ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52514

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4' A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C5' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O5' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
OP1 B 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
OP2 B 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
P B 0, 0.000, 0.058, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.000, 0.066, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.066 std_dev=0.066
P A 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
O3' A 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
O5' B 0, 0.000, 0.091, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C2' B 0, 0.000, 0.100, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C5' B 0, 0.000, 0.103, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.103 std_dev=0.103
O2' B 0, 0.000, 0.106, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.106 std_dev=0.106
C5 B 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
OP1 A 0, 0.000, 0.109, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.109 std_dev=0.109
C6 B 0, 0.000, 0.110, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.110 std_dev=0.110
C3' B 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
N1 B 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C1' B 0, 0.000, 0.121, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C4' B 0, 0.000, 0.122, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C4 B 0, 0.000, 0.123, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.123 std_dev=0.123
OP2 A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
O4' B 0, 0.000, 0.127, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.127 std_dev=0.127
O4 B 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
N3 B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C2 B 0, 0.000, 0.134, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O3' B 0, 0.000, 0.140, 0.281, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.140 std_dev=0.140
O2 B 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C4 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
N3 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00
N4 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01
O2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
O5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00
C2 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C2' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C4 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
C5 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
N1 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
N4 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03
O2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
O4' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
OP2 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02
P 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01
O2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O4 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00