ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52499

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, -0.001, 0.011, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.031, 0.061, 0.092, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.061 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.042, 0.086, 0.130, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.086 std_dev=0.044
OP2 B 0, 0.128, 0.286, 0.444, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.286 std_dev=0.158
P B 0, 0.192, 0.367, 0.542, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.367 std_dev=0.175
O4' A 0, -0.057, 0.287, 0.632, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.287 std_dev=0.345
C2' A 0, -0.089, 0.280, 0.649, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.280 std_dev=0.369
C4' A 0, -0.110, 0.451, 1.012, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.451 std_dev=0.561
C3' A 0, -0.105, 0.471, 1.047, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.471 std_dev=0.576
O5' A 0, 0.073, 0.740, 1.408, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.740 std_dev=0.667
O2' A 0, -0.261, 0.424, 1.109, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.424 std_dev=0.685
OP1 B 0, 0.170, 0.855, 1.541, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.855 std_dev=0.685
C5' A 0, -0.035, 0.651, 1.338, 2.140 max_d=2.140 avg_d=0.651 std_dev=0.687
O5' B 0, 0.021, 0.759, 1.497, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.759 std_dev=0.738
O3' A 0, -0.208, 0.690, 1.588, 2.826 max_d=2.826 avg_d=0.690 std_dev=0.898
P A 0, 0.068, 1.016, 1.963, 2.392 max_d=2.392 avg_d=1.016 std_dev=0.948
O3' B 0, 0.007, 1.015, 2.023, 2.641 max_d=2.641 avg_d=1.015 std_dev=1.008
O2' B 0, 0.104, 1.136, 2.169, 2.557 max_d=2.557 avg_d=1.136 std_dev=1.033
C3' B 0, -0.121, 0.951, 2.024, 2.711 max_d=2.711 avg_d=0.951 std_dev=1.073
OP1 A 0, 0.108, 1.183, 2.257, 2.536 max_d=2.536 avg_d=1.183 std_dev=1.075
OP2 A 0, 0.041, 1.182, 2.323, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.182 std_dev=1.141
C2' B 0, 0.033, 1.238, 2.442, 2.895 max_d=2.895 avg_d=1.238 std_dev=1.204
C5' B 0, -0.036, 1.253, 2.542, 3.246 max_d=3.246 avg_d=1.253 std_dev=1.289
C4' B 0, -0.135, 1.447, 3.028, 3.924 max_d=3.924 avg_d=1.447 std_dev=1.581
O4' B 0, -0.110, 1.867, 3.843, 4.697 max_d=4.697 avg_d=1.867 std_dev=1.977
C1' B 0, -0.101, 1.882, 3.866, 4.663 max_d=4.663 avg_d=1.882 std_dev=1.983
C6 B 0, -0.105, 2.215, 4.535, 5.255 max_d=5.255 avg_d=2.215 std_dev=2.320
N1 B 0, -0.139, 2.395, 4.929, 5.475 max_d=5.475 avg_d=2.395 std_dev=2.534
C5 B 0, -0.210, 2.999, 6.208, 7.256 max_d=7.256 avg_d=2.999 std_dev=3.209
C2 B 0, -0.244, 3.306, 6.855, 7.631 max_d=7.631 avg_d=3.306 std_dev=3.550
O2 B 0, -0.256, 3.576, 7.407, 8.482 max_d=8.482 avg_d=3.576 std_dev=3.832
C4 B 0, -0.367, 3.936, 8.240, 9.304 max_d=9.304 avg_d=3.936 std_dev=4.303
N3 B 0, -0.341, 3.994, 8.329, 9.034 max_d=9.034 avg_d=3.994 std_dev=4.335
O4 B 0, -0.469, 4.748, 9.966, 11.267 max_d=11.267 avg_d=4.748 std_dev=5.218

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.30 0.01 0.15 0.14 0.24 0.16
C2 0.02 0.00 0.17 0.20 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.18 0.09 0.07 0.09 0.19 0.12
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.18 0.14 0.02 0.13 0.05 0.28 0.00 0.02 0.02 0.39 0.42 0.54 0.44
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.31 0.01 0.32 0.01 0.27 0.19 0.26 0.34 0.14 0.03 0.00 0.02 0.06 0.13 0.09 0.08
C4 0.02 0.01 0.04 0.31 0.00 0.14 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.08 0.04 0.20 0.24 0.34 0.23
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.14 0.00 0.19 0.00 0.19 0.08 0.07 0.15 0.07 0.26 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.03 0.02 0.09 0.32 0.01 0.19 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.37 0.15 0.11 0.24 0.28 0.39 0.27
C5' 0.06 0.05 0.18 0.01 0.14 0.00 0.19 0.00 0.16 0.05 0.08 0.17 0.09 0.07 0.16 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01
C6 0.03 0.02 0.14 0.27 0.01 0.19 0.00 0.16 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.33 0.12 0.14 0.19 0.21 0.33 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.11 0.02 0.09 0.10 0.23 0.14
N3 0.02 0.01 0.13 0.26 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.10 0.07 0.13 0.16 0.25 0.17
N4 0.02 0.02 0.05 0.34 0.01 0.15 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.32 0.11 0.05 0.24 0.30 0.39 0.28
O2 0.04 0.01 0.28 0.14 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.11 0.33 0.17 0.07 0.06 0.15 0.10
O2' 0.01 0.10 0.00 0.03 0.30 0.26 0.37 0.07 0.33 0.18 0.18 0.32 0.11 0.00 0.03 0.18 0.30 0.34 0.62 0.38
O3' 0.30 0.18 0.02 0.00 0.08 0.02 0.15 0.16 0.12 0.11 0.10 0.11 0.33 0.03 0.00 0.21 0.20 0.31 0.26 0.26
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.14 0.02 0.07 0.05 0.17 0.18 0.21 0.00 0.10 0.08 0.19 0.14
O5' 0.15 0.07 0.39 0.06 0.20 0.01 0.24 0.01 0.19 0.09 0.13 0.24 0.07 0.30 0.20 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.09 0.42 0.13 0.24 0.05 0.28 0.05 0.21 0.10 0.16 0.30 0.06 0.34 0.31 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.19 0.54 0.09 0.34 0.03 0.39 0.00 0.33 0.23 0.25 0.39 0.15 0.62 0.26 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.12 0.44 0.08 0.23 0.01 0.27 0.01 0.21 0.14 0.17 0.28 0.10 0.38 0.26 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.97 2.34 0.56 0.21 2.93 0.18 2.37 0.17 1.80 1.76 2.88 2.22 0.30 0.14 3.23 0.70 0.48 0.25 0.05 0.12
C2 0.96 2.39 0.36 0.17 3.36 0.15 2.81 0.30 2.02 1.84 3.07 2.19 0.23 0.13 3.83 0.75 0.46 0.13 0.08 0.12
C2' 0.68 2.06 0.37 0.20 2.74 0.32 2.17 0.46 1.55 1.47 2.65 1.96 0.20 0.32 3.14 0.43 0.52 0.36 0.14 0.22
C3' 0.57 1.70 0.47 0.15 2.31 0.10 1.91 0.22 1.41 1.27 2.19 1.57 0.30 0.06 2.62 0.34 0.45 0.55 0.29 0.31
C4 0.57 1.64 0.20 0.17 2.51 0.24 2.26 0.51 1.59 1.30 2.18 1.43 0.40 0.15 2.86 0.45 0.28 0.09 0.10 0.09
C4' 0.62 1.61 0.53 0.19 1.97 0.13 1.60 0.11 1.23 1.20 1.96 1.55 0.29 0.08 2.18 0.43 0.43 0.47 0.15 0.20
C5 0.44 1.32 0.32 0.24 2.02 0.31 1.86 0.54 1.35 1.07 1.75 1.12 0.50 0.18 2.26 0.32 0.27 0.15 0.06 0.10
C5' 0.25 0.93 0.34 0.09 1.24 0.05 1.03 0.07 0.77 0.69 1.18 0.84 0.28 0.04 1.39 0.14 0.37 0.57 0.15 0.21
C6 0.58 1.58 0.32 0.17 2.23 0.16 1.99 0.37 1.49 1.27 2.02 1.38 0.47 0.13 2.45 0.40 0.38 0.24 0.05 0.12
N1 0.86 2.15 0.38 0.16 2.90 0.11 2.46 0.27 1.83 1.67 2.71 1.96 0.31 0.12 3.22 0.63 0.45 0.20 0.05 0.12
N3 0.82 2.13 0.21 0.13 3.13 0.15 2.70 0.40 1.90 1.65 2.78 1.92 0.28 0.12 3.61 0.65 0.38 0.10 0.10 0.10
N4 0.44 1.39 0.26 0.23 2.22 0.35 2.00 0.62 1.37 1.08 1.89 1.19 0.45 0.20 2.58 0.37 0.14 0.20 0.15 0.10
O2 1.13 2.71 0.48 0.22 3.73 0.23 2.98 0.24 2.15 2.04 3.49 2.55 0.15 0.16 4.34 0.88 0.51 0.13 0.08 0.13
O2' 0.89 2.38 0.60 0.19 2.97 0.32 2.28 0.48 1.66 1.68 2.98 2.36 0.36 0.21 3.41 0.56 0.57 0.44 0.36 0.33
O3' 0.55 1.64 0.49 0.22 2.22 0.17 1.80 0.22 1.31 1.20 2.12 1.53 0.31 0.20 2.56 0.34 0.44 0.60 0.22 0.29
O4' 0.93 2.05 0.65 0.31 2.35 0.30 1.91 0.12 1.54 1.58 2.39 1.98 0.33 0.19 2.52 0.71 0.47 0.35 0.09 0.15
O5' 0.17 0.82 0.25 0.07 1.26 0.11 1.14 0.04 0.86 0.66 1.11 0.64 0.22 0.02 1.42 0.06 0.51 0.80 0.34 0.44
OP1 0.34 0.16 0.11 0.03 0.41 0.13 0.47 0.26 0.30 0.10 0.21 0.38 0.10 0.02 0.51 0.32 0.57 1.20 0.55 0.68
OP2 0.23 0.27 0.06 0.07 0.80 0.33 0.87 0.21 0.64 0.29 0.52 0.20 0.07 0.01 0.93 0.31 0.76 1.39 0.79 0.95
P 0.19 0.24 0.09 0.02 0.67 0.17 0.70 0.17 0.50 0.23 0.46 0.15 0.09 0.01 0.78 0.21 0.59 1.09 0.51 0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.31 0.02 0.00 0.17 0.33 0.21 0.26
C2 0.02 0.00 0.21 0.26 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.02 0.12 0.19 0.64 0.26 0.32
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.05 0.01 0.12 0.21 0.17 0.01 0.17 0.35 0.01 0.02 0.06 0.02 0.36 0.35 0.49 0.48
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.40 0.00 0.37 0.01 0.30 0.23 0.35 0.20 0.02 0.01 0.43 0.03 0.23 0.37 0.13 0.07
C4 0.02 0.02 0.05 0.40 0.00 0.11 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.32 0.19 0.00 0.03 0.14 0.83 0.52 0.31
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.15 0.07 0.05 0.04 0.32 0.02 0.11 0.00 0.01 0.26 0.26 0.03
C5 0.01 0.01 0.12 0.37 0.00 0.15 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.42 0.24 0.01 0.06 0.12 0.73 0.52 0.26
C5' 0.08 0.08 0.21 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.07 0.11 0.11 0.22 0.06 0.00 0.01 0.36 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.30 0.01 0.15 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.15 0.01 0.10 0.08 0.57 0.34 0.24
N1 0.00 0.00 0.01 0.23 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.07 0.02 0.01 0.12 0.51 0.21 0.27
N3 0.02 0.01 0.17 0.35 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.08 0.02 0.10 0.18 0.77 0.40 0.33
O2 0.04 0.01 0.35 0.20 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.27 0.03 0.17 0.22 0.59 0.20 0.32
O2' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.32 0.32 0.42 0.11 0.40 0.21 0.18 0.17 0.00 0.03 0.34 0.20 0.25 0.20 0.47 0.35
O3' 0.31 0.12 0.02 0.01 0.19 0.02 0.24 0.22 0.15 0.07 0.08 0.27 0.03 0.00 0.24 0.22 0.37 0.76 0.21 0.36
O4 0.02 0.02 0.06 0.43 0.00 0.11 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.34 0.24 0.00 0.04 0.16 0.91 0.62 0.32
O4' 0.00 0.12 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.17 0.20 0.22 0.04 0.00 0.15 0.20 0.17 0.12
O5' 0.17 0.19 0.36 0.23 0.14 0.01 0.12 0.01 0.08 0.12 0.18 0.22 0.25 0.37 0.16 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.64 0.35 0.37 0.83 0.26 0.73 0.36 0.57 0.51 0.77 0.59 0.20 0.76 0.91 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.26 0.49 0.13 0.52 0.26 0.52 0.40 0.34 0.21 0.40 0.20 0.47 0.21 0.62 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.32 0.48 0.07 0.31 0.03 0.26 0.02 0.24 0.27 0.33 0.32 0.35 0.36 0.32 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00