ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52534

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.014, 0.034, 0.055, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.034 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.016, 0.044, 0.072, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.044 std_dev=0.028
O3' A 0, 0.035, 0.220, 0.406, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.220 std_dev=0.186
O4' A 0, 0.021, 0.286, 0.551, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.286 std_dev=0.265
C3' A 0, 0.033, 0.304, 0.575, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.304 std_dev=0.271
C4' A 0, 0.014, 0.290, 0.567, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.276
C2' A 0, 0.036, 0.332, 0.629, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.332 std_dev=0.297
O6 B 0, 0.023, 0.323, 0.623, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.323 std_dev=0.300
C6 B 0, 0.027, 0.382, 0.738, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.382 std_dev=0.355
P A 0, 0.042, 0.404, 0.765, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.404 std_dev=0.362
N7 B 0, 0.016, 0.399, 0.783, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.399 std_dev=0.384
C5 B 0, 0.026, 0.427, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.427 std_dev=0.401
OP1 A 0, 0.046, 0.456, 0.865, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.456 std_dev=0.409
N1 B 0, 0.035, 0.447, 0.858, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.447 std_dev=0.412
O2' A 0, 0.065, 0.539, 1.013, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.539 std_dev=0.474
C8 B 0, 0.018, 0.499, 0.980, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.499 std_dev=0.481
C2 B 0, 0.040, 0.539, 1.038, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.539 std_dev=0.499
P B 0, 0.041, 0.540, 1.038, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.540 std_dev=0.499
C4 B 0, 0.035, 0.535, 1.035, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.535 std_dev=0.500
C5' A 0, 0.031, 0.547, 1.064, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.547 std_dev=0.516
C5' B 0, 0.050, 0.572, 1.095, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.572 std_dev=0.523
N2 B 0, 0.044, 0.588, 1.133, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.588 std_dev=0.545
N3 B 0, 0.044, 0.595, 1.145, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.595 std_dev=0.551
N9 B 0, 0.032, 0.595, 1.158, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.595 std_dev=0.563
OP2 B 0, 0.054, 0.627, 1.200, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.627 std_dev=0.573
O5' B 0, 0.045, 0.649, 1.253, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.649 std_dev=0.604
C4' B 0, 0.051, 0.705, 1.359, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.705 std_dev=0.654
C3' B 0, 0.051, 0.716, 1.381, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.716 std_dev=0.665
O4' B 0, 0.042, 0.712, 1.382, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.712 std_dev=0.670
OP1 B 0, 0.034, 0.709, 1.385, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.709 std_dev=0.676
C1' B 0, 0.045, 0.753, 1.462, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.753 std_dev=0.709
O3' B 0, 0.058, 0.794, 1.529, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.794 std_dev=0.736
O5' A 0, 0.039, 0.834, 1.629, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.834 std_dev=0.795
C2' B 0, 0.053, 0.877, 1.701, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.877 std_dev=0.824
OP2 A 0, 0.051, 0.996, 1.941, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.996 std_dev=0.945
O2' B 0, 0.072, 1.156, 2.240, 2.259 max_d=2.259 avg_d=1.156 std_dev=1.084

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.34 0.03 0.78 0.16
C2 0.01 0.00 0.16 0.10 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.08 0.07 0.51 0.05 0.58 0.04
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.06 0.07 0.08 0.12 0.16 0.05 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.46 0.22 0.56 0.03
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.08 0.09 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.27 0.60 0.05
C4 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.03 0.04 0.53 0.06 0.61 0.05
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.71 0.17
C5 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.62 0.10 0.45 0.03
C5' 0.03 0.04 0.06 0.00 0.07 0.01 0.11 0.00 0.10 0.14 0.07 0.03 0.12 0.14 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.29 0.45 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.04 0.62 0.11 0.39 0.04
C8 0.01 0.01 0.08 0.06 0.01 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.03 0.64 0.09 0.54 0.02
N1 0.01 0.00 0.12 0.08 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.06 0.05 0.57 0.09 0.47 0.01
N3 0.00 0.00 0.16 0.09 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.07 0.07 0.47 0.04 0.65 0.07
N6 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03 0.03 0.66 0.13 0.25 0.09
N7 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.67 0.12 0.35 0.07
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.52 0.05 0.68 0.08
O2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.11 0.01 0.05 0.05 0.11 0.08 0.18 0.24 0.08 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.44 0.24 0.53 0.04
O3' 0.02 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.23 0.69 0.14
O4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.11 0.06 0.92 0.30
O5' 0.34 0.51 0.46 0.18 0.53 0.01 0.62 0.01 0.62 0.64 0.57 0.47 0.66 0.67 0.52 0.44 0.02 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.03 0.05 0.22 0.27 0.06 0.17 0.10 0.29 0.11 0.09 0.09 0.04 0.13 0.12 0.05 0.24 0.23 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.78 0.58 0.56 0.60 0.61 0.71 0.45 0.45 0.39 0.54 0.47 0.65 0.25 0.35 0.68 0.53 0.69 0.92 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.04 0.03 0.05 0.05 0.17 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.09 0.07 0.08 0.04 0.14 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.19 0.05 0.05 0.19 0.06 0.20 0.03 0.20 0.17 0.20 0.20 0.18 0.19 0.17 0.10 0.04 0.13 0.05 0.19 0.09 0.12 0.01
C2 0.13 0.03 0.23 0.18 0.09 0.17 0.09 0.16 0.03 0.14 0.01 0.01 0.07 0.13 0.13 0.22 0.18 0.14 0.20 0.01 0.08 0.32 0.19
C2' 0.09 0.04 0.20 0.19 0.05 0.13 0.04 0.11 0.03 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.07 0.16 0.20 0.07 0.14 0.01 0.01 0.23 0.11
C3' 0.06 0.09 0.05 0.07 0.09 0.02 0.09 0.03 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.01 0.10 0.07 0.02 0.09 0.06 0.15 0.03
C4 0.02 0.08 0.09 0.08 0.06 0.05 0.07 0.07 0.10 0.02 0.10 0.09 0.06 0.04 0.03 0.06 0.09 0.01 0.08 0.11 0.03 0.24 0.09
C4' 0.28 0.27 0.16 0.10 0.28 0.15 0.27 0.09 0.26 0.28 0.26 0.28 0.28 0.27 0.28 0.23 0.06 0.27 0.16 0.23 0.22 0.09 0.09
C5 0.01 0.05 0.10 0.09 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.01 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.07 0.10 0.02 0.07 0.06 0.07 0.23 0.07
C5' 0.26 0.27 0.11 0.03 0.27 0.10 0.27 0.04 0.26 0.27 0.27 0.27 0.27 0.27 0.27 0.19 0.05 0.25 0.10 0.25 0.20 0.17 0.04
C6 0.06 0.03 0.17 0.14 0.04 0.11 0.04 0.10 0.03 0.06 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.16 0.16 0.05 0.12 0.02 0.03 0.27 0.11
C8 0.14 0.14 0.02 0.01 0.14 0.06 0.14 0.04 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.06 0.02 0.13 0.05 0.13 0.18 0.13 0.03
N1 0.13 0.07 0.23 0.19 0.10 0.16 0.10 0.15 0.07 0.12 0.06 0.05 0.09 0.12 0.12 0.23 0.19 0.12 0.18 0.06 0.04 0.31 0.16
N3 0.06 0.06 0.15 0.13 0.01 0.12 0.02 0.13 0.08 0.07 0.08 0.07 0.02 0.04 0.05 0.14 0.13 0.07 0.16 0.12 0.06 0.29 0.16
N6 0.06 0.06 0.18 0.15 0.06 0.11 0.06 0.10 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.17 0.17 0.05 0.12 0.06 0.06 0.27 0.10
N7 0.08 0.09 0.04 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.00 0.06 0.09 0.01 0.08 0.15 0.17 0.01
N9 0.11 0.15 0.01 0.01 0.13 0.02 0.14 0.01 0.15 0.11 0.15 0.15 0.13 0.13 0.12 0.04 0.02 0.10 0.01 0.16 0.10 0.17 0.02
O2' 0.32 0.24 0.42 0.35 0.28 0.30 0.25 0.23 0.21 0.31 0.22 0.24 0.27 0.28 0.31 0.39 0.32 0.29 0.31 0.16 0.12 0.23 0.19
O3' 0.08 0.13 0.02 0.03 0.12 0.03 0.12 0.01 0.13 0.10 0.13 0.13 0.12 0.12 0.10 0.07 0.03 0.07 0.04 0.12 0.04 0.01 0.01
O4' 0.38 0.38 0.25 0.20 0.39 0.23 0.38 0.15 0.36 0.38 0.37 0.39 0.39 0.38 0.38 0.32 0.15 0.35 0.20 0.33 0.23 0.08 0.10
O5' 0.26 0.44 0.16 0.09 0.39 0.06 0.45 0.03 0.51 0.35 0.49 0.45 0.39 0.44 0.33 0.19 0.05 0.18 0.09 0.56 0.00 0.09 0.01
OP1 0.48 0.33 0.35 0.30 0.37 0.42 0.32 0.39 0.26 0.40 0.28 0.33 0.37 0.33 0.43 0.47 0.27 0.52 0.42 0.20 0.62 0.24 0.40
OP2 0.55 0.55 0.68 0.70 0.56 0.62 0.56 0.63 0.54 0.57 0.54 0.54 0.56 0.56 0.56 0.60 0.72 0.53 0.60 0.52 0.38 0.69 0.58
P 0.09 0.09 0.03 0.08 0.08 0.03 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.12 0.08 0.01 0.08 0.12 0.16 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.11 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.12 0.11 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.14 0.08 0.10
C4 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.04
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.03
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.17 0.12 0.03
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.02 0.01 0.09 0.04 0.03
C8 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.03 0.01 0.08 0.03 0.03
N2 0.02 0.00 0.04 0.12 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04
N7 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.04 0.03
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.06 0.05 0.05 0.07 0.03 0.07 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.07 0.06 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.14 0.12 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.12 0.05 0.19 0.09 0.12
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.01 0.04 0.10 0.07
O5' 0.05 0.04 0.05 0.10 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.12 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.09 0.06 0.02
OP1 0.04 0.06 0.07 0.14 0.07 0.10 0.08 0.17 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06 0.01 0.19 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00
OP2 0.04 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.02 0.12 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.09 0.10 0.02 0.06 0.02 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.06 0.10 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.12 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00