ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52533

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4' A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O5' A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C5' A 0, 0.000, 0.078, 0.157, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C3' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
P A 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
OP1 A 0, 0.000, 0.152, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.152 std_dev=0.152
O3' A 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
OP2 A 0, 0.000, 0.208, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.208 std_dev=0.208
O2' B 0, 0.000, 0.234, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.234 std_dev=0.234
O3' B 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
C2' B 0, 0.000, 0.316, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.316 std_dev=0.316
O2 B 0, 0.000, 0.323, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.000, 0.324, 0.649, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.324 std_dev=0.324
C2 B 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
N1 B 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
C3' B 0, 0.000, 0.364, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.364 std_dev=0.364
N3 B 0, 0.000, 0.401, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.401 std_dev=0.401
O4' B 0, 0.000, 0.412, 0.825, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C6 B 0, 0.000, 0.431, 0.863, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.431 std_dev=0.431
C4' B 0, 0.000, 0.432, 0.864, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.432 std_dev=0.432
C4 B 0, 0.000, 0.444, 0.887, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.444 std_dev=0.444
C5 B 0, 0.000, 0.459, 0.917, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.459 std_dev=0.459
O4 B 0, 0.000, 0.481, 0.962, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.481 std_dev=0.481
C5' B 0, 0.000, 0.539, 1.077, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.539 std_dev=0.539
O5' B 0, 0.000, 0.606, 1.211, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.606 std_dev=0.606
OP2 B 0, 0.000, 0.677, 1.354, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.677 std_dev=0.677
P B 0, 0.000, 0.696, 1.393, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.696 std_dev=0.696
OP1 B 0, 0.000, 0.721, 1.442, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.721 std_dev=0.721

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
N4 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
O3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
O5' 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.07 0.07 0.05 0.01 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04
C2 0.06 0.10 0.02 0.04 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.11 0.01 0.05 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07
C2' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.08 0.08 0.04 0.01 0.07 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02
C3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.06 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.08 0.04 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02
C4 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.04
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.04 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00
C5' 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
N1 0.03 0.06 0.00 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04
N3 0.06 0.09 0.03 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.00 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07
N4 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
O2 0.09 0.13 0.04 0.06 0.13 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.14 0.15 0.00 0.06 0.13 0.11 0.09 0.09 0.08 0.09
O2' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.07 0.07 0.05 0.00 0.07 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02
O3' 0.03 0.07 0.00 0.01 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.08 0.08 0.02 0.02 0.07 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02
O4' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03
O5' 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03
OP1 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04
OP2 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02
P 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02
C4 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02
O2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01
O4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03
O5' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00