ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52528

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C4' A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O2' A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.000, 0.057, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C5' A 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
O3' A 0, 0.000, 0.109, 0.217, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.109 std_dev=0.109
OP2 A 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
P A 0, 0.000, 0.132, 0.265, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.132 std_dev=0.132
O5' A 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
OP1 A 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O3' B 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
O2' B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C3' B 0, 0.000, 0.212, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.212 std_dev=0.212
C2' B 0, 0.000, 0.216, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.216 std_dev=0.216
O5' B 0, 0.000, 0.228, 0.455, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C4' B 0, 0.000, 0.253, 0.506, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.253 std_dev=0.253
OP1 B 0, 0.000, 0.256, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C1' B 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
P B 0, 0.000, 0.260, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C5' B 0, 0.000, 0.267, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.267 std_dev=0.267
OP2 B 0, 0.000, 0.269, 0.538, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.269 std_dev=0.269
C8 B 0, 0.000, 0.273, 0.546, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.273 std_dev=0.273
O4' B 0, 0.000, 0.276, 0.551, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.276 std_dev=0.276
N7 B 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
N9 B 0, 0.000, 0.285, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C5 B 0, 0.000, 0.312, 0.625, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.312 std_dev=0.312
C4 B 0, 0.000, 0.322, 0.643, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.322 std_dev=0.322
O6 B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C6 B 0, 0.000, 0.334, 0.668, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.334 std_dev=0.334
N3 B 0, 0.000, 0.359, 0.717, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.359 std_dev=0.359
N1 B 0, 0.000, 0.370, 0.740, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.370 std_dev=0.370
C2 B 0, 0.000, 0.386, 0.771, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.386 std_dev=0.386
N2 B 0, 0.000, 0.436, 0.872, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.436 std_dev=0.436

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.03
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.00
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01
N4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03
O2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
O5' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.02 0.06 0.05 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.07 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00
C2 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02
C2' 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01
C3' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01
C4 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.02
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01
C5 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00
C5' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02
C6 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01
N3 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05 0.03
N4 0.06 0.07 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.08 0.07 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.01 0.06 0.05 0.05 0.03
O2 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03
O2' 0.04 0.06 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.05 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.00
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01
O5' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04
OP1 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.05
OP2 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01
P 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
C8 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
N2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00
O5' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.00 0.03 0.06 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00