Doublet Group distance statistics: 52539

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C5	A	0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.022
N3	A	0, 0.003, 0.027, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.025
N1	A	0, 0.003, 0.028, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.025
C4	A	0, 0.003, 0.037, 0.071, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.037 std_dev=0.034
N9	A	0, 0.005, 0.039, 0.073, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.039 std_dev=0.034
N6	A	0, 0.007, 0.049, 0.091, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.049 std_dev=0.042
N7	A	0, 0.006, 0.052, 0.098, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.052 std_dev=0.046
C8	A	0, 0.007, 0.068, 0.129, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.068 std_dev=0.061
O4'	A	0, 0.042, 0.135, 0.228, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.135 std_dev=0.093
C2'	A	0, 0.043, 0.190, 0.336, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.190 std_dev=0.147
C4'	A	0, 0.083, 0.287, 0.491, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.287 std_dev=0.204
C3'	A	0, 0.036, 0.371, 0.705, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.371 std_dev=0.335
C5'	A	0, 0.101, 0.464, 0.827, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.464 std_dev=0.363
C2	B	0, 0.176, 0.685, 1.194, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.685 std_dev=0.509
N1	B	0, 0.174, 0.684, 1.194, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.684 std_dev=0.510
C6	B	0, 0.175, 0.692, 1.208, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.692 std_dev=0.517
O2	B	0, 0.185, 0.703, 1.221, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.703 std_dev=0.518
N3	B	0, 0.145, 0.680, 1.214, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.680 std_dev=0.535
C5	B	0, 0.139, 0.689, 1.240, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.689 std_dev=0.551
C1'	B	0, 0.138, 0.697, 1.256, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.697 std_dev=0.559
C4	B	0, 0.113, 0.678, 1.242, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.678 std_dev=0.565
O2'	A	0, -0.073, 0.492, 1.057, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.492 std_dev=0.565
O4'	B	0, 0.145, 0.713, 1.281, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.713 std_dev=0.568
P	A	0, 0.135, 0.724, 1.313, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.724 std_dev=0.589
O5'	A	0, 0.020, 0.619, 1.218, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.619 std_dev=0.599
C4'	B	0, 0.123, 0.737, 1.351, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.737 std_dev=0.614
C3'	B	0, 0.078, 0.697, 1.317, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.697 std_dev=0.619
N4	B	0, 0.035, 0.677, 1.319, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.677 std_dev=0.642
C2'	B	0, -0.032, 0.639, 1.310, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.639 std_dev=0.671
O3'	B	0, 0.108, 0.818, 1.528, 2.127 max_d=2.127 avg_d=0.818 std_dev=0.710
C5'	B	0, 0.085, 0.797, 1.510, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.797 std_dev=0.713
OP1	A	0, 0.211, 0.931, 1.651, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.931 std_dev=0.720
OP2	B	0, -0.014, 0.720, 1.455, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.720 std_dev=0.735
OP1	B	0, 0.062, 0.798, 1.534, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.798 std_dev=0.736
P	B	0, 0.006, 0.742, 1.479, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.742 std_dev=0.737
O3'	A	0, -0.010, 0.747, 1.505, 2.179 max_d=2.179 avg_d=0.747 std_dev=0.758
O2'	B	0, 0.020, 0.804, 1.588, 2.283 max_d=2.283 avg_d=0.804 std_dev=0.784
O5'	B	0, -0.044, 0.832, 1.707, 2.326 max_d=2.326 avg_d=0.832 std_dev=0.875
OP2	A	0, -0.205, 1.110, 2.424, 3.649 max_d=3.649 avg_d=1.110 std_dev=1.314

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.16	0.00	0.04	0.57	0.18	0.15
C2	0.01	0.00	0.09	0.06	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.32	0.31	0.09	0.25	0.73	0.73	0.11
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.07	0.01	0.08	0.08	0.09	0.07	0.10	0.08	0.10	0.08	0.05	0.00	0.07	0.00	0.21	0.38	0.10	0.27
C3'	0.02	0.06	0.00	0.00	0.10	0.01	0.16	0.01	0.14	0.25	0.09	0.06	0.18	0.24	0.13	0.02	0.01	0.02	0.05	0.16	0.03	0.04
C4	0.00	0.00	0.07	0.10	0.00	0.05	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.26	0.15	0.06	0.22	0.73	0.63	0.12
C4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.05	0.00	0.09	0.00	0.09	0.11	0.06	0.04	0.11	0.12	0.05	0.18	0.07	0.00	0.01	0.18	0.12	0.04
C5	0.00	0.00	0.08	0.16	0.00	0.09	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.29	0.09	0.05	0.30	0.77	0.82	0.18
C5'	0.03	0.11	0.08	0.01	0.09	0.00	0.14	0.00	0.16	0.14	0.14	0.08	0.19	0.17	0.08	0.10	0.19	0.01	0.01	0.04	0.26	0.03
C6	0.00	0.00	0.09	0.14	0.00	0.09	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.33	0.12	0.07	0.33	0.77	0.93	0.20
C8	0.01	0.00	0.07	0.25	0.00	0.11	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.20	0.02	0.24	0.76	0.59	0.22
N1	0.01	0.00	0.10	0.09	0.00	0.06	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.35	0.22	0.09	0.31	0.76	0.88	0.16
N3	0.01	0.00	0.08	0.06	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.27	0.31	0.09	0.19	0.70	0.59	0.08
N6	0.01	0.00	0.10	0.18	0.00	0.11	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.34	0.10	0.07	0.38	0.77	1.06	0.25
N7	0.01	0.00	0.08	0.24	0.00	0.12	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.24	0.18	0.02	0.31	0.78	0.83	0.23
N9	0.00	0.00	0.05	0.13	0.00	0.05	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.06	0.02	0.17	0.70	0.46	0.14
O2'	0.01	0.32	0.00	0.02	0.26	0.18	0.29	0.10	0.33	0.17	0.35	0.27	0.34	0.24	0.17	0.00	0.18	0.14	0.12	0.29	0.06	0.19
O3'	0.16	0.31	0.07	0.01	0.15	0.07	0.09	0.19	0.12	0.20	0.22	0.31	0.10	0.18	0.06	0.18	0.00	0.07	0.12	0.55	0.14	0.27
O4'	0.00	0.09	0.00	0.02	0.06	0.00	0.05	0.01	0.07	0.02	0.09	0.09	0.07	0.02	0.02	0.14	0.07	0.00	0.06	0.57	0.10	0.11
O5'	0.04	0.25	0.21	0.05	0.22	0.01	0.30	0.01	0.33	0.24	0.31	0.19	0.38	0.31	0.17	0.12	0.12	0.06	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.57	0.73	0.38	0.16	0.73	0.18	0.77	0.04	0.77	0.76	0.76	0.70	0.77	0.78	0.70	0.29	0.55	0.57	0.02	0.00	0.00	0.00
OP2	0.18	0.73	0.10	0.03	0.63	0.12	0.82	0.26	0.93	0.59	0.88	0.59	1.06	0.83	0.46	0.06	0.14	0.10	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.15	0.11	0.27	0.04	0.12	0.04	0.18	0.03	0.20	0.22	0.16	0.08	0.25	0.23	0.14	0.19	0.27	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.25	0.07	0.20	0.21	0.16	0.08	0.21	0.08	0.13	0.31	0.29	0.31	0.08	0.26	0.10	0.87	0.73	0.76	0.77
C2	0.07	0.12	0.07	0.12	0.12	0.10	0.24	0.08	0.19	0.08	0.13	0.18	0.21	0.05	0.14	0.10	0.85	0.74	0.70	0.72
C2'	0.15	0.32	0.07	0.18	0.37	0.13	0.18	0.18	0.12	0.19	0.41	0.50	0.35	0.10	0.26	0.10	0.81	0.72	0.75	0.76
C3'	0.49	0.59	0.35	0.18	0.58	0.28	0.47	0.19	0.44	0.51	0.63	0.61	0.62	0.44	0.11	0.41	0.41	0.33	0.35	0.36
C4	0.08	0.18	0.09	0.18	0.11	0.14	0.16	0.14	0.14	0.09	0.23	0.14	0.26	0.06	0.24	0.10	0.89	0.78	0.79	0.79
C4'	0.28	0.38	0.17	0.07	0.33	0.08	0.20	0.11	0.20	0.29	0.41	0.36	0.43	0.27	0.11	0.17	0.60	0.45	0.49	0.50
C5	0.09	0.18	0.12	0.21	0.12	0.16	0.16	0.15	0.15	0.10	0.21	0.15	0.25	0.10	0.27	0.11	0.88	0.79	0.80	0.79
C5'	0.29	0.34	0.18	0.06	0.30	0.10	0.21	0.08	0.21	0.28	0.35	0.31	0.38	0.28	0.08	0.19	0.50	0.31	0.37	0.38
C6	0.10	0.15	0.13	0.19	0.12	0.15	0.20	0.14	0.17	0.11	0.17	0.12	0.23	0.11	0.24	0.12	0.86	0.78	0.77	0.77
C8	0.10	0.22	0.12	0.24	0.18	0.18	0.11	0.19	0.11	0.12	0.27	0.25	0.28	0.09	0.32	0.11	0.89	0.80	0.83	0.82
N1	0.09	0.13	0.11	0.15	0.13	0.12	0.23	0.11	0.19	0.10	0.13	0.16	0.21	0.09	0.18	0.11	0.84	0.75	0.72	0.73
N3	0.05	0.16	0.06	0.13	0.07	0.11	0.21	0.10	0.16	0.06	0.19	0.09	0.25	0.03	0.17	0.10	0.88	0.75	0.74	0.75
N6	0.12	0.15	0.16	0.22	0.13	0.17	0.20	0.16	0.19	0.13	0.17	0.13	0.22	0.15	0.27	0.13	0.86	0.79	0.77	0.77
N7	0.11	0.20	0.14	0.24	0.16	0.18	0.13	0.18	0.14	0.12	0.24	0.20	0.27	0.11	0.32	0.12	0.89	0.81	0.82	0.81
N9	0.10	0.22	0.09	0.21	0.17	0.16	0.11	0.18	0.11	0.11	0.27	0.24	0.29	0.07	0.28	0.10	0.89	0.78	0.81	0.80
O2'	0.15	0.40	0.07	0.13	0.54	0.13	0.30	0.19	0.15	0.23	0.54	0.74	0.41	0.10	0.19	0.09	0.85	0.77	0.74	0.82
O3'	0.99	1.09	0.82	0.61	1.06	0.70	0.97	0.54	0.95	1.02	1.10	1.04	1.11	0.92	0.51	0.87	0.24	0.20	0.17	0.21
O4'	0.11	0.21	0.05	0.18	0.14	0.15	0.06	0.23	0.07	0.11	0.24	0.18	0.27	0.10	0.24	0.09	0.81	0.64	0.68	0.69
O5'	0.32	0.34	0.21	0.12	0.31	0.21	0.27	0.19	0.27	0.31	0.34	0.32	0.36	0.29	0.09	0.28	0.39	0.20	0.27	0.27
OP1	0.54	0.77	0.45	0.23	0.75	0.24	0.54	0.13	0.48	0.60	0.85	0.85	0.84	0.52	0.15	0.37	0.50	0.50	0.47	0.50
OP2	0.25	0.19	0.14	0.16	0.15	0.20	0.15	0.20	0.18	0.20	0.17	0.15	0.21	0.21	0.20	0.26	0.41	0.19	0.32	0.25
P	0.34	0.40	0.24	0.14	0.38	0.22	0.31	0.18	0.30	0.34	0.41	0.40	0.42	0.32	0.10	0.28	0.39	0.21	0.28	0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.02	0.04	0.03	0.01	0.00	0.22	0.17	0.20	0.03
C2	0.02	0.00	0.05	0.10	0.00	0.07	0.00	0.16	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.05	0.09	0.02	0.40	0.25	0.08	0.14
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.03	0.01	0.07	0.02	0.08	0.01	0.03	0.03	0.12	0.00	0.01	0.01	0.26	0.37	0.05	0.14
C3'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.05	0.01	0.07	0.02	0.09	0.03	0.09	0.05	0.16	0.02	0.01	0.01	0.31	0.50	0.04	0.25
C4	0.01	0.00	0.03	0.05	0.00	0.09	0.00	0.21	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.05	0.04	0.03	0.50	0.28	0.12	0.24
C4'	0.00	0.07	0.01	0.01	0.09	0.00	0.08	0.01	0.06	0.05	0.08	0.09	0.06	0.02	0.04	0.00	0.02	0.18	0.31	0.07
C5	0.01	0.00	0.07	0.07	0.00	0.08	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.09	0.06	0.52	0.28	0.10	0.25
C5'	0.04	0.16	0.02	0.02	0.21	0.01	0.19	0.00	0.14	0.12	0.20	0.23	0.14	0.03	0.03	0.01	0.01	0.26	0.39	0.01
C6	0.01	0.01	0.08	0.09	0.00	0.06	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.10	0.06	0.48	0.25	0.07	0.17
N1	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.05	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.38	0.23	0.11	0.11
N3	0.02	0.00	0.03	0.09	0.00	0.08	0.00	0.20	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.07	0.02	0.46	0.27	0.08	0.20
N4	0.02	0.01	0.03	0.05	0.00	0.09	0.01	0.23	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.05	0.04	0.52	0.28	0.17	0.27
O2	0.04	0.00	0.12	0.16	0.01	0.06	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.09	0.16	0.05	0.33	0.24	0.09	0.11
O2'	0.03	0.05	0.00	0.02	0.05	0.02	0.04	0.03	0.03	0.03	0.05	0.06	0.09	0.00	0.03	0.06	0.04	0.20	0.17	0.05
O3'	0.01	0.09	0.01	0.01	0.04	0.04	0.09	0.03	0.10	0.01	0.07	0.05	0.16	0.03	0.00	0.03	0.17	0.55	0.08	0.24
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.03	0.00	0.06	0.01	0.06	0.02	0.02	0.04	0.05	0.06	0.03	0.00	0.06	0.04	0.36	0.16
O5'	0.22	0.40	0.26	0.31	0.50	0.02	0.52	0.01	0.48	0.38	0.46	0.52	0.33	0.04	0.17	0.06	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.17	0.25	0.37	0.50	0.28	0.18	0.28	0.26	0.25	0.23	0.27	0.28	0.24	0.20	0.55	0.04	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.20	0.08	0.05	0.04	0.12	0.31	0.10	0.39	0.07	0.11	0.08	0.17	0.09	0.17	0.08	0.36	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.03	0.14	0.14	0.25	0.24	0.07	0.25	0.01	0.17	0.11	0.20	0.27	0.11	0.05	0.24	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00