ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52517

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O2' A 0, 0.000, 0.053, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.053 std_dev=0.053
O5' B 0, 0.000, 0.061, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
P B 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O4' A 0, 0.000, 0.086, 0.173, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C4' A 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
OP2 A 0, 0.000, 0.156, 0.312, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.156 std_dev=0.156
OP1 B 0, 0.000, 0.160, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.160 std_dev=0.160
C5' B 0, 0.000, 0.185, 0.370, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.185 std_dev=0.185
P A 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O3' A 0, 0.000, 0.190, 0.380, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.190 std_dev=0.190
C5' A 0, 0.000, 0.202, 0.404, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.202
O5' A 0, 0.000, 0.204, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.204 std_dev=0.204
OP2 B 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C4' B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
O3' B 0, 0.000, 0.263, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.263 std_dev=0.263
C6 B 0, 0.000, 0.272, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.272 std_dev=0.272
O4' B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
OP1 A 0, 0.000, 0.299, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C3' B 0, 0.000, 0.307, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.307 std_dev=0.307
C5 B 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C1' B 0, 0.000, 0.341, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.341 std_dev=0.341
N1 B 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
C2' B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
O2' B 0, 0.000, 0.392, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.392 std_dev=0.392
O4 B 0, 0.000, 0.410, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.410 std_dev=0.410
C4 B 0, 0.000, 0.412, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C2 B 0, 0.000, 0.470, 0.940, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.470 std_dev=0.470
N3 B 0, 0.000, 0.505, 1.011, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.505 std_dev=0.505
O2 B 0, 0.000, 0.559, 1.119, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.559 std_dev=0.559

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C4 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00
N1 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01
N4 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.10 0.04
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.07 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01
O5' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.04 0.02 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.10 0.04 0.01 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C2 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
C3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03
C4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01
C5 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.03 0.02
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02
N3 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
N4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02
O2 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02
O5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.02
OP1 0.03 0.05 0.04 0.03 0.07 0.03 0.08 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01
OP2 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.07 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.08 0.07 0.12 0.07 0.02 0.07 0.05
P 0.03 0.04 0.03 0.02 0.07 0.03 0.08 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01
C2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
C3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01
O2 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
O5' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00