ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52515

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
P B 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
O5' B 0, 0.000, 0.107, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C2' A 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112
OP1 B 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C4' A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
OP2 B 0, 0.000, 0.136, 0.271, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.136 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.000, 0.136, 0.273, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.136 std_dev=0.136
O2' A 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
C3' A 0, 0.000, 0.145, 0.291, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C5' B 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
O3' A 0, 0.000, 0.187, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C5' A 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
OP2 A 0, 0.000, 0.207, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C3' B 0, 0.000, 0.208, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.208 std_dev=0.208
P A 0, 0.000, 0.209, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.209 std_dev=0.209
C4' B 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
O3' B 0, 0.000, 0.231, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.231 std_dev=0.231
O4' B 0, 0.000, 0.261, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.261 std_dev=0.261
OP1 A 0, 0.000, 0.266, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C6 B 0, 0.000, 0.270, 0.540, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.270 std_dev=0.270
C5 B 0, 0.000, 0.275, 0.550, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.275 std_dev=0.275
C2' B 0, 0.000, 0.289, 0.578, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.289 std_dev=0.289
C4 B 0, 0.000, 0.295, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.295 std_dev=0.295
C1' B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
O4 B 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
N1 B 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
N3 B 0, 0.000, 0.323, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C2 B 0, 0.000, 0.339, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.339 std_dev=0.339
O2' B 0, 0.000, 0.371, 0.741, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.371 std_dev=0.371
O2 B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02
C4 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
C5 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
N3 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
N4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02
O2 0.02 0.00 0.08 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03
O5' 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02
C2 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.01
C2' 0.05 0.03 0.06 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05 0.01 0.05 0.08 0.08 0.02 0.04
C3' 0.05 0.03 0.06 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.08 0.04 0.02 0.04 0.07 0.05 0.04 0.02
C4 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.03
C4' 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.09 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02
C5 0.08 0.06 0.09 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.07 0.06 0.03 0.06 0.09 0.05 0.01 0.07 0.07 0.07 0.01 0.04
C5' 0.07 0.05 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.10 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.02 0.04
C6 0.06 0.05 0.07 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.03 0.05 0.08 0.03 0.02 0.05 0.06 0.06 0.02 0.03
N1 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01
N3 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01
N4 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.07 0.03 0.07 0.06 0.06 0.02
O2 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00
O2' 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.07 0.08 0.01 0.04
O3' 0.05 0.03 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.08 0.04 0.03 0.04 0.07 0.05 0.04 0.02
O4' 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.07 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01
O5' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.00
OP1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01
OP2 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.04 0.02
P 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02
C4 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.08 0.05 0.02 0.06
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.09 0.05 0.01 0.05
C5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.02
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01
N3 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.05 0.01 0.05
O2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.01 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.05 0.03
O4 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.09 0.06 0.03 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01
O5' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.08 0.02 0.09 0.01 0.06 0.04 0.07 0.04 0.02 0.00 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.07 0.06 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00