ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52508

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.011, 0.045, 0.079, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.045 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.019, 0.068, 0.118, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.068 std_dev=0.050
O4' A 0, -0.007, 0.124, 0.255, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.124 std_dev=0.131
C2' A 0, 0.022, 0.215, 0.407, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.215 std_dev=0.192
C4' A 0, -0.003, 0.192, 0.388, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.192 std_dev=0.195
C3' A 0, 0.064, 0.343, 0.623, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.343 std_dev=0.280
O2' A 0, 0.062, 0.356, 0.650, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.356 std_dev=0.294
C5' A 0, -0.006, 0.354, 0.714, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.354 std_dev=0.360
P B 0, 0.152, 0.532, 0.911, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.532 std_dev=0.380
O3' A 0, 0.149, 0.618, 1.086, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.618 std_dev=0.468
O5' A 0, 0.032, 0.508, 0.983, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.508 std_dev=0.476
OP1 B 0, 0.278, 0.962, 1.646, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.962 std_dev=0.684
OP1 A 0, -0.169, 0.550, 1.270, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.550 std_dev=0.720
OP2 B 0, 0.343, 1.211, 2.079, 1.991 max_d=1.991 avg_d=1.211 std_dev=0.868
P A 0, 0.242, 1.247, 2.252, 2.461 max_d=2.461 avg_d=1.247 std_dev=1.005
OP2 A 0, 0.619, 2.303, 3.988, 3.983 max_d=3.983 avg_d=2.303 std_dev=1.685
O5' B 0, 0.698, 2.383, 4.068, 3.578 max_d=3.578 avg_d=2.383 std_dev=1.685
C5' B 0, 1.143, 3.904, 6.666, 5.924 max_d=5.924 avg_d=3.904 std_dev=2.761
O4' B 0, 1.479, 5.051, 8.623, 7.666 max_d=7.666 avg_d=5.051 std_dev=3.572
C4' B 0, 1.495, 5.112, 8.729, 7.840 max_d=7.840 avg_d=5.112 std_dev=3.617
C1' B 0, 1.996, 6.815, 11.634, 10.300 max_d=10.300 avg_d=6.815 std_dev=4.819
C3' B 0, 2.051, 7.010, 11.968, 10.673 max_d=10.673 avg_d=7.010 std_dev=4.958
C6 B 0, 2.062, 7.051, 12.039, 10.793 max_d=10.793 avg_d=7.051 std_dev=4.989
N1 B 0, 2.145, 7.324, 12.503, 11.077 max_d=11.077 avg_d=7.324 std_dev=5.179
O3' B 0, 2.278, 7.789, 13.300, 11.932 max_d=11.932 avg_d=7.789 std_dev=5.511
C2' B 0, 2.326, 7.944, 13.562, 11.992 max_d=11.992 avg_d=7.944 std_dev=5.618
C5 B 0, 2.385, 8.164, 13.943, 12.584 max_d=12.584 avg_d=8.164 std_dev=5.779
C2 B 0, 2.488, 8.495, 14.503, 12.829 max_d=12.829 avg_d=8.495 std_dev=6.007
O2 B 0, 2.634, 8.993, 15.352, 13.519 max_d=13.519 avg_d=8.993 std_dev=6.359
O2' B 0, 2.646, 9.035, 15.425, 13.654 max_d=13.654 avg_d=9.035 std_dev=6.389
N3 B 0, 2.729, 9.326, 15.923, 14.211 max_d=14.211 avg_d=9.326 std_dev=6.597
C4 B 0, 2.739, 9.371, 16.004, 14.407 max_d=14.407 avg_d=9.371 std_dev=6.633
O4 B 0, 3.087, 10.568, 18.049, 16.288 max_d=16.288 avg_d=10.568 std_dev=7.481

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.07 0.01 0.03 0.04 0.06 0.01
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.19 0.05
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.10 0.00 0.10 0.04 0.07 0.07 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.26 0.07
C4 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.10 0.01 0.02 0.03 0.20 0.02
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.01
C5 0.01 0.03 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.14 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01
C5' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01
C6 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.01 0.01 0.03 0.16 0.00
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01
N3 0.02 0.01 0.06 0.07 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.08 0.01 0.03 0.04 0.12 0.02
N4 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.11 0.01 0.03 0.03 0.25 0.05
O2 0.03 0.01 0.12 0.10 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.14 0.12 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02
O2' 0.03 0.08 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.07 0.03 0.14 0.00 0.03 0.05 0.03 0.06 0.19 0.01
O3' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.03 0.13 0.05 0.08 0.11 0.12 0.03 0.00 0.00 0.05 0.11 0.33 0.06
O4' 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.11 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.03 0.06 0.19 0.26 0.20 0.14 0.24 0.12 0.16 0.06 0.12 0.25 0.02 0.19 0.33 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.62 1.96 1.87 1.86 2.28 1.27 2.24 1.14 2.03 1.89 2.15 1.84 1.94 2.00 2.40 1.23 0.59 0.02 0.49 0.12
C2 1.04 1.40 1.15 1.18 1.84 0.77 1.84 0.78 1.58 1.35 1.63 1.22 1.19 1.28 1.99 0.78 0.38 0.10 0.45 0.06
C2' 1.53 1.80 1.81 1.83 2.03 1.23 1.97 1.05 1.82 1.73 1.94 1.71 1.93 2.10 2.11 1.15 0.48 0.09 0.55 0.07
C3' 1.64 1.82 2.01 2.04 1.89 1.37 1.83 1.12 1.76 1.75 1.89 1.80 2.19 2.38 1.92 1.23 0.49 0.12 0.61 0.05
C4 0.69 0.96 0.73 0.81 1.33 0.52 1.35 0.62 1.16 0.95 1.15 0.81 0.80 0.91 1.44 0.53 0.29 0.12 0.40 0.05
C4' 1.97 2.22 2.36 2.32 2.30 1.60 2.21 1.33 2.12 2.12 2.31 2.19 2.51 2.56 2.34 1.49 0.67 0.01 0.54 0.12
C5 1.06 1.26 1.18 1.30 1.49 0.93 1.51 0.97 1.40 1.25 1.38 1.14 1.27 1.41 1.54 0.86 0.49 0.03 0.46 0.12
C5' 2.16 2.32 2.64 2.57 2.25 1.80 2.14 1.45 2.14 2.23 2.33 2.35 2.83 2.83 2.22 1.65 0.76 0.06 0.50 0.16
C6 1.40 1.62 1.60 1.69 1.85 1.20 1.85 1.14 1.74 1.60 1.75 1.51 1.68 1.82 1.90 1.11 0.59 0.02 0.48 0.13
N1 1.36 1.67 1.55 1.59 2.01 1.08 2.00 1.03 1.80 1.62 1.86 1.53 1.61 1.71 2.11 1.05 0.52 0.04 0.48 0.10
N3 0.73 1.07 0.77 0.81 1.53 0.50 1.54 0.58 1.29 1.04 1.30 0.88 0.81 0.91 1.67 0.54 0.27 0.14 0.41 0.04
N4 0.27 0.55 0.24 0.31 0.94 0.13 0.96 0.28 0.76 0.54 0.75 0.39 0.32 0.40 1.05 0.19 0.10 0.20 0.32 0.03
O2 1.03 1.44 1.14 1.13 1.95 0.72 1.93 0.73 1.63 1.38 1.72 1.25 1.16 1.24 2.14 0.76 0.35 0.12 0.46 0.06
O2' 1.61 1.95 1.90 1.87 2.23 1.26 2.14 1.07 1.95 1.85 2.13 1.86 2.01 2.12 2.35 1.20 0.50 0.07 0.54 0.08
O3' 1.60 1.76 2.00 2.02 1.76 1.33 1.67 1.03 1.63 1.67 1.80 1.76 2.22 2.42 1.78 1.18 0.39 0.19 0.68 0.08
O4' 1.91 2.24 2.22 2.18 2.48 1.51 2.41 1.32 2.25 2.15 2.40 2.15 2.30 2.29 2.55 1.46 0.71 0.05 0.49 0.15
O5' 2.02 2.07 2.50 2.54 1.93 1.78 1.86 1.45 1.92 2.02 2.03 2.10 2.70 2.84 1.87 1.58 0.75 0.05 0.50 0.16
OP1 2.34 2.26 2.96 2.81 1.81 2.03 1.67 1.54 1.85 2.17 2.08 2.43 3.34 3.16 1.68 1.81 0.84 0.14 0.42 0.21
OP2 1.28 1.12 1.85 1.93 0.79 1.25 0.72 0.91 0.88 1.09 0.97 1.24 2.23 2.47 0.68 0.90 0.22 0.42 0.91 0.35
P 2.01 1.90 2.58 2.61 1.57 1.86 1.49 1.46 1.64 1.86 1.76 2.00 2.91 3.05 1.46 1.57 0.75 0.04 0.47 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.23 0.03 0.01 0.07 0.13 0.09 0.16
C2 0.03 0.00 0.11 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.28 0.01 0.03 0.09 0.17 0.10 0.07
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.15 0.06 0.02 0.09 0.18 0.00 0.02 0.05 0.02 0.14 0.28 0.11 0.20
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.21 0.00 0.32 0.01 0.32 0.13 0.08 0.17 0.01 0.00 0.21 0.00 0.02 0.30 0.01 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.21 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.03 0.01 0.00 0.11 0.44 0.23 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.13 0.06 0.05 0.06 0.18 0.00 0.10 0.00 0.01 0.32 0.02 0.16
C5 0.01 0.01 0.04 0.32 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.17 0.01 0.03 0.12 0.41 0.31 0.11
C5' 0.04 0.05 0.15 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.12 0.05 0.08 0.07 0.03 0.14 0.14 0.01 0.00 0.13 0.03 0.00
C6 0.01 0.01 0.06 0.32 0.01 0.13 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.16 0.01 0.04 0.13 0.24 0.29 0.13
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.10 0.02 0.01 0.09 0.11 0.16 0.11
N3 0.03 0.00 0.09 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.37 0.18 0.02 0.02 0.10 0.32 0.14 0.07
O2 0.05 0.00 0.18 0.17 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.44 0.50 0.02 0.04 0.10 0.07 0.07 0.08
O2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.30 0.18 0.16 0.03 0.08 0.16 0.37 0.44 0.00 0.02 0.33 0.14 0.11 0.15 0.20 0.02
O3' 0.23 0.28 0.02 0.00 0.03 0.00 0.17 0.14 0.16 0.10 0.18 0.50 0.02 0.00 0.02 0.15 0.09 0.33 0.13 0.07
O4 0.03 0.01 0.05 0.21 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.02 0.02 0.33 0.02 0.00 0.01 0.11 0.53 0.24 0.11
O4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.14 0.15 0.01 0.00 0.04 0.13 0.07 0.17
O5' 0.07 0.09 0.14 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.13 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.13 0.17 0.28 0.30 0.44 0.32 0.41 0.13 0.24 0.11 0.32 0.07 0.15 0.33 0.53 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.10 0.11 0.01 0.23 0.02 0.31 0.03 0.29 0.16 0.14 0.07 0.20 0.13 0.24 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.07 0.20 0.11 0.10 0.16 0.11 0.00 0.13 0.11 0.07 0.08 0.02 0.07 0.11 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00