ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52496

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.016, 0.027, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.040 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.034, 0.066, 0.097, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.066 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.024, 0.070, 0.116, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.070 std_dev=0.046
OP2 B 0, 0.337, 0.586, 0.836, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.586 std_dev=0.249
P B 0, 0.415, 0.779, 1.143, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.779 std_dev=0.364
C2' A 0, 0.058, 0.528, 0.998, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.528 std_dev=0.470
O4' A 0, 0.000, 0.491, 0.983, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.491 std_dev=0.492
O2' A 0, 0.158, 0.720, 1.282, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.720 std_dev=0.562
OP1 B 0, 0.265, 0.831, 1.397, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.831 std_dev=0.566
O5' B 0, 0.813, 1.460, 2.108, 1.971 max_d=1.971 avg_d=1.460 std_dev=0.647
C3' A 0, 0.053, 0.761, 1.469, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.761 std_dev=0.708
C4' A 0, 0.006, 0.734, 1.462, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.734 std_dev=0.728
O3' A 0, 0.156, 0.997, 1.837, 2.434 max_d=2.434 avg_d=0.997 std_dev=0.841
C5' A 0, 0.048, 1.343, 2.638, 3.562 max_d=3.562 avg_d=1.343 std_dev=1.295
C5' B 0, 1.161, 2.582, 4.003, 4.234 max_d=4.234 avg_d=2.582 std_dev=1.421
C4' B 0, 0.332, 2.274, 4.216, 5.521 max_d=5.521 avg_d=2.274 std_dev=1.942
O4' B 0, 0.013, 2.277, 4.541, 6.187 max_d=6.187 avg_d=2.277 std_dev=2.264
O5' A 0, -0.362, 1.987, 4.336, 6.045 max_d=6.045 avg_d=1.987 std_dev=2.349
C3' B 0, -0.195, 2.201, 4.597, 6.312 max_d=6.312 avg_d=2.201 std_dev=2.396
C6 B 0, 1.043, 3.541, 6.040, 7.399 max_d=7.399 avg_d=3.541 std_dev=2.498
C5 B 0, 1.517, 4.021, 6.524, 7.627 max_d=7.627 avg_d=4.021 std_dev=2.503
OP1 A 0, -0.141, 2.390, 4.921, 6.714 max_d=6.714 avg_d=2.390 std_dev=2.531
O3' B 0, 0.090, 2.654, 5.219, 7.034 max_d=7.034 avg_d=2.654 std_dev=2.564
C4 B 0, 0.987, 3.637, 6.287, 7.863 max_d=7.863 avg_d=3.637 std_dev=2.650
O4 B 0, 1.378, 4.073, 6.768, 8.239 max_d=8.239 avg_d=4.073 std_dev=2.695
N1 B 0, -0.028, 2.747, 5.521, 7.480 max_d=7.480 avg_d=2.747 std_dev=2.774
O2 B 0, 0.868, 3.695, 6.522, 8.128 max_d=8.128 avg_d=3.695 std_dev=2.827
N3 B 0, 0.242, 3.133, 6.024, 7.900 max_d=7.900 avg_d=3.133 std_dev=2.891
C1' B 0, -0.309, 2.590, 5.489, 7.646 max_d=7.646 avg_d=2.590 std_dev=2.899
C2 B 0, 0.002, 2.906, 5.809, 7.740 max_d=7.740 avg_d=2.906 std_dev=2.903
C2' B 0, -0.181, 2.796, 5.773, 7.949 max_d=7.949 avg_d=2.796 std_dev=2.977
P A 0, -0.688, 2.314, 5.315, 7.493 max_d=7.493 avg_d=2.314 std_dev=3.002
O2' B 0, 0.434, 3.733, 7.033, 9.352 max_d=9.352 avg_d=3.733 std_dev=3.300
OP2 A 0, -0.808, 3.283, 7.374, 10.263 max_d=10.263 avg_d=3.283 std_dev=4.091

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.06 0.10 0.02 0.05 0.02 0.18 0.10 0.53 0.33
C2 0.06 0.00 0.17 0.22 0.02 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.19 0.19 0.29 0.15 0.67 0.45
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.06 0.02 0.20 0.01 0.24 0.03 0.12 0.06 0.33 0.00 0.02 0.01 0.29 0.22 0.69 0.31
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.21 0.01 0.17 0.02 0.14 0.13 0.25 0.24 0.26 0.01 0.01 0.01 0.38 0.37 0.78 0.32
C4 0.06 0.02 0.06 0.21 0.00 0.11 0.01 0.27 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.23 0.18 0.06 0.82 0.46 1.46 1.08
C4' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.20 0.05 0.05 0.14 0.23 0.12 0.03 0.01 0.02 0.22 0.41 0.10
C5 0.03 0.01 0.20 0.17 0.01 0.20 0.00 0.43 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.30 0.16 0.12 1.10 0.71 1.80 1.39
C5' 0.03 0.09 0.01 0.02 0.27 0.01 0.43 0.00 0.39 0.14 0.13 0.33 0.25 0.10 0.07 0.04 0.01 0.31 0.41 0.03
C6 0.02 0.01 0.24 0.14 0.00 0.20 0.00 0.39 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.29 0.13 0.16 1.00 0.57 1.53 1.20
N1 0.02 0.01 0.03 0.13 0.03 0.05 0.02 0.14 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.11 0.08 0.04 0.50 0.16 0.90 0.65
N3 0.06 0.01 0.12 0.25 0.01 0.05 0.02 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.22 0.14 0.49 0.20 0.97 0.69
N4 0.06 0.01 0.06 0.24 0.01 0.14 0.02 0.33 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.24 0.23 0.06 0.91 0.57 1.65 1.22
O2 0.10 0.01 0.33 0.26 0.02 0.23 0.01 0.25 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.21 0.26 0.32 0.22 0.40 0.33 0.23
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.23 0.12 0.30 0.10 0.29 0.11 0.12 0.24 0.21 0.00 0.09 0.12 0.17 0.27 0.52 0.20
O3' 0.05 0.19 0.02 0.01 0.18 0.03 0.16 0.07 0.13 0.08 0.22 0.23 0.26 0.09 0.00 0.04 0.30 0.59 0.68 0.26
O4' 0.02 0.19 0.01 0.01 0.06 0.01 0.12 0.04 0.16 0.04 0.14 0.06 0.32 0.12 0.04 0.00 0.15 0.23 0.45 0.32
O5' 0.18 0.29 0.29 0.38 0.82 0.02 1.10 0.01 1.00 0.50 0.49 0.91 0.22 0.17 0.30 0.15 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.10 0.15 0.22 0.37 0.46 0.22 0.71 0.31 0.57 0.16 0.20 0.57 0.40 0.27 0.59 0.23 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.53 0.67 0.69 0.78 1.46 0.41 1.80 0.41 1.53 0.90 0.97 1.65 0.33 0.52 0.68 0.45 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.45 0.31 0.32 1.08 0.10 1.39 0.03 1.20 0.65 0.69 1.22 0.23 0.20 0.26 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.76 1.47 2.22 1.99 1.19 1.69 1.03 1.29 1.03 1.38 1.31 1.74 2.65 2.24 1.33 1.49 0.65 0.23 0.17 0.21
C2 1.01 0.88 1.48 1.37 1.25 1.14 1.14 1.00 0.77 0.78 1.02 1.00 1.83 1.66 1.57 0.85 0.41 0.33 0.18 0.16
C2' 1.51 1.26 1.96 1.75 1.10 1.45 0.95 1.03 0.84 1.14 1.15 1.53 2.38 2.03 1.29 1.23 0.43 0.19 0.35 0.16
C3' 1.98 1.56 2.35 2.19 1.09 1.95 0.97 1.49 1.11 1.52 1.30 1.86 2.77 2.43 1.13 1.76 0.85 0.34 0.24 0.39
C4 0.55 0.55 0.97 0.89 1.19 0.74 1.26 0.77 0.85 0.50 0.81 0.60 1.20 1.17 1.47 0.45 0.26 0.34 0.17 0.15
C4' 2.41 1.92 2.79 2.57 1.24 2.33 1.13 1.80 1.42 1.90 1.56 2.26 3.30 2.82 1.17 2.17 1.11 0.55 0.33 0.60
C5 0.98 0.75 1.36 1.25 0.92 1.07 1.02 0.98 0.81 0.74 0.73 0.91 1.55 1.42 1.09 0.84 0.44 0.24 0.17 0.19
C5' 2.83 2.20 3.11 2.94 1.38 2.79 1.35 2.23 1.76 2.26 1.76 2.54 3.63 3.17 1.17 2.66 1.51 0.94 0.66 1.00
C6 1.44 1.14 1.84 1.70 0.99 1.45 0.97 1.18 0.91 1.12 1.01 1.34 2.10 1.88 1.10 1.24 0.60 0.21 0.16 0.21
N1 1.39 1.14 1.84 1.68 1.12 1.42 1.02 1.16 0.87 1.07 1.08 1.34 2.18 1.92 1.32 1.18 0.54 0.26 0.17 0.19
N3 0.63 0.66 1.09 1.02 1.33 0.84 1.29 0.84 0.82 0.55 0.97 0.68 1.38 1.34 1.68 0.52 0.29 0.37 0.18 0.15
N4 0.26 0.64 0.54 0.46 1.41 0.33 1.55 0.52 1.13 0.62 0.98 0.56 0.73 0.81 1.66 0.20 0.17 0.34 0.17 0.11
O2 1.04 0.94 1.52 1.40 1.33 1.16 1.16 1.01 0.77 0.80 1.12 1.07 1.91 1.71 1.70 0.87 0.41 0.35 0.18 0.16
O2' 1.57 1.37 2.08 1.81 1.16 1.43 0.98 0.95 0.85 1.20 1.26 1.69 2.57 2.12 1.36 1.22 0.36 0.37 0.50 0.31
O3' 2.06 1.62 2.43 2.27 1.08 2.04 0.95 1.53 1.12 1.57 1.33 1.95 2.88 2.54 1.11 1.84 0.89 0.36 0.25 0.40
O4' 2.21 1.80 2.62 2.37 1.25 2.10 1.12 1.63 1.33 1.76 1.51 2.11 3.11 2.59 1.24 1.95 0.96 0.46 0.24 0.48
O5' 3.55 2.73 3.78 3.70 1.72 3.65 1.80 3.14 2.35 2.88 2.17 3.06 4.28 3.91 1.32 3.48 2.40 1.90 1.51 1.92
OP1 3.54 2.63 3.48 3.37 1.62 3.67 1.73 3.10 2.31 2.82 2.04 2.95 4.01 3.52 1.21 3.62 2.35 1.89 1.35 1.87
OP2 4.12 3.09 4.09 4.30 2.09 4.68 2.35 4.42 2.98 3.39 2.48 3.36 4.38 4.43 1.60 4.41 3.65 3.45 2.64 3.28
P 4.05 3.10 4.11 4.16 2.06 4.32 2.23 3.81 2.84 3.33 2.50 3.39 4.51 4.40 1.59 4.14 3.05 2.58 2.04 2.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.19 0.06 0.01 0.19 0.24 0.33 0.21
C2 0.05 0.00 0.23 0.24 0.04 0.22 0.03 0.38 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.22 0.05 0.30 0.20 0.25 0.30 0.26
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.11 0.02 0.11 0.13 0.16 0.04 0.20 0.37 0.01 0.04 0.13 0.01 0.23 0.40 0.56 0.34
C3' 0.03 0.24 0.01 0.00 0.36 0.01 0.38 0.02 0.34 0.21 0.30 0.23 0.03 0.02 0.38 0.03 0.31 0.42 0.40 0.33
C4 0.05 0.04 0.11 0.36 0.00 0.13 0.01 0.14 0.01 0.03 0.02 0.04 0.22 0.32 0.01 0.04 0.45 0.50 0.72 0.52
C4' 0.01 0.22 0.02 0.01 0.13 0.00 0.29 0.01 0.32 0.08 0.17 0.44 0.25 0.03 0.14 0.00 0.02 0.17 0.21 0.04
C5 0.03 0.03 0.11 0.38 0.01 0.29 0.00 0.37 0.01 0.03 0.02 0.04 0.43 0.32 0.01 0.23 0.91 1.00 1.17 1.04
C5' 0.04 0.38 0.13 0.02 0.14 0.01 0.37 0.00 0.42 0.08 0.31 0.68 0.14 0.15 0.16 0.02 0.01 0.23 0.32 0.02
C6 0.02 0.02 0.16 0.34 0.01 0.32 0.01 0.42 0.00 0.01 0.01 0.04 0.46 0.24 0.02 0.30 0.93 0.97 1.04 1.00
N1 0.02 0.01 0.04 0.21 0.03 0.08 0.03 0.08 0.01 0.00 0.02 0.04 0.14 0.12 0.04 0.02 0.33 0.34 0.45 0.35
N3 0.05 0.01 0.20 0.30 0.02 0.17 0.02 0.31 0.01 0.02 0.00 0.02 0.20 0.27 0.04 0.20 0.11 0.17 0.34 0.18
O2 0.08 0.01 0.37 0.23 0.04 0.44 0.04 0.68 0.04 0.04 0.02 0.00 0.56 0.30 0.05 0.54 0.67 0.76 0.61 0.75
O2' 0.01 0.28 0.01 0.03 0.22 0.25 0.43 0.14 0.46 0.14 0.20 0.56 0.00 0.08 0.22 0.17 0.26 0.43 0.55 0.32
O3' 0.19 0.22 0.04 0.02 0.32 0.03 0.32 0.15 0.24 0.12 0.27 0.30 0.08 0.00 0.38 0.15 0.36 0.56 0.53 0.45
O4 0.06 0.05 0.13 0.38 0.01 0.14 0.01 0.16 0.02 0.04 0.04 0.05 0.22 0.38 0.00 0.04 0.44 0.51 0.76 0.52
O4' 0.01 0.30 0.01 0.03 0.04 0.00 0.23 0.02 0.30 0.02 0.20 0.54 0.17 0.15 0.04 0.00 0.10 0.15 0.14 0.13
O5' 0.19 0.20 0.23 0.31 0.45 0.02 0.91 0.01 0.93 0.33 0.11 0.67 0.26 0.36 0.44 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.25 0.40 0.42 0.50 0.17 1.00 0.23 0.97 0.34 0.17 0.76 0.43 0.56 0.51 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.30 0.56 0.40 0.72 0.21 1.17 0.32 1.04 0.45 0.34 0.61 0.55 0.53 0.76 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.26 0.34 0.33 0.52 0.04 1.04 0.02 1.00 0.35 0.18 0.75 0.32 0.45 0.52 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00