ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52509

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4 A 0, -0.001, 0.007, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N1 A 0, -0.002, 0.009, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N4 A 0, -0.002, 0.021, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.022
C2' A 0, -0.046, 0.128, 0.303, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.128 std_dev=0.174
O4' A 0, -0.044, 0.133, 0.311, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.133 std_dev=0.178
OP1 B 0, -0.024, 0.154, 0.331, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.154 std_dev=0.178
P B 0, -0.030, 0.165, 0.360, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.165 std_dev=0.195
O2' A 0, -0.057, 0.151, 0.360, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.151 std_dev=0.208
C4' A 0, -0.064, 0.193, 0.450, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.193 std_dev=0.257
C3' A 0, -0.070, 0.204, 0.478, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.204 std_dev=0.274
OP1 A 0, -0.042, 0.244, 0.531, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.244 std_dev=0.286
O5' B 0, -0.064, 0.247, 0.559, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.247 std_dev=0.311
O3' A 0, -0.092, 0.274, 0.640, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.274 std_dev=0.366
P A 0, -0.076, 0.306, 0.688, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.306 std_dev=0.382
C6 B 0, -0.106, 0.343, 0.792, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.343 std_dev=0.449
C5 B 0, -0.108, 0.341, 0.790, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.341 std_dev=0.449
OP2 A 0, -0.097, 0.355, 0.807, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.355 std_dev=0.452
OP2 B 0, -0.113, 0.355, 0.823, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.355 std_dev=0.468
C5' A 0, -0.115, 0.357, 0.829, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.357 std_dev=0.472
O3' B 0, -0.112, 0.418, 0.947, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.418 std_dev=0.529
C3' B 0, -0.119, 0.412, 0.943, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.412 std_dev=0.531
C4 B 0, -0.134, 0.420, 0.974, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.420 std_dev=0.554
N1 B 0, -0.131, 0.425, 0.982, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.425 std_dev=0.556
C4' B 0, -0.131, 0.428, 0.986, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.428 std_dev=0.558
O4 B 0, -0.134, 0.424, 0.983, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.424 std_dev=0.559
O4' B 0, -0.133, 0.426, 0.984, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.426 std_dev=0.559
C5' B 0, -0.136, 0.427, 0.991, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.427 std_dev=0.564
C1' B 0, -0.130, 0.435, 1.000, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.435 std_dev=0.565
C2' B 0, -0.125, 0.443, 1.012, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.443 std_dev=0.569
O2' B 0, -0.111, 0.461, 1.033, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.461 std_dev=0.572
O5' A 0, -0.134, 0.451, 1.037, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.451 std_dev=0.586
N3 B 0, -0.181, 0.548, 1.277, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.548 std_dev=0.729
C2 B 0, -0.182, 0.563, 1.307, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.563 std_dev=0.745
O2 B 0, -0.233, 0.711, 1.655, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.711 std_dev=0.944

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.15 0.30 0.02
C2 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.37 0.22 0.14 0.16
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.22 0.26 0.19 0.11
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.02 0.11 0.02 0.00 0.01 0.26 0.32 0.15 0.17
C4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.49 0.25 0.01 0.25
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.14 0.36 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04 0.52 0.25 0.01 0.26
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.03 0.03 0.08 0.09 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.18 0.38 0.00
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.47 0.24 0.12 0.20
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.36 0.21 0.18 0.14
N3 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.44 0.23 0.07 0.21
N4 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.51 0.25 0.06 0.27
O2 0.01 0.00 0.10 0.11 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.14 0.03 0.29 0.19 0.18 0.12
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.07 0.20 0.25 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.15 0.34 0.12 0.15
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.07 0.41 0.08
O5' 0.17 0.37 0.22 0.26 0.49 0.01 0.52 0.00 0.47 0.36 0.44 0.51 0.29 0.07 0.15 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.15 0.22 0.26 0.32 0.25 0.14 0.25 0.18 0.24 0.21 0.23 0.25 0.19 0.20 0.34 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.14 0.19 0.15 0.01 0.36 0.01 0.38 0.12 0.18 0.07 0.06 0.18 0.25 0.12 0.41 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.16 0.11 0.17 0.25 0.03 0.26 0.00 0.20 0.14 0.21 0.27 0.12 0.03 0.15 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.18 0.08 0.12 0.17 0.18 0.14 0.20 0.12 0.15 0.19 0.20 0.04 0.08 0.18 0.20 0.11 0.13 0.23 0.08
C2 0.04 0.04 0.04 0.01 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.04 0.06 0.03 0.07 0.05 0.09 0.08 0.02 0.11 0.32 0.13
C2' 0.10 0.13 0.02 0.06 0.15 0.11 0.12 0.14 0.09 0.10 0.16 0.14 0.03 0.01 0.16 0.14 0.04 0.18 0.28 0.14
C3' 0.05 0.08 0.03 0.01 0.09 0.09 0.05 0.13 0.03 0.05 0.10 0.09 0.08 0.04 0.10 0.10 0.02 0.23 0.27 0.15
C4 0.02 0.01 0.07 0.05 0.09 0.02 0.12 0.02 0.09 0.03 0.04 0.04 0.09 0.10 0.11 0.06 0.00 0.07 0.33 0.13
C4' 0.13 0.15 0.05 0.11 0.11 0.19 0.06 0.25 0.06 0.11 0.15 0.18 0.00 0.07 0.11 0.19 0.11 0.17 0.18 0.06
C5 0.09 0.08 0.01 0.01 0.15 0.09 0.16 0.10 0.14 0.10 0.11 0.06 0.04 0.05 0.16 0.13 0.06 0.12 0.25 0.10
C5' 0.09 0.11 0.01 0.08 0.05 0.19 0.01 0.27 0.01 0.07 0.10 0.14 0.05 0.04 0.05 0.18 0.12 0.17 0.12 0.03
C6 0.13 0.14 0.04 0.07 0.17 0.14 0.16 0.16 0.14 0.13 0.16 0.13 0.01 0.01 0.18 0.17 0.09 0.14 0.23 0.09
N1 0.11 0.12 0.03 0.06 0.15 0.12 0.13 0.14 0.11 0.11 0.14 0.12 0.01 0.01 0.16 0.15 0.07 0.13 0.26 0.10
N3 0.01 0.01 0.08 0.05 0.06 0.01 0.08 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.10 0.10 0.07 0.05 0.01 0.08 0.35 0.14
N4 0.01 0.05 0.10 0.10 0.06 0.03 0.12 0.04 0.09 0.00 0.01 0.11 0.11 0.14 0.08 0.02 0.03 0.01 0.35 0.13
O2 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.02 0.04 0.02 0.08 0.05 0.06 0.07 0.01 0.11 0.35 0.14
O2' 0.15 0.19 0.08 0.11 0.20 0.16 0.15 0.17 0.13 0.15 0.22 0.21 0.03 0.06 0.21 0.18 0.08 0.16 0.26 0.11
O3' 0.04 0.08 0.04 0.00 0.09 0.06 0.05 0.11 0.03 0.04 0.10 0.09 0.10 0.05 0.11 0.08 0.01 0.26 0.29 0.18
O4' 0.17 0.19 0.10 0.16 0.14 0.23 0.10 0.27 0.10 0.15 0.19 0.22 0.05 0.12 0.14 0.23 0.14 0.13 0.17 0.04
O5' 0.09 0.03 0.09 0.08 0.08 0.09 0.15 0.11 0.17 0.10 0.03 0.02 0.11 0.08 0.08 0.09 0.29 0.71 0.61 0.55
OP1 0.15 0.20 0.13 0.15 0.12 0.18 0.04 0.19 0.04 0.13 0.19 0.26 0.10 0.15 0.11 0.17 0.01 0.43 0.24 0.23
OP2 0.03 0.04 0.07 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.14 0.11 0.09 0.01 0.12 0.41 0.31 0.29
P 0.04 0.10 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.10 0.14 0.03 0.01 0.06 0.05 0.12 0.51 0.37 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.19 0.09
C2 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.06 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.00 0.10 0.02 0.07 0.11 0.04
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.12 0.02 0.05 0.15 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.11 0.06 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.15 0.01 0.09
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.21 0.19 0.15
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.02
C5 0.00 0.01 0.10 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.06 0.01 0.07 0.13 0.26 0.28 0.22
C5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.09 0.17 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.12 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.01 0.10 0.13 0.21 0.29 0.21
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.19 0.10
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.07 0.01 0.13 0.12 0.07
O2 0.03 0.00 0.15 0.06 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.10 0.01 0.18 0.07 0.01 0.04 0.03
O2' 0.00 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.07 0.21 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.13 0.10 0.04
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.07 0.00 0.04 0.10 0.03 0.00 0.00 0.01 0.12 0.26 0.06 0.16
O4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.08 0.24 0.19 0.16
O4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.10 0.00 0.07 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.12 0.23 0.14
O5' 0.03 0.02 0.06 0.09 0.07 0.00 0.13 0.01 0.13 0.04 0.01 0.07 0.06 0.12 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.11 0.15 0.21 0.01 0.26 0.00 0.21 0.11 0.13 0.01 0.13 0.26 0.24 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.11 0.06 0.01 0.19 0.10 0.28 0.01 0.29 0.19 0.12 0.04 0.10 0.06 0.19 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.04 0.04 0.09 0.15 0.02 0.22 0.00 0.21 0.10 0.07 0.03 0.04 0.16 0.16 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00