ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52529

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N4 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O6 B 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
O2' A 0, 0.000, 0.133, 0.265, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.133 std_dev=0.133
C6 B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C2' A 0, 0.000, 0.140, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.140 std_dev=0.140
O4' A 0, 0.000, 0.152, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C5 B 0, 0.000, 0.154, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.154 std_dev=0.154
N3 B 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C4 B 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
N1 B 0, 0.000, 0.217, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.217 std_dev=0.217
C2 B 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C4' A 0, 0.000, 0.223, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C3' A 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
N7 B 0, 0.000, 0.253, 0.505, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.253 std_dev=0.253
N9 B 0, 0.000, 0.266, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.000, 0.320, 0.640, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.320 std_dev=0.320
C8 B 0, 0.000, 0.327, 0.655, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.327 std_dev=0.327
N2 B 0, 0.000, 0.330, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.330 std_dev=0.330
O3' A 0, 0.000, 0.339, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.339 std_dev=0.339
O4' B 0, 0.000, 0.339, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.339 std_dev=0.339
C5' A 0, 0.000, 0.369, 0.737, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.369 std_dev=0.369
O5' A 0, 0.000, 0.428, 0.857, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.428 std_dev=0.428
O3' B 0, 0.000, 0.495, 0.990, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.495 std_dev=0.495
C4' B 0, 0.000, 0.529, 1.059, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.529 std_dev=0.529
OP2 A 0, 0.000, 0.557, 1.114, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.557 std_dev=0.557
P A 0, 0.000, 0.567, 1.133, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.567 std_dev=0.567
C2' B 0, 0.000, 0.588, 1.176, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.588 std_dev=0.588
C3' B 0, 0.000, 0.607, 1.214, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.607 std_dev=0.607
OP1 B 0, 0.000, 0.621, 1.241, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.621 std_dev=0.621
OP1 A 0, 0.000, 0.646, 1.292, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.646 std_dev=0.646
O2' B 0, 0.000, 0.708, 1.417, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.708 std_dev=0.708
C5' B 0, 0.000, 0.819, 1.638, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.819 std_dev=0.819
P B 0, 0.000, 0.873, 1.747, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.873 std_dev=0.873
OP2 B 0, 0.000, 0.929, 1.857, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.929 std_dev=0.929
O5' B 0, 0.000, 1.043, 2.086, 2.086 max_d=2.086 avg_d=1.043 std_dev=1.043

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02
C5' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
N4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03
O3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.03 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.11 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.11
C2 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.11 0.02 0.06 0.10 0.01 0.05 0.09 0.16
C2' 0.04 0.01 0.08 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.13 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.10
C3' 0.07 0.02 0.11 0.08 0.05 0.01 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.16 0.09 0.01 0.07 0.03 0.04 0.00 0.07
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.10 0.00 0.04 0.07 0.15
C4' 0.07 0.02 0.11 0.08 0.05 0.03 0.05 0.01 0.04 0.07 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.15 0.10 0.02 0.08 0.03 0.04 0.00 0.06
C5 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10
C5' 0.09 0.04 0.13 0.11 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.09 0.04 0.02 0.05 0.09 0.08 0.16 0.11 0.05 0.14 0.05 0.03 0.03 0.03
C6 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09
N1 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.03 0.03 0.04 0.00 0.04 0.04 0.12
N3 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.10 0.00 0.08 0.13 0.01 0.05 0.10 0.17
N4 0.02 0.00 0.02 0.07 0.00 0.12 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.15 0.00 0.04 0.08 0.16
O2 0.03 0.04 0.06 0.00 0.03 0.09 0.03 0.17 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.03 0.14 0.03 0.07 0.12 0.02 0.06 0.11 0.17
O2' 0.04 0.02 0.08 0.05 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.13 0.07 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.09
O3' 0.08 0.04 0.12 0.09 0.06 0.02 0.06 0.01 0.04 0.07 0.04 0.03 0.05 0.07 0.07 0.18 0.09 0.02 0.08 0.04 0.04 0.00 0.07
O4' 0.06 0.01 0.08 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.12 0.08 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.08
O5' 0.09 0.04 0.12 0.11 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.04 0.02 0.05 0.09 0.08 0.14 0.11 0.06 0.15 0.06 0.03 0.03 0.02
OP1 0.08 0.04 0.10 0.10 0.06 0.09 0.07 0.10 0.06 0.09 0.04 0.02 0.04 0.09 0.08 0.10 0.10 0.07 0.19 0.06 0.04 0.05 0.00
OP2 0.06 0.02 0.10 0.09 0.04 0.06 0.05 0.08 0.03 0.07 0.02 0.00 0.03 0.06 0.06 0.11 0.09 0.05 0.17 0.03 0.07 0.03 0.03
P 0.07 0.02 0.10 0.10 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.08 0.03 0.01 0.03 0.07 0.07 0.11 0.09 0.05 0.17 0.04 0.06 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.10
C2 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.06 0.00 0.00 0.01 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.18 0.07 0.16
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.14 0.06 0.15
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04
C5' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.07 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.11 0.07 0.02
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03
N1 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06
N2 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.06 0.06 0.01 0.00 0.02 0.09
N3 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.09
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.25 0.10 0.18
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.05 0.14
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05
O5' 0.01 0.06 0.05 0.07 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03 0.02
OP1 0.06 0.00 0.18 0.14 0.01 0.01 0.02 0.11 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.25 0.14 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.07 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.08 0.16 0.15 0.07 0.06 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.09 0.09 0.01 0.07 0.18 0.14 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00