Doublet Group distance statistics: 52504

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3	A	0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1	A	0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2	A	0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N4	A	0, 0.004, 0.029, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.029 std_dev=0.025
O4'	A	0, 0.123, 0.333, 0.543, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.333 std_dev=0.210
C2'	A	0, 0.145, 0.356, 0.566, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.356 std_dev=0.211
C4'	A	0, 0.149, 0.435, 0.721, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.435 std_dev=0.286
C5'	B	0, 0.239, 0.572, 0.905, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.572 std_dev=0.333
C3'	A	0, 0.131, 0.487, 0.844, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.487 std_dev=0.356
P	B	0, 0.214, 0.574, 0.933, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.574 std_dev=0.360
C5'	A	0, 0.246, 0.620, 0.994, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.620 std_dev=0.374
O2'	A	0, 0.231, 0.609, 0.987, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.609 std_dev=0.378
O5'	B	0, 0.271, 0.680, 1.089, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.680 std_dev=0.409
O5'	A	0, 0.181, 0.639, 1.098, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.639 std_dev=0.459
C4'	B	0, 0.365, 0.884, 1.404, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.884 std_dev=0.520
OP1	A	0, 0.321, 0.846, 1.371, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.846 std_dev=0.525
C3'	B	0, 0.403, 0.968, 1.533, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.968 std_dev=0.565
P	A	0, 0.177, 0.786, 1.396, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.786 std_dev=0.609
O3'	B	0, 0.441, 1.070, 1.699, 1.621 max_d=1.621 avg_d=1.070 std_dev=0.629
O3'	A	0, 0.042, 0.685, 1.328, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.685 std_dev=0.643
C2'	B	0, 0.429, 1.076, 1.722, 1.718 max_d=1.718 avg_d=1.076 std_dev=0.646
O4'	B	0, 0.437, 1.125, 1.813, 1.837 max_d=1.837 avg_d=1.125 std_dev=0.688
C6	B	0, 0.464, 1.154, 1.844, 1.765 max_d=1.765 avg_d=1.154 std_dev=0.690
C1'	B	0, 0.491, 1.193, 1.895, 1.790 max_d=1.790 avg_d=1.193 std_dev=0.702
OP2	A	0, 0.195, 0.900, 1.605, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.900 std_dev=0.705
OP2	B	0, 0.400, 1.144, 1.889, 1.831 max_d=1.831 avg_d=1.144 std_dev=0.745
N1	B	0, 0.513, 1.258, 2.003, 1.923 max_d=1.923 avg_d=1.258 std_dev=0.745
C5	B	0, 0.500, 1.257, 2.013, 1.954 max_d=1.954 avg_d=1.257 std_dev=0.756
O2'	B	0, 0.527, 1.313, 2.098, 2.086 max_d=2.086 avg_d=1.313 std_dev=0.785
C2	B	0, 0.595, 1.461, 2.327, 2.263 max_d=2.263 avg_d=1.461 std_dev=0.866
C4	B	0, 0.584, 1.458, 2.332, 2.280 max_d=2.280 avg_d=1.458 std_dev=0.874
OP1	B	0, 0.354, 1.240, 2.127, 2.123 max_d=2.123 avg_d=1.240 std_dev=0.886
N3	B	0, 0.622, 1.539, 2.456, 2.403 max_d=2.403 avg_d=1.539 std_dev=0.917
O2	B	0, 0.644, 1.582, 2.520, 2.457 max_d=2.457 avg_d=1.582 std_dev=0.938
O4	B	0, 0.626, 1.573, 2.520, 2.487 max_d=2.487 avg_d=1.573 std_dev=0.947

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.15	0.00	0.18	0.09	0.07	0.11
C2	0.00	0.00	0.15	0.15	0.00	0.01	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.07	0.05	0.08	0.15	0.11	0.17	0.14
C2'	0.00	0.15	0.00	0.00	0.01	0.01	0.10	0.18	0.13	0.01	0.12	0.01	0.28	0.00	0.05	0.00	0.36	0.34	0.25	0.35
C3'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.18	0.00	0.14	0.03	0.10	0.10	0.18	0.19	0.14	0.02	0.01	0.01	0.03	0.06	0.02	0.03
C4	0.00	0.00	0.01	0.18	0.00	0.03	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.19	0.08	0.01	0.14	0.13	0.22	0.15
C4'	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.04	0.00	0.04	0.02	0.02	0.03	0.02	0.16	0.04	0.00	0.00	0.08	0.03	0.02
C5	0.00	0.00	0.10	0.14	0.00	0.04	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.25	0.06	0.07	0.14	0.13	0.20	0.15
C5'	0.08	0.10	0.18	0.03	0.10	0.00	0.09	0.00	0.09	0.09	0.10	0.10	0.10	0.01	0.06	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01
C6	0.00	0.00	0.13	0.10	0.00	0.04	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.23	0.02	0.10	0.17	0.11	0.15	0.14
N1	0.00	0.00	0.01	0.10	0.00	0.02	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.12	0.04	0.01	0.17	0.10	0.14	0.13
N3	0.00	0.00	0.12	0.18	0.00	0.02	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.12	0.07	0.06	0.14	0.12	0.21	0.14
N4	0.00	0.01	0.01	0.19	0.00	0.03	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.21	0.10	0.01	0.13	0.14	0.24	0.15
O2	0.00	0.00	0.28	0.14	0.01	0.02	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.16	0.08	0.15	0.14	0.10	0.16	0.13
O2'	0.03	0.07	0.00	0.02	0.19	0.16	0.25	0.01	0.23	0.12	0.12	0.21	0.16	0.00	0.03	0.07	0.28	0.35	0.12	0.29
O3'	0.15	0.05	0.05	0.01	0.08	0.04	0.06	0.06	0.02	0.04	0.07	0.10	0.08	0.03	0.00	0.15	0.06	0.08	0.06	0.06
O4'	0.00	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00	0.07	0.02	0.10	0.01	0.06	0.01	0.15	0.07	0.15	0.00	0.04	0.18	0.11	0.11
O5'	0.18	0.15	0.36	0.03	0.14	0.00	0.14	0.01	0.17	0.17	0.14	0.13	0.14	0.28	0.06	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.09	0.11	0.34	0.06	0.13	0.08	0.13	0.02	0.11	0.10	0.12	0.14	0.10	0.35	0.08	0.18	0.01	0.00	0.00	0.01
OP2	0.07	0.17	0.25	0.02	0.22	0.03	0.20	0.01	0.15	0.14	0.21	0.24	0.16	0.12	0.06	0.11	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.11	0.14	0.35	0.03	0.15	0.02	0.15	0.01	0.14	0.13	0.14	0.15	0.13	0.29	0.06	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.24	0.19	0.38	0.23	0.15	0.12	0.16	0.04	0.18	0.20	0.17	0.20	0.46	0.18	0.14	0.07	0.10	0.19	0.36	0.08
C2	0.14	0.13	0.29	0.16	0.13	0.06	0.14	0.09	0.14	0.14	0.13	0.12	0.27	0.07	0.13	0.05	0.14	0.36	0.23	0.10
C2'	0.44	0.41	0.55	0.41	0.38	0.25	0.37	0.07	0.39	0.41	0.40	0.42	0.63	0.35	0.37	0.26	0.07	0.10	0.22	0.10
C3'	0.09	0.13	0.04	0.15	0.15	0.25	0.14	0.36	0.13	0.12	0.14	0.12	0.14	0.19	0.15	0.23	0.35	0.33	0.50	0.28
C4	0.12	0.13	0.31	0.13	0.13	0.07	0.14	0.11	0.14	0.13	0.13	0.12	0.28	0.05	0.13	0.13	0.16	0.36	0.26	0.11
C4'	0.05	0.12	0.07	0.12	0.14	0.19	0.12	0.27	0.09	0.09	0.14	0.12	0.21	0.16	0.15	0.21	0.29	0.19	0.52	0.20
C5	0.18	0.16	0.38	0.17	0.13	0.10	0.13	0.12	0.15	0.17	0.15	0.17	0.42	0.10	0.13	0.14	0.18	0.19	0.46	0.11
C5'	0.04	0.11	0.09	0.13	0.13	0.17	0.10	0.21	0.07	0.07	0.13	0.12	0.28	0.15	0.14	0.19	0.21	0.04	0.49	0.12
C6	0.20	0.16	0.40	0.19	0.12	0.08	0.13	0.10	0.15	0.17	0.14	0.17	0.47	0.12	0.11	0.08	0.15	0.15	0.46	0.10
N1	0.19	0.15	0.35	0.19	0.13	0.07	0.14	0.07	0.16	0.17	0.14	0.16	0.40	0.10	0.12	0.03	0.13	0.24	0.35	0.10
N3	0.11	0.11	0.27	0.14	0.13	0.05	0.14	0.10	0.14	0.12	0.12	0.10	0.22	0.06	0.13	0.09	0.15	0.42	0.17	0.10
N4	0.11	0.13	0.28	0.11	0.15	0.09	0.16	0.11	0.15	0.13	0.14	0.12	0.22	0.08	0.16	0.18	0.15	0.44	0.13	0.11
O2	0.14	0.13	0.27	0.17	0.13	0.09	0.14	0.09	0.15	0.14	0.13	0.12	0.23	0.11	0.13	0.07	0.14	0.40	0.18	0.10
O2'	0.79	0.74	0.84	0.78	0.66	0.67	0.65	0.44	0.68	0.74	0.71	0.77	0.89	0.77	0.64	0.67	0.36	0.25	0.24	0.34
O3'	0.19	0.26	0.16	0.24	0.25	0.29	0.22	0.36	0.20	0.22	0.26	0.27	0.11	0.30	0.26	0.28	0.34	0.36	0.42	0.26
O4'	0.03	0.11	0.11	0.07	0.15	0.14	0.13	0.23	0.10	0.08	0.14	0.10	0.24	0.10	0.17	0.20	0.30	0.25	0.56	0.23
O5'	0.04	0.11	0.12	0.11	0.13	0.16	0.10	0.18	0.07	0.07	0.13	0.11	0.33	0.11	0.15	0.19	0.20	0.06	0.46	0.12
OP1	0.20	0.13	0.40	0.08	0.10	0.03	0.10	0.03	0.13	0.15	0.11	0.13	0.63	0.09	0.10	0.08	0.07	0.23	0.53	0.06
OP2	0.10	0.07	0.24	0.05	0.11	0.09	0.10	0.06	0.10	0.08	0.10	0.07	0.49	0.05	0.13	0.13	0.08	0.29	0.52	0.06
P	0.09	0.07	0.23	0.06	0.11	0.11	0.09	0.11	0.07	0.06	0.09	0.06	0.49	0.04	0.13	0.16	0.13	0.19	0.51	0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.05	0.00	0.00	0.19	0.16	0.29	0.09
C2	0.00	0.00	0.10	0.05	0.00	0.00	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.03	0.01	0.05	0.22	0.42	0.31	0.15
C2'	0.00	0.10	0.00	0.01	0.01	0.00	0.08	0.17	0.10	0.00	0.07	0.19	0.00	0.04	0.01	0.00	0.34	0.31	0.37	0.27
C3'	0.02	0.05	0.01	0.00	0.05	0.00	0.04	0.03	0.02	0.02	0.06	0.05	0.02	0.01	0.06	0.00	0.06	0.07	0.17	0.03
C4	0.00	0.00	0.01	0.05	0.00	0.02	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.01	0.12	0.01	0.00	0.03	0.24	0.64	0.27	0.19
C4'	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.09	0.05	0.02	0.01	0.01	0.27	0.27	0.06
C5	0.00	0.00	0.08	0.04	0.00	0.03	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.02	0.00	0.08	0.24	0.67	0.26	0.19
C5'	0.08	0.12	0.17	0.03	0.15	0.00	0.16	0.00	0.15	0.13	0.14	0.10	0.07	0.11	0.15	0.02	0.01	0.28	0.30	0.01
C6	0.00	0.00	0.10	0.02	0.00	0.03	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.02	0.00	0.10	0.26	0.53	0.29	0.18
N1	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.03	0.00	0.01	0.24	0.37	0.31	0.14
N3	0.00	0.00	0.07	0.06	0.00	0.01	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.02	0.01	0.03	0.23	0.54	0.30	0.17
O2	0.01	0.00	0.19	0.05	0.01	0.01	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.04	0.01	0.11	0.20	0.33	0.31	0.13
O2'	0.02	0.03	0.00	0.02	0.12	0.09	0.17	0.07	0.16	0.07	0.04	0.16	0.00	0.07	0.13	0.02	0.30	0.30	0.35	0.26
O3'	0.05	0.03	0.04	0.01	0.01	0.05	0.02	0.11	0.02	0.03	0.02	0.04	0.07	0.00	0.01	0.05	0.04	0.18	0.10	0.06
O4	0.00	0.01	0.01	0.06	0.00	0.02	0.00	0.15	0.00	0.00	0.01	0.01	0.13	0.01	0.00	0.03	0.23	0.69	0.25	0.19
O4'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.03	0.01	0.08	0.02	0.10	0.01	0.03	0.11	0.02	0.05	0.03	0.00	0.03	0.29	0.23	0.16
O5'	0.19	0.22	0.34	0.06	0.24	0.01	0.24	0.01	0.26	0.24	0.23	0.20	0.30	0.04	0.23	0.03	0.00	0.01	0.03	0.00
OP1	0.16	0.42	0.31	0.07	0.64	0.27	0.67	0.28	0.53	0.37	0.54	0.33	0.30	0.18	0.69	0.29	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.29	0.31	0.37	0.17	0.27	0.27	0.26	0.30	0.29	0.31	0.30	0.31	0.35	0.10	0.25	0.23	0.03	0.01	0.00	0.00
P	0.09	0.15	0.27	0.03	0.19	0.06	0.19	0.01	0.18	0.14	0.17	0.13	0.26	0.06	0.19	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00