ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52505

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.009, 0.028, 0.046, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.016, 0.041, 0.067, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.041 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.017, 0.043, 0.068, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.043 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.017, 0.048, 0.079, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.048 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.046, 0.114, 0.182, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.114 std_dev=0.068
N4 A 0, 0.053, 0.130, 0.206, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.130 std_dev=0.076
O4' A 0, 0.055, 0.189, 0.322, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.189 std_dev=0.133
O3' A 0, 0.101, 0.272, 0.442, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.272 std_dev=0.170
C2' A 0, 0.104, 0.283, 0.462, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.283 std_dev=0.179
C4' A 0, 0.104, 0.298, 0.493, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.298 std_dev=0.195
C3' A 0, 0.035, 0.240, 0.446, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.240 std_dev=0.206
C2' B 0, 0.205, 0.490, 0.774, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.490 std_dev=0.285
O2' B 0, 0.217, 0.518, 0.819, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.518 std_dev=0.301
O2' A 0, 0.202, 0.509, 0.817, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.509 std_dev=0.308
N1 B 0, 0.208, 0.532, 0.856, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.532 std_dev=0.324
C1' B 0, 0.232, 0.574, 0.915, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.574 std_dev=0.341
C5' A 0, 0.272, 0.646, 1.020, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.646 std_dev=0.374
P B 0, 0.274, 0.673, 1.071, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.673 std_dev=0.398
O5' A 0, 0.345, 0.817, 1.289, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.817 std_dev=0.472
O4' B 0, 0.279, 0.774, 1.270, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.774 std_dev=0.496
C5' B 0, 0.283, 0.796, 1.309, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.796 std_dev=0.513
C3' B 0, 0.339, 0.858, 1.376, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.858 std_dev=0.518
C4' B 0, 0.300, 0.846, 1.391, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.846 std_dev=0.546
OP1 B 0, -0.037, 0.535, 1.108, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.535 std_dev=0.573
C4 B 0, 0.344, 0.927, 1.509, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.927 std_dev=0.583
OP2 B 0, 0.333, 0.921, 1.509, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.921 std_dev=0.588
OP1 A 0, 0.443, 1.049, 1.656, 1.429 max_d=1.429 avg_d=1.049 std_dev=0.606
O5' B 0, 0.400, 1.018, 1.637, 1.525 max_d=1.525 avg_d=1.018 std_dev=0.619
P A 0, 0.467, 1.109, 1.751, 1.550 max_d=1.550 avg_d=1.109 std_dev=0.642
O4 B 0, 0.421, 1.115, 1.809, 1.902 max_d=1.902 avg_d=1.115 std_dev=0.694
O3' B 0, 0.484, 1.203, 1.922, 1.906 max_d=1.906 avg_d=1.203 std_dev=0.719
OP2 A 0, 0.557, 1.319, 2.080, 1.780 max_d=1.780 avg_d=1.319 std_dev=0.762
C5 B 0, 0.620, 1.641, 2.663, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.641 std_dev=1.021
C2 B 0, 0.386, 1.429, 2.473, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.429 std_dev=1.044
C6 B 0, 0.544, 1.601, 2.657, 2.614 max_d=2.614 avg_d=1.601 std_dev=1.056
N3 B 0, 0.553, 1.612, 2.671, 2.644 max_d=2.644 avg_d=1.612 std_dev=1.059
O2 B 0, 0.364, 2.417, 4.470, 4.527 max_d=4.527 avg_d=2.417 std_dev=2.053

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.09 0.01 0.17 0.01 0.09 0.09 0.06 0.09
C2 0.04 0.00 0.14 0.08 0.03 0.06 0.04 0.18 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.18 0.19 0.02 0.15 0.14 0.11 0.15
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.16 0.07 0.02 0.12 0.07 0.24 0.00 0.02 0.01 0.29 0.25 0.25 0.29
C3' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.05 0.15 0.02 0.00 0.01 0.09 0.09 0.02 0.09
C4 0.03 0.03 0.06 0.04 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.13 0.18 0.05 0.19 0.18 0.19 0.21
C4' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07 0.13 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02
C5 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.05 0.15 0.04 0.15 0.14 0.15 0.17
C5' 0.05 0.18 0.16 0.02 0.19 0.00 0.13 0.00 0.08 0.10 0.22 0.23 0.24 0.09 0.08 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.00 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.15 0.02 0.11 0.10 0.10 0.12
N1 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.16 0.01 0.10 0.09 0.07 0.11
N3 0.04 0.01 0.12 0.08 0.01 0.08 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.18 0.19 0.04 0.20 0.19 0.18 0.21
N4 0.03 0.04 0.07 0.05 0.00 0.07 0.02 0.23 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.14 0.17 0.06 0.23 0.23 0.25 0.26
O2 0.09 0.01 0.24 0.15 0.04 0.13 0.05 0.24 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.26 0.22 0.05 0.19 0.17 0.14 0.17
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.13 0.06 0.05 0.09 0.05 0.06 0.18 0.14 0.26 0.00 0.09 0.03 0.32 0.30 0.41 0.37
O3' 0.17 0.19 0.02 0.00 0.18 0.02 0.15 0.08 0.15 0.16 0.19 0.17 0.22 0.09 0.00 0.13 0.02 0.10 0.09 0.04
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.03 0.13 0.00 0.08 0.08 0.14 0.08
O5' 0.09 0.15 0.29 0.09 0.19 0.01 0.15 0.01 0.11 0.10 0.20 0.23 0.19 0.32 0.02 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.09 0.14 0.25 0.09 0.18 0.03 0.14 0.06 0.10 0.09 0.19 0.23 0.17 0.30 0.10 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.11 0.25 0.02 0.19 0.06 0.15 0.02 0.10 0.07 0.18 0.25 0.14 0.41 0.09 0.14 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.15 0.29 0.09 0.21 0.02 0.17 0.02 0.12 0.11 0.21 0.26 0.17 0.37 0.04 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.57 0.14 0.19 0.19 0.14 0.40 0.25 0.45 0.06 0.58 0.97 0.17 0.21 0.24 0.05 0.34 0.08 0.11 0.11
C2 0.05 0.13 0.05 0.09 0.11 0.03 0.12 0.17 0.08 0.08 0.12 0.17 0.08 0.10 0.09 0.09 0.53 0.12 0.12 0.18
C2' 0.17 0.66 0.18 0.20 0.10 0.19 0.71 0.29 0.79 0.13 0.63 1.29 0.18 0.19 0.13 0.16 0.25 0.20 0.14 0.12
C3' 0.03 0.94 0.10 0.13 0.33 0.09 0.64 0.20 0.71 0.10 1.00 1.61 0.12 0.13 0.44 0.03 0.32 0.20 0.14 0.15
C4 0.06 0.44 0.11 0.14 0.27 0.08 0.11 0.17 0.21 0.07 0.50 0.66 0.12 0.15 0.34 0.06 0.55 0.11 0.10 0.20
C4' 0.02 0.83 0.09 0.12 0.33 0.06 0.54 0.19 0.56 0.10 0.92 1.34 0.12 0.13 0.45 0.04 0.40 0.15 0.13 0.15
C5 0.08 0.18 0.12 0.20 0.16 0.16 0.08 0.25 0.09 0.05 0.22 0.25 0.14 0.22 0.20 0.08 0.36 0.04 0.11 0.11
C5' 0.11 0.70 0.20 0.21 0.23 0.16 0.66 0.29 0.66 0.04 0.85 1.19 0.22 0.20 0.40 0.08 0.33 0.07 0.23 0.03
C6 0.07 0.17 0.12 0.20 0.06 0.16 0.14 0.25 0.14 0.01 0.14 0.32 0.13 0.23 0.05 0.07 0.31 0.03 0.10 0.09
N1 0.04 0.31 0.10 0.16 0.10 0.11 0.21 0.22 0.21 0.05 0.29 0.52 0.12 0.17 0.09 0.04 0.40 0.08 0.11 0.13
N3 0.06 0.35 0.07 0.08 0.24 0.02 0.07 0.13 0.18 0.04 0.43 0.49 0.09 0.10 0.31 0.11 0.62 0.15 0.11 0.22
N4 0.07 0.74 0.13 0.15 0.41 0.09 0.23 0.13 0.37 0.13 0.81 1.16 0.13 0.17 0.53 0.08 0.63 0.13 0.09 0.25
O2 0.09 0.26 0.03 0.05 0.19 0.05 0.22 0.16 0.19 0.14 0.28 0.34 0.08 0.05 0.15 0.15 0.57 0.15 0.13 0.20
O2' 0.52 0.39 0.51 0.53 0.19 0.53 0.86 0.56 1.01 0.42 0.38 1.04 0.54 0.55 0.07 0.51 0.14 0.07 0.16 0.08
O3' 0.12 0.89 0.22 0.26 0.32 0.22 0.65 0.33 0.75 0.09 0.96 1.57 0.22 0.24 0.46 0.13 0.13 0.02 0.18 0.05
O4' 0.10 0.71 0.05 0.09 0.36 0.04 0.34 0.16 0.34 0.19 0.78 1.07 0.09 0.11 0.43 0.13 0.46 0.11 0.12 0.16
O5' 0.15 0.74 0.24 0.24 0.32 0.18 0.72 0.28 0.73 0.06 0.96 1.21 0.27 0.23 0.54 0.10 0.31 0.10 0.28 0.02
OP1 0.19 0.81 0.25 0.24 0.30 0.19 0.81 0.29 0.85 0.09 1.02 1.37 0.27 0.23 0.58 0.15 0.26 0.13 0.29 0.02
OP2 0.17 0.70 0.23 0.21 0.31 0.16 0.80 0.25 0.76 0.09 0.95 1.13 0.25 0.19 0.59 0.13 0.29 0.19 0.35 0.03
P 0.19 0.71 0.26 0.25 0.29 0.19 0.78 0.29 0.77 0.10 0.95 1.17 0.29 0.23 0.59 0.14 0.29 0.12 0.33 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.28 0.42 0.21 0.19
C2 0.02 0.00 0.03 0.16 0.03 0.47 0.03 0.86 0.00 0.00 0.01 0.01 0.46 0.10 0.05 0.46 0.30 0.21 1.01 0.55
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.01 0.10 0.09 0.09 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.08 0.01 0.29 0.45 0.13 0.24
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.04 0.09 0.03 0.14 0.25 0.01 0.01 0.11 0.01 0.04 0.47 0.11 0.18
C4 0.01 0.03 0.07 0.08 0.00 0.12 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.26 0.08 0.55 0.10
C4' 0.01 0.47 0.01 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.32 0.04 0.39 0.83 0.02 0.02 0.17 0.01 0.02 0.37 0.28 0.07
C5 0.00 0.03 0.10 0.06 0.01 0.21 0.00 0.24 0.00 0.02 0.00 0.03 0.28 0.06 0.01 0.26 0.77 0.46 0.08 0.43
C5' 0.07 0.86 0.09 0.04 0.32 0.01 0.24 0.00 0.40 0.17 0.78 1.45 0.09 0.02 0.40 0.02 0.01 0.23 0.42 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.32 0.00 0.40 0.00 0.00 0.02 0.01 0.36 0.08 0.01 0.39 0.87 0.60 0.20 0.57
N1 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.32 0.30 0.32 0.10
N3 0.01 0.01 0.01 0.14 0.01 0.39 0.00 0.78 0.02 0.01 0.00 0.03 0.35 0.08 0.04 0.33 0.20 0.23 1.02 0.53
O2 0.02 0.01 0.10 0.25 0.04 0.83 0.03 1.45 0.01 0.01 0.03 0.00 0.86 0.19 0.07 0.79 0.89 0.56 1.57 1.07
O2' 0.00 0.46 0.00 0.01 0.04 0.02 0.28 0.09 0.36 0.02 0.35 0.86 0.00 0.01 0.07 0.01 0.26 0.45 0.13 0.26
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.19 0.01 0.00 0.02 0.05 0.11 0.48 0.08 0.14
O4 0.03 0.05 0.08 0.11 0.01 0.17 0.01 0.40 0.01 0.02 0.04 0.07 0.07 0.02 0.00 0.10 0.21 0.03 0.66 0.20
O4' 0.00 0.46 0.01 0.01 0.06 0.01 0.26 0.02 0.39 0.02 0.33 0.79 0.01 0.05 0.10 0.00 0.21 0.39 0.27 0.14
O5' 0.28 0.30 0.29 0.04 0.26 0.02 0.77 0.01 0.87 0.32 0.20 0.89 0.26 0.11 0.21 0.21 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.42 0.21 0.45 0.47 0.08 0.37 0.46 0.23 0.60 0.30 0.23 0.56 0.45 0.48 0.03 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 1.01 0.13 0.11 0.55 0.28 0.08 0.42 0.20 0.32 1.02 1.57 0.13 0.08 0.66 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.55 0.24 0.18 0.10 0.07 0.43 0.01 0.57 0.10 0.53 1.07 0.26 0.14 0.20 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00