ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52502

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.012, 0.039, 0.066, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.039 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.021, 0.061, 0.100, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.061 std_dev=0.039
OP2 B 0, 0.085, 0.224, 0.363, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.224 std_dev=0.139
P B 0, 0.130, 0.292, 0.454, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.292 std_dev=0.162
C3' B 0, 0.156, 0.353, 0.550, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.353 std_dev=0.197
O5' B 0, 0.152, 0.390, 0.629, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.390 std_dev=0.239
OP1 B 0, 0.143, 0.414, 0.686, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.414 std_dev=0.272
C4' B 0, 0.170, 0.461, 0.753, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.461 std_dev=0.291
C1' B 0, 0.146, 0.489, 0.833, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.489 std_dev=0.344
N1 B 0, 0.110, 0.490, 0.869, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.490 std_dev=0.379
O3' B 0, 0.184, 0.580, 0.976, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.580 std_dev=0.396
O4' A 0, 0.024, 0.422, 0.821, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.422 std_dev=0.398
C2' A 0, 0.046, 0.453, 0.860, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.453 std_dev=0.407
O4' B 0, 0.177, 0.646, 1.115, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.646 std_dev=0.469
C4 B 0, 0.172, 0.713, 1.255, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.713 std_dev=0.542
C2' B 0, 0.165, 0.732, 1.298, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.732 std_dev=0.566
C5 B 0, 0.114, 0.682, 1.250, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.682 std_dev=0.568
C6 B 0, 0.156, 0.757, 1.357, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.757 std_dev=0.601
C5' B 0, 0.185, 0.844, 1.503, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.844 std_dev=0.659
O4 B 0, 0.178, 0.870, 1.562, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.870 std_dev=0.692
C2 B 0, 0.202, 0.933, 1.664, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.933 std_dev=0.731
C4' A 0, 0.061, 0.882, 1.703, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.882 std_dev=0.821
O2' A 0, 0.100, 0.933, 1.766, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.933 std_dev=0.833
C3' A 0, 0.059, 0.913, 1.767, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.913 std_dev=0.854
N3 B 0, 0.200, 1.059, 1.919, 2.157 max_d=2.157 avg_d=1.059 std_dev=0.859
P A 0, 0.199, 1.086, 1.974, 2.155 max_d=2.155 avg_d=1.086 std_dev=0.888
O5' A 0, 0.158, 1.165, 2.171, 2.262 max_d=2.262 avg_d=1.165 std_dev=1.007
C5' A 0, 0.096, 1.113, 2.130, 2.236 max_d=2.236 avg_d=1.113 std_dev=1.017
O2 B 0, 0.229, 1.360, 2.490, 2.853 max_d=2.853 avg_d=1.360 std_dev=1.130
OP2 A 0, 0.231, 1.464, 2.697, 2.981 max_d=2.981 avg_d=1.464 std_dev=1.233
O3' A 0, 0.115, 1.406, 2.697, 2.758 max_d=2.758 avg_d=1.406 std_dev=1.291
O2' B 0, 0.205, 1.527, 2.848, 2.985 max_d=2.985 avg_d=1.527 std_dev=1.322
OP1 A 0, 0.272, 1.816, 3.359, 3.735 max_d=3.735 avg_d=1.816 std_dev=1.544

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.00 0.48 0.53 0.51 0.50
C2 0.01 0.00 0.14 0.35 0.00 0.15 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.05 0.06 0.35 0.18 0.19 0.21
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.14 0.15 0.01 0.09 0.02 0.27 0.00 0.01 0.02 0.53 0.74 1.03 0.82
C3' 0.02 0.35 0.00 0.00 0.45 0.00 0.42 0.01 0.34 0.29 0.42 0.48 0.28 0.01 0.01 0.01 0.03 0.34 0.46 0.27
C4 0.01 0.00 0.02 0.45 0.00 0.28 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.37 0.28 0.01 0.28 0.10 0.56 0.11
C4' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.28 0.00 0.32 0.00 0.30 0.18 0.21 0.30 0.06 0.29 0.02 0.00 0.01 0.32 0.17 0.12
C5 0.01 0.01 0.12 0.42 0.00 0.32 0.00 0.54 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.35 0.32 0.06 0.31 0.07 0.54 0.09
C5' 0.04 0.29 0.14 0.01 0.49 0.00 0.54 0.00 0.46 0.28 0.40 0.53 0.19 0.10 0.11 0.02 0.01 0.40 0.16 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.34 0.00 0.30 0.00 0.46 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.23 0.09 0.41 0.23 0.21 0.21
N1 0.00 0.01 0.01 0.29 0.00 0.18 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.05 0.01 0.42 0.30 0.19 0.31
N3 0.01 0.00 0.09 0.42 0.00 0.21 0.00 0.40 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.17 0.05 0.30 0.08 0.37 0.11
N4 0.01 0.01 0.02 0.48 0.00 0.30 0.01 0.53 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.41 0.33 0.02 0.23 0.20 0.74 0.18
O2 0.02 0.01 0.27 0.28 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.11 0.10 0.33 0.22 0.20 0.26
O2' 0.02 0.25 0.00 0.01 0.37 0.29 0.35 0.10 0.28 0.21 0.33 0.41 0.14 0.00 0.01 0.30 0.28 0.61 1.19 0.73
O3' 0.23 0.05 0.01 0.01 0.28 0.02 0.32 0.11 0.23 0.05 0.17 0.33 0.11 0.01 0.00 0.16 0.48 0.24 0.19 0.19
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.10 0.30 0.16 0.00 0.38 0.46 0.27 0.32
O5' 0.48 0.35 0.53 0.03 0.28 0.01 0.31 0.01 0.41 0.42 0.30 0.23 0.33 0.28 0.48 0.38 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.53 0.18 0.74 0.34 0.10 0.32 0.07 0.40 0.23 0.30 0.08 0.20 0.22 0.61 0.24 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.19 1.03 0.46 0.56 0.17 0.54 0.16 0.21 0.19 0.37 0.74 0.20 1.19 0.19 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.50 0.21 0.82 0.27 0.11 0.12 0.09 0.01 0.21 0.31 0.11 0.18 0.26 0.73 0.19 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.52 0.37 0.12 0.30 0.31 0.30 0.62 0.38 0.18 0.55 0.85 0.90 0.42 0.37 0.23 0.25 0.12 0.07 0.11
C2 0.16 0.55 0.44 0.11 0.32 0.31 0.27 0.66 0.34 0.17 0.59 0.87 0.81 0.39 0.39 0.32 0.25 0.10 0.08 0.11
C2' 0.23 0.76 0.17 0.44 0.51 0.63 0.21 0.91 0.16 0.36 0.78 1.08 0.34 0.78 0.58 0.51 0.05 0.13 0.23 0.13
C3' 0.26 0.52 0.24 0.12 0.36 0.04 0.23 0.25 0.33 0.17 0.60 0.84 0.66 0.13 0.47 0.11 0.62 0.56 0.40 0.50
C4 0.13 0.54 0.45 0.14 0.31 0.30 0.24 0.64 0.30 0.18 0.56 0.82 0.65 0.34 0.37 0.38 0.24 0.10 0.09 0.12
C4' 0.47 0.43 0.51 0.27 0.32 0.16 0.34 0.15 0.48 0.27 0.54 0.74 1.13 0.15 0.43 0.25 0.64 0.54 0.32 0.47
C5 0.13 0.52 0.44 0.14 0.29 0.31 0.23 0.66 0.29 0.18 0.53 0.80 0.65 0.34 0.34 0.36 0.25 0.10 0.07 0.11
C5' 0.48 0.51 0.49 0.39 0.37 0.33 0.28 0.11 0.43 0.24 0.62 0.87 1.04 0.35 0.49 0.36 0.84 0.78 0.56 0.69
C6 0.15 0.52 0.42 0.11 0.28 0.32 0.25 0.65 0.32 0.17 0.54 0.83 0.76 0.39 0.34 0.31 0.25 0.11 0.07 0.10
N1 0.17 0.54 0.41 0.11 0.30 0.32 0.27 0.65 0.35 0.17 0.57 0.86 0.83 0.41 0.37 0.29 0.25 0.11 0.07 0.11
N3 0.14 0.55 0.45 0.13 0.32 0.31 0.25 0.65 0.32 0.18 0.59 0.86 0.73 0.37 0.39 0.36 0.24 0.10 0.10 0.12
N4 0.14 0.52 0.45 0.17 0.31 0.27 0.24 0.57 0.28 0.20 0.54 0.78 0.56 0.30 0.37 0.41 0.22 0.12 0.12 0.13
O2 0.17 0.55 0.43 0.11 0.33 0.30 0.28 0.65 0.36 0.18 0.60 0.88 0.85 0.39 0.41 0.30 0.26 0.10 0.08 0.12
O2' 0.09 0.40 0.12 0.33 0.21 0.60 0.25 0.95 0.27 0.13 0.40 0.68 0.57 0.69 0.25 0.39 0.16 0.34 0.50 0.31
O3' 0.56 0.32 0.46 0.36 0.28 0.29 0.37 0.07 0.52 0.33 0.43 0.55 0.93 0.28 0.38 0.40 0.77 0.68 0.43 0.58
O4' 0.40 0.44 0.58 0.16 0.30 0.11 0.39 0.40 0.50 0.27 0.51 0.76 1.25 0.10 0.38 0.13 0.39 0.25 0.05 0.21
O5' 0.12 0.67 0.15 0.20 0.58 0.21 0.29 0.55 0.16 0.30 0.75 0.90 0.43 0.02 0.67 0.14 0.17 0.13 0.20 0.05
OP1 0.26 0.90 0.81 0.32 0.79 0.06 0.52 0.13 0.37 0.53 0.96 1.12 0.81 0.02 0.87 0.07 0.45 0.61 0.26 0.38
OP2 0.39 0.18 0.13 0.41 0.10 0.55 0.43 0.44 0.54 0.24 0.18 0.52 0.11 0.02 0.05 0.54 1.23 1.28 0.96 1.14
P 0.13 0.45 0.22 0.01 0.29 0.14 0.02 0.08 0.11 0.09 0.48 0.70 0.18 0.00 0.35 0.21 0.57 0.62 0.26 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.35 0.01 0.00 0.15 0.03 0.21 0.12
C2 0.03 0.00 0.26 0.40 0.00 0.16 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.06 0.00 0.06 0.33 0.14 0.50 0.34
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.06 0.01 0.27 0.26 0.33 0.04 0.15 0.53 0.00 0.02 0.05 0.02 0.35 0.44 0.27 0.40
C3' 0.02 0.40 0.00 0.00 0.16 0.00 0.07 0.01 0.15 0.10 0.35 0.62 0.01 0.01 0.18 0.01 0.35 0.40 0.10 0.28
C4 0.01 0.00 0.06 0.16 0.00 0.02 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.33 0.14 0.00 0.03 0.21 0.08 0.29 0.19
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.11 0.29 0.25 0.01 0.03 0.00 0.02 0.21 0.24 0.02
C5 0.00 0.01 0.27 0.07 0.00 0.15 0.00 0.45 0.00 0.00 0.00 0.01 0.38 0.28 0.01 0.04 0.11 0.15 0.13 0.12
C5' 0.12 0.12 0.26 0.01 0.22 0.01 0.45 0.00 0.48 0.17 0.08 0.32 0.01 0.24 0.23 0.01 0.00 0.36 0.40 0.01
C6 0.01 0.01 0.33 0.15 0.00 0.18 0.00 0.48 0.00 0.00 0.01 0.01 0.34 0.35 0.01 0.05 0.09 0.14 0.12 0.12
N1 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01 0.01 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.02 0.20 0.23 0.01 0.01 0.19 0.05 0.26 0.16
N3 0.02 0.00 0.15 0.35 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.06 0.00 0.05 0.32 0.12 0.48 0.33
O2 0.05 0.00 0.53 0.62 0.00 0.29 0.01 0.32 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.16 0.00 0.10 0.42 0.22 0.68 0.47
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.33 0.25 0.38 0.01 0.34 0.20 0.23 0.08 0.00 0.03 0.34 0.15 0.10 0.11 0.13 0.19
O3' 0.35 0.06 0.02 0.01 0.14 0.01 0.28 0.24 0.35 0.23 0.06 0.16 0.03 0.00 0.12 0.26 0.15 0.20 0.23 0.03
O4 0.01 0.00 0.05 0.18 0.00 0.03 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.12 0.00 0.04 0.21 0.08 0.30 0.20
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.10 0.15 0.26 0.04 0.00 0.41 0.16 0.49 0.37
O5' 0.15 0.33 0.35 0.35 0.21 0.02 0.11 0.00 0.09 0.19 0.32 0.42 0.10 0.15 0.21 0.41 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.03 0.14 0.44 0.40 0.08 0.21 0.15 0.36 0.14 0.05 0.12 0.22 0.11 0.20 0.08 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.50 0.27 0.10 0.29 0.24 0.13 0.40 0.12 0.26 0.48 0.68 0.13 0.23 0.30 0.49 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.34 0.40 0.28 0.19 0.02 0.12 0.01 0.12 0.16 0.33 0.47 0.19 0.03 0.20 0.37 0.01 0.01 0.00 0.00