ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52510

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
O2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N4 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2' A 0, 0.019, 0.064, 0.110, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.064 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.001, 0.052, 0.102, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.052 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C4' A 0, 0.033, 0.121, 0.210, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.121 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.039, 0.135, 0.230, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.135 std_dev=0.095
C5' A 0, 0.054, 0.190, 0.325, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.190 std_dev=0.135
O3' A 0, 0.057, 0.198, 0.339, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.198 std_dev=0.141
O5' A 0, 0.073, 0.254, 0.436, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.254 std_dev=0.181
P A 0, 0.029, 0.339, 0.649, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.339 std_dev=0.310
O5' B 0, 0.049, 0.384, 0.719, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.384 std_dev=0.335
O3' B 0, 0.049, 0.384, 0.719, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.384 std_dev=0.335
OP2 A 0, 0.108, 0.447, 0.787, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.447 std_dev=0.339
C5' B 0, 0.001, 0.362, 0.723, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.362 std_dev=0.361
OP2 B 0, 0.093, 0.475, 0.856, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.475 std_dev=0.381
P B 0, 0.060, 0.449, 0.838, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.449 std_dev=0.389
C4' B 0, -0.042, 0.352, 0.747, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.352 std_dev=0.394
C3' B 0, -0.020, 0.383, 0.785, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.383 std_dev=0.403
OP1 A 0, -0.026, 0.402, 0.830, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.402 std_dev=0.428
OP1 B 0, 0.053, 0.494, 0.935, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.494 std_dev=0.441
O2' B 0, 0.079, 0.521, 0.962, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.521 std_dev=0.441
O4' B 0, -0.024, 0.429, 0.881, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.429 std_dev=0.452
C2' B 0, 0.004, 0.460, 0.916, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.460 std_dev=0.456
C2 B 0, 0.011, 0.494, 0.977, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.494 std_dev=0.483
C1' B 0, -0.009, 0.486, 0.981, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.486 std_dev=0.495
N1 B 0, 0.067, 0.611, 1.156, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.611 std_dev=0.545
O2 B 0, 0.208, 0.779, 1.350, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.779 std_dev=0.571
N3 B 0, -0.072, 0.506, 1.084, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.506 std_dev=0.578
C4 B 0, 0.260, 0.969, 1.678, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.969 std_dev=0.709
C6 B 0, 0.326, 1.116, 1.905, 1.710 max_d=1.710 avg_d=1.116 std_dev=0.789
O4 B 0, 0.315, 1.114, 1.913, 1.835 max_d=1.835 avg_d=1.114 std_dev=0.799
C5 B 0, 0.381, 1.303, 2.225, 2.007 max_d=2.007 avg_d=1.303 std_dev=0.922

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.18 0.11
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.10 0.15 0.23 0.18
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.17 0.09
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.12 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.12 0.21 0.29 0.24
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.10 0.20 0.30 0.24
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.15 0.27 0.20
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.12 0.23 0.17
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.12 0.19 0.26 0.22
N4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.13 0.24 0.30 0.25
O2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.10 0.12 0.21 0.16
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.14 0.07
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.09 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.12 0.07
O5' 0.04 0.10 0.00 0.03 0.12 0.00 0.10 0.00 0.08 0.08 0.12 0.13 0.10 0.00 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.06 0.15 0.07 0.06 0.21 0.02 0.20 0.02 0.15 0.12 0.19 0.24 0.12 0.05 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.23 0.17 0.12 0.29 0.07 0.30 0.01 0.27 0.23 0.26 0.30 0.21 0.14 0.09 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.18 0.09 0.06 0.24 0.03 0.24 0.01 0.20 0.17 0.22 0.25 0.16 0.07 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.05 0.10 0.05 0.22 0.02 0.26 0.13 0.19 0.07 0.12 0.16 0.19 0.14 0.26 0.03 0.19 0.17 0.24 0.19
C2 0.12 0.10 0.19 0.17 0.19 0.11 0.29 0.05 0.23 0.08 0.04 0.30 0.24 0.25 0.23 0.08 0.10 0.10 0.18 0.12
C2' 0.04 0.08 0.09 0.03 0.17 0.05 0.18 0.15 0.13 0.05 0.12 0.13 0.18 0.08 0.20 0.04 0.21 0.19 0.26 0.21
C3' 0.04 0.10 0.07 0.04 0.16 0.08 0.14 0.18 0.09 0.06 0.14 0.12 0.16 0.03 0.18 0.06 0.23 0.20 0.26 0.22
C4 0.18 0.17 0.24 0.25 0.18 0.18 0.29 0.12 0.25 0.13 0.09 0.37 0.28 0.32 0.20 0.14 0.08 0.09 0.19 0.11
C4' 0.02 0.12 0.05 0.03 0.21 0.08 0.21 0.19 0.16 0.10 0.17 0.12 0.14 0.03 0.25 0.07 0.23 0.19 0.25 0.22
C5 0.13 0.10 0.21 0.20 0.16 0.11 0.25 0.06 0.21 0.08 0.03 0.29 0.27 0.31 0.19 0.07 0.17 0.14 0.25 0.19
C5' 0.03 0.14 0.04 0.05 0.20 0.10 0.18 0.19 0.14 0.10 0.18 0.14 0.13 0.01 0.23 0.08 0.21 0.18 0.22 0.20
C6 0.07 0.04 0.15 0.12 0.18 0.02 0.24 0.12 0.19 0.05 0.06 0.20 0.23 0.24 0.21 0.01 0.21 0.17 0.26 0.21
N1 0.08 0.04 0.15 0.12 0.19 0.04 0.26 0.08 0.20 0.06 0.06 0.22 0.22 0.21 0.23 0.02 0.17 0.15 0.23 0.18
N3 0.17 0.16 0.23 0.23 0.19 0.17 0.31 0.11 0.26 0.12 0.08 0.37 0.27 0.30 0.22 0.13 0.08 0.08 0.16 0.10
N4 0.23 0.24 0.28 0.29 0.19 0.25 0.31 0.22 0.28 0.18 0.16 0.44 0.30 0.34 0.20 0.20 0.12 0.09 0.15 0.10
O2 0.12 0.10 0.18 0.16 0.20 0.10 0.30 0.06 0.24 0.08 0.04 0.30 0.23 0.23 0.25 0.08 0.09 0.09 0.16 0.11
O2' 0.04 0.08 0.09 0.03 0.19 0.05 0.19 0.14 0.13 0.06 0.13 0.12 0.18 0.07 0.22 0.04 0.21 0.19 0.25 0.21
O3' 0.05 0.13 0.06 0.06 0.14 0.10 0.10 0.19 0.06 0.07 0.15 0.15 0.14 0.05 0.16 0.07 0.23 0.20 0.26 0.22
O4' 0.01 0.09 0.07 0.02 0.25 0.06 0.28 0.17 0.22 0.11 0.16 0.14 0.15 0.09 0.29 0.06 0.22 0.19 0.25 0.21
O5' 0.03 0.10 0.04 0.04 0.16 0.09 0.16 0.17 0.13 0.08 0.13 0.12 0.10 0.00 0.17 0.07 0.19 0.16 0.19 0.17
OP1 0.06 0.12 0.09 0.01 0.08 0.01 0.03 0.06 0.05 0.02 0.13 0.22 0.19 0.01 0.09 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05
OP2 0.07 0.08 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.07 0.03 0.10 0.15 0.16 0.01 0.07 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03
P 0.04 0.08 0.06 0.01 0.08 0.01 0.05 0.06 0.03 0.03 0.10 0.12 0.13 0.00 0.10 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03
C2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.10 0.13 0.18 0.16 0.16
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.04 0.10 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.08 0.08 0.07 0.07
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.13 0.03 0.03 0.18 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.13 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.08 0.00 0.10 0.21 0.13 0.25 0.24
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.13 0.00 0.25 0.00 0.24 0.07 0.03 0.27 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.00 0.12 0.21 0.16 0.25 0.25
N1 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.07 0.17 0.12 0.11
O2 0.01 0.00 0.09 0.10 0.00 0.18 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.06 0.01 0.18 0.29 0.28 0.32 0.32
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.10 0.02 0.11 0.02 0.02 0.16 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.11 0.06 0.07
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.06 0.04 0.06 0.06 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03
O4 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.00 0.01 0.08 0.09 0.08 0.07
O4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.06 0.18 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03
O5' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.08 0.00 0.21 0.00 0.21 0.03 0.07 0.29 0.02 0.01 0.08 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.18 0.05 0.05 0.08 0.06 0.13 0.02 0.16 0.04 0.17 0.28 0.11 0.07 0.09 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.16 0.03 0.02 0.07 0.03 0.25 0.01 0.25 0.04 0.12 0.32 0.06 0.03 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.16 0.03 0.02 0.07 0.03 0.24 0.01 0.25 0.04 0.11 0.32 0.07 0.03 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00