ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52501

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.011
O3' A 0, 0.010, 0.037, 0.065, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.027
C3' A 0, 0.015, 0.061, 0.108, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.061 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.006, 0.062, 0.119, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.062 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.012, 0.093, 0.175, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.093 std_dev=0.081
O2' A 0, -0.012, 0.106, 0.223, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.106 std_dev=0.118
C5' A 0, 0.003, 0.152, 0.300, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.152 std_dev=0.149
C6 B 0, 0.071, 0.238, 0.405, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.238 std_dev=0.167
O4' B 0, 0.033, 0.215, 0.397, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.215 std_dev=0.182
C1' B 0, 0.031, 0.213, 0.396, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.213 std_dev=0.183
C4' B 0, 0.013, 0.202, 0.392, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.202 std_dev=0.190
O5' B 0, 0.015, 0.205, 0.395, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.205 std_dev=0.190
N1 B 0, 0.032, 0.227, 0.422, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.227 std_dev=0.195
C5 B 0, 0.110, 0.309, 0.508, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.309 std_dev=0.199
C3' B 0, 0.093, 0.295, 0.497, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.295 std_dev=0.202
O5' A 0, -0.016, 0.187, 0.389, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.187 std_dev=0.202
OP2 A 0, 0.031, 0.234, 0.436, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.234 std_dev=0.202
C2' B 0, 0.099, 0.314, 0.529, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.314 std_dev=0.215
C5' B 0, 0.086, 0.306, 0.526, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.306 std_dev=0.220
P B 0, 0.118, 0.355, 0.592, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.355 std_dev=0.237
O3' B 0, 0.119, 0.368, 0.617, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.368 std_dev=0.249
C2 B 0, 0.045, 0.295, 0.545, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.295 std_dev=0.250
C4 B 0, 0.131, 0.392, 0.652, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.392 std_dev=0.260
O2' B 0, 0.128, 0.392, 0.657, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.392 std_dev=0.265
P A 0, -0.026, 0.243, 0.513, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.243 std_dev=0.269
N3 B 0, 0.105, 0.378, 0.652, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.378 std_dev=0.274
O2 B 0, 0.004, 0.299, 0.593, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.299 std_dev=0.294
OP2 B 0, 0.148, 0.452, 0.755, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.452 std_dev=0.304
O4 B 0, 0.160, 0.478, 0.796, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.478 std_dev=0.318
OP1 B 0, 0.167, 0.504, 0.842, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.504 std_dev=0.338
OP1 A 0, -0.031, 0.334, 0.699, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.334 std_dev=0.365

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.09 0.09 0.07
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.10 0.13 0.13 0.13
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.10 0.12 0.12 0.11
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.05 0.03
N4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.09 0.09 0.08
O2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
O3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
O5' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.10 0.04 0.01 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.04 0.05 0.03 0.09 0.02 0.13 0.02 0.12 0.06 0.05 0.09 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.02 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.12 0.05 0.05 0.09 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.11 0.05 0.03 0.08 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.06 0.04 0.09 0.06 0.11 0.06 0.11 0.09 0.07 0.06 0.10 0.03 0.09 0.10 0.07 0.15 0.13 0.12
C2 0.11 0.09 0.08 0.04 0.10 0.07 0.12 0.07 0.12 0.11 0.09 0.08 0.11 0.01 0.10 0.11 0.08 0.20 0.18 0.15
C2' 0.07 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.08 0.06 0.05 0.03 0.08 0.04 0.07 0.08 0.05 0.11 0.10 0.09
C3' 0.07 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02 0.07 0.05 0.03 0.02 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.12 0.10 0.09
C4 0.09 0.08 0.06 0.01 0.10 0.04 0.12 0.06 0.11 0.09 0.08 0.06 0.10 0.03 0.11 0.09 0.06 0.21 0.18 0.15
C4' 0.08 0.03 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.02 0.03 0.10 0.03 0.04 0.07 0.05 0.16 0.12 0.12
C5 0.08 0.05 0.04 0.02 0.09 0.02 0.11 0.06 0.10 0.08 0.07 0.04 0.08 0.05 0.10 0.07 0.04 0.17 0.11 0.12
C5' 0.09 0.05 0.07 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.11 0.06 0.03 0.08 0.10 0.21 0.14 0.16
C6 0.08 0.05 0.04 0.03 0.09 0.03 0.11 0.05 0.10 0.08 0.07 0.04 0.08 0.05 0.10 0.08 0.05 0.15 0.11 0.11
N1 0.09 0.07 0.06 0.03 0.10 0.05 0.11 0.06 0.11 0.09 0.08 0.06 0.10 0.03 0.10 0.10 0.07 0.17 0.14 0.13
N3 0.11 0.09 0.08 0.03 0.11 0.06 0.12 0.07 0.12 0.11 0.10 0.09 0.12 0.01 0.11 0.11 0.08 0.22 0.20 0.16
N4 0.09 0.08 0.06 0.01 0.11 0.03 0.12 0.07 0.12 0.10 0.09 0.07 0.10 0.04 0.11 0.09 0.05 0.23 0.20 0.17
O2 0.12 0.10 0.09 0.05 0.11 0.08 0.12 0.08 0.12 0.11 0.10 0.10 0.12 0.01 0.10 0.12 0.09 0.21 0.20 0.16
O2' 0.08 0.08 0.04 0.04 0.10 0.05 0.11 0.05 0.11 0.09 0.08 0.07 0.07 0.05 0.11 0.10 0.08 0.12 0.11 0.10
O3' 0.09 0.07 0.07 0.06 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.07 0.06 0.10 0.06 0.09 0.10 0.07 0.11 0.11 0.09
O4' 0.09 0.06 0.06 0.03 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.08 0.06 0.05 0.11 0.02 0.08 0.09 0.05 0.17 0.13 0.12
O5' 0.12 0.07 0.10 0.07 0.04 0.08 0.05 0.06 0.08 0.08 0.06 0.09 0.15 0.07 0.04 0.10 0.13 0.27 0.18 0.21
OP1 0.19 0.16 0.18 0.14 0.12 0.15 0.13 0.13 0.15 0.16 0.14 0.17 0.21 0.14 0.11 0.18 0.23 0.36 0.23 0.29
OP2 0.16 0.12 0.15 0.13 0.08 0.14 0.08 0.12 0.11 0.13 0.10 0.13 0.20 0.14 0.07 0.15 0.20 0.33 0.22 0.27
P 0.16 0.12 0.15 0.12 0.08 0.12 0.09 0.10 0.11 0.13 0.11 0.14 0.19 0.12 0.08 0.14 0.19 0.33 0.22 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.06 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.08 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.06 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.05 0.03 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.24 0.17 0.14
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.07 0.06
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.27 0.17 0.16
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.18 0.13 0.11
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.04 0.14 0.13 0.09
O2 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.13 0.09
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.09 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.05 0.04 0.05
O4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.28 0.20 0.16
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.17 0.07 0.11
O5' 0.01 0.03 0.04 0.08 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.10 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.12 0.04 0.07 0.05 0.24 0.10 0.27 0.02 0.18 0.05 0.14 0.05 0.15 0.05 0.28 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.08 0.06 0.03 0.17 0.07 0.17 0.01 0.13 0.07 0.13 0.05 0.13 0.04 0.20 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.04 0.03 0.05 0.14 0.06 0.16 0.00 0.11 0.04 0.09 0.03 0.09 0.05 0.16 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00