ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52494

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 4, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.001, 0.008, 0.016, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.005, 0.026, 0.046, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.005, 0.028, 0.050, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.028 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.005, 0.029, 0.054, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.029 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.009, 0.060, 0.111, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.060 std_dev=0.051
N4 A 0, 0.015, 0.087, 0.158, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.087 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.102, 0.235, 0.367, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.235 std_dev=0.132
O4' A 0, 0.079, 0.213, 0.348, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.213 std_dev=0.135
O2' A 0, 0.185, 0.341, 0.497, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.341 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.145, 0.344, 0.542, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.344 std_dev=0.199
C3' A 0, 0.138, 0.352, 0.566, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.352 std_dev=0.214
C5' A 0, 0.248, 0.550, 0.853, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.550 std_dev=0.303
O5' A 0, 0.290, 0.601, 0.913, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.601 std_dev=0.311
O3' A 0, 0.220, 0.548, 0.876, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.548 std_dev=0.328
P B 0, 0.298, 0.627, 0.957, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.627 std_dev=0.329
OP2 B 0, 0.244, 0.587, 0.930, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.587 std_dev=0.343
OP1 B 0, 0.511, 0.924, 1.337, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.924 std_dev=0.413
P A 0, 0.255, 0.693, 1.131, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.693 std_dev=0.438
O5' B 0, 0.512, 1.000, 1.488, 1.747 max_d=1.747 avg_d=1.000 std_dev=0.488
C4' B 0, 0.634, 1.136, 1.637, 2.081 max_d=2.081 avg_d=1.136 std_dev=0.502
C3' B 0, 0.628, 1.150, 1.671, 1.960 max_d=1.960 avg_d=1.150 std_dev=0.521
C5' B 0, 0.714, 1.303, 1.893, 2.316 max_d=2.316 avg_d=1.303 std_dev=0.589
OP2 A 0, 0.346, 0.975, 1.604, 2.123 max_d=2.123 avg_d=0.975 std_dev=0.629
O3' B 0, 0.465, 1.098, 1.731, 2.316 max_d=2.316 avg_d=1.098 std_dev=0.633
O4' B 0, 0.640, 1.291, 1.942, 2.837 max_d=2.837 avg_d=1.291 std_dev=0.651
OP1 A 0, 0.339, 1.011, 1.682, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.011 std_dev=0.671
C6 B 0, 1.181, 1.980, 2.779, 3.662 max_d=3.662 avg_d=1.980 std_dev=0.799
C1' B 0, 0.880, 1.681, 2.482, 3.291 max_d=3.291 avg_d=1.681 std_dev=0.801
C2' B 0, 0.941, 1.759, 2.578, 2.690 max_d=2.690 avg_d=1.759 std_dev=0.818
N1 B 0, 0.953, 1.908, 2.863, 3.820 max_d=3.820 avg_d=1.908 std_dev=0.955
C5 B 0, 1.262, 2.244, 3.227, 4.406 max_d=4.406 avg_d=2.244 std_dev=0.982
O2' B 0, 0.853, 2.226, 3.600, 4.033 max_d=4.033 avg_d=2.226 std_dev=1.373
C2 B 0, 1.030, 2.453, 3.876, 5.027 max_d=5.027 avg_d=2.453 std_dev=1.423
C4 B 0, 1.017, 2.478, 3.939, 5.273 max_d=5.273 avg_d=2.478 std_dev=1.461
N3 B 0, 1.088, 2.706, 4.323, 5.706 max_d=5.706 avg_d=2.706 std_dev=1.618
O2 B 0, 1.312, 2.936, 4.559, 6.126 max_d=6.126 avg_d=2.936 std_dev=1.624
O4 B 0, 1.011, 2.779, 4.547, 6.052 max_d=6.052 avg_d=2.779 std_dev=1.768

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.07 0.20 0.18 0.17
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.10 0.03 0.13 0.19 0.32 0.16
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.07 0.04 0.07 0.10 0.09 0.01 0.05 0.01 0.06 0.15 0.30 0.15
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.09 0.00 0.08 0.02 0.06 0.04 0.09 0.10 0.10 0.04 0.01 0.01 0.07 0.23 0.33 0.17
C4 0.03 0.01 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.12 0.03 0.16 0.21 0.48 0.19
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06 0.02 0.00 0.03 0.08 0.15 0.08
C5 0.03 0.01 0.08 0.08 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.17 0.24 0.49 0.22
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.09 0.11 0.05 0.05 0.07 0.01 0.01 0.04 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.15 0.24 0.36 0.22
N1 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.11 0.21 0.27 0.18
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.03 0.15 0.19 0.40 0.16
N4 0.03 0.01 0.10 0.10 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.15 0.04 0.17 0.21 0.55 0.20
O2 0.04 0.00 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.13 0.04 0.12 0.19 0.28 0.14
O2' 0.02 0.07 0.01 0.04 0.09 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.10 0.09 0.00 0.10 0.04 0.06 0.14 0.30 0.13
O3' 0.03 0.10 0.05 0.01 0.12 0.02 0.11 0.07 0.08 0.06 0.12 0.15 0.13 0.10 0.00 0.01 0.12 0.43 0.47 0.28
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.06 0.27 0.13 0.22
O5' 0.07 0.13 0.06 0.07 0.16 0.03 0.17 0.01 0.15 0.11 0.15 0.17 0.12 0.06 0.12 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.19 0.15 0.23 0.21 0.08 0.24 0.04 0.24 0.21 0.19 0.21 0.19 0.14 0.43 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.32 0.30 0.33 0.48 0.15 0.49 0.15 0.36 0.27 0.40 0.55 0.28 0.30 0.47 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.16 0.15 0.17 0.19 0.08 0.22 0.02 0.22 0.18 0.16 0.20 0.14 0.13 0.28 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.49 0.69 0.58 0.37 0.66 0.45 0.61 0.63 0.51 0.48 0.73 0.86 1.07 0.64 0.75 0.33 0.18 0.29 0.25 0.18
C2 0.43 0.54 0.67 0.35 0.67 0.50 0.61 0.72 0.47 0.43 0.63 0.59 1.07 0.66 0.78 0.32 0.15 0.39 0.22 0.19
C2' 0.42 0.65 0.50 0.26 0.62 0.36 0.55 0.60 0.43 0.43 0.69 0.83 0.91 0.48 0.71 0.25 0.18 0.30 0.24 0.16
C3' 0.39 0.61 0.44 0.23 0.54 0.28 0.48 0.50 0.37 0.39 0.62 0.81 0.73 0.32 0.60 0.22 0.20 0.24 0.24 0.13
C4 0.35 0.34 0.69 0.28 0.46 0.47 0.49 0.71 0.40 0.32 0.38 0.37 0.91 0.57 0.54 0.29 0.13 0.40 0.21 0.18
C4' 0.46 0.72 0.41 0.27 0.55 0.31 0.49 0.44 0.41 0.44 0.70 0.98 0.79 0.39 0.61 0.32 0.21 0.25 0.25 0.16
C5 0.35 0.31 0.67 0.27 0.43 0.46 0.47 0.68 0.40 0.31 0.35 0.34 0.85 0.56 0.48 0.25 0.14 0.31 0.26 0.18
C5' 0.43 0.68 0.35 0.26 0.46 0.23 0.38 0.29 0.32 0.39 0.64 0.95 0.58 0.20 0.50 0.33 0.26 0.32 0.31 0.22
C6 0.39 0.45 0.63 0.30 0.50 0.46 0.48 0.65 0.38 0.36 0.48 0.51 0.94 0.63 0.56 0.27 0.17 0.28 0.27 0.18
N1 0.44 0.56 0.63 0.34 0.61 0.48 0.56 0.68 0.45 0.42 0.61 0.65 1.05 0.66 0.70 0.30 0.17 0.31 0.24 0.18
N3 0.40 0.46 0.70 0.32 0.60 0.49 0.55 0.73 0.42 0.39 0.54 0.47 1.02 0.62 0.70 0.31 0.14 0.43 0.21 0.19
N4 0.33 0.30 0.68 0.26 0.38 0.46 0.51 0.67 0.46 0.29 0.30 0.40 0.83 0.52 0.44 0.31 0.15 0.47 0.20 0.19
O2 0.46 0.62 0.66 0.37 0.76 0.51 0.70 0.73 0.54 0.48 0.72 0.68 1.11 0.67 0.89 0.34 0.15 0.41 0.22 0.19
O2' 0.48 0.77 0.51 0.30 0.69 0.37 0.61 0.59 0.49 0.48 0.81 1.00 0.98 0.47 0.79 0.30 0.17 0.30 0.25 0.17
O3' 0.40 0.65 0.42 0.26 0.53 0.23 0.47 0.47 0.36 0.40 0.64 0.86 0.65 0.22 0.59 0.21 0.23 0.23 0.25 0.12
O4' 0.50 0.73 0.51 0.38 0.61 0.44 0.57 0.56 0.50 0.48 0.73 0.96 1.02 0.64 0.67 0.37 0.22 0.26 0.27 0.19
O5' 0.38 0.53 0.40 0.35 0.36 0.23 0.28 0.29 0.22 0.34 0.49 0.71 0.47 0.03 0.38 0.31 0.26 0.34 0.32 0.24
OP1 0.45 0.54 0.81 0.31 0.70 0.29 0.82 0.29 0.79 0.59 0.60 0.55 1.04 0.05 0.71 0.35 0.28 0.46 0.29 0.28
OP2 0.33 0.44 0.25 0.19 0.35 0.48 0.34 0.45 0.33 0.34 0.42 0.57 0.69 0.03 0.37 0.57 0.53 0.76 0.56 0.62
P 0.12 0.18 0.28 0.03 0.25 0.23 0.38 0.26 0.37 0.17 0.16 0.34 0.49 0.01 0.26 0.29 0.19 0.41 0.19 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.17 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.33 0.04 0.01 0.18 0.17 0.47 0.22
C2 0.06 0.00 0.19 0.14 0.02 0.32 0.01 0.56 0.01 0.01 0.01 0.00 0.47 0.25 0.03 0.32 0.59 0.49 0.31 0.38
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.08 0.03 0.17 0.28 0.21 0.03 0.15 0.33 0.00 0.08 0.09 0.01 0.43 0.45 0.74 0.53
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.33 0.01 0.41 0.05 0.38 0.21 0.22 0.15 0.02 0.02 0.35 0.03 0.36 0.39 0.31 0.33
C4 0.03 0.02 0.08 0.33 0.00 0.19 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.20 0.00 0.09 0.43 0.34 0.56 0.36
C4' 0.02 0.32 0.03 0.01 0.19 0.00 0.13 0.01 0.16 0.12 0.30 0.45 0.26 0.04 0.22 0.01 0.02 0.25 0.23 0.07
C5 0.01 0.01 0.17 0.41 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.37 0.37 0.01 0.21 0.61 0.76 1.00 0.84
C5' 0.17 0.56 0.28 0.05 0.38 0.01 0.24 0.00 0.26 0.29 0.56 0.71 0.10 0.27 0.42 0.03 0.01 0.24 0.36 0.04
C6 0.01 0.01 0.21 0.38 0.01 0.16 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.32 0.01 0.28 0.66 0.75 1.02 0.86
N1 0.02 0.01 0.03 0.21 0.01 0.12 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.12 0.02 0.06 0.29 0.24 0.53 0.28
N3 0.05 0.01 0.15 0.22 0.01 0.30 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00 0.01 0.46 0.12 0.03 0.24 0.59 0.42 0.32 0.35
O2 0.09 0.00 0.33 0.15 0.02 0.45 0.02 0.71 0.01 0.02 0.01 0.00 0.69 0.50 0.03 0.54 0.89 0.90 0.47 0.76
O2' 0.03 0.47 0.00 0.02 0.37 0.26 0.37 0.10 0.36 0.20 0.46 0.69 0.00 0.14 0.42 0.20 0.31 0.31 0.69 0.39
O3' 0.33 0.25 0.08 0.02 0.20 0.04 0.37 0.27 0.32 0.12 0.12 0.50 0.14 0.00 0.25 0.31 0.30 0.41 0.34 0.30
O4 0.04 0.03 0.09 0.35 0.00 0.22 0.01 0.42 0.01 0.02 0.03 0.03 0.42 0.25 0.00 0.11 0.47 0.35 0.53 0.37
O4' 0.01 0.32 0.01 0.03 0.09 0.01 0.21 0.03 0.28 0.06 0.24 0.54 0.20 0.31 0.11 0.00 0.25 0.29 0.35 0.22
O5' 0.18 0.59 0.43 0.36 0.43 0.02 0.61 0.01 0.66 0.29 0.59 0.89 0.31 0.30 0.47 0.25 0.00 0.03 0.02 0.02
OP1 0.17 0.49 0.45 0.39 0.34 0.25 0.76 0.24 0.75 0.24 0.42 0.90 0.31 0.41 0.35 0.29 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.47 0.31 0.74 0.31 0.56 0.23 1.00 0.36 1.02 0.53 0.32 0.47 0.69 0.34 0.53 0.35 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.38 0.53 0.33 0.36 0.07 0.84 0.04 0.86 0.28 0.35 0.76 0.39 0.30 0.37 0.22 0.02 0.01 0.01 0.00