ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52538

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, -0.003, 0.018, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.020
N1 A 0, -0.001, 0.020, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.021
C4 A 0, -0.003, 0.027, 0.056, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.029
N9 A 0, -0.002, 0.030, 0.061, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.030 std_dev=0.031
N6 A 0, -0.003, 0.036, 0.075, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.036 std_dev=0.039
N7 A 0, -0.002, 0.041, 0.083, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.041 std_dev=0.042
C8 A 0, -0.003, 0.053, 0.110, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.053 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.027, 0.136, 0.245, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.136 std_dev=0.109
O4' A 0, 0.022, 0.134, 0.246, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.134 std_dev=0.112
C1' B 0, 0.108, 0.257, 0.406, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.257 std_dev=0.149
N1 B 0, 0.102, 0.258, 0.414, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.258 std_dev=0.156
C2 B 0, 0.091, 0.284, 0.478, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.284 std_dev=0.194
C6 B 0, 0.098, 0.299, 0.501, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.299 std_dev=0.202
O2 B 0, 0.123, 0.341, 0.560, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.341 std_dev=0.219
N3 B 0, 0.074, 0.324, 0.574, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.324 std_dev=0.250
C5 B 0, 0.061, 0.326, 0.590, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.326 std_dev=0.265
C4 B 0, 0.061, 0.335, 0.608, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.335 std_dev=0.273
C4' A 0, -0.008, 0.328, 0.664, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.328 std_dev=0.336
C2' B 0, 0.129, 0.480, 0.830, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.480 std_dev=0.351
N4 B 0, 0.055, 0.410, 0.764, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.410 std_dev=0.354
O2' B 0, 0.123, 0.528, 0.932, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.528 std_dev=0.404
O4' B 0, 0.049, 0.547, 1.045, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.547 std_dev=0.498
C5' A 0, -0.021, 0.560, 1.140, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.560 std_dev=0.581
C3' A 0, -0.100, 0.523, 1.146, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.523 std_dev=0.623
OP1 A 0, 0.063, 0.689, 1.314, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.689 std_dev=0.626
OP1 B 0, 0.117, 0.782, 1.446, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.782 std_dev=0.665
C3' B 0, 0.043, 0.718, 1.393, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.718 std_dev=0.675
C4' B 0, 0.022, 0.716, 1.410, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.716 std_dev=0.694
O2' A 0, -0.175, 0.579, 1.333, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.579 std_dev=0.754
P B 0, -0.034, 0.904, 1.841, 2.367 max_d=2.367 avg_d=0.904 std_dev=0.938
P A 0, -0.107, 0.893, 1.892, 2.479 max_d=2.479 avg_d=0.893 std_dev=0.999
O3' B 0, -0.034, 0.981, 1.995, 2.586 max_d=2.586 avg_d=0.981 std_dev=1.014
OP2 B 0, -0.086, 0.952, 1.991, 2.587 max_d=2.587 avg_d=0.952 std_dev=1.038
O5' A 0, -0.178, 0.883, 1.944, 2.588 max_d=2.588 avg_d=0.883 std_dev=1.061
O5' B 0, -0.138, 1.022, 2.181, 2.847 max_d=2.847 avg_d=1.022 std_dev=1.160
C5' B 0, -0.142, 1.048, 2.239, 2.939 max_d=2.939 avg_d=1.048 std_dev=1.191
O3' A 0, -0.268, 1.053, 2.375, 3.135 max_d=3.135 avg_d=1.053 std_dev=1.322
OP2 A 0, -0.361, 1.410, 3.182, 4.204 max_d=4.204 avg_d=1.410 std_dev=1.771

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.34 0.00 0.03 0.67 0.14 0.22
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.64 0.07 0.38 0.76 0.82 0.12
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.17 0.07 0.03 0.07 0.05 0.09 0.05 0.03 0.00 0.08 0.02 0.36 0.59 0.21 0.49
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.15 0.37 0.04 0.08 0.20 0.35 0.17 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.03 0.03
C4 0.00 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.29 0.36 0.04 0.37 0.76 0.72 0.07
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.11 0.19 0.07 0.04 0.15 0.20 0.09 0.25 0.01 0.00 0.01 0.16 0.14 0.07
C5 0.00 0.01 0.06 0.20 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.38 0.17 0.04 0.52 0.75 1.01 0.19
C5' 0.03 0.14 0.17 0.00 0.14 0.01 0.23 0.00 0.25 0.21 0.21 0.10 0.30 0.28 0.11 0.05 0.22 0.01 0.01 0.04 0.31 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.42 0.29 0.06 0.56 0.74 1.13 0.25
C8 0.01 0.01 0.03 0.37 0.01 0.19 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.27 0.18 0.02 0.47 0.76 0.77 0.07
N1 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.07 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.39 0.49 0.07 0.49 0.75 1.02 0.20
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.25 0.64 0.06 0.29 0.76 0.63 0.06
N6 0.01 0.01 0.09 0.20 0.02 0.15 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.46 0.19 0.06 0.63 0.70 1.30 0.33
N7 0.01 0.01 0.05 0.35 0.00 0.20 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.35 0.12 0.03 0.58 0.72 1.08 0.22
N9 0.00 0.01 0.03 0.17 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.16 0.01 0.29 0.76 0.53 0.07
O2' 0.03 0.31 0.00 0.01 0.29 0.25 0.38 0.05 0.42 0.27 0.39 0.25 0.46 0.35 0.22 0.00 0.09 0.21 0.30 0.53 0.22 0.46
O3' 0.34 0.64 0.08 0.01 0.36 0.01 0.17 0.22 0.29 0.18 0.49 0.64 0.19 0.12 0.16 0.09 0.00 0.19 0.13 0.60 0.21 0.30
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.03 0.01 0.21 0.19 0.00 0.11 0.65 0.04 0.17
O5' 0.03 0.38 0.36 0.07 0.37 0.01 0.52 0.01 0.56 0.47 0.49 0.29 0.63 0.58 0.29 0.30 0.13 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.67 0.76 0.59 0.14 0.76 0.16 0.75 0.04 0.74 0.76 0.75 0.76 0.70 0.72 0.76 0.53 0.60 0.65 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.82 0.21 0.03 0.72 0.14 1.01 0.31 1.13 0.77 1.02 0.63 1.30 1.08 0.53 0.22 0.21 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.12 0.49 0.03 0.07 0.07 0.19 0.02 0.25 0.07 0.20 0.06 0.33 0.22 0.07 0.46 0.30 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.14 0.08 0.30 0.18 0.33 0.05 0.58 0.03 0.05 0.21 0.29 0.17 0.02 0.35 0.15 1.12 0.56 0.79 0.79
C2 0.07 0.09 0.05 0.07 0.09 0.12 0.21 0.21 0.17 0.07 0.10 0.10 0.17 0.05 0.06 0.11 0.94 0.42 0.43 0.54
C2' 0.05 0.16 0.15 0.40 0.23 0.39 0.10 0.64 0.03 0.07 0.24 0.35 0.18 0.09 0.48 0.15 1.15 0.60 0.92 0.87
C3' 0.61 0.69 0.44 0.14 0.71 0.18 0.68 0.16 0.63 0.65 0.71 0.71 0.69 0.54 0.04 0.47 0.56 0.13 0.43 0.35
C4 0.05 0.11 0.06 0.20 0.06 0.23 0.11 0.38 0.11 0.04 0.15 0.13 0.17 0.03 0.21 0.13 1.07 0.52 0.67 0.71
C4' 0.30 0.38 0.20 0.11 0.42 0.15 0.37 0.48 0.32 0.33 0.42 0.46 0.39 0.30 0.19 0.11 0.85 0.34 0.62 0.59
C5 0.05 0.11 0.05 0.17 0.06 0.19 0.11 0.33 0.11 0.04 0.14 0.10 0.18 0.03 0.17 0.11 1.04 0.50 0.67 0.69
C5' 0.31 0.33 0.21 0.08 0.36 0.09 0.36 0.40 0.34 0.33 0.34 0.36 0.32 0.31 0.15 0.15 0.72 0.16 0.51 0.44
C6 0.06 0.10 0.05 0.09 0.06 0.12 0.15 0.22 0.14 0.06 0.12 0.06 0.18 0.05 0.07 0.09 0.96 0.44 0.55 0.61
C8 0.03 0.12 0.10 0.29 0.11 0.30 0.03 0.50 0.06 0.02 0.18 0.19 0.17 0.05 0.33 0.13 1.12 0.58 0.85 0.82
N1 0.07 0.09 0.06 0.07 0.09 0.10 0.20 0.16 0.17 0.08 0.10 0.10 0.17 0.06 0.07 0.09 0.92 0.41 0.45 0.54
N3 0.06 0.10 0.04 0.15 0.05 0.19 0.16 0.33 0.15 0.06 0.13 0.07 0.17 0.03 0.13 0.13 1.02 0.48 0.54 0.63
N6 0.06 0.10 0.05 0.07 0.07 0.10 0.15 0.18 0.14 0.06 0.11 0.07 0.18 0.05 0.06 0.08 0.93 0.43 0.55 0.59
N7 0.04 0.11 0.08 0.23 0.08 0.24 0.07 0.41 0.09 0.03 0.16 0.14 0.17 0.04 0.26 0.11 1.08 0.55 0.78 0.77
N9 0.03 0.12 0.08 0.27 0.12 0.29 0.04 0.49 0.07 0.02 0.18 0.21 0.17 0.03 0.31 0.14 1.11 0.56 0.79 0.78
O2' 0.21 0.06 0.28 0.48 0.19 0.53 0.02 0.75 0.16 0.11 0.18 0.38 0.07 0.26 0.53 0.35 1.28 0.68 0.95 0.99
O3' 1.32 1.47 1.12 0.74 1.50 0.72 1.46 0.28 1.37 1.40 1.50 1.46 1.47 1.22 0.59 1.08 0.11 0.13 0.10 0.07
O4' 0.05 0.11 0.09 0.32 0.16 0.37 0.11 0.66 0.09 0.07 0.17 0.24 0.13 0.06 0.36 0.19 1.12 0.53 0.77 0.78
O5' 0.37 0.30 0.24 0.04 0.30 0.09 0.37 0.14 0.39 0.35 0.27 0.26 0.28 0.34 0.04 0.30 0.50 0.18 0.31 0.19
OP1 0.58 0.77 0.49 0.19 0.84 0.12 0.70 0.22 0.61 0.66 0.86 0.94 0.80 0.56 0.11 0.37 0.65 0.23 0.51 0.47
OP2 0.26 0.11 0.10 0.11 0.07 0.03 0.19 0.20 0.25 0.20 0.05 0.07 0.09 0.22 0.20 0.24 0.55 0.16 0.42 0.22
P 0.42 0.40 0.31 0.10 0.42 0.12 0.45 0.12 0.45 0.42 0.39 0.41 0.38 0.39 0.03 0.32 0.49 0.15 0.31 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.05 0.71 0.30
C2 0.00 0.00 0.19 0.22 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.26 0.02 0.37 0.03 0.55 0.15
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.14 0.03 0.34 0.00 0.01 0.00 0.26 0.28 0.48 0.06
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.01 0.26 0.01 0.17 0.01 0.39 0.02 0.01 0.01 0.37 0.48 0.33 0.12
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.64 0.07 0.25 0.09
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.00 0.13 0.00 0.16 0.02 0.06 0.03 0.17 0.03 0.01 0.00 0.01 0.16 0.60 0.18
C5 0.01 0.01 0.10 0.20 0.00 0.13 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.22 0.01 0.74 0.11 0.19 0.15
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.22 0.00 0.24 0.05 0.04 0.09 0.16 0.04 0.05 0.01 0.02 0.24 0.46 0.03
C6 0.01 0.01 0.14 0.26 0.00 0.16 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.27 0.01 0.65 0.08 0.39 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.02 0.57 0.15
N3 0.00 0.00 0.14 0.17 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.22 0.01 0.49 0.03 0.41 0.06
N4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.69 0.09 0.12 0.16
O2 0.02 0.00 0.34 0.39 0.01 0.17 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.21 0.48 0.03 0.23 0.06 0.63 0.22
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.01 0.10 0.03 0.21 0.00 0.02 0.02 0.03 0.19 0.57 0.20
O3' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.05 0.27 0.01 0.22 0.02 0.48 0.02 0.00 0.01 0.30 0.70 0.18 0.24
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.20 0.87 0.46
O5' 0.15 0.37 0.26 0.37 0.64 0.01 0.74 0.02 0.65 0.40 0.49 0.69 0.23 0.03 0.30 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.03 0.28 0.48 0.07 0.16 0.11 0.24 0.08 0.02 0.03 0.09 0.06 0.19 0.70 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.71 0.55 0.48 0.33 0.25 0.60 0.19 0.46 0.39 0.57 0.41 0.12 0.63 0.57 0.18 0.87 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.15 0.06 0.12 0.09 0.18 0.15 0.03 0.04 0.15 0.06 0.16 0.22 0.20 0.24 0.46 0.01 0.00 0.01 0.00