ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52506

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.002, 0.020, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.004, 0.026, 0.047, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.005, 0.029, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.029 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.009, 0.036, 0.064, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.009, 0.047, 0.084, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.047 std_dev=0.038
O2 A 0, 0.006, 0.064, 0.123, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.064 std_dev=0.058
C2' A 0, -0.028, 0.296, 0.620, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.296 std_dev=0.324
O4' A 0, -0.063, 0.282, 0.627, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.282 std_dev=0.345
C4' A 0, 0.132, 0.580, 1.029, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.580 std_dev=0.448
O2' A 0, 0.109, 0.579, 1.048, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.579 std_dev=0.470
P B 0, 0.094, 0.615, 1.135, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.615 std_dev=0.520
C3' A 0, -0.142, 0.391, 0.923, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.391 std_dev=0.533
OP1 B 0, 0.291, 0.842, 1.392, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.842 std_dev=0.551
O5' A 0, 0.459, 1.235, 2.010, 2.071 max_d=2.071 avg_d=1.235 std_dev=0.775
O3' A 0, -0.126, 0.663, 1.452, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.663 std_dev=0.789
C5' A 0, 0.362, 1.208, 2.053, 2.255 max_d=2.255 avg_d=1.208 std_dev=0.845
OP2 B 0, 0.625, 1.555, 2.486, 2.409 max_d=2.409 avg_d=1.555 std_dev=0.930
N3 B 0, 0.735, 1.841, 2.947, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.841 std_dev=1.106
O5' B 0, 0.779, 1.995, 3.211, 2.980 max_d=2.980 avg_d=1.995 std_dev=1.216
P A 0, 0.601, 1.872, 3.144, 3.447 max_d=3.447 avg_d=1.872 std_dev=1.272
C6 B 0, 0.844, 2.121, 3.398, 3.351 max_d=3.351 avg_d=2.121 std_dev=1.277
C4 B 0, 0.181, 1.484, 2.788, 3.433 max_d=3.433 avg_d=1.484 std_dev=1.304
C5 B 0, 0.125, 1.592, 3.060, 3.582 max_d=3.582 avg_d=1.592 std_dev=1.468
OP2 A 0, 0.776, 2.429, 4.082, 4.483 max_d=4.483 avg_d=2.429 std_dev=1.653
O4 B 0, 0.665, 2.429, 4.193, 4.967 max_d=4.967 avg_d=2.429 std_dev=1.764
OP1 A 0, 0.793, 2.576, 4.359, 4.730 max_d=4.730 avg_d=2.576 std_dev=1.783
N1 B 0, 1.245, 3.102, 4.959, 4.598 max_d=4.598 avg_d=3.102 std_dev=1.857
C2 B 0, 0.973, 2.965, 4.957, 4.858 max_d=4.858 avg_d=2.965 std_dev=1.992
C5' B 0, 1.560, 3.713, 5.866, 5.275 max_d=5.275 avg_d=3.713 std_dev=2.153
O4' B 0, 1.779, 4.547, 7.316, 6.788 max_d=6.788 avg_d=4.547 std_dev=2.768
C1' B 0, 1.918, 4.703, 7.489, 6.997 max_d=6.997 avg_d=4.703 std_dev=2.785
C4' B 0, 2.048, 4.919, 7.790, 7.164 max_d=7.164 avg_d=4.919 std_dev=2.871
O2 B 0, 1.272, 4.150, 7.027, 6.969 max_d=6.969 avg_d=4.150 std_dev=2.878
C3' B 0, 2.236, 5.367, 8.498, 7.820 max_d=7.820 avg_d=5.367 std_dev=3.131
C2' B 0, 2.303, 5.546, 8.789, 8.131 max_d=8.131 avg_d=5.546 std_dev=3.243
O3' B 0, 2.916, 6.947, 10.978, 9.866 max_d=9.866 avg_d=6.947 std_dev=4.031
O2' B 0, 3.053, 7.340, 11.627, 10.679 max_d=10.679 avg_d=7.340 std_dev=4.287

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.08 0.01 0.01 0.00 0.13 0.12 0.19 0.15
C2 0.04 0.00 0.12 0.04 0.01 0.02 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.07 0.05 0.28 0.25 0.52 0.34
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.09 0.01 0.10 0.04 0.19 0.00 0.02 0.02 0.08 0.10 0.17 0.05
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.15 0.02 0.19 0.05 0.02 0.05 0.12 0.01 0.00 0.02 0.12 0.21 0.24 0.17
C4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.08 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.06 0.40 0.47 0.74 0.53
C4' 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.04 0.10 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.10 0.03 0.05
C5 0.04 0.01 0.06 0.15 0.00 0.12 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.19 0.13 0.40 0.45 0.64 0.51
C5' 0.04 0.15 0.02 0.02 0.26 0.01 0.30 0.00 0.25 0.16 0.20 0.30 0.09 0.05 0.06 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03
C6 0.04 0.01 0.09 0.19 0.00 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.21 0.15 0.31 0.28 0.41 0.34
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.24 0.19 0.37 0.26
N3 0.03 0.00 0.10 0.02 0.00 0.04 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.05 0.02 0.35 0.38 0.67 0.46
N4 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.10 0.02 0.30 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.07 0.44 0.59 0.86 0.63
O2 0.08 0.00 0.19 0.12 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.18 0.14 0.21 0.18 0.46 0.27
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.14 0.09 0.24 0.00 0.02 0.07 0.06 0.20 0.16 0.08
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.07 0.02 0.19 0.06 0.21 0.05 0.05 0.06 0.18 0.02 0.00 0.01 0.19 0.40 0.42 0.32
O4' 0.00 0.05 0.02 0.02 0.06 0.00 0.13 0.01 0.15 0.02 0.02 0.07 0.14 0.07 0.01 0.00 0.17 0.23 0.22 0.25
O5' 0.13 0.28 0.08 0.12 0.40 0.01 0.40 0.01 0.31 0.24 0.35 0.44 0.21 0.06 0.19 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.25 0.10 0.21 0.47 0.10 0.45 0.06 0.28 0.19 0.38 0.59 0.18 0.20 0.40 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.52 0.17 0.24 0.74 0.03 0.64 0.04 0.41 0.37 0.67 0.86 0.46 0.16 0.42 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.34 0.05 0.17 0.53 0.05 0.51 0.03 0.34 0.26 0.46 0.63 0.27 0.08 0.32 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.93 0.68 1.39 1.29 0.43 0.91 0.56 0.81 0.50 0.58 0.45 1.04 1.75 1.54 0.61 0.67 0.56 0.14 0.43 0.28
C2 0.65 0.38 1.11 1.00 0.46 0.63 0.64 0.65 0.50 0.39 0.24 0.65 1.40 1.18 0.61 0.45 0.41 0.06 0.50 0.24
C2' 0.98 0.65 1.42 1.36 0.36 1.01 0.52 0.94 0.49 0.60 0.38 1.02 1.75 1.61 0.56 0.76 0.50 0.19 0.46 0.26
C3' 1.15 0.71 1.55 1.53 0.26 1.23 0.45 1.11 0.52 0.71 0.34 1.07 1.87 1.80 0.48 0.97 0.57 0.28 0.48 0.28
C4 0.48 0.24 0.90 0.80 0.42 0.44 0.56 0.51 0.39 0.25 0.16 0.45 1.17 0.93 0.56 0.35 0.31 0.04 0.47 0.20
C4' 1.26 0.87 1.67 1.62 0.21 1.28 0.39 1.04 0.55 0.81 0.50 1.29 2.06 1.94 0.42 1.04 0.63 0.21 0.32 0.18
C5 0.63 0.35 1.05 0.96 0.44 0.64 0.57 0.68 0.41 0.35 0.23 0.56 1.33 1.11 0.58 0.47 0.44 0.12 0.43 0.26
C5' 1.49 0.98 1.86 1.84 0.13 1.53 0.38 1.22 0.68 0.99 0.53 1.37 2.25 2.19 0.29 1.31 0.78 0.38 0.35 0.28
C6 0.80 0.51 1.23 1.15 0.45 0.82 0.56 0.80 0.45 0.48 0.34 0.77 1.54 1.34 0.62 0.60 0.53 0.14 0.43 0.28
N1 0.79 0.50 1.25 1.15 0.44 0.79 0.59 0.76 0.49 0.48 0.32 0.80 1.56 1.35 0.61 0.57 0.50 0.12 0.47 0.28
N3 0.51 0.27 0.95 0.84 0.46 0.46 0.61 0.54 0.45 0.29 0.19 0.50 1.22 0.99 0.59 0.37 0.33 0.04 0.50 0.20
N4 0.33 0.17 0.73 0.63 0.39 0.24 0.52 0.33 0.33 0.12 0.15 0.37 1.00 0.75 0.51 0.29 0.20 0.10 0.43 0.12
O2 0.66 0.39 1.14 1.02 0.50 0.63 0.70 0.65 0.57 0.41 0.25 0.68 1.43 1.20 0.65 0.45 0.41 0.06 0.51 0.23
O2' 1.01 0.74 1.46 1.39 0.36 1.01 0.51 0.91 0.50 0.64 0.47 1.15 1.83 1.66 0.55 0.75 0.51 0.16 0.44 0.26
O3' 1.23 0.78 1.61 1.60 0.20 1.32 0.41 1.20 0.53 0.77 0.38 1.16 1.94 1.89 0.42 1.06 0.61 0.36 0.51 0.33
O4' 1.08 0.82 1.52 1.41 0.40 1.03 0.50 0.82 0.51 0.69 0.55 1.23 1.91 1.69 0.59 0.81 0.66 0.21 0.36 0.30
O5' 1.35 0.78 1.69 1.75 0.14 1.50 0.22 1.24 0.49 0.84 0.36 1.10 2.00 2.08 0.45 1.24 0.77 0.43 0.28 0.28
OP1 1.42 0.81 1.60 1.73 0.43 1.67 0.33 1.30 0.48 0.87 0.44 1.11 1.90 2.22 0.75 1.45 0.97 0.61 0.60 0.57
OP2 1.16 0.47 1.37 1.55 0.41 1.55 0.36 1.35 0.33 0.61 0.10 0.73 1.55 1.82 0.78 1.23 1.01 0.77 0.53 0.63
P 1.34 0.69 1.59 1.73 0.28 1.59 0.19 1.27 0.37 0.78 0.27 0.97 1.84 2.15 0.64 1.32 0.89 0.58 0.48 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.10 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.19 0.04 0.00 0.26 0.11 0.51 0.07
C2 0.01 0.00 0.17 0.15 0.02 0.12 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.20 0.01 0.18 0.49 0.17 0.44 0.33
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.05 0.03 0.09 0.17 0.13 0.03 0.13 0.27 0.01 0.04 0.06 0.02 0.39 0.53 0.68 0.41
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.21 0.01 0.20 0.02 0.16 0.13 0.19 0.13 0.01 0.00 0.22 0.02 0.33 0.42 0.55 0.37
C4 0.05 0.02 0.05 0.21 0.00 0.17 0.01 0.46 0.00 0.03 0.00 0.03 0.20 0.17 0.00 0.11 0.68 0.39 0.17 0.47
C4' 0.02 0.12 0.03 0.01 0.17 0.00 0.35 0.01 0.35 0.08 0.04 0.33 0.15 0.02 0.18 0.01 0.02 0.01 0.49 0.12
C5 0.06 0.03 0.09 0.20 0.01 0.35 0.00 0.73 0.01 0.04 0.01 0.04 0.37 0.13 0.01 0.28 0.92 0.67 0.45 0.75
C5' 0.10 0.02 0.17 0.02 0.46 0.01 0.73 0.00 0.70 0.26 0.16 0.31 0.13 0.12 0.49 0.04 0.01 0.28 0.37 0.01
C6 0.05 0.01 0.13 0.16 0.00 0.35 0.01 0.70 0.00 0.02 0.02 0.02 0.40 0.09 0.01 0.32 0.88 0.57 0.33 0.64
N1 0.02 0.00 0.03 0.13 0.03 0.08 0.04 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.14 0.02 0.05 0.47 0.13 0.29 0.17
N3 0.02 0.01 0.13 0.19 0.00 0.04 0.01 0.16 0.02 0.01 0.00 0.02 0.19 0.19 0.01 0.09 0.53 0.17 0.25 0.33
O2 0.02 0.01 0.27 0.13 0.03 0.33 0.04 0.31 0.02 0.01 0.02 0.00 0.48 0.26 0.02 0.37 0.67 0.45 0.70 0.61
O2' 0.02 0.25 0.01 0.01 0.20 0.15 0.37 0.13 0.40 0.11 0.19 0.48 0.00 0.01 0.20 0.11 0.43 0.75 0.76 0.54
O3' 0.19 0.20 0.04 0.00 0.17 0.02 0.13 0.12 0.09 0.14 0.19 0.26 0.01 0.00 0.18 0.18 0.31 0.41 0.55 0.36
O4 0.04 0.01 0.06 0.22 0.00 0.18 0.01 0.49 0.01 0.02 0.01 0.02 0.20 0.18 0.00 0.11 0.70 0.45 0.28 0.53
O4' 0.00 0.18 0.02 0.02 0.11 0.01 0.28 0.04 0.32 0.05 0.09 0.37 0.11 0.18 0.11 0.00 0.33 0.27 0.62 0.33
O5' 0.26 0.49 0.39 0.33 0.68 0.02 0.92 0.01 0.88 0.47 0.53 0.67 0.43 0.31 0.70 0.33 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.11 0.17 0.53 0.42 0.39 0.01 0.67 0.28 0.57 0.13 0.17 0.45 0.75 0.41 0.45 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.44 0.68 0.55 0.17 0.49 0.45 0.37 0.33 0.29 0.25 0.70 0.76 0.55 0.28 0.62 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.33 0.41 0.37 0.47 0.12 0.75 0.01 0.64 0.17 0.33 0.61 0.54 0.36 0.53 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00