ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52532

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O2' B 0, 0.000, 0.133, 0.265, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.133 std_dev=0.133
O3' B 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C5' B 0, 0.000, 0.425, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.425 std_dev=0.425
C3' B 0, 0.000, 0.450, 0.901, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.450 std_dev=0.450
C2' B 0, 0.000, 0.784, 1.569, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.784 std_dev=0.784
C4' B 0, 0.000, 0.785, 1.571, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.785 std_dev=0.785
O5' B 0, 0.000, 0.792, 1.583, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.792 std_dev=0.792
O4' A 0, 0.000, 0.933, 1.865, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.933 std_dev=0.933
C2' A 0, 0.000, 1.036, 2.072, 2.072 max_d=2.072 avg_d=1.036 std_dev=1.036
OP1 B 0, 0.000, 1.198, 2.397, 2.397 max_d=2.397 avg_d=1.198 std_dev=1.198
P B 0, 0.000, 1.199, 2.399, 2.399 max_d=2.399 avg_d=1.199 std_dev=1.199
C3' A 0, 0.000, 1.313, 2.626, 2.626 max_d=2.626 avg_d=1.313 std_dev=1.313
C4' A 0, 0.000, 1.359, 2.718, 2.718 max_d=2.718 avg_d=1.359 std_dev=1.359
O3' A 0, 0.000, 1.431, 2.862, 2.862 max_d=2.862 avg_d=1.431 std_dev=1.431
O2' A 0, 0.000, 1.492, 2.984, 2.984 max_d=2.984 avg_d=1.492 std_dev=1.492
O4' B 0, 0.000, 1.508, 3.016, 3.016 max_d=3.016 avg_d=1.508 std_dev=1.508
C1' B 0, 0.000, 1.680, 3.359, 3.359 max_d=3.359 avg_d=1.680 std_dev=1.680
O5' A 0, 0.000, 1.845, 3.690, 3.690 max_d=3.690 avg_d=1.845 std_dev=1.845
C5' A 0, 0.000, 2.126, 4.252, 4.252 max_d=4.252 avg_d=2.126 std_dev=2.126
OP2 B 0, 0.000, 2.129, 4.258, 4.258 max_d=4.258 avg_d=2.129 std_dev=2.129
OP2 A 0, 0.000, 2.375, 4.751, 4.751 max_d=4.751 avg_d=2.375 std_dev=2.375
C6 B 0, 0.000, 2.394, 4.787, 4.787 max_d=4.787 avg_d=2.394 std_dev=2.394
P A 0, 0.000, 2.489, 4.979, 4.979 max_d=4.979 avg_d=2.489 std_dev=2.489
N1 B 0, 0.000, 2.559, 5.119, 5.119 max_d=5.119 avg_d=2.559 std_dev=2.559
C5 B 0, 0.000, 3.299, 6.599, 6.599 max_d=6.599 avg_d=3.299 std_dev=3.299
OP1 A 0, 0.000, 3.348, 6.696, 6.696 max_d=6.696 avg_d=3.348 std_dev=3.348
C2 B 0, 0.000, 3.715, 7.431, 7.431 max_d=7.431 avg_d=3.715 std_dev=3.715
O2 B 0, 0.000, 3.974, 7.948, 7.948 max_d=7.948 avg_d=3.974 std_dev=3.974
C4 B 0, 0.000, 4.568, 9.136, 9.136 max_d=9.136 avg_d=4.568 std_dev=4.568
N3 B 0, 0.000, 4.667, 9.333, 9.333 max_d=9.333 avg_d=4.667 std_dev=4.667
O4 B 0, 0.000, 5.573, 11.147, 11.147 max_d=11.147 avg_d=5.573 std_dev=5.573

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.00 0.07 0.05 0.17 0.13
C2 0.00 0.00 0.23 0.25 0.00 0.04 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.19 0.04 0.17 0.12 0.21
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.02 0.01 0.21 0.15 0.27 0.00 0.16 0.02 0.42 0.00 0.02 0.01 0.38 0.27 0.53 0.43
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.26 0.00 0.20 0.00 0.14 0.18 0.28 0.28 0.24 0.02 0.00 0.02 0.10 0.01 0.09 0.08
C4 0.02 0.00 0.02 0.26 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.30 0.11 0.04 0.07 0.11 0.03 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.15 0.05 0.02 0.05 0.12 0.28 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00
C5 0.02 0.01 0.21 0.20 0.00 0.13 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.50 0.08 0.12 0.17 0.02 0.02 0.00
C5' 0.05 0.14 0.15 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.11 0.03 0.13 0.05 0.23 0.12 0.18 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.27 0.14 0.01 0.15 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.49 0.00 0.18 0.16 0.06 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.18 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.17 0.04 0.01 0.02 0.06 0.10 0.11
N3 0.01 0.00 0.16 0.28 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.16 0.00 0.19 0.09 0.20
N4 0.02 0.01 0.02 0.28 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.33 0.14 0.04 0.08 0.14 0.01 0.13
O2 0.01 0.00 0.42 0.24 0.00 0.12 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.36 0.03 0.32 0.11 0.24 0.16 0.27
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.30 0.28 0.50 0.12 0.49 0.17 0.07 0.33 0.36 0.00 0.02 0.18 0.25 0.06 0.55 0.30
O3' 0.24 0.01 0.02 0.00 0.11 0.01 0.08 0.18 0.00 0.04 0.08 0.14 0.03 0.02 0.00 0.17 0.07 0.33 0.15 0.16
O4' 0.00 0.19 0.01 0.02 0.04 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.16 0.04 0.32 0.18 0.17 0.00 0.11 0.08 0.06 0.05
O5' 0.07 0.04 0.38 0.10 0.07 0.01 0.17 0.00 0.16 0.02 0.00 0.08 0.11 0.25 0.07 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.17 0.27 0.01 0.11 0.07 0.02 0.07 0.06 0.06 0.19 0.14 0.24 0.06 0.33 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.12 0.53 0.09 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.10 0.09 0.01 0.16 0.55 0.15 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.21 0.43 0.08 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.20 0.13 0.27 0.30 0.16 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.73 1.67 0.14 0.07 1.75 0.05 1.34 0.01 1.06 1.16 1.90 1.89 0.08 0.07 1.93 0.44 0.26 0.04 0.65 0.33
C2 0.90 1.50 0.23 0.16 1.47 0.22 1.20 0.08 1.04 1.15 1.61 1.71 0.02 0.12 1.57 0.68 0.23 0.10 0.48 0.24
C2' 0.36 1.52 0.25 0.26 1.62 0.23 1.11 0.22 0.76 0.89 1.82 1.79 0.56 0.22 1.87 0.14 0.00 0.15 0.42 0.11
C3' 0.96 2.22 0.36 0.32 2.42 0.38 1.88 0.44 1.49 1.57 2.60 2.42 0.05 0.29 2.69 0.76 0.69 0.59 1.20 0.85
C4 0.84 1.01 0.22 0.17 0.95 0.26 0.86 0.07 0.82 0.88 1.01 1.12 0.01 0.13 0.96 0.67 0.16 0.18 0.30 0.13
C4' 1.05 2.14 0.47 0.37 2.44 0.41 1.99 0.47 1.61 1.61 2.52 2.22 0.30 0.29 2.69 0.80 0.75 0.64 1.27 0.91
C5 0.75 1.01 0.18 0.12 0.97 0.13 0.86 0.02 0.80 0.85 1.03 1.11 0.02 0.11 0.99 0.50 0.18 0.06 0.39 0.19
C5' 1.08 2.10 0.55 0.42 2.54 0.49 2.16 0.60 1.76 1.67 2.53 2.03 0.44 0.28 2.79 0.86 0.91 0.87 1.48 1.11
C6 0.73 1.31 0.16 0.10 1.29 0.07 1.07 0.01 0.92 0.99 1.40 1.47 0.04 0.09 1.37 0.44 0.23 0.02 0.53 0.27
N1 0.81 1.53 0.19 0.12 1.53 0.12 1.23 0.04 1.03 1.13 1.67 1.75 0.04 0.10 1.65 0.54 0.25 0.01 0.56 0.28
N3 0.90 1.26 0.24 0.18 1.21 0.28 1.03 0.09 0.94 1.03 1.30 1.43 0.01 0.13 1.25 0.73 0.18 0.18 0.35 0.16
N4 0.77 0.69 0.21 0.18 0.63 0.32 0.64 0.07 0.67 0.70 0.65 0.74 0.00 0.12 0.60 0.69 0.08 0.29 0.12 0.02
O2 0.93 1.62 0.24 0.17 1.63 0.24 1.30 0.09 1.11 1.22 1.77 1.84 0.03 0.13 1.76 0.71 0.24 0.11 0.51 0.25
O2' 0.14 1.14 0.66 0.70 1.27 0.78 0.67 0.79 0.28 0.43 1.50 1.45 0.95 0.60 1.57 0.43 0.53 0.71 0.08 0.44
O3' 1.05 2.48 0.43 0.34 2.83 0.40 2.19 0.49 1.70 1.76 2.99 2.62 0.07 0.26 3.20 0.83 0.78 0.68 1.39 0.98
O4' 1.03 1.93 0.48 0.36 2.12 0.35 1.76 0.35 1.47 1.49 2.21 2.04 0.35 0.29 2.31 0.74 0.63 0.45 1.07 0.72
O5' 1.04 1.93 0.57 0.47 2.27 0.53 1.99 0.65 1.67 1.58 2.26 1.82 0.50 0.36 2.43 0.84 0.95 0.93 1.46 1.13
OP1 0.93 1.64 0.56 0.42 2.41 0.55 2.23 0.77 1.81 1.49 2.13 1.28 0.59 0.21 2.66 0.83 1.11 1.23 1.77 1.39
OP2 0.85 1.32 0.56 0.44 1.87 0.55 1.88 0.78 1.64 1.33 1.63 0.92 0.55 0.25 1.93 0.75 1.10 1.20 1.64 1.33
P 0.92 1.56 0.55 0.41 2.12 0.50 1.99 0.68 1.68 1.42 1.92 1.24 0.59 0.22 2.26 0.77 1.01 1.07 1.58 1.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.02
C2 0.07 0.00 0.21 0.52 0.01 0.27 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.24 0.02 0.05 0.71 0.73 0.67 0.66
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.05 0.00 0.23 0.15 0.27 0.01 0.12 0.40 0.01 0.02 0.04 0.00 0.31 0.31 0.46 0.36
C3' 0.00 0.52 0.00 0.00 0.34 0.00 0.11 0.01 0.00 0.23 0.51 0.67 0.02 0.00 0.39 0.00 0.05 0.01 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.05 0.34 0.00 0.23 0.00 0.39 0.00 0.01 0.01 0.04 0.38 0.16 0.00 0.03 0.64 0.70 0.73 0.67
C4' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.23 0.00 0.11 0.00 0.04 0.13 0.29 0.28 0.25 0.02 0.26 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.23 0.11 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.41 0.03 0.01 0.07 0.27 0.23 0.16 0.24
C5' 0.01 0.44 0.15 0.01 0.39 0.00 0.16 0.00 0.02 0.18 0.50 0.50 0.07 0.13 0.45 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00
C6 0.02 0.00 0.27 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.36 0.14 0.00 0.07 0.06 0.01 0.13 0.01
N1 0.01 0.01 0.01 0.23 0.01 0.13 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.02 0.21 0.01 0.01 0.00 0.31 0.27 0.17 0.24
N3 0.05 0.00 0.12 0.51 0.01 0.29 0.01 0.50 0.00 0.01 0.00 0.04 0.27 0.27 0.02 0.02 0.81 0.90 0.90 0.82
O2 0.12 0.01 0.40 0.67 0.04 0.28 0.02 0.50 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.36 0.06 0.13 0.80 0.88 0.79 0.76
O2' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.38 0.25 0.41 0.07 0.36 0.21 0.27 0.05 0.00 0.02 0.40 0.23 0.23 0.25 0.52 0.30
O3' 0.24 0.24 0.02 0.00 0.16 0.02 0.03 0.13 0.14 0.01 0.27 0.36 0.02 0.00 0.22 0.16 0.09 0.24 0.07 0.12
O4 0.02 0.02 0.04 0.39 0.00 0.26 0.01 0.45 0.00 0.01 0.02 0.06 0.40 0.22 0.00 0.03 0.72 0.85 0.91 0.80
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.02 0.13 0.23 0.16 0.03 0.00 0.05 0.07 0.05 0.02
O5' 0.02 0.71 0.31 0.05 0.64 0.00 0.27 0.00 0.06 0.31 0.81 0.80 0.23 0.09 0.72 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.73 0.31 0.01 0.70 0.06 0.23 0.08 0.01 0.27 0.90 0.88 0.25 0.24 0.85 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.67 0.46 0.07 0.73 0.05 0.16 0.03 0.13 0.17 0.90 0.79 0.52 0.07 0.91 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.66 0.36 0.05 0.67 0.01 0.24 0.00 0.01 0.24 0.82 0.76 0.30 0.12 0.80 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00