ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52498

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.019, 0.037, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.012, 0.034, 0.056, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.034 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.061, 0.236, 0.412, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.236 std_dev=0.176
O4' A 0, 0.018, 0.202, 0.386, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.202 std_dev=0.184
C3' A 0, 0.109, 0.357, 0.605, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.357 std_dev=0.248
C4' A 0, 0.085, 0.344, 0.603, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.344 std_dev=0.259
O3' A 0, 0.280, 0.589, 0.899, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.589 std_dev=0.309
O5' B 0, 0.365, 0.677, 0.989, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.677 std_dev=0.312
OP2 B 0, 0.360, 0.699, 1.039, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.699 std_dev=0.339
O2' A 0, 0.040, 0.387, 0.734, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.387 std_dev=0.347
C5' B 0, 0.411, 0.770, 1.130, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.770 std_dev=0.360
C4' B 0, 0.457, 0.823, 1.189, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.823 std_dev=0.366
P B 0, 0.301, 0.686, 1.072, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.686 std_dev=0.385
C3' B 0, 0.419, 0.824, 1.229, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.824 std_dev=0.405
C5' A 0, 0.189, 0.608, 1.028, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.608 std_dev=0.419
O4' B 0, 0.437, 0.890, 1.342, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.890 std_dev=0.453
OP1 B 0, 0.421, 0.880, 1.338, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.880 std_dev=0.458
O3' B 0, 0.449, 0.927, 1.406, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.927 std_dev=0.478
O5' A 0, 0.301, 0.810, 1.319, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.810 std_dev=0.509
P A 0, 0.393, 0.928, 1.464, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.928 std_dev=0.535
OP2 A 0, 0.560, 1.116, 1.672, 1.692 max_d=1.692 avg_d=1.116 std_dev=0.556
C1' B 0, 0.565, 1.141, 1.717, 1.929 max_d=1.929 avg_d=1.141 std_dev=0.576
C2' B 0, 0.457, 1.061, 1.664, 2.181 max_d=2.181 avg_d=1.061 std_dev=0.603
C6 B 0, 0.809, 1.586, 2.362, 2.590 max_d=2.590 avg_d=1.586 std_dev=0.777
N1 B 0, 0.547, 1.325, 2.103, 2.481 max_d=2.481 avg_d=1.325 std_dev=0.778
OP1 A 0, 0.500, 1.293, 2.086, 2.595 max_d=2.595 avg_d=1.293 std_dev=0.793
O2' B 0, 0.383, 1.293, 2.203, 3.192 max_d=3.192 avg_d=1.293 std_dev=0.910
C5 B 0, 0.862, 1.860, 2.858, 3.242 max_d=3.242 avg_d=1.860 std_dev=0.998
C2 B 0, 0.454, 1.510, 2.566, 3.173 max_d=3.173 avg_d=1.510 std_dev=1.056
O2 B 0, 0.695, 1.788, 2.881, 3.469 max_d=3.469 avg_d=1.788 std_dev=1.093
C4 B 0, 0.521, 1.803, 3.084, 3.781 max_d=3.781 avg_d=1.803 std_dev=1.281
N3 B 0, 0.327, 1.641, 2.956, 3.721 max_d=3.721 avg_d=1.641 std_dev=1.314
O4 B 0, 0.523, 2.052, 3.581, 4.422 max_d=4.422 avg_d=2.052 std_dev=1.529

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.09 0.00 0.07 0.07 0.19 0.07
C2 0.03 0.00 0.07 0.11 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.22 0.07 0.05 0.18 0.20 0.37 0.21
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.12 0.03 0.15 0.08 0.15 0.07 0.08 0.12 0.12 0.00 0.02 0.01 0.21 0.19 0.29 0.22
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.02 0.14 0.09 0.12 0.11 0.15 0.02 0.00 0.02 0.10 0.12 0.09 0.06
C4 0.03 0.01 0.12 0.11 0.00 0.07 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.10 0.06 0.23 0.29 0.47 0.29
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.05 0.07 0.06 0.21 0.02 0.01 0.01 0.13 0.06 0.01
C5 0.03 0.01 0.15 0.14 0.00 0.09 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.16 0.06 0.24 0.28 0.45 0.29
C5' 0.05 0.13 0.08 0.02 0.21 0.01 0.23 0.00 0.20 0.13 0.17 0.22 0.11 0.13 0.13 0.02 0.00 0.17 0.05 0.02
C6 0.02 0.00 0.15 0.14 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.15 0.05 0.21 0.21 0.36 0.23
N1 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.05 0.04 0.15 0.15 0.29 0.16
N3 0.03 0.00 0.08 0.12 0.00 0.05 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.07 0.05 0.22 0.26 0.44 0.27
N4 0.03 0.01 0.12 0.11 0.00 0.07 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.12 0.06 0.25 0.33 0.51 0.33
O2 0.04 0.00 0.12 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.15 0.05 0.16 0.19 0.36 0.20
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.25 0.21 0.20 0.13 0.16 0.14 0.26 0.27 0.23 0.00 0.07 0.15 0.12 0.09 0.24 0.12
O3' 0.09 0.07 0.02 0.00 0.10 0.02 0.16 0.13 0.15 0.05 0.07 0.12 0.15 0.07 0.00 0.06 0.14 0.25 0.30 0.19
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.15 0.06 0.00 0.09 0.15 0.11 0.06
O5' 0.07 0.18 0.21 0.10 0.23 0.01 0.24 0.00 0.21 0.15 0.22 0.25 0.16 0.12 0.14 0.09 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.07 0.20 0.19 0.12 0.29 0.13 0.28 0.17 0.21 0.15 0.26 0.33 0.19 0.09 0.25 0.15 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.37 0.29 0.09 0.47 0.06 0.45 0.05 0.36 0.29 0.44 0.51 0.36 0.24 0.30 0.11 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.21 0.22 0.06 0.29 0.01 0.29 0.02 0.23 0.16 0.27 0.33 0.20 0.12 0.19 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.31 0.39 0.16 0.42 0.18 0.48 0.32 0.44 0.35 0.35 0.30 0.83 0.14 0.46 0.19 0.27 0.23 0.19 0.22
C2 0.29 0.17 0.47 0.15 0.27 0.12 0.36 0.22 0.33 0.23 0.16 0.21 0.90 0.10 0.31 0.13 0.20 0.18 0.14 0.15
C2' 0.26 0.27 0.28 0.16 0.39 0.25 0.43 0.47 0.39 0.28 0.32 0.27 0.66 0.25 0.43 0.18 0.42 0.37 0.31 0.36
C3' 0.32 0.33 0.31 0.20 0.36 0.22 0.37 0.39 0.36 0.31 0.34 0.35 0.61 0.15 0.38 0.19 0.30 0.25 0.21 0.25
C4 0.28 0.24 0.54 0.21 0.34 0.13 0.38 0.16 0.32 0.24 0.27 0.28 0.88 0.18 0.39 0.12 0.16 0.17 0.13 0.12
C4' 0.34 0.43 0.28 0.16 0.51 0.17 0.49 0.33 0.45 0.39 0.48 0.43 0.61 0.20 0.55 0.18 0.28 0.20 0.17 0.21
C5 0.28 0.17 0.52 0.19 0.29 0.13 0.37 0.23 0.34 0.23 0.19 0.19 0.86 0.19 0.32 0.12 0.21 0.18 0.19 0.18
C5' 0.37 0.48 0.32 0.21 0.54 0.21 0.52 0.35 0.47 0.44 0.53 0.49 0.53 0.26 0.57 0.22 0.34 0.27 0.27 0.29
C6 0.31 0.22 0.47 0.15 0.34 0.15 0.43 0.29 0.40 0.29 0.24 0.21 0.88 0.15 0.37 0.15 0.25 0.20 0.20 0.21
N1 0.31 0.20 0.44 0.15 0.32 0.14 0.41 0.28 0.39 0.27 0.22 0.21 0.88 0.11 0.35 0.16 0.24 0.20 0.18 0.19
N3 0.28 0.23 0.51 0.18 0.32 0.11 0.37 0.17 0.32 0.23 0.25 0.27 0.90 0.13 0.37 0.12 0.16 0.17 0.12 0.11
N4 0.30 0.36 0.57 0.26 0.48 0.17 0.46 0.13 0.36 0.32 0.42 0.38 0.85 0.23 0.54 0.15 0.15 0.19 0.11 0.09
O2 0.30 0.17 0.45 0.15 0.26 0.12 0.36 0.23 0.34 0.23 0.16 0.21 0.89 0.09 0.31 0.14 0.20 0.18 0.14 0.14
O2' 0.32 0.38 0.34 0.16 0.45 0.21 0.47 0.46 0.41 0.34 0.42 0.42 0.78 0.17 0.50 0.15 0.43 0.45 0.38 0.42
O3' 0.36 0.39 0.30 0.24 0.37 0.27 0.35 0.41 0.35 0.34 0.40 0.44 0.59 0.11 0.40 0.24 0.31 0.32 0.26 0.30
O4' 0.37 0.38 0.35 0.21 0.50 0.21 0.53 0.34 0.49 0.40 0.43 0.35 0.79 0.18 0.54 0.23 0.29 0.24 0.20 0.24
O5' 0.34 0.37 0.31 0.15 0.30 0.10 0.27 0.27 0.27 0.31 0.35 0.43 0.55 0.03 0.31 0.14 0.21 0.24 0.20 0.20
OP1 0.18 0.31 0.08 0.04 0.19 0.21 0.12 0.48 0.11 0.18 0.28 0.43 0.16 0.03 0.20 0.09 0.44 0.57 0.42 0.49
OP2 0.13 0.10 0.09 0.12 0.29 0.31 0.37 0.53 0.33 0.18 0.16 0.08 0.16 0.03 0.31 0.28 0.59 0.54 0.59 0.57
P 0.16 0.17 0.09 0.05 0.09 0.17 0.13 0.38 0.12 0.11 0.14 0.27 0.19 0.01 0.10 0.10 0.37 0.40 0.35 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.22 0.02 0.01 0.14 0.16 0.18 0.14
C2 0.01 0.00 0.10 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.18 0.01 0.10 0.23 0.20 0.36 0.29
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.02 0.17 0.14 0.20 0.04 0.05 0.23 0.00 0.03 0.07 0.03 0.30 0.41 0.43 0.37
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.11 0.00 0.12 0.02 0.10 0.06 0.09 0.08 0.03 0.01 0.12 0.01 0.06 0.27 0.13 0.14
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.28 0.11 0.00 0.07 0.32 0.38 0.54 0.46
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.08 0.17 0.02 0.08 0.00 0.02 0.14 0.04 0.04
C5 0.02 0.01 0.17 0.12 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.11 0.00 0.07 0.33 0.41 0.54 0.47
C5' 0.05 0.12 0.14 0.02 0.20 0.01 0.22 0.00 0.19 0.12 0.16 0.11 0.07 0.12 0.21 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.10 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.32 0.12 0.01 0.08 0.30 0.31 0.41 0.38
N1 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.16 0.01 0.04 0.22 0.20 0.31 0.27
N3 0.02 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.20 0.14 0.01 0.09 0.28 0.28 0.46 0.38
O2 0.01 0.00 0.23 0.08 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.23 0.01 0.14 0.19 0.17 0.31 0.23
O2' 0.01 0.17 0.00 0.03 0.28 0.17 0.35 0.07 0.32 0.16 0.20 0.28 0.00 0.05 0.30 0.10 0.24 0.37 0.50 0.33
O3' 0.22 0.18 0.03 0.01 0.11 0.02 0.11 0.12 0.12 0.16 0.14 0.23 0.05 0.00 0.10 0.15 0.11 0.25 0.12 0.13
O4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.10 0.00 0.07 0.34 0.43 0.60 0.51
O4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.07 0.00 0.07 0.02 0.08 0.04 0.09 0.14 0.10 0.15 0.07 0.00 0.09 0.05 0.12 0.10
O5' 0.14 0.23 0.30 0.06 0.32 0.02 0.33 0.01 0.30 0.22 0.28 0.19 0.24 0.11 0.34 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.16 0.20 0.41 0.27 0.38 0.14 0.41 0.06 0.31 0.20 0.28 0.17 0.37 0.25 0.43 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.36 0.43 0.13 0.54 0.04 0.54 0.02 0.41 0.31 0.46 0.31 0.50 0.12 0.60 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.29 0.37 0.14 0.46 0.04 0.47 0.02 0.38 0.27 0.38 0.23 0.33 0.13 0.51 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00