ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52544

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 2, 5, 10, 6, 6, 5, 3, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.002, 0.019, 0.037, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.036, 0.100, 0.164, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.100 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.036, 0.108, 0.180, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.108 std_dev=0.072
O2' A 0, 0.034, 0.124, 0.213, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.124 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.072, 0.177, 0.281, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.177 std_dev=0.104
C3' A 0, 0.077, 0.181, 0.286, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.181 std_dev=0.105
O5' A 0, 0.134, 0.275, 0.415, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.275 std_dev=0.140
O3' A 0, 0.135, 0.285, 0.436, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.285 std_dev=0.151
C5' A 0, 0.123, 0.290, 0.457, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.290 std_dev=0.167
N6 B 0, 0.175, 0.343, 0.511, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.343 std_dev=0.168
C6 B 0, 0.188, 0.365, 0.542, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.365 std_dev=0.177
P A 0, 0.157, 0.363, 0.570, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.363 std_dev=0.206
C5 B 0, 0.149, 0.375, 0.600, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.375 std_dev=0.225
N1 B 0, 0.219, 0.447, 0.675, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.447 std_dev=0.228
N3 B 0, 0.233, 0.463, 0.693, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.463 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.171, 0.410, 0.649, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.410 std_dev=0.239
OP1 A 0, 0.207, 0.452, 0.696, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.452 std_dev=0.244
OP2 A 0, 0.146, 0.394, 0.642, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.394 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.235, 0.490, 0.745, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.490 std_dev=0.255
N7 B 0, 0.179, 0.462, 0.745, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.462 std_dev=0.283
N9 B 0, 0.196, 0.484, 0.772, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.484 std_dev=0.288
C1' B 0, 0.225, 0.549, 0.873, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.549 std_dev=0.324
C8 B 0, 0.189, 0.528, 0.867, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.528 std_dev=0.339
O2' B 0, 0.282, 0.823, 1.365, 2.280 max_d=2.280 avg_d=0.823 std_dev=0.541
C2' B 0, 0.218, 0.818, 1.418, 2.474 max_d=2.474 avg_d=0.818 std_dev=0.600
O4' B 0, 0.086, 0.859, 1.631, 2.493 max_d=2.493 avg_d=0.859 std_dev=0.772
C4' B 0, 0.010, 1.073, 2.135, 3.595 max_d=3.595 avg_d=1.073 std_dev=1.062
C3' B 0, 0.029, 1.093, 2.156, 3.864 max_d=3.864 avg_d=1.093 std_dev=1.064
O3' B 0, -0.058, 1.330, 2.718, 5.001 max_d=5.001 avg_d=1.330 std_dev=1.388
C5' B 0, -0.368, 1.446, 3.260, 5.630 max_d=5.630 avg_d=1.446 std_dev=1.814
O5' B 0, -0.813, 1.757, 4.327, 7.512 max_d=7.512 avg_d=1.757 std_dev=2.570
P B 0, -1.316, 2.310, 5.935, 10.224 max_d=10.224 avg_d=2.310 std_dev=3.626
OP2 B 0, -1.300, 2.490, 6.279, 10.776 max_d=10.776 avg_d=2.490 std_dev=3.789
OP1 B 0, -1.519, 2.587, 6.694, 11.537 max_d=11.537 avg_d=2.587 std_dev=4.106

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.06 0.06
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.09 0.09 0.14 0.12
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.12 0.08 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.15 0.11 0.09
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.09 0.09 0.12 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.03 0.07 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.13 0.13 0.17 0.16
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.11 0.08 0.05 0.12 0.12 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.08 0.03 0.13 0.14 0.19 0.17
C8 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.09 0.05 0.13 0.13 0.14 0.15
N1 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.12 0.12 0.17 0.15
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.08 0.08 0.12 0.10
N6 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.04 0.16 0.18 0.23 0.20
N7 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.15 0.17 0.19 0.18
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.08 0.10 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.11 0.07 0.05
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.05 0.04 0.00 0.02 0.08 0.23 0.17 0.15
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.06 0.09 0.09
O5' 0.05 0.09 0.04 0.06 0.09 0.02 0.13 0.01 0.13 0.13 0.12 0.08 0.16 0.15 0.08 0.03 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.12 0.15 0.09 0.07 0.13 0.04 0.14 0.13 0.12 0.08 0.18 0.17 0.08 0.11 0.23 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.14 0.08 0.11 0.12 0.03 0.17 0.01 0.19 0.14 0.17 0.12 0.23 0.19 0.10 0.07 0.17 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.06 0.09 0.11 0.02 0.16 0.02 0.17 0.15 0.15 0.10 0.20 0.18 0.10 0.05 0.15 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.13 0.28 0.37 0.12 0.21 0.13 0.25 0.12 0.17 0.13 0.11 0.15 0.18 0.13 0.19 0.43 0.11 0.44 1.04 0.51 0.73
C2 0.13 0.21 0.13 0.22 0.15 0.21 0.14 0.36 0.18 0.15 0.22 0.18 0.18 0.15 0.13 0.17 0.24 0.14 1.06 1.57 1.50 1.54
C2' 0.10 0.16 0.35 0.37 0.14 0.10 0.16 0.14 0.18 0.15 0.17 0.15 0.20 0.18 0.12 0.27 0.46 0.12 0.74 1.47 0.78 1.07
C3' 0.08 0.14 0.41 0.49 0.12 0.12 0.14 0.13 0.15 0.15 0.15 0.12 0.19 0.18 0.11 0.30 0.62 0.15 0.67 1.52 0.62 0.98
C4 0.11 0.16 0.17 0.13 0.13 0.10 0.13 0.17 0.16 0.11 0.17 0.14 0.17 0.12 0.11 0.18 0.16 0.10 0.81 1.41 1.08 1.22
C4' 0.10 0.13 0.39 0.59 0.09 0.29 0.11 0.39 0.10 0.20 0.13 0.11 0.14 0.21 0.12 0.22 0.72 0.11 0.25 0.95 0.24 0.43
C5 0.11 0.17 0.18 0.13 0.13 0.10 0.13 0.19 0.16 0.11 0.18 0.15 0.17 0.11 0.11 0.18 0.15 0.10 0.85 1.51 1.16 1.30
C5' 0.10 0.14 0.41 0.64 0.09 0.32 0.12 0.44 0.11 0.21 0.13 0.11 0.14 0.21 0.12 0.23 0.80 0.11 0.18 0.88 0.26 0.32
C6 0.12 0.19 0.14 0.13 0.14 0.15 0.13 0.29 0.17 0.12 0.20 0.16 0.17 0.12 0.12 0.18 0.13 0.12 1.00 1.64 1.42 1.50
C8 0.11 0.13 0.28 0.32 0.13 0.17 0.14 0.18 0.14 0.15 0.14 0.12 0.16 0.15 0.13 0.22 0.39 0.10 0.58 1.28 0.73 0.93
N1 0.13 0.21 0.14 0.22 0.15 0.22 0.14 0.38 0.17 0.14 0.22 0.18 0.17 0.14 0.13 0.17 0.24 0.14 1.10 1.67 1.58 1.61
N3 0.12 0.19 0.13 0.12 0.14 0.14 0.13 0.25 0.17 0.12 0.20 0.16 0.19 0.12 0.12 0.16 0.12 0.12 0.92 1.43 1.24 1.34
N6 0.12 0.19 0.14 0.14 0.14 0.16 0.13 0.31 0.16 0.12 0.20 0.16 0.17 0.12 0.12 0.18 0.14 0.12 1.03 1.71 1.48 1.55
N7 0.11 0.15 0.23 0.23 0.13 0.12 0.13 0.14 0.15 0.12 0.16 0.14 0.16 0.13 0.12 0.21 0.28 0.09 0.72 1.43 0.95 1.13
N9 0.11 0.14 0.25 0.27 0.12 0.14 0.13 0.15 0.14 0.14 0.15 0.13 0.16 0.15 0.12 0.20 0.33 0.10 0.61 1.25 0.77 0.96
O2' 0.09 0.17 0.34 0.41 0.12 0.15 0.13 0.18 0.15 0.15 0.17 0.14 0.17 0.17 0.11 0.24 0.50 0.11 0.61 1.24 0.59 0.87
O3' 0.09 0.16 0.49 0.56 0.14 0.08 0.16 0.15 0.18 0.16 0.17 0.14 0.21 0.20 0.12 0.36 0.74 0.24 0.79 1.76 0.66 1.09
O4' 0.14 0.14 0.32 0.51 0.13 0.33 0.14 0.44 0.12 0.22 0.14 0.13 0.13 0.23 0.16 0.20 0.59 0.17 0.20 0.78 0.24 0.39
O5' 0.09 0.12 0.39 0.55 0.11 0.24 0.14 0.30 0.14 0.18 0.13 0.10 0.18 0.19 0.12 0.24 0.69 0.11 0.36 1.16 0.31 0.59
OP1 0.18 0.14 0.38 0.57 0.13 0.23 0.14 0.29 0.13 0.18 0.13 0.14 0.16 0.19 0.15 0.23 0.76 0.25 0.41 1.31 0.36 0.62
OP2 0.10 0.14 0.36 0.47 0.11 0.18 0.14 0.22 0.16 0.15 0.16 0.11 0.21 0.17 0.11 0.24 0.61 0.15 0.54 1.45 0.57 0.85
P 0.11 0.12 0.39 0.56 0.11 0.24 0.14 0.31 0.14 0.18 0.13 0.10 0.19 0.20 0.12 0.24 0.72 0.13 0.34 1.18 0.33 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.22 0.26 0.21
C2 0.03 0.00 0.32 0.28 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.38 0.25 0.14 0.22 0.43 0.26
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.17 0.01 0.07 0.01 0.14 0.18 0.25 0.32 0.09 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.22 0.35 0.28
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.17 0.00 0.13 0.01 0.19 0.10 0.25 0.26 0.16 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.33 0.30 0.40 0.34
C4 0.01 0.01 0.17 0.17 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.20 0.13 0.37 0.35 0.54 0.48
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.03 0.12 0.04 0.08 0.05 0.11 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.17 0.16 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.15 0.05 0.60 0.70 0.79 0.79
C5' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.08 0.24 0.07 0.12 0.12 0.23 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.23 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.19 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.23 0.10 0.53 0.61 0.80 0.75
C8 0.02 0.01 0.18 0.10 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.13 0.16 0.86 1.02 0.83 0.99
N1 0.03 0.00 0.25 0.25 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.34 0.19 0.31 0.30 0.62 0.49
N3 0.04 0.00 0.32 0.26 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.33 0.25 0.11 0.24 0.36 0.19
N6 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.20 0.06 0.65 0.85 0.95 0.94
N7 0.01 0.01 0.11 0.06 0.01 0.11 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.08 0.09 0.87 1.12 0.97 1.10
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.48 0.49 0.53 0.55
O2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.11 0.04 0.03 0.04 0.09 0.16 0.19 0.26 0.05 0.11 0.02 0.00 0.02 0.04 0.09 0.27 0.23 0.08
O3' 0.01 0.38 0.01 0.00 0.20 0.02 0.15 0.02 0.23 0.13 0.34 0.33 0.20 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.24 0.23 0.33 0.23
O4' 0.00 0.25 0.01 0.01 0.13 0.00 0.05 0.01 0.10 0.16 0.19 0.25 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.21 0.15 0.08
O5' 0.21 0.14 0.27 0.33 0.37 0.01 0.60 0.01 0.53 0.86 0.31 0.11 0.65 0.87 0.48 0.09 0.24 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.22 0.22 0.22 0.30 0.35 0.17 0.70 0.23 0.61 1.02 0.30 0.24 0.85 1.12 0.49 0.27 0.23 0.21 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.43 0.35 0.40 0.54 0.16 0.79 0.10 0.80 0.83 0.62 0.36 0.95 0.97 0.53 0.23 0.33 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.26 0.28 0.34 0.48 0.07 0.79 0.01 0.75 0.99 0.49 0.19 0.94 1.10 0.55 0.08 0.23 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00