ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52531

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C2' A 0, 0.019, 0.043, 0.068, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.043 std_dev=0.025
C3' A 0, 0.041, 0.077, 0.114, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.077 std_dev=0.037
C4' A 0, 0.036, 0.075, 0.113, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.075 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.014, 0.055, 0.095, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.055 std_dev=0.041
O2' B 0, 0.062, 0.116, 0.170, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.116 std_dev=0.054
O2' A 0, 0.055, 0.112, 0.168, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.112 std_dev=0.057
O3' A 0, 0.063, 0.126, 0.188, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.126 std_dev=0.062
O3' B 0, 0.048, 0.122, 0.196, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.074
C5' A 0, 0.050, 0.125, 0.201, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.125 std_dev=0.075
C2' B 0, 0.057, 0.134, 0.211, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.134 std_dev=0.077
C3' B 0, 0.057, 0.138, 0.218, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.138 std_dev=0.080
C2 B 0, 0.089, 0.175, 0.262, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.175 std_dev=0.087
O5' A 0, 0.068, 0.160, 0.253, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.160 std_dev=0.093
O2 B 0, 0.097, 0.192, 0.287, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.192 std_dev=0.095
C1' B 0, 0.059, 0.161, 0.263, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.161 std_dev=0.102
N3 B 0, 0.093, 0.204, 0.314, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.204 std_dev=0.110
OP2 A 0, 0.089, 0.201, 0.313, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.201 std_dev=0.112
C4' B 0, 0.057, 0.172, 0.286, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.172 std_dev=0.115
O4' B 0, 0.059, 0.181, 0.303, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.181 std_dev=0.122
N1 B 0, 0.053, 0.177, 0.300, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.177 std_dev=0.123
P A 0, 0.099, 0.222, 0.345, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.222 std_dev=0.123
C4 B 0, 0.102, 0.232, 0.363, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.232 std_dev=0.131
O4 B 0, 0.112, 0.249, 0.387, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.249 std_dev=0.138
OP1 A 0, 0.136, 0.282, 0.427, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.282 std_dev=0.145
C5' B 0, 0.092, 0.248, 0.403, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.248 std_dev=0.155
O5' B 0, 0.105, 0.264, 0.422, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.264 std_dev=0.158
OP2 B 0, 0.174, 0.335, 0.496, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.335 std_dev=0.161
P B 0, 0.136, 0.305, 0.475, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.305 std_dev=0.170
C6 B 0, 0.090, 0.262, 0.434, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.262 std_dev=0.172
OP1 B 0, 0.147, 0.324, 0.502, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.324 std_dev=0.178
C5 B 0, 0.095, 0.277, 0.459, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.277 std_dev=0.182

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.07 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.08 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.09 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
N4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
O2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
O5' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.07 0.04 0.02 0.07 0.02 0.08 0.01 0.09 0.07 0.07 0.07 0.06 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03
C2 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04
C2' 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03
C3' 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03
C4 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05
C4' 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.07 0.02 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03
C5 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.03 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04
C5' 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.04 0.08 0.03 0.09 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.07 0.03 0.05 0.04 0.04
C6 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.06 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03
N1 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03
N3 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05
N4 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.05 0.09 0.05 0.08 0.09 0.10 0.10 0.06 0.05 0.10 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07
O2 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04
O2' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03
O3' 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03
O4' 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.02
O5' 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.03 0.07 0.04 0.06 0.02 0.03
OP1 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03 0.08 0.05 0.07 0.04 0.04
OP2 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.09 0.08 0.09 0.05 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.06 0.06
P 0.07 0.06 0.06 0.07 0.04 0.06 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.03 0.08 0.04 0.06 0.03 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.03
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.07 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.08 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.08 0.06
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.08 0.05
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.07 0.04
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.08 0.04
O2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.05 0.05 0.07 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.05 0.07 0.05
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02
O4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.06 0.06 0.09 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.07 0.04
O5' 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.03 0.08 0.01 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.04 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00