ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52540

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O2' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O5' B 0, 0.000, 0.136, 0.271, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C5' B 0, 0.000, 0.140, 0.280, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.140 std_dev=0.140
O4' A 0, 0.000, 0.156, 0.313, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C3' A 0, 0.000, 0.170, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C4' B 0, 0.000, 0.194, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.194 std_dev=0.194
O3' A 0, 0.000, 0.194, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.194 std_dev=0.194
O4' B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C4' A 0, 0.000, 0.232, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.232 std_dev=0.232
P B 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
O3' B 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C6 B 0, 0.000, 0.303, 0.605, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.303 std_dev=0.303
C3' B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
N1 B 0, 0.000, 0.322, 0.644, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.322 std_dev=0.322
C5 B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C5' A 0, 0.000, 0.368, 0.737, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.368 std_dev=0.368
C4 B 0, 0.000, 0.371, 0.742, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.371 std_dev=0.371
C2 B 0, 0.000, 0.384, 0.768, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.384 std_dev=0.384
N4 B 0, 0.000, 0.389, 0.779, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.389 std_dev=0.389
OP1 B 0, 0.000, 0.397, 0.794, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.397
N3 B 0, 0.000, 0.400, 0.801, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.400 std_dev=0.400
OP2 B 0, 0.000, 0.415, 0.831, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.415 std_dev=0.415
O2 B 0, 0.000, 0.416, 0.832, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.416 std_dev=0.416
C2' B 0, 0.000, 0.417, 0.834, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.417 std_dev=0.417
P A 0, 0.000, 0.427, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.427 std_dev=0.427
O5' A 0, 0.000, 0.546, 1.091, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.546 std_dev=0.546
OP1 A 0, 0.000, 0.555, 1.111, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.555 std_dev=0.555
O2' B 0, 0.000, 0.628, 1.257, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.628 std_dev=0.628
OP2 A 0, 0.000, 0.666, 1.332, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.666 std_dev=0.666

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.14 0.01 0.39 0.11
C2 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.22 0.07 0.38 0.12
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.22 0.16 0.27 0.02
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.26 0.25 0.17 0.11
C4 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.24 0.06 0.38 0.11
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.35 0.07
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.11 0.35 0.10
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.06 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.28 0.02
C6 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.26 0.13 0.34 0.11
C8 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.31 0.06 0.35 0.06
N1 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.24 0.11 0.36 0.12
N3 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.20 0.04 0.39 0.12
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.26 0.18 0.30 0.11
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.30 0.11 0.31 0.07
N9 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.25 0.02 0.38 0.09
O2' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.11 0.14 0.30 0.03
O3' 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.15 0.28 0.15 0.10
O4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.46 0.19
O5' 0.14 0.22 0.22 0.26 0.24 0.01 0.27 0.01 0.26 0.31 0.24 0.20 0.26 0.30 0.25 0.11 0.15 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.01 0.07 0.16 0.25 0.06 0.08 0.11 0.09 0.13 0.06 0.11 0.04 0.18 0.11 0.02 0.14 0.28 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.39 0.38 0.27 0.17 0.38 0.35 0.35 0.28 0.34 0.35 0.36 0.39 0.30 0.31 0.38 0.30 0.15 0.46 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.12 0.02 0.11 0.11 0.07 0.10 0.02 0.11 0.06 0.12 0.12 0.11 0.07 0.09 0.03 0.10 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.08 0.05 0.04 0.09 0.01 0.07 0.10 0.06 0.07 0.09 0.10 0.08 0.03 0.08 0.05 0.07 0.07 0.02 0.01
C2 0.07 0.09 0.02 0.10 0.07 0.03 0.04 0.05 0.05 0.07 0.09 0.06 0.09 0.07 0.14 0.07 0.04 0.13 0.01 0.03
C2' 0.03 0.02 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.01 0.02
C3' 0.06 0.06 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.04 0.09 0.05 0.03 0.03 0.00
C4 0.06 0.08 0.05 0.06 0.08 0.00 0.05 0.08 0.05 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.06 0.06 0.09 0.02 0.01
C4' 0.17 0.20 0.05 0.08 0.20 0.05 0.20 0.06 0.19 0.19 0.20 0.19 0.20 0.11 0.10 0.17 0.02 0.07 0.06 0.03
C5 0.06 0.08 0.05 0.05 0.09 0.00 0.06 0.09 0.05 0.07 0.10 0.10 0.09 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.01 0.00
C5' 0.22 0.25 0.08 0.08 0.25 0.08 0.24 0.04 0.23 0.23 0.25 0.24 0.24 0.17 0.09 0.21 0.00 0.05 0.10 0.04
C6 0.07 0.09 0.04 0.06 0.09 0.01 0.06 0.08 0.05 0.07 0.10 0.10 0.09 0.07 0.10 0.06 0.06 0.08 0.00 0.00
C8 0.05 0.08 0.06 0.02 0.09 0.02 0.07 0.10 0.06 0.06 0.09 0.10 0.08 0.05 0.06 0.05 0.07 0.02 0.04 0.00
N1 0.07 0.09 0.02 0.09 0.08 0.03 0.05 0.06 0.05 0.07 0.10 0.08 0.10 0.07 0.13 0.07 0.05 0.11 0.00 0.02
N3 0.06 0.08 0.03 0.09 0.07 0.03 0.04 0.06 0.04 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.13 0.06 0.05 0.13 0.01 0.03
N6 0.07 0.09 0.04 0.05 0.09 0.00 0.06 0.09 0.06 0.07 0.11 0.10 0.10 0.07 0.09 0.06 0.07 0.05 0.00 0.01
N7 0.06 0.08 0.06 0.03 0.09 0.01 0.07 0.10 0.06 0.07 0.10 0.11 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01
N9 0.05 0.08 0.05 0.04 0.08 0.01 0.06 0.09 0.05 0.06 0.08 0.09 0.07 0.05 0.08 0.05 0.07 0.07 0.03 0.01
O2' 0.02 0.03 0.12 0.01 0.08 0.03 0.11 0.08 0.08 0.04 0.05 0.08 0.02 0.12 0.08 0.00 0.07 0.05 0.04 0.01
O3' 0.09 0.09 0.04 0.02 0.07 0.03 0.07 0.01 0.08 0.09 0.08 0.06 0.09 0.01 0.07 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01
O4' 0.14 0.19 0.03 0.07 0.21 0.02 0.20 0.09 0.16 0.16 0.21 0.22 0.18 0.07 0.10 0.12 0.06 0.07 0.04 0.01
O5' 0.03 0.05 0.09 0.04 0.13 0.12 0.11 0.19 0.05 0.02 0.10 0.18 0.04 0.03 0.00 0.06 0.07 0.11 0.15 0.03
OP1 0.24 0.20 0.17 0.23 0.17 0.21 0.20 0.17 0.22 0.22 0.18 0.14 0.20 0.27 0.28 0.26 0.22 0.19 0.52 0.32
OP2 0.24 0.27 0.34 0.24 0.28 0.25 0.27 0.29 0.25 0.26 0.28 0.29 0.28 0.27 0.18 0.21 0.26 0.21 0.05 0.14
P 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.27 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.23 0.01 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.26 0.02 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.09 0.02 0.11 0.02 0.10 0.06 0.07 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.16 0.04
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.17 0.03
C4 0.00 0.00 0.09 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.01 0.01 0.07 0.25 0.01 0.06
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.12 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.01
C5 0.00 0.00 0.11 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.00 0.02 0.08 0.25 0.00 0.06
C5' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.08 0.02 0.10 0.08 0.01 0.00 0.06 0.04 0.04
C6 0.00 0.00 0.10 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02 0.06 0.26 0.00 0.07
N1 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.25 0.01 0.08
N3 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.01 0.01 0.05 0.26 0.02 0.07
N4 0.01 0.00 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.02 0.02 0.07 0.24 0.01 0.05
O2 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.02 0.00 0.01 0.26 0.03 0.08
O2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.15 0.12 0.12 0.10 0.08 0.08 0.16 0.16 0.12 0.00 0.04 0.08 0.02 0.20 0.06 0.05
O3' 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.07 0.14 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.05 0.23 0.05 0.12
O5' 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.00 0.06 0.02 0.05 0.07 0.01 0.02 0.07 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.23 0.26 0.10 0.07 0.25 0.07 0.25 0.06 0.26 0.25 0.26 0.24 0.26 0.20 0.07 0.23 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.16 0.17 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.14 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.08 0.04 0.03 0.06 0.01 0.06 0.04 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00