ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52537

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 2, 3, 4, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.014, 0.033, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.020, 0.040, 0.061, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.040 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.040 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.016, 0.040, 0.063, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.040 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.021, 0.050, 0.079, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.050 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.021, 0.052, 0.083, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.052 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.017, 0.049, 0.082, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.049 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.028, 0.073, 0.118, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.073 std_dev=0.045
C4 B 0, 0.171, 0.320, 0.470, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.320 std_dev=0.150
C2 B 0, 0.148, 0.375, 0.601, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.375 std_dev=0.226
C5 B 0, 0.101, 0.363, 0.624, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.363 std_dev=0.262
N4 B 0, 0.114, 0.377, 0.640, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.377 std_dev=0.263
N3 B 0, 0.114, 0.382, 0.650, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.382 std_dev=0.268
C2' A 0, -0.025, 0.273, 0.571, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.273 std_dev=0.298
N1 B 0, 0.120, 0.424, 0.729, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.424 std_dev=0.305
O4' A 0, -0.116, 0.215, 0.546, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.215 std_dev=0.331
O2 B 0, 0.108, 0.447, 0.786, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.447 std_dev=0.339
O2' A 0, 0.076, 0.443, 0.810, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.443 std_dev=0.367
OP2 A 0, 0.235, 0.611, 0.987, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.611 std_dev=0.376
C6 B 0, 0.031, 0.444, 0.856, 2.061 max_d=2.061 avg_d=0.444 std_dev=0.413
P A 0, 0.136, 0.594, 1.051, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.594 std_dev=0.457
C1' B 0, 0.019, 0.513, 1.006, 2.323 max_d=2.323 avg_d=0.513 std_dev=0.494
C3' A 0, -0.158, 0.345, 0.848, 2.299 max_d=2.299 avg_d=0.345 std_dev=0.503
C4' A 0, -0.228, 0.290, 0.808, 2.218 max_d=2.218 avg_d=0.290 std_dev=0.518
O5' A 0, -0.068, 0.536, 1.139, 2.412 max_d=2.412 avg_d=0.536 std_dev=0.604
O3' A 0, -0.207, 0.449, 1.106, 3.177 max_d=3.177 avg_d=0.449 std_dev=0.657
C5' A 0, -0.204, 0.469, 1.142, 2.744 max_d=2.744 avg_d=0.469 std_dev=0.673
C2' B 0, -0.086, 0.627, 1.341, 3.413 max_d=3.413 avg_d=0.627 std_dev=0.714
OP1 A 0, 0.005, 0.739, 1.473, 3.295 max_d=3.295 avg_d=0.739 std_dev=0.734
O2' B 0, -0.046, 0.698, 1.443, 3.472 max_d=3.472 avg_d=0.698 std_dev=0.744
O4' B 0, -0.197, 0.628, 1.453, 3.815 max_d=3.815 avg_d=0.628 std_dev=0.825
C3' B 0, -0.301, 0.755, 1.812, 4.974 max_d=4.974 avg_d=0.755 std_dev=1.056
C4' B 0, -0.349, 0.762, 1.872, 5.154 max_d=5.154 avg_d=0.762 std_dev=1.111
O3' B 0, -0.355, 0.981, 2.317, 6.322 max_d=6.322 avg_d=0.981 std_dev=1.336
O5' B 0, -0.689, 0.670, 2.028, 6.316 max_d=6.316 avg_d=0.670 std_dev=1.358
C5' B 0, -0.563, 0.860, 2.284, 6.526 max_d=6.526 avg_d=0.860 std_dev=1.424
OP2 B 0, -0.558, 0.892, 2.342, 6.809 max_d=6.809 avg_d=0.892 std_dev=1.450
P B 0, -0.846, 0.677, 2.201, 7.091 max_d=7.091 avg_d=0.677 std_dev=1.524
OP1 B 0, -1.246, 0.864, 2.975, 9.822 max_d=9.822 avg_d=0.864 std_dev=2.111

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.16 0.32 0.28 0.20
C2 0.04 0.00 0.20 0.12 0.01 0.16 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.15 0.23 0.30 0.29 0.22 0.25
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.12 0.02 0.08 0.10 0.12 0.07 0.17 0.19 0.10 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.21 0.49 0.49 0.37
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.12 0.01 0.16 0.03 0.16 0.16 0.14 0.10 0.17 0.18 0.11 0.02 0.01 0.02 0.10 0.37 0.30 0.19
C4 0.02 0.01 0.12 0.12 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.11 0.14 0.24 0.27 0.22 0.22
C4' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.12 0.10 0.15 0.15 0.11 0.07 0.04 0.13 0.04 0.01 0.02 0.23 0.15 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.16 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.12 0.09 0.24 0.23 0.21 0.22
C5' 0.06 0.28 0.10 0.03 0.19 0.01 0.19 0.00 0.24 0.10 0.28 0.24 0.24 0.12 0.10 0.06 0.11 0.03 0.01 0.14 0.04 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.16 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.13 0.14 0.28 0.24 0.21 0.24
C8 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.18 0.13 0.09 0.15 0.19 0.21 0.16
N1 0.04 0.01 0.17 0.14 0.01 0.15 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.14 0.20 0.30 0.27 0.22 0.25
N3 0.04 0.01 0.19 0.10 0.01 0.15 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.16 0.22 0.27 0.30 0.23 0.24
N6 0.03 0.01 0.10 0.17 0.01 0.11 0.02 0.24 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.15 0.15 0.13 0.28 0.23 0.23 0.24
N7 0.01 0.01 0.04 0.18 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.16 0.15 0.04 0.18 0.19 0.20 0.18
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.18 0.26 0.24 0.19
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.14 0.13 0.13 0.06 0.16 0.18 0.22 0.25 0.15 0.16 0.08 0.00 0.07 0.09 0.17 0.50 0.55 0.35
O3' 0.13 0.15 0.03 0.01 0.11 0.04 0.12 0.11 0.13 0.13 0.14 0.16 0.15 0.15 0.08 0.07 0.00 0.14 0.18 0.34 0.29 0.19
O4' 0.01 0.23 0.02 0.02 0.14 0.01 0.09 0.03 0.14 0.09 0.20 0.22 0.13 0.04 0.02 0.09 0.14 0.00 0.06 0.16 0.13 0.07
O5' 0.16 0.30 0.21 0.10 0.24 0.02 0.24 0.01 0.28 0.15 0.30 0.27 0.28 0.18 0.18 0.17 0.18 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.32 0.29 0.49 0.37 0.27 0.23 0.23 0.14 0.24 0.19 0.27 0.30 0.23 0.19 0.26 0.50 0.34 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.22 0.49 0.30 0.22 0.15 0.21 0.04 0.21 0.21 0.22 0.23 0.23 0.20 0.24 0.55 0.29 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.25 0.37 0.19 0.22 0.07 0.22 0.02 0.24 0.16 0.25 0.24 0.24 0.18 0.19 0.35 0.19 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.11 0.33 0.46 0.08 0.38 0.16 0.43 0.23 0.19 0.08 0.13 0.10 0.31 0.51 0.28 0.51 0.85 0.29 0.62
C2 0.12 0.09 0.10 0.10 0.09 0.13 0.15 0.16 0.16 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.18 0.14 0.29 0.42 0.14
C2' 0.13 0.09 0.26 0.38 0.16 0.28 0.10 0.32 0.08 0.08 0.14 0.25 0.10 0.24 0.46 0.16 0.38 0.77 0.25 0.54
C3' 0.49 0.30 0.63 0.78 0.17 0.69 0.24 0.75 0.38 0.39 0.21 0.13 0.32 0.62 0.86 0.54 0.83 1.24 0.62 0.98
C4 0.19 0.09 0.19 0.26 0.09 0.26 0.18 0.30 0.21 0.16 0.09 0.12 0.08 0.18 0.28 0.25 0.33 0.60 0.19 0.38
C4' 0.54 0.34 0.65 0.80 0.23 0.75 0.35 0.83 0.48 0.46 0.25 0.13 0.34 0.63 0.85 0.61 0.93 1.34 0.62 1.00
C5 0.19 0.09 0.18 0.26 0.09 0.27 0.18 0.32 0.21 0.16 0.09 0.12 0.08 0.17 0.27 0.26 0.34 0.64 0.18 0.39
C5' 0.57 0.36 0.67 0.83 0.26 0.80 0.38 0.91 0.50 0.48 0.27 0.15 0.35 0.65 0.89 0.66 0.99 1.52 0.70 1.08
C6 0.15 0.08 0.11 0.16 0.09 0.21 0.16 0.25 0.19 0.13 0.10 0.12 0.10 0.11 0.16 0.23 0.25 0.50 0.29 0.27
C8 0.24 0.10 0.30 0.42 0.10 0.39 0.18 0.45 0.24 0.19 0.09 0.13 0.09 0.28 0.48 0.30 0.51 0.91 0.23 0.61
N1 0.12 0.09 0.09 0.10 0.09 0.14 0.15 0.17 0.16 0.11 0.11 0.11 0.12 0.09 0.11 0.19 0.16 0.33 0.41 0.15
N3 0.15 0.09 0.13 0.17 0.09 0.19 0.17 0.20 0.18 0.14 0.09 0.11 0.08 0.12 0.17 0.20 0.21 0.41 0.30 0.23
N6 0.15 0.08 0.10 0.15 0.09 0.21 0.17 0.27 0.19 0.13 0.11 0.12 0.10 0.10 0.15 0.24 0.26 0.53 0.28 0.27
N7 0.22 0.09 0.24 0.35 0.10 0.34 0.18 0.40 0.23 0.18 0.09 0.13 0.08 0.23 0.39 0.29 0.44 0.82 0.16 0.52
N9 0.22 0.10 0.28 0.39 0.09 0.35 0.18 0.40 0.23 0.18 0.09 0.13 0.09 0.26 0.43 0.28 0.45 0.80 0.20 0.55
O2' 0.22 0.28 0.20 0.21 0.33 0.12 0.34 0.10 0.29 0.26 0.30 0.35 0.28 0.19 0.29 0.22 0.12 0.39 0.20 0.23
O3' 0.72 0.58 0.89 1.01 0.40 0.87 0.44 0.86 0.58 0.64 0.48 0.29 0.61 0.87 1.09 0.73 0.95 1.14 0.76 1.06
O4' 0.49 0.34 0.57 0.70 0.28 0.65 0.41 0.70 0.49 0.44 0.27 0.17 0.31 0.54 0.74 0.55 0.80 1.13 0.48 0.85
O5' 0.54 0.35 0.63 0.78 0.27 0.74 0.39 0.84 0.49 0.46 0.27 0.18 0.34 0.62 0.85 0.62 0.91 1.43 0.64 1.02
OP1 0.82 0.57 0.97 1.16 0.43 1.10 0.56 1.21 0.70 0.70 0.46 0.29 0.57 0.97 1.28 0.90 1.26 1.88 1.10 1.41
OP2 0.59 0.38 0.72 0.91 0.31 0.85 0.44 0.96 0.54 0.51 0.30 0.23 0.36 0.70 1.01 0.68 1.03 1.60 0.85 1.20
P 0.60 0.37 0.72 0.91 0.28 0.86 0.42 0.98 0.53 0.50 0.28 0.19 0.36 0.71 1.01 0.69 1.05 1.65 0.84 1.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.19 0.07
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.09 0.05 0.09 0.09 0.27 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.12 0.01 0.02 0.02 0.06 0.15 0.28 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.08 0.07 0.12 0.02 0.01 0.01 0.09 0.21 0.34 0.13
C4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.08 0.05 0.11 0.12 0.36 0.16
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.06 0.08 0.05 0.02 0.00 0.02 0.11 0.24 0.05
C5 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.11 0.15 0.32 0.14
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.08 0.11 0.09 0.06 0.03 0.01 0.01 0.09 0.20 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.09 0.11 0.23 0.11
N1 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.21 0.11
N3 0.03 0.00 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.05 0.10 0.10 0.32 0.15
N4 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.10 0.05 0.13 0.15 0.41 0.17
O2 0.06 0.01 0.12 0.12 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.11 0.14 0.06 0.11 0.12 0.26 0.14
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.05 0.04 0.11 0.00 0.05 0.03 0.05 0.17 0.32 0.10
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.07 0.04 0.10 0.10 0.14 0.05 0.00 0.02 0.11 0.32 0.44 0.17
O4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.02 0.00 0.09 0.10 0.16 0.10
O5' 0.03 0.09 0.06 0.09 0.11 0.02 0.11 0.01 0.09 0.07 0.10 0.13 0.11 0.05 0.11 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.06 0.09 0.15 0.21 0.12 0.11 0.15 0.09 0.11 0.07 0.10 0.15 0.12 0.17 0.32 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.27 0.28 0.34 0.36 0.24 0.32 0.20 0.23 0.21 0.32 0.41 0.26 0.32 0.44 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.14 0.10 0.13 0.16 0.05 0.14 0.02 0.11 0.11 0.15 0.17 0.14 0.10 0.17 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00