ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52519

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O2 A 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O4' A 0, 0.000, 0.131, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C2' A 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
P B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C4' A 0, 0.000, 0.278, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.278 std_dev=0.278
OP1 B 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
OP2 B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
C3' A 0, 0.000, 0.380, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.380 std_dev=0.380
O2' A 0, 0.000, 0.384, 0.768, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C5' A 0, 0.000, 0.560, 1.120, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.560 std_dev=0.560
O3' A 0, 0.000, 0.624, 1.248, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.624 std_dev=0.624
O5' A 0, 0.000, 0.820, 1.641, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.820 std_dev=0.820
O5' B 0, 0.000, 1.348, 2.696, 2.696 max_d=2.696 avg_d=1.348 std_dev=1.348
P A 0, 0.000, 1.727, 3.454, 3.454 max_d=3.454 avg_d=1.727 std_dev=1.727
C5' B 0, 0.000, 1.821, 3.642, 3.642 max_d=3.642 avg_d=1.821 std_dev=1.821
OP2 A 0, 0.000, 2.110, 4.220, 4.220 max_d=4.220 avg_d=2.110 std_dev=2.110
OP1 A 0, 0.000, 2.627, 5.254, 5.254 max_d=5.254 avg_d=2.627 std_dev=2.627
O4' B 0, 0.000, 2.974, 5.947, 5.947 max_d=5.947 avg_d=2.974 std_dev=2.974
C4' B 0, 0.000, 3.003, 6.007, 6.007 max_d=6.007 avg_d=3.003 std_dev=3.003
C3' B 0, 0.000, 3.956, 7.913, 7.913 max_d=7.913 avg_d=3.956 std_dev=3.956
C6 B 0, 0.000, 4.168, 8.337, 8.337 max_d=8.337 avg_d=4.168 std_dev=4.168
C1' B 0, 0.000, 4.215, 8.430, 8.430 max_d=8.430 avg_d=4.215 std_dev=4.215
N1 B 0, 0.000, 4.582, 9.164, 9.164 max_d=9.164 avg_d=4.582 std_dev=4.582
C2' B 0, 0.000, 4.734, 9.468, 9.468 max_d=9.468 avg_d=4.734 std_dev=4.734
O3' B 0, 0.000, 5.028, 10.057, 10.057 max_d=10.057 avg_d=5.028 std_dev=5.028
C5 B 0, 0.000, 5.100, 10.200, 10.200 max_d=10.200 avg_d=5.100 std_dev=5.100
C2 B 0, 0.000, 5.711, 11.422, 11.422 max_d=11.422 avg_d=5.711 std_dev=5.711
O2' B 0, 0.000, 5.855, 11.711, 11.711 max_d=11.711 avg_d=5.855 std_dev=5.855
C4 B 0, 0.000, 6.245, 12.489, 12.489 max_d=12.489 avg_d=6.245 std_dev=6.245
O2 B 0, 0.000, 6.264, 12.528, 12.528 max_d=12.528 avg_d=6.264 std_dev=6.264
N3 B 0, 0.000, 6.379, 12.759, 12.759 max_d=12.759 avg_d=6.379 std_dev=6.379
O4 B 0, 0.000, 7.225, 14.450, 14.450 max_d=14.450 avg_d=7.225 std_dev=7.225

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.37 0.39 0.37 0.14
C2 0.03 0.00 0.02 0.09 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.02 0.49 0.83 0.09 0.46
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.23 0.43 0.28 0.09
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.17 0.01 0.20 0.01 0.18 0.10 0.14 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00 0.12 0.36 0.11 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.21 0.03 0.55 1.07 0.19 0.71
C4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.13 0.08 0.09 0.12 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.41 0.17
C5 0.02 0.01 0.06 0.20 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.24 0.05 0.53 0.94 0.18 0.69
C5' 0.04 0.15 0.00 0.01 0.24 0.01 0.28 0.00 0.25 0.16 0.20 0.26 0.09 0.00 0.04 0.00 0.01 0.08 0.01 0.00
C6 0.02 0.01 0.06 0.18 0.00 0.13 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.20 0.04 0.50 0.72 0.00 0.52
N1 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.47 0.66 0.15 0.38
N3 0.02 0.00 0.04 0.14 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.53 1.01 0.06 0.61
N4 0.01 0.01 0.06 0.18 0.00 0.12 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.24 0.03 0.55 1.19 0.30 0.81
O2 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.04 0.44 0.76 0.20 0.36
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.05 0.13 0.58 0.20
O3' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.21 0.01 0.24 0.04 0.20 0.10 0.16 0.24 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.16 0.13 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.32 0.14 0.48 0.02
O5' 0.37 0.49 0.23 0.12 0.55 0.03 0.53 0.01 0.50 0.47 0.53 0.55 0.44 0.05 0.14 0.32 0.00 0.00 0.03 0.00
OP1 0.39 0.83 0.43 0.36 1.07 0.03 0.94 0.08 0.72 0.66 1.01 1.19 0.76 0.13 0.16 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.09 0.28 0.11 0.19 0.41 0.18 0.01 0.00 0.15 0.06 0.30 0.20 0.58 0.13 0.48 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.46 0.09 0.07 0.71 0.17 0.69 0.00 0.52 0.38 0.61 0.81 0.36 0.20 0.14 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.98 1.84 2.65 2.17 0.99 1.44 0.71 0.73 1.03 1.62 1.52 2.24 3.37 2.38 0.76 1.29 0.64 0.07 0.16 0.02
C2 1.45 1.33 2.07 1.57 0.70 0.96 0.50 0.41 0.74 1.18 1.09 1.61 2.62 1.54 0.53 0.86 0.45 0.04 0.15 0.04
C2' 1.68 1.40 2.35 1.99 0.41 1.30 0.17 0.62 0.57 1.21 1.00 1.85 3.08 2.28 0.12 1.07 0.44 0.07 0.31 0.17
C3' 1.55 1.16 2.23 1.98 0.04 1.30 0.18 0.60 0.29 0.99 0.69 1.66 2.96 2.43 0.29 0.98 0.31 0.22 0.45 0.33
C4 1.06 0.96 1.63 1.14 0.53 0.63 0.39 0.21 0.56 0.87 0.80 1.13 1.97 0.94 0.41 0.57 0.35 0.02 0.12 0.04
C4' 1.96 1.68 2.63 2.32 0.59 1.55 0.31 0.78 0.73 1.45 1.24 2.20 3.40 2.80 0.28 1.30 0.52 0.11 0.33 0.21
C5 1.37 1.22 2.02 1.56 0.70 0.94 0.54 0.44 0.76 1.13 1.02 1.42 2.38 1.43 0.54 0.83 0.52 0.05 0.13 0.03
C5' 1.88 1.54 2.53 2.32 0.40 1.55 0.13 0.75 0.57 1.32 1.07 2.07 3.24 2.93 0.10 1.25 0.42 0.26 0.41 0.33
C6 1.72 1.55 2.42 1.95 0.86 1.24 0.65 0.62 0.93 1.41 1.28 1.83 2.95 1.98 0.67 1.10 0.62 0.06 0.15 0.03
N1 1.72 1.57 2.39 1.91 0.85 1.21 0.62 0.59 0.90 1.41 1.30 1.89 2.99 1.97 0.65 1.08 0.57 0.05 0.15 0.03
N3 1.15 1.04 1.71 1.22 0.55 0.69 0.38 0.23 0.58 0.93 0.86 1.25 2.15 1.06 0.41 0.62 0.34 0.02 0.14 0.05
N4 0.68 0.62 1.14 0.65 0.35 0.27 0.26 0.04 0.36 0.56 0.52 0.71 1.37 0.33 0.28 0.26 0.18 0.01 0.07 0.03
O2 1.47 1.37 2.08 1.58 0.70 0.97 0.48 0.41 0.73 1.20 1.12 1.67 2.67 1.57 0.52 0.88 0.43 0.04 0.15 0.04
O2' 1.80 1.58 2.46 2.06 0.56 1.36 0.29 0.66 0.69 1.35 1.18 2.06 3.25 2.39 0.27 1.15 0.47 0.03 0.32 0.16
O3' 1.35 0.88 2.01 1.84 0.35 1.20 0.56 0.51 0.02 0.73 0.34 1.44 2.77 2.38 0.74 0.84 0.15 0.33 0.60 0.46
O4' 2.26 2.13 2.95 2.48 1.19 1.69 0.89 0.92 1.23 1.88 1.77 2.57 3.71 2.79 0.94 1.53 0.78 0.12 0.09 0.04
O5' 2.21 1.67 2.97 2.90 0.53 2.12 0.36 1.41 0.88 1.58 1.15 2.14 3.55 3.49 0.16 1.69 1.08 0.52 0.29 0.39
OP1 2.25 1.54 2.99 3.27 0.52 2.62 0.49 2.09 1.02 1.58 1.03 1.90 3.23 3.80 0.15 1.95 1.74 1.24 1.39 1.23
OP2 2.75 2.23 3.30 3.37 1.03 2.74 0.83 1.94 1.34 2.09 1.69 2.76 3.72 4.16 0.66 2.31 1.47 0.62 0.78 0.72
P 2.69 2.04 3.36 3.51 0.89 2.81 0.77 2.09 1.32 2.00 1.49 2.49 3.75 4.23 0.49 2.28 1.67 0.99 0.99 0.98

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.24 0.02 0.00 0.01 0.12 0.11 0.04
C2 0.02 0.00 0.11 0.16 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.13 0.01 0.03 0.15 0.09 0.58 0.24
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.11 0.08 0.01 0.09 0.20 0.00 0.03 0.04 0.01 0.25 0.45 0.29 0.32
C3' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.29 0.01 0.30 0.02 0.26 0.17 0.22 0.10 0.02 0.00 0.31 0.03 0.01 0.03 0.27 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.29 0.00 0.10 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.25 0.11 0.00 0.01 0.27 0.03 1.07 0.45
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.06 0.01 0.25 0.01 0.11 0.01 0.04 0.16 0.24 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.30 0.00 0.13 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.18 0.00 0.05 0.29 0.01 1.12 0.47
C5' 0.02 0.02 0.11 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.10 0.03 0.04 0.00 0.12 0.18 0.09 0.02 0.01 0.29 0.28 0.01
C6 0.00 0.01 0.08 0.26 0.00 0.13 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.00 0.24 0.13 0.00 0.07 0.25 0.03 0.84 0.37
N1 0.01 0.00 0.01 0.17 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.06 0.01 0.01 0.14 0.08 0.53 0.22
N3 0.01 0.00 0.09 0.22 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.19 0.03 0.01 0.03 0.20 0.07 0.83 0.34
O2 0.04 0.00 0.20 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.01 0.05 0.11 0.09 0.40 0.18
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.25 0.25 0.27 0.12 0.24 0.15 0.19 0.01 0.00 0.03 0.26 0.16 0.16 0.44 0.36 0.29
O3' 0.24 0.13 0.03 0.00 0.11 0.01 0.18 0.18 0.13 0.06 0.03 0.26 0.03 0.00 0.14 0.15 0.19 0.34 0.19 0.12
O4 0.02 0.01 0.04 0.31 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.14 0.00 0.01 0.29 0.01 1.21 0.50
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.03 0.05 0.16 0.15 0.01 0.00 0.13 0.13 0.14 0.18
O5' 0.01 0.15 0.25 0.01 0.27 0.04 0.29 0.01 0.25 0.14 0.20 0.11 0.16 0.19 0.29 0.13 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.12 0.09 0.45 0.03 0.03 0.16 0.01 0.29 0.03 0.08 0.07 0.09 0.44 0.34 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.11 0.58 0.29 0.27 1.07 0.24 1.12 0.28 0.84 0.53 0.83 0.40 0.36 0.19 1.21 0.14 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.04 0.24 0.32 0.09 0.45 0.01 0.47 0.01 0.37 0.22 0.34 0.18 0.29 0.12 0.50 0.18 0.01 0.00 0.02 0.00