ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52500

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.015, 0.032, 0.050, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.026, 0.047, 0.069, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.047 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.026, 0.048, 0.070, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.048 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.026, 0.048, 0.070, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.048 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.027, 0.050, 0.073, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.050 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.061, 0.109, 0.157, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.109 std_dev=0.048
N4 A 0, 0.085, 0.158, 0.231, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.158 std_dev=0.073
P B 0, 0.282, 0.535, 0.789, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.535 std_dev=0.254
OP2 B 0, 0.358, 0.724, 1.090, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.724 std_dev=0.366
OP1 B 0, 0.373, 0.836, 1.299, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.836 std_dev=0.463
C2' A 0, 0.441, 0.989, 1.537, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.989 std_dev=0.548
O4' A 0, 0.392, 0.951, 1.509, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.951 std_dev=0.558
O5' B 0, 0.719, 1.307, 1.895, 1.788 max_d=1.788 avg_d=1.307 std_dev=0.588
O2' A 0, 0.852, 1.501, 2.150, 1.992 max_d=1.992 avg_d=1.501 std_dev=0.649
C3' A 0, 1.009, 1.804, 2.600, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.804 std_dev=0.796
C5' B 0, 0.539, 1.340, 2.141, 2.949 max_d=2.949 avg_d=1.340 std_dev=0.801
C4' A 0, 0.795, 1.656, 2.517, 2.489 max_d=2.489 avg_d=1.656 std_dev=0.861
C3' B 0, 1.189, 2.073, 2.956, 2.846 max_d=2.846 avg_d=2.073 std_dev=0.883
O5' A 0, 0.996, 1.955, 2.914, 2.811 max_d=2.811 avg_d=1.955 std_dev=0.959
C2' B 0, 1.285, 2.272, 3.258, 3.105 max_d=3.105 avg_d=2.272 std_dev=0.987
C4' B 0, 0.893, 1.948, 3.004, 3.831 max_d=3.831 avg_d=1.948 std_dev=1.056
O3' A 0, 1.563, 2.654, 3.746, 3.407 max_d=3.407 avg_d=2.654 std_dev=1.091
OP2 A 0, 1.464, 2.559, 3.654, 3.460 max_d=3.460 avg_d=2.559 std_dev=1.095
P A 0, 1.349, 2.445, 3.541, 3.380 max_d=3.380 avg_d=2.445 std_dev=1.096
C5' A 0, 0.865, 1.993, 3.121, 3.149 max_d=3.149 avg_d=1.993 std_dev=1.128
O3' B 0, 1.527, 2.684, 3.842, 3.592 max_d=3.592 avg_d=2.684 std_dev=1.158
O2' B 0, 1.595, 2.806, 4.017, 3.749 max_d=3.749 avg_d=2.806 std_dev=1.211
OP1 A 0, 1.368, 2.606, 3.845, 4.070 max_d=4.070 avg_d=2.606 std_dev=1.239
C1' B 0, 1.032, 2.476, 3.920, 5.191 max_d=5.191 avg_d=2.476 std_dev=1.444
O4' B 0, 0.670, 2.133, 3.595, 5.159 max_d=5.159 avg_d=2.133 std_dev=1.463
C6 B 0, 1.207, 2.932, 4.657, 6.206 max_d=6.206 avg_d=2.932 std_dev=1.725
N1 B 0, 0.706, 2.581, 4.455, 6.622 max_d=6.622 avg_d=2.581 std_dev=1.874
C5 B 0, 1.195, 3.425, 5.655, 7.917 max_d=7.917 avg_d=3.425 std_dev=2.230
C2 B 0, 0.713, 3.193, 5.674, 8.764 max_d=8.764 avg_d=3.193 std_dev=2.481
O2 B 0, 1.457, 3.981, 6.505, 9.176 max_d=9.176 avg_d=3.981 std_dev=2.524
C4 B 0, 0.473, 3.438, 6.403, 10.302 max_d=10.302 avg_d=3.438 std_dev=2.965
N3 B 0, 0.320, 3.386, 6.452, 10.510 max_d=10.510 avg_d=3.386 std_dev=3.066
O4 B 0, 0.479, 3.998, 7.517, 12.180 max_d=12.180 avg_d=3.998 std_dev=3.519

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.10 0.00 0.11 0.09 0.19 0.13
C2 0.01 0.00 0.16 0.14 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.17 0.11 0.15 0.16 0.33 0.23
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.07 0.12 0.02 0.14 0.06 0.26 0.00 0.02 0.01 0.15 0.17 0.20 0.17
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.14 0.00 0.12 0.01 0.13 0.07 0.16 0.15 0.18 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.15 0.06
C4 0.02 0.01 0.05 0.14 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.02 0.16 0.23 0.48 0.27
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.02 0.05 0.06 0.11 0.02 0.00 0.02 0.07 0.07 0.01
C5 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.09 0.09 0.16 0.22 0.49 0.25
C5' 0.03 0.09 0.07 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.06 0.08 0.07 0.12 0.06 0.06 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.13 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.12 0.13 0.15 0.18 0.39 0.20
N1 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.14 0.14 0.30 0.19
N3 0.01 0.00 0.14 0.16 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.16 0.08 0.16 0.21 0.42 0.26
N4 0.03 0.01 0.06 0.15 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.12 0.03 0.15 0.26 0.54 0.29
O2 0.03 0.01 0.26 0.18 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.22 0.27 0.19 0.15 0.14 0.27 0.22
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.10 0.11 0.13 0.06 0.13 0.06 0.12 0.11 0.22 0.00 0.03 0.09 0.11 0.16 0.25 0.16
O3' 0.10 0.17 0.02 0.01 0.09 0.02 0.09 0.06 0.12 0.04 0.16 0.12 0.27 0.03 0.00 0.08 0.12 0.14 0.33 0.18
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.08 0.03 0.19 0.09 0.08 0.00 0.10 0.04 0.15 0.11
O5' 0.11 0.15 0.15 0.04 0.16 0.02 0.16 0.01 0.15 0.14 0.16 0.15 0.15 0.11 0.12 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.16 0.17 0.05 0.23 0.07 0.22 0.07 0.18 0.14 0.21 0.26 0.14 0.16 0.14 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.33 0.20 0.15 0.48 0.07 0.49 0.04 0.39 0.30 0.42 0.54 0.27 0.25 0.33 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.23 0.17 0.06 0.27 0.01 0.25 0.01 0.20 0.19 0.26 0.29 0.22 0.16 0.18 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 1.15 0.23 0.11 1.05 0.15 0.83 0.41 0.71 0.65 1.28 1.48 0.17 0.17 1.18 0.24 0.29 0.24 0.23 0.19
C2 0.78 1.69 0.51 0.25 1.79 0.14 1.59 0.34 1.35 1.21 1.91 1.98 0.29 0.28 1.94 0.60 0.32 0.12 0.20 0.11
C2' 0.22 1.00 0.15 0.13 0.95 0.21 0.70 0.38 0.56 0.52 1.16 1.30 0.20 0.15 1.10 0.16 0.38 0.42 0.21 0.23
C3' 0.17 0.77 0.18 0.18 0.67 0.23 0.42 0.33 0.33 0.35 0.88 1.03 0.31 0.05 0.79 0.14 0.35 0.49 0.14 0.22
C4 0.58 1.29 0.30 0.15 1.44 0.09 1.55 0.44 1.36 0.97 1.43 1.68 0.14 0.19 1.55 0.47 0.23 0.10 0.19 0.10
C4' 0.16 0.73 0.16 0.15 0.53 0.17 0.26 0.29 0.25 0.30 0.79 1.02 0.28 0.13 0.62 0.12 0.31 0.38 0.19 0.19
C5 0.20 0.84 0.12 0.12 0.82 0.29 1.02 0.59 0.94 0.49 0.87 1.33 0.22 0.11 0.90 0.14 0.19 0.19 0.22 0.16
C5' 0.23 0.48 0.21 0.17 0.33 0.16 0.23 0.19 0.28 0.23 0.51 0.70 0.38 0.12 0.38 0.17 0.33 0.46 0.19 0.22
C6 0.17 0.80 0.16 0.15 0.74 0.28 0.84 0.54 0.78 0.42 0.86 1.21 0.30 0.06 0.83 0.11 0.23 0.25 0.22 0.18
N1 0.43 1.22 0.26 0.09 1.19 0.12 1.07 0.43 0.93 0.77 1.36 1.56 0.13 0.16 1.30 0.31 0.28 0.20 0.22 0.16
N3 0.84 1.70 0.51 0.27 1.92 0.15 1.84 0.35 1.57 1.30 1.93 1.98 0.31 0.28 2.07 0.67 0.30 0.09 0.19 0.09
N4 0.62 1.25 0.29 0.18 1.50 0.10 1.73 0.42 1.52 1.01 1.39 1.70 0.16 0.20 1.61 0.52 0.19 0.12 0.16 0.07
O2 0.94 1.97 0.64 0.32 2.10 0.23 1.76 0.29 1.47 1.40 2.26 2.23 0.42 0.34 2.31 0.72 0.34 0.11 0.20 0.10
O2' 0.20 1.03 0.13 0.13 0.97 0.21 0.63 0.39 0.49 0.50 1.21 1.33 0.22 0.14 1.14 0.14 0.37 0.41 0.27 0.25
O3' 0.21 0.69 0.21 0.23 0.60 0.26 0.29 0.29 0.22 0.30 0.80 0.91 0.37 0.12 0.73 0.19 0.38 0.60 0.15 0.27
O4' 0.28 0.97 0.22 0.17 0.75 0.18 0.53 0.38 0.49 0.48 1.04 1.31 0.21 0.23 0.84 0.20 0.28 0.25 0.27 0.22
O5' 0.15 0.45 0.15 0.12 0.32 0.14 0.13 0.10 0.12 0.17 0.48 0.63 0.30 0.03 0.39 0.10 0.45 0.63 0.18 0.34
OP1 0.46 0.30 0.33 0.11 0.46 0.04 0.61 0.31 0.62 0.44 0.33 0.27 0.53 0.03 0.46 0.25 0.61 1.01 0.40 0.62
OP2 0.10 0.26 0.12 0.18 0.38 0.30 0.36 0.58 0.30 0.23 0.33 0.23 0.14 0.02 0.42 0.26 1.05 1.45 0.83 1.09
P 0.20 0.16 0.12 0.02 0.14 0.09 0.08 0.26 0.11 0.10 0.18 0.22 0.27 0.01 0.17 0.13 0.65 0.95 0.40 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.11 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.23 0.02 0.00 0.14 0.23 0.13 0.16
C2 0.02 0.00 0.28 0.24 0.01 0.28 0.00 0.55 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.10 0.01 0.25 0.60 0.89 0.67 0.77
C2' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.02 0.02 0.24 0.22 0.31 0.01 0.19 0.52 0.00 0.02 0.01 0.02 0.19 0.22 0.26 0.25
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.09 0.00 0.24 0.02 0.28 0.06 0.18 0.45 0.02 0.01 0.10 0.02 0.29 0.33 0.12 0.18
C4 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.11 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.10 0.00 0.05 0.41 0.92 0.34 0.55
C4' 0.02 0.28 0.02 0.00 0.11 0.00 0.33 0.01 0.38 0.06 0.19 0.59 0.16 0.03 0.10 0.01 0.02 0.13 0.19 0.01
C5 0.02 0.00 0.24 0.24 0.01 0.33 0.00 0.71 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.16 0.01 0.20 0.82 1.20 1.07 1.06
C5' 0.11 0.55 0.22 0.02 0.36 0.01 0.71 0.00 0.75 0.23 0.44 1.11 0.08 0.15 0.37 0.02 0.00 0.24 0.36 0.02
C6 0.01 0.01 0.31 0.28 0.01 0.38 0.01 0.75 0.00 0.00 0.01 0.01 0.38 0.20 0.00 0.27 0.84 1.06 1.04 1.03
N1 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.01 0.03 0.26 0.50 0.19 0.31
N3 0.02 0.01 0.19 0.18 0.00 0.19 0.01 0.44 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.08 0.01 0.18 0.48 0.94 0.46 0.67
O2 0.04 0.00 0.52 0.45 0.02 0.59 0.01 1.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.51 0.12 0.03 0.45 1.23 1.50 1.52 1.55
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.17 0.16 0.36 0.08 0.38 0.10 0.08 0.51 0.00 0.04 0.17 0.07 0.21 0.23 0.28 0.23
O3' 0.23 0.10 0.02 0.01 0.10 0.03 0.16 0.15 0.20 0.15 0.08 0.12 0.04 0.00 0.09 0.20 0.36 0.54 0.15 0.31
O4 0.02 0.01 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.03 0.17 0.09 0.00 0.05 0.42 1.02 0.33 0.58
O4' 0.00 0.25 0.02 0.02 0.05 0.01 0.20 0.02 0.27 0.03 0.18 0.45 0.07 0.20 0.05 0.00 0.09 0.11 0.10 0.05
O5' 0.14 0.60 0.19 0.29 0.41 0.02 0.82 0.00 0.84 0.26 0.48 1.23 0.21 0.36 0.42 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.23 0.89 0.22 0.33 0.92 0.13 1.20 0.24 1.06 0.50 0.94 1.50 0.23 0.54 1.02 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.67 0.26 0.12 0.34 0.19 1.07 0.36 1.04 0.19 0.46 1.52 0.28 0.15 0.33 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.77 0.25 0.18 0.55 0.01 1.06 0.02 1.03 0.31 0.67 1.55 0.23 0.31 0.58 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00