Doublet Group distance statistics: 52536

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 0, 5, 5, 1, 3, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.009, 0.030, 0.050, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.030 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.029, 0.125, 0.221, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.125 std_dev=0.096
C2' A 0, 0.027, 0.137, 0.247, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.137 std_dev=0.110
C4' A 0, 0.075, 0.192, 0.308, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.192 std_dev=0.116
C3' A 0, 0.035, 0.195, 0.355, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.195 std_dev=0.160
O2' A 0, 0.024, 0.228, 0.433, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.228 std_dev=0.204
C5' A 0, 0.130, 0.335, 0.540, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.335 std_dev=0.205
C4 B 0, 0.104, 0.331, 0.558, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.331 std_dev=0.227
N3 B 0, 0.137, 0.370, 0.602, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.370 std_dev=0.232
C2 B 0, 0.167, 0.401, 0.635, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.401 std_dev=0.234
N4 B 0, 0.078, 0.316, 0.554, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.316 std_dev=0.238
C5 B 0, 0.118, 0.358, 0.598, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.358 std_dev=0.240
N1 B 0, 0.164, 0.409, 0.654, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.409 std_dev=0.245
O5' A 0, 0.145, 0.400, 0.656, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.400 std_dev=0.256
C6 B 0, 0.142, 0.400, 0.658, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.400 std_dev=0.258
O2 B 0, 0.175, 0.449, 0.722, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.449 std_dev=0.274
P A 0, 0.202, 0.507, 0.811, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.507 std_dev=0.304
O3' A 0, -0.039, 0.269, 0.578, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.269 std_dev=0.309
OP2 A 0, 0.203, 0.532, 0.860, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.532 std_dev=0.328
C1' B 0, 0.116, 0.447, 0.778, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.447 std_dev=0.331
O4' B 0, 0.041, 0.397, 0.753, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.397 std_dev=0.356
OP1 A 0, 0.253, 0.690, 1.127, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.690 std_dev=0.437
C4' B 0, -0.213, 0.523, 1.259, 3.616 max_d=3.616 avg_d=0.523 std_dev=0.736
C2' B 0, -0.183, 0.617, 1.418, 3.977 max_d=3.977 avg_d=0.617 std_dev=0.800
C3' B 0, -0.369, 0.648, 1.665, 5.038 max_d=5.038 avg_d=0.648 std_dev=1.017
O2' B 0, -0.319, 0.756, 1.831, 5.282 max_d=5.282 avg_d=0.756 std_dev=1.075
O5' B 0, -0.366, 0.715, 1.795, 5.270 max_d=5.270 avg_d=0.715 std_dev=1.081
C5' B 0, -0.404, 0.727, 1.858, 5.393 max_d=5.393 avg_d=0.727 std_dev=1.131
P B 0, -0.556, 0.777, 2.110, 6.501 max_d=6.501 avg_d=0.777 std_dev=1.333
O3' B 0, -0.561, 0.865, 2.291, 7.010 max_d=7.010 avg_d=0.865 std_dev=1.426
OP1 B 0, -0.277, 1.193, 2.663, 6.803 max_d=6.803 avg_d=1.193 std_dev=1.470
OP2 B 0, -0.363, 1.220, 2.803, 7.491 max_d=7.491 avg_d=1.220 std_dev=1.583

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.07 0.05 0.16 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.08 0.14 0.19 0.34 0.22
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.10 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.22 0.16 0.13 0.17
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.03 0.04 0.06 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.08 0.10 0.14 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.11 0.05 0.15 0.18 0.30 0.20
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.03 0.11 0.11 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.04 0.18 0.26 0.37 0.26
C5' 0.05 0.14 0.10 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.17 0.15 0.16 0.12 0.19 0.18 0.12 0.06 0.06 0.02 0.01 0.13 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.05 0.18 0.28 0.40 0.28
C8 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.04 0.06 0.19 0.24 0.30 0.24
N1 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.07 0.17 0.24 0.38 0.25
N3 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.17 0.08 0.13 0.15 0.29 0.18
N6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.07 0.06 0.20 0.33 0.43 0.31
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.04 0.05 0.20 0.31 0.39 0.29
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.08 0.03 0.13 0.15 0.25 0.17
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.09 0.05 0.09 0.06 0.10 0.12 0.12 0.13 0.10 0.12 0.07 0.00 0.07 0.03 0.22 0.20 0.20 0.21
O3' 0.11 0.17 0.02 0.01 0.11 0.02 0.07 0.06 0.09 0.04 0.14 0.17 0.07 0.04 0.08 0.07 0.00 0.11 0.05 0.17 0.16 0.06
O4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.03 0.03 0.11 0.00 0.12 0.12 0.17 0.10
O5' 0.07 0.14 0.22 0.08 0.15 0.03 0.18 0.01 0.18 0.19 0.17 0.13 0.20 0.20 0.13 0.22 0.05 0.12 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.05 0.19 0.16 0.10 0.18 0.11 0.26 0.13 0.28 0.24 0.24 0.15 0.33 0.31 0.15 0.20 0.17 0.12 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.16 0.34 0.13 0.14 0.30 0.11 0.37 0.05 0.40 0.30 0.38 0.29 0.43 0.39 0.25 0.20 0.16 0.17 0.03 0.02 0.00 0.00
P 0.09 0.22 0.17 0.04 0.20 0.03 0.26 0.02 0.28 0.24 0.25 0.18 0.31 0.29 0.17 0.21 0.06 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.10 0.30 0.67 0.11 0.55 0.12 0.95 0.12 0.11 0.10 0.13 0.10 0.18 0.75 0.22 0.90 0.98 1.25 1.09
C2 0.15 0.15 0.17 0.41 0.14 0.33 0.16 0.64 0.16 0.15 0.14 0.13 0.15 0.19 0.48 0.14 0.67 0.68 0.96 0.74
C2' 0.16 0.13 0.42 0.80 0.15 0.65 0.17 1.04 0.18 0.15 0.13 0.16 0.12 0.28 0.93 0.27 1.00 1.13 1.44 1.24
C3' 0.16 0.12 0.40 0.80 0.13 0.68 0.17 1.09 0.18 0.15 0.12 0.14 0.12 0.29 0.90 0.28 1.01 1.15 1.37 1.26
C4 0.10 0.10 0.20 0.53 0.10 0.44 0.10 0.81 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.16 0.61 0.16 0.80 0.89 1.15 0.95
C4' 0.12 0.09 0.22 0.60 0.11 0.56 0.12 1.02 0.12 0.10 0.10 0.14 0.08 0.15 0.62 0.28 0.92 1.14 1.18 1.14
C5 0.10 0.11 0.18 0.52 0.11 0.44 0.11 0.84 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.18 0.60 0.16 0.82 0.96 1.20 1.00
C5' 0.16 0.10 0.16 0.51 0.12 0.50 0.12 0.98 0.11 0.12 0.10 0.17 0.10 0.20 0.51 0.30 0.90 1.24 1.23 1.16
C6 0.13 0.13 0.16 0.46 0.13 0.39 0.13 0.76 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.21 0.53 0.15 0.77 0.88 1.13 0.92
C8 0.09 0.09 0.23 0.62 0.09 0.53 0.09 0.96 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.16 0.71 0.21 0.92 1.12 1.34 1.16
N1 0.15 0.15 0.16 0.41 0.15 0.33 0.16 0.67 0.16 0.15 0.15 0.14 0.16 0.22 0.48 0.15 0.69 0.75 1.02 0.80
N3 0.12 0.12 0.19 0.47 0.11 0.37 0.13 0.70 0.13 0.12 0.11 0.09 0.12 0.16 0.54 0.14 0.71 0.73 1.02 0.80
N6 0.13 0.14 0.15 0.45 0.14 0.39 0.14 0.78 0.14 0.13 0.14 0.14 0.15 0.23 0.53 0.15 0.78 0.93 1.16 0.96
N7 0.09 0.09 0.20 0.57 0.10 0.49 0.09 0.92 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.18 0.66 0.19 0.89 1.09 1.31 1.12
N9 0.10 0.09 0.24 0.61 0.09 0.51 0.09 0.91 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.16 0.69 0.20 0.87 1.00 1.25 1.07
O2' 0.31 0.27 0.57 0.91 0.27 0.69 0.31 0.99 0.32 0.29 0.26 0.27 0.26 0.47 1.09 0.35 1.03 1.07 1.52 1.22
O3' 0.28 0.26 0.54 0.90 0.26 0.74 0.29 1.08 0.32 0.28 0.26 0.24 0.26 0.46 1.02 0.31 1.00 0.94 1.29 1.19
O4' 0.16 0.16 0.25 0.60 0.18 0.55 0.18 0.99 0.17 0.16 0.17 0.19 0.15 0.20 0.63 0.28 0.89 1.05 1.16 1.08
O5' 0.17 0.12 0.17 0.55 0.13 0.52 0.12 1.00 0.13 0.14 0.12 0.16 0.12 0.20 0.59 0.30 0.94 1.26 1.33 1.22
OP1 0.29 0.16 0.18 0.42 0.10 0.43 0.11 0.91 0.17 0.20 0.11 0.15 0.18 0.36 0.41 0.36 0.88 1.30 1.35 1.21
OP2 0.16 0.17 0.19 0.55 0.24 0.52 0.19 1.00 0.16 0.15 0.22 0.31 0.16 0.25 0.58 0.30 0.96 1.31 1.42 1.28
P 0.18 0.10 0.13 0.46 0.14 0.46 0.12 0.96 0.12 0.12 0.12 0.20 0.10 0.30 0.48 0.27 0.90 1.28 1.32 1.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.30 0.43 0.25 0.14
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.07 0.15 0.38 0.40 0.35 0.17
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.04 0.06 0.06 0.12 0.00 0.03 0.01 0.18 0.20 0.40 0.14
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.21 0.01 0.32 0.02 0.32 0.13 0.08 0.22 0.25 0.02 0.01 0.02 0.22 0.21 0.44 0.27
C4 0.02 0.00 0.06 0.21 0.00 0.17 0.00 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.21 0.04 0.52 0.47 0.52 0.37
C4' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.17 0.00 0.29 0.00 0.30 0.10 0.09 0.18 0.28 0.09 0.04 0.01 0.02 0.19 0.23 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.32 0.00 0.29 0.00 0.61 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.29 0.10 0.66 0.64 0.68 0.60
C5' 0.08 0.21 0.02 0.02 0.42 0.00 0.61 0.00 0.59 0.27 0.26 0.45 0.37 0.08 0.09 0.03 0.01 0.24 0.32 0.05
C6 0.02 0.01 0.07 0.32 0.01 0.30 0.00 0.59 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.26 0.14 0.63 0.61 0.58 0.52
N1 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01 0.10 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.41 0.43 0.33 0.20
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.09 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.09 0.12 0.41 0.38 0.39 0.17
N4 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.18 0.01 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.24 0.04 0.55 0.49 0.59 0.43
O2 0.03 0.00 0.12 0.25 0.01 0.28 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.21 0.26 0.44 0.51 0.50 0.38
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.13 0.09 0.14 0.08 0.12 0.08 0.12 0.13 0.14 0.00 0.07 0.12 0.13 0.16 0.42 0.17
O3' 0.04 0.07 0.03 0.01 0.21 0.04 0.29 0.09 0.26 0.09 0.09 0.24 0.21 0.07 0.00 0.03 0.38 0.41 0.66 0.49
O4' 0.00 0.15 0.01 0.02 0.04 0.01 0.10 0.03 0.14 0.02 0.12 0.04 0.26 0.12 0.03 0.00 0.34 0.55 0.31 0.29
O5' 0.30 0.38 0.18 0.22 0.52 0.02 0.66 0.01 0.63 0.41 0.41 0.55 0.44 0.13 0.38 0.34 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.43 0.40 0.20 0.21 0.47 0.19 0.64 0.24 0.61 0.43 0.38 0.49 0.51 0.16 0.41 0.55 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.35 0.40 0.44 0.52 0.23 0.68 0.32 0.58 0.33 0.39 0.59 0.50 0.42 0.66 0.31 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.17 0.14 0.27 0.37 0.06 0.60 0.05 0.52 0.20 0.17 0.43 0.38 0.17 0.49 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00