Doublet Group distance statistics: 52495

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.015, 0.024, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.024 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.017, 0.027, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.015, 0.026, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N1	A	0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N4	A	0, 0.042, 0.068, 0.095, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.068 std_dev=0.027
O2	A	0, 0.047, 0.077, 0.106, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.077 std_dev=0.030
O4'	A	0, 0.098, 0.163, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.163 std_dev=0.064
C4'	A	0, 0.094, 0.194, 0.295, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.194 std_dev=0.101
C2'	A	0, 0.053, 0.198, 0.343, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.198 std_dev=0.145
O5'	A	0, 0.096, 0.245, 0.394, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.245 std_dev=0.149
P	A	0, 0.310, 0.516, 0.723, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.516 std_dev=0.207
C3'	A	0, 0.466, 0.724, 0.982, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.724 std_dev=0.258
P	B	0, 0.442, 0.707, 0.973, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.707 std_dev=0.265
C5	B	0, 0.455, 0.730, 1.005, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.730 std_dev=0.275
C6	B	0, 0.491, 0.780, 1.068, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.780 std_dev=0.289
OP1	A	0, 0.384, 0.682, 0.979, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.682 std_dev=0.297
O2'	A	0, 0.456, 0.777, 1.098, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.777 std_dev=0.321
OP2	B	0, 0.594, 0.938, 1.282, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.938 std_dev=0.344
C4	B	0, 0.539, 0.891, 1.242, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.891 std_dev=0.351
OP2	A	0, 0.463, 0.818, 1.173, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.818 std_dev=0.355
C5'	A	0, 0.202, 0.566, 0.930, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.566 std_dev=0.364
N1	B	0, 0.634, 1.001, 1.368, 1.303 max_d=1.303 avg_d=1.001 std_dev=0.367
C5'	B	0, 0.649, 1.025, 1.400, 1.302 max_d=1.302 avg_d=1.025 std_dev=0.375
O5'	B	0, 0.688, 1.081, 1.474, 1.373 max_d=1.373 avg_d=1.081 std_dev=0.393
C4'	B	0, 0.712, 1.118, 1.525, 1.430 max_d=1.430 avg_d=1.118 std_dev=0.406
O4'	B	0, 0.722, 1.128, 1.535, 1.394 max_d=1.394 avg_d=1.128 std_dev=0.407
C3'	B	0, 0.697, 1.109, 1.521, 1.439 max_d=1.439 avg_d=1.109 std_dev=0.412
C1'	B	0, 0.749, 1.172, 1.596, 1.460 max_d=1.460 avg_d=1.172 std_dev=0.423
O4	B	0, 0.622, 1.057, 1.491, 1.609 max_d=1.609 avg_d=1.057 std_dev=0.434
N3	B	0, 0.725, 1.166, 1.606, 1.581 max_d=1.581 avg_d=1.166 std_dev=0.440
C2	B	0, 0.767, 1.213, 1.660, 1.565 max_d=1.565 avg_d=1.213 std_dev=0.446
O3'	B	0, 0.720, 1.171, 1.623, 1.557 max_d=1.557 avg_d=1.171 std_dev=0.451
C2'	B	0, 0.834, 1.302, 1.771, 1.648 max_d=1.648 avg_d=1.302 std_dev=0.469
OP1	B	0, 0.805, 1.282, 1.758, 1.677 max_d=1.677 avg_d=1.282 std_dev=0.477
O2	B	0, 0.915, 1.446, 1.977, 1.817 max_d=1.817 avg_d=1.446 std_dev=0.531
O2'	B	0, 1.098, 1.711, 2.325, 2.100 max_d=2.100 avg_d=1.711 std_dev=0.614
O3'	A	0, 1.248, 1.932, 2.617, 2.264 max_d=2.264 avg_d=1.932 std_dev=0.684

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.03	0.06	0.01	0.08	0.01	0.02	0.17	0.04	0.07
C2	0.04	0.00	0.04	0.02	0.01	0.05	0.02	0.05	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.06	0.10	0.07	0.05	0.19	0.06	0.09
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.02	0.04	0.07	0.05	0.01	0.02	0.02	0.09	0.00	0.02	0.01	0.11	0.24	0.11	0.16
C3'	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.01	0.05	0.01	0.05	0.02	0.02	0.04	0.06	0.03	0.01	0.01	0.10	0.17	0.12	0.14
C4	0.02	0.01	0.02	0.04	0.00	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.07	0.05	0.04	0.04	0.20	0.06	0.08
C4'	0.01	0.05	0.02	0.01	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.02	0.04	0.04	0.09	0.04	0.03	0.01	0.01	0.07	0.06	0.04
C5	0.01	0.02	0.04	0.05	0.01	0.05	0.00	0.07	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.11	0.02	0.06	0.06	0.20	0.07	0.07
C5'	0.02	0.05	0.07	0.01	0.05	0.01	0.07	0.00	0.06	0.03	0.05	0.06	0.07	0.05	0.05	0.01	0.00	0.08	0.01	0.02
C6	0.02	0.02	0.05	0.05	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.11	0.03	0.07	0.04	0.19	0.05	0.07
N1	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.04	0.06	0.03	0.03	0.19	0.05	0.09
N3	0.03	0.01	0.02	0.02	0.01	0.04	0.02	0.05	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.05	0.08	0.06	0.04	0.20	0.06	0.08
N4	0.03	0.02	0.02	0.04	0.01	0.04	0.01	0.06	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.08	0.05	0.05	0.05	0.19	0.07	0.07
O2	0.06	0.00	0.09	0.06	0.02	0.09	0.02	0.07	0.02	0.02	0.02	0.02	0.00	0.14	0.15	0.11	0.09	0.19	0.10	0.12
O2'	0.01	0.06	0.00	0.03	0.07	0.04	0.11	0.05	0.11	0.04	0.05	0.08	0.14	0.00	0.06	0.02	0.12	0.27	0.14	0.19
O3'	0.08	0.10	0.02	0.01	0.05	0.03	0.02	0.05	0.03	0.06	0.08	0.05	0.15	0.06	0.00	0.07	0.13	0.19	0.20	0.19
O4'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.07	0.03	0.06	0.05	0.11	0.02	0.07	0.00	0.04	0.10	0.05	0.02
O5'	0.02	0.05	0.11	0.10	0.04	0.01	0.06	0.00	0.04	0.03	0.04	0.05	0.09	0.12	0.13	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.17	0.19	0.24	0.17	0.20	0.07	0.20	0.08	0.19	0.19	0.20	0.19	0.19	0.27	0.19	0.10	0.01	0.00	0.03	0.01
OP2	0.04	0.06	0.11	0.12	0.06	0.06	0.07	0.01	0.05	0.05	0.06	0.07	0.10	0.14	0.20	0.05	0.01	0.03	0.00	0.01
P	0.07	0.09	0.16	0.14	0.08	0.04	0.07	0.02	0.07	0.09	0.08	0.07	0.12	0.19	0.19	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.17	0.08	0.05	0.12	0.06	0.09	0.05	0.10	0.14	0.16	0.19	0.07	0.06	0.12	0.11	0.04	0.11	0.07	0.05
C2	0.12	0.17	0.07	0.05	0.15	0.05	0.12	0.03	0.12	0.15	0.17	0.19	0.07	0.05	0.15	0.11	0.04	0.08	0.07	0.04
C2'	0.13	0.18	0.09	0.09	0.14	0.09	0.11	0.09	0.11	0.15	0.18	0.21	0.08	0.09	0.14	0.12	0.09	0.16	0.07	0.08
C3'	0.12	0.17	0.07	0.05	0.13	0.06	0.11	0.05	0.11	0.14	0.17	0.20	0.06	0.06	0.13	0.11	0.05	0.09	0.06	0.05
C4	0.12	0.16	0.07	0.04	0.14	0.05	0.12	0.03	0.12	0.14	0.16	0.17	0.07	0.04	0.13	0.11	0.04	0.07	0.08	0.04
C4'	0.10	0.15	0.10	0.07	0.11	0.05	0.08	0.05	0.08	0.12	0.14	0.17	0.10	0.06	0.12	0.08	0.07	0.13	0.05	0.05
C5	0.14	0.18	0.09	0.06	0.14	0.07	0.11	0.05	0.12	0.16	0.17	0.20	0.08	0.06	0.12	0.12	0.06	0.11	0.09	0.07
C5'	0.10	0.13	0.14	0.13	0.10	0.10	0.08	0.11	0.08	0.11	0.13	0.16	0.15	0.13	0.11	0.07	0.14	0.18	0.11	0.11
C6	0.14	0.18	0.09	0.07	0.14	0.08	0.11	0.06	0.12	0.16	0.18	0.21	0.09	0.07	0.13	0.12	0.06	0.11	0.08	0.06
N1	0.13	0.18	0.09	0.06	0.14	0.07	0.11	0.05	0.12	0.15	0.18	0.20	0.08	0.06	0.14	0.12	0.04	0.10	0.07	0.05
N3	0.12	0.16	0.06	0.04	0.14	0.05	0.12	0.03	0.12	0.14	0.16	0.18	0.06	0.05	0.14	0.11	0.03	0.07	0.07	0.04
N4	0.11	0.15	0.07	0.05	0.13	0.05	0.11	0.03	0.12	0.13	0.14	0.16	0.08	0.05	0.12	0.10	0.04	0.08	0.08	0.05
O2	0.12	0.17	0.07	0.05	0.15	0.05	0.12	0.04	0.12	0.15	0.17	0.19	0.06	0.05	0.15	0.11	0.04	0.07	0.07	0.04
O2'	0.24	0.28	0.22	0.23	0.22	0.23	0.19	0.22	0.20	0.25	0.27	0.31	0.22	0.24	0.21	0.23	0.19	0.25	0.17	0.19
O3'	0.13	0.18	0.09	0.08	0.15	0.08	0.12	0.07	0.12	0.15	0.18	0.21	0.07	0.09	0.14	0.12	0.06	0.11	0.08	0.06
O4'	0.12	0.16	0.11	0.07	0.13	0.06	0.09	0.05	0.10	0.13	0.16	0.18	0.11	0.07	0.13	0.10	0.06	0.12	0.06	0.05
O5'	0.09	0.13	0.09	0.07	0.11	0.06	0.10	0.07	0.09	0.10	0.13	0.15	0.11	0.06	0.13	0.06	0.11	0.15	0.08	0.07
OP1	0.11	0.10	0.09	0.14	0.11	0.16	0.16	0.19	0.15	0.11	0.08	0.11	0.08	0.14	0.11	0.13	0.21	0.22	0.23	0.20
OP2	0.11	0.13	0.09	0.11	0.14	0.12	0.16	0.12	0.14	0.13	0.13	0.15	0.08	0.11	0.15	0.12	0.14	0.15	0.13	0.11
P	0.06	0.08	0.05	0.07	0.08	0.08	0.11	0.10	0.09	0.07	0.07	0.11	0.05	0.07	0.09	0.06	0.12	0.14	0.12	0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.04	0.02	0.02	0.01	0.00	0.05	0.14	0.02	0.07
C2	0.02	0.00	0.04	0.04	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.04	0.03	0.02	0.01	0.06	0.15	0.06	0.08
C2'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.04	0.01	0.05	0.01	0.06	0.02	0.04	0.09	0.00	0.02	0.04	0.01	0.05	0.07	0.07	0.04
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.05	0.01	0.08	0.01	0.08	0.02	0.03	0.08	0.01	0.01	0.05	0.02	0.09	0.06	0.11	0.06
C4	0.01	0.01	0.04	0.05	0.00	0.04	0.01	0.05	0.02	0.01	0.01	0.02	0.04	0.05	0.00	0.02	0.06	0.11	0.07	0.05
C4'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.04	0.00	0.06	0.01	0.06	0.02	0.02	0.05	0.04	0.02	0.04	0.01	0.02	0.08	0.07	0.02
C5	0.01	0.02	0.05	0.08	0.01	0.06	0.00	0.08	0.01	0.01	0.02	0.02	0.04	0.08	0.01	0.03	0.06	0.11	0.07	0.05
C5'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.05	0.01	0.08	0.00	0.07	0.02	0.03	0.05	0.04	0.03	0.06	0.01	0.01	0.06	0.09	0.01
C6	0.01	0.02	0.06	0.08	0.02	0.06	0.01	0.07	0.00	0.01	0.02	0.02	0.04	0.08	0.02	0.03	0.05	0.13	0.06	0.06
N1	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.03	0.01	0.01	0.06	0.15	0.05	0.08
N3	0.02	0.01	0.04	0.03	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.00	0.02	0.05	0.03	0.01	0.01	0.06	0.13	0.06	0.07
O2	0.04	0.01	0.09	0.08	0.02	0.05	0.02	0.05	0.02	0.02	0.02	0.00	0.09	0.08	0.03	0.04	0.07	0.15	0.06	0.10
O2'	0.02	0.04	0.00	0.01	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.02	0.05	0.09	0.00	0.05	0.04	0.04	0.04	0.08	0.07	0.04
O3'	0.02	0.03	0.02	0.01	0.05	0.02	0.08	0.03	0.08	0.03	0.03	0.08	0.05	0.00	0.05	0.02	0.10	0.06	0.13	0.07
O4	0.01	0.02	0.04	0.05	0.00	0.04	0.01	0.06	0.02	0.01	0.01	0.03	0.04	0.05	0.00	0.03	0.06	0.10	0.07	0.04
O4'	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.04	0.04	0.02	0.03	0.00	0.08	0.16	0.02	0.09
O5'	0.05	0.06	0.05	0.09	0.06	0.02	0.06	0.01	0.05	0.06	0.06	0.07	0.04	0.10	0.06	0.08	0.00	0.02	0.03	0.01
OP1	0.14	0.15	0.07	0.06	0.11	0.08	0.11	0.06	0.13	0.15	0.13	0.15	0.08	0.06	0.10	0.16	0.02	0.00	0.05	0.01
OP2	0.02	0.06	0.07	0.11	0.07	0.07	0.07	0.09	0.06	0.05	0.06	0.06	0.07	0.13	0.07	0.02	0.03	0.05	0.00	0.03
P	0.07	0.08	0.04	0.06	0.05	0.02	0.05	0.01	0.06	0.08	0.07	0.10	0.04	0.07	0.04	0.09	0.01	0.01	0.03	0.00