0.05	0.06	0.12	0.11	0.15	0.31	0.11	0.05	0.08	0.18	0.17	0.19	0.18	0.08	0.20	0.15	0.07	0.07
C5	0.14	0.15	0.12	0.08	0.18	0.13	0.19	0.45	0.16	0.14	0.16	0.19	0.18	0.24	0.20	0.11	0.29	0.15	0.09	0.11
C5'	0.12	0.14	0.09	0.08	0.16	0.08	0.18	0.24	0.14	0.11	0.14	0.21	0.16	0.18	0.21	0.08	0.16	0.21	0.11	0.10
C6	0.15	0.17	0.12	0.08	0.17	0.14	0.17	0.41	0.15	0.14	0.17	0.22	0.20	0.22	0.20	0.11	0.26	0.16	0.10	0.10
N1	0.14	0.16	0.12	0.11	0.13	0.18	0.13	0.43	0.10	0.12	0.14	0.24	0.24	0.25	0.15	0.14	0.29	0.14	0.12	0.12
N3	0.13	0.13	0.13	0.15	0.11	0.21	0.12	0.49	0.10	0.10	0.11	0.19	0.23	0.30	0.13	0.14	0.37	0.14	0.16	0.18
N4	0.07	0.09	0.07	0.06	0.14	0.11	0.15	0.46	0.12	0.08	0.10	0.13	0.12	0.27	0.15	0.05	0.36	0.17	0.14	0.19
O2	0.21	0.22	0.22	0.23	0.11	0.27	0.11	0.49	0.11	0.17	0.17	0.30	0.33	0.35	0.11	0.22	0.36	0.14	0.18	0.18
O2'	0.13	0.18	0.11	0.11	0.16	0.17	0.16	0.38	0.10	0.11	0.16	0.28	0.25	0.23	0.21	0.14	0.25	0.16	0.11	0.11
O3'	0.12	0.14	0.10	0.09	0.25	0.12	0.28	0.33	0.22	0.13	0.17	0.18	0.17	0.21	0.32	0.10	0.21	0.06	0.03	0.06
O4'	0.11	0.14	0.10	0.09	0.12	0.15	0.13	0.35	0.10	0.10	0.13	0.22	0.22	0.21	0.16	0.13	0.23	0.18	0.11	0.11
O5'	0.16	0.19	0.12	0.11	0.11	0.15	0.15	0.34	0.12	0.12	0.15	0.29	0.21	0.18	0.15	0.11	0.28	0.24	0.23	0.24
OP1	0.21	0.34	0.27	0.18	0.42	0.15	0.43	0.27	0.37	0.32	0.38	0.31	0.24	0.14	0.42	0.17	0.19	0.19	0.08	0.09
OP2	0.35	0.22	0.33	0.32	0.17	0.28	0.26	0.22	0.32	0.30	0.13	0.23	0.36	0.32	0.15	0.29	0.24	0.36	0.28	0.28
P	0.12	0.12	0.07	0.09	0.13	0.07	0.15	0.13	0.09	0.06	0.10	0.19	0.11	0.16	0.18	0.09	0.09	0.18	0.05	0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.03	0.02	0.02	0.03	0.05	0.01	0.05	0.04	0.01	0.06	0.24	0.05	0.03
C2	0.03	0.00	0.06	0.04	0.01	0.04	0.01	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.08	0.07	0.01	0.06	0.06	0.19	0.06	0.03
C2'	0.00	0.06	0.00	0.01	0.04	0.02	0.07	0.06	0.08	0.02	0.05	0.12	0.00	0.03	0.05	0.01	0.12	0.13	0.17	0.12
C3'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.04	0.01	0.03	0.02	0.03	0.02	0.04	0.07	0.01	0.01	0.04	0.01	0.08	0.20	0.10	0.06
C4	0.03	0.01	0.04	0.04	0.00	0.04	0.01	0.09	0.01	0.02	0.00	0.02	0.09	0.07	0.00	0.04	0.06	0.12	0.07	0.03
C4'	0.01	0.04	0.02	0.01	0.04	0.00	0.07	0.01	0.07	0.02	0.03	0.09	0.01	0.02	0.04	0.01	0.02	0.29	0.10	0.12
C5	0.02	0.01	0.07	0.03	0.01	0.07	0.00	0.15	0.00	0.01	0.02	0.02	0.15	0.05	0.01	0.07	0.07	0.12	0.07	0.04
C5'	0.03	0.03	0.06	0.02	0.09	0.01	0.15	0.00	0.14	0.06	0.05	0.05	0.06	0.03	0.10	0.01	0.01	0.05	0.02	0.02
C6	0.02	0.02	0.08	0.03	0.01	0.07	0.00	0.14	0.00	0.01	0.02	0.02	0.15	0.05	0.01	0.08	0.05	0.14	0.07	0.03
N1	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.05	0.02	0.03	0.05	0.18	0.06	0.02
N3	0.03	0.00	0.05	0.04	0.00	0.03	0.02	0.05	0.02	0.01	0.00	0.02	0.05	0.07	0.01	0.05	0.06	0.17	0.06	0.03
O2	0.05	0.01	0.12	0.07	0.02	0.09	0.02	0.05	0.02	0.01	0.02	0.00	0.19	0.10	0.02	0.10	0.09	0.22	0.07	0.05
O2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.09	0.01	0.15	0.06	0.15	0.04	0.05	0.19	0.00	0.06	0.10	0.01	0.13	0.14	0.21	0.14
O3'	0.05	0.07	0.03	0.01	0.07	0.02	0.05	0.03	0.05	0.05	0.07	0.10	0.06	0.00	0.07	0.05	0.04	0.38	0.12	0.13
O4	0.04	0.01	0.05	0.04	0.00	0.04	0.01	0.10	0.01	0.02	0.01	0.02	0.10	0.07	0.00	0.05	0.07	0.11	0.08	0.04
O4'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.04	0.01	0.07	0.01	0.08	0.03	0.05	0.10	0.01	0.05	0.05	0.00	0.03	0.30	0.08	0.11
O5'	0.06	0.06	0.12	0.08	0.06	0.02	0.07	0.01	0.05	0.05	0.06	0.09	0.13	0.04	0.07	0.03	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.24	0.19	0.13	0.20	0.12	0.29	0.12	0.05	0.14	0.18	0.17	0.22	0.14	0.38	0.11	0.30	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.05	0.06	0.17	0.10	0.07	0.10	0.07	0.02	0.07	0.06	0.06	0.07	0.21	0.12	0.08	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.03	0.03	0.12	0.06	0.03	0.12	0.04	0.02	0.03	0.02	0.03	0.05	0.14	0.13	0.04	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00