Doublet Group distance statistics: 52546

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5	A	0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.015, 0.032, 0.048, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C8	A	0, 0.019, 0.040, 0.062, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.040 std_dev=0.021
N3	A	0, 0.018, 0.042, 0.065, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.042 std_dev=0.024
N1	A	0, 0.014, 0.039, 0.064, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.039 std_dev=0.025
N9	A	0, 0.019, 0.045, 0.071, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.045 std_dev=0.026
C2	A	0, 0.014, 0.041, 0.068, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.041 std_dev=0.027
C1'	A	0, 0.023, 0.055, 0.087, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.055 std_dev=0.032
N6	A	0, 0.008, 0.053, 0.097, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.053 std_dev=0.044
O4'	A	0, 0.147, 0.298, 0.448, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.298 std_dev=0.150
C3'	A	0, 0.210, 0.409, 0.609, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.409 std_dev=0.199
C4'	A	0, 0.163, 0.374, 0.586, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.374 std_dev=0.211
C8	B	0, 0.342, 0.629, 0.915, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.629 std_dev=0.286
P	B	0, 0.507, 0.795, 1.084, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.795 std_dev=0.288
N7	B	0, 0.327, 0.621, 0.916, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.621 std_dev=0.294
N9	B	0, 0.445, 0.753, 1.061, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.753 std_dev=0.308
C2'	A	0, 0.103, 0.424, 0.744, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.424 std_dev=0.321
C4'	B	0, 0.533, 0.854, 1.175, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.854 std_dev=0.321
C5	B	0, 0.406, 0.737, 1.067, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.737 std_dev=0.331
C5'	B	0, 0.521, 0.853, 1.186, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.853 std_dev=0.333
C4	B	0, 0.515, 0.848, 1.181, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.848 std_dev=0.333
O4'	B	0, 0.496, 0.837, 1.178, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.837 std_dev=0.341
C2'	B	0, 0.503, 0.846, 1.189, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.846 std_dev=0.343
C3'	B	0, 0.480, 0.826, 1.172, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.826 std_dev=0.346
C1'	B	0, 0.484, 0.833, 1.182, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.833 std_dev=0.349
O3'	A	0, 0.507, 0.874, 1.241, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.874 std_dev=0.367
O3'	B	0, 0.565, 0.947, 1.328, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.947 std_dev=0.382
O2'	B	0, 0.526, 0.910, 1.293, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.910 std_dev=0.383
C6	B	0, 0.436, 0.824, 1.212, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.824 std_dev=0.388
N3	B	0, 0.652, 1.042, 1.431, 1.262 max_d=1.262 avg_d=1.042 std_dev=0.389
O5'	B	0, 0.566, 0.970, 1.373, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.970 std_dev=0.403
N6	B	0, 0.386, 0.802, 1.217, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.802 std_dev=0.415
C2	B	0, 0.676, 1.104, 1.532, 1.419 max_d=1.419 avg_d=1.104 std_dev=0.428
N1	B	0, 0.580, 1.009, 1.438, 1.449 max_d=1.449 avg_d=1.009 std_dev=0.429
OP1	B	0, 0.617, 1.099, 1.581, 1.553 max_d=1.553 avg_d=1.099 std_dev=0.482
C5'	A	0, 0.050, 0.556, 1.061, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.556 std_dev=0.506
O2'	A	0, 0.409, 0.994, 1.578, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.994 std_dev=0.585
OP2	B	0, 0.652, 1.268, 1.884, 2.067 max_d=2.067 avg_d=1.268 std_dev=0.616
O5'	A	0, -0.008, 0.643, 1.294, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.643 std_dev=0.651
P	A	0, 0.263, 1.370, 2.476, 3.653 max_d=3.653 avg_d=1.370 std_dev=1.106
OP1	A	0, 0.373, 1.624, 2.875, 3.667 max_d=3.667 avg_d=1.624 std_dev=1.251
OP2	A	0, 0.300, 1.655, 3.009, 4.529 max_d=4.529 avg_d=1.655 std_dev=1.354

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.01	0.02	0.03	0.01	0.02	0.08	0.02	0.02	0.04	0.04	0.01	0.02	0.01	0.04	0.16	0.01	0.19	0.20	0.24	0.21
C2	0.05	0.00	0.16	0.10	0.02	0.08	0.02	0.12	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.25	0.17	0.13	0.22	0.25	0.44	0.37
C2'	0.01	0.16	0.00	0.01	0.08	0.02	0.06	0.18	0.07	0.14	0.12	0.17	0.07	0.10	0.03	0.00	0.04	0.02	0.35	0.46	0.48	0.40
C3'	0.02	0.10	0.01	0.00	0.10	0.00	0.13	0.04	0.13	0.16	0.11	0.09	0.14	0.17	0.10	0.03	0.02	0.02	0.16	0.40	0.25	0.24
C4	0.03	0.02	0.08	0.10	0.00	0.06	0.00	0.12	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.16	0.10	0.08	0.23	0.25	0.41	0.35
C4'	0.01	0.08	0.02	0.00	0.06	0.00	0.08	0.01	0.08	0.13	0.09	0.07	0.08	0.12	0.06	0.17	0.04	0.01	0.03	0.14	0.06	0.05
C5	0.02	0.02	0.06	0.13	0.00	0.08	0.00	0.15	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.21	0.07	0.11	0.24	0.33	0.48	0.41
C5'	0.08	0.12	0.18	0.04	0.12	0.01	0.15	0.00	0.15	0.18	0.14	0.11	0.16	0.19	0.12	0.09	0.07	0.03	0.01	0.12	0.04	0.03
C6	0.02	0.01	0.07	0.13	0.01	0.08	0.01	0.15	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.22	0.08	0.11	0.24	0.35	0.51	0.43
C8	0.02	0.03	0.14	0.16	0.01	0.13	0.01	0.18	0.02	0.00	0.03	0.02	0.03	0.01	0.01	0.27	0.09	0.18	0.23	0.30	0.42	0.35
N1	0.04	0.01	0.12	0.11	0.02	0.09	0.02	0.14	0.01	0.03	0.00	0.01	0.03	0.03	0.03	0.21	0.11	0.12	0.23	0.30	0.48	0.40
N3	0.04	0.01	0.17	0.09	0.01	0.07	0.01	0.11	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.26	0.18	0.13	0.22	0.22	0.40	0.34
N6	0.01	0.02	0.07	0.14	0.01	0.08	0.01	0.16	0.01	0.03	0.03	0.01	0.00	0.04	0.02	0.26	0.08	0.11	0.25	0.42	0.57	0.47
N7	0.02	0.03	0.10	0.17	0.01	0.12	0.01	0.19	0.02	0.01	0.03	0.01	0.04	0.00	0.01	0.28	0.10	0.16	0.23	0.37	0.50	0.41
N9	0.01	0.02	0.03	0.10	0.01	0.06	0.01	0.12	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.00	0.13	0.07	0.08	0.22	0.23	0.34	0.31
O2'	0.04	0.25	0.00	0.03	0.16	0.17	0.21	0.09	0.22	0.27	0.21	0.26	0.26	0.28	0.13	0.00	0.09	0.12	0.30	0.48	0.58	0.40
O3'	0.16	0.17	0.04	0.02	0.10	0.04	0.07	0.07	0.08	0.09	0.11	0.18	0.08	0.10	0.07	0.09	0.00	0.16	0.14	0.46	0.25	0.24
O4'	0.01	0.13	0.02	0.02	0.08	0.01	0.11	0.03	0.11	0.18	0.12	0.13	0.11	0.16	0.08	0.12	0.16	0.00	0.14	0.14	0.19	0.20
O5'	0.19	0.22	0.35	0.16	0.23	0.03	0.24	0.01	0.24	0.23	0.23	0.22	0.25	0.23	0.22	0.30	0.14	0.14	0.00	0.02	0.03	0.00
OP1	0.20	0.25	0.46	0.40	0.25	0.14	0.33	0.12	0.35	0.30	0.30	0.22	0.42	0.37	0.23	0.48	0.46	0.14	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.24	0.44	0.48	0.25	0.41	0.06	0.48	0.04	0.51	0.42	0.48	0.40	0.57	0.50	0.34	0.58	0.25	0.19	0.03	0.02	0.00	0.01
P	0.21	0.37	0.40	0.24	0.35	0.05	0.41	0.03	0.43	0.35	0.40	0.34	0.47	0.41	0.31	0.40	0.24	0.20	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.18	0.20	0.27	0.14	0.23	0.16	0.23	0.22	0.17	0.22	0.14	0.29	0.15	0.15	0.20	0.30	0.23	0.16	0.24	0.33	0.05
C2	0.21	0.28	0.28	0.36	0.22	0.26	0.22	0.23	0.25	0.24	0.29	0.24	0.25	0.25	0.22	0.25	0.40	0.21	0.09	0.22	0.48	0.11
C2'	0.28	0.41	0.24	0.23	0.35	0.27	0.42	0.26	0.50	0.31	0.48	0.35	0.58	0.40	0.29	0.22	0.21	0.33	0.23	0.16	0.38	0.13
C3'	0.08	0.26	0.08	0.15	0.18	0.15	0.27	0.19	0.35	0.13	0.33	0.19	0.43	0.26	0.10	0.11	0.19	0.17	0.07	0.14	0.22	0.03
C4	0.15	0.20	0.21	0.31	0.13	0.23	0.13	0.22	0.20	0.18	0.23	0.14	0.25	0.16	0.14	0.19	0.34	0.19	0.12	0.25	0.41	0.07
C4'	0.34	0.22	0.30	0.30	0.25	0.32	0.22	0.28	0.20	0.29	0.20	0.25	0.22	0.23	0.30	0.34	0.29	0.38	0.34	0.46	0.26	0.26
C5	0.15	0.21	0.21	0.31	0.13	0.23	0.14	0.22	0.20	0.18	0.25	0.15	0.25	0.16	0.14	0.19	0.35	0.20	0.15	0.28	0.39	0.08
C5'	0.45	0.25	0.37	0.33	0.30	0.41	0.23	0.35	0.20	0.32	0.21	0.31	0.22	0.23	0.36	0.44	0.30	0.51	0.41	0.62	0.38	0.34
C6	0.17	0.25	0.24	0.33	0.17	0.24	0.18	0.22	0.23	0.20	0.28	0.20	0.25	0.19	0.17	0.21	0.38	0.19	0.13	0.26	0.43	0.08
C8	0.19	0.17	0.19	0.27	0.11	0.25	0.12	0.25	0.19	0.17	0.21	0.12	0.26	0.12	0.15	0.20	0.30	0.26	0.21	0.33	0.29	0.14
N1	0.20	0.29	0.28	0.35	0.21	0.26	0.22	0.23	0.25	0.23	0.30	0.24	0.26	0.23	0.21	0.24	0.40	0.20	0.10	0.23	0.47	0.09
N3	0.19	0.22	0.25	0.33	0.17	0.25	0.17	0.23	0.21	0.22	0.25	0.18	0.24	0.21	0.18	0.22	0.37	0.20	0.09	0.22	0.46	0.10
N6	0.17	0.26	0.24	0.33	0.17	0.24	0.18	0.22	0.23	0.20	0.29	0.20	0.26	0.19	0.17	0.21	0.38	0.19	0.14	0.28	0.42	0.09
N7	0.17	0.18	0.19	0.28	0.10	0.24	0.12	0.24	0.19	0.17	0.22	0.12	0.25	0.13	0.13	0.19	0.32	0.24	0.20	0.33	0.32	0.13
N9	0.16	0.17	0.19	0.28	0.11	0.23	0.12	0.23	0.20	0.16	0.22	0.12	0.27	0.12	0.13	0.19	0.31	0.22	0.16	0.27	0.35	0.08
O2'	0.61	0.73	0.54	0.45	0.70	0.51	0.78	0.46	0.83	0.69	0.79	0.68	0.89	0.78	0.65	0.51	0.38	0.63	0.43	0.31	0.62	0.31
O3'	0.27	0.42	0.24	0.24	0.38	0.23	0.44	0.23	0.47	0.36	0.46	0.38	0.50	0.45	0.32	0.26	0.26	0.25	0.04	0.03	0.04	0.01
O4'	0.33	0.26	0.33	0.36	0.30	0.32	0.28	0.29	0.25	0.34	0.24	0.28	0.23	0.32	0.32	0.35	0.36	0.33	0.28	0.45	0.19	0.17
O5'	0.31	0.23	0.24	0.27	0.19	0.34	0.23	0.34	0.31	0.20	0.30	0.19	0.43	0.20	0.22	0.30	0.28	0.40	0.26	0.45	0.33	0.23
OP1	0.47	0.16	0.46	0.51	0.20	0.59	0.14	0.63	0.22	0.24	0.19	0.22	0.36	0.13	0.32	0.51	0.57	0.60	0.54	0.72	0.75	0.57
OP2	0.21	0.36	0.26	0.36	0.21	0.35	0.33	0.42	0.48	0.13	0.48	0.23	0.64	0.26	0.14	0.26	0.45	0.34	0.35	0.54	0.62	0.40
P	0.35	0.29	0.27	0.31	0.23	0.40	0.28	0.43	0.39	0.21	0.38	0.24	0.53	0.24	0.24	0.34	0.34	0.46	0.32	0.55	0.53	0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.02	0.04	0.05	0.04	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.15	0.31	0.06	0.15
C2	0.05	0.00	0.15	0.20	0.02	0.11	0.02	0.14	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.16	0.26	0.06	0.28	0.41	0.29	0.29
C2'	0.00	0.15	0.00	0.01	0.08	0.03	0.07	0.02	0.09	0.07	0.13	0.15	0.09	0.06	0.04	0.00	0.03	0.02	0.07	0.13	0.11	0.09
C3'	0.01	0.20	0.01	0.00	0.11	0.01	0.08	0.02	0.12	0.08	0.17	0.19	0.11	0.06	0.03	0.03	0.01	0.02	0.14	0.10	0.17	0.14
C4	0.02	0.02	0.08	0.11	0.00	0.06	0.01	0.10	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.08	0.14	0.04	0.26	0.41	0.21	0.27
C4'	0.01	0.11	0.03	0.01	0.06	0.00	0.07	0.01	0.08	0.06	0.10	0.09	0.10	0.07	0.02	0.11	0.01	0.01	0.03	0.09	0.15	0.04
C5	0.03	0.02	0.07	0.08	0.01	0.07	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.07	0.11	0.06	0.30	0.46	0.30	0.32
C5'	0.02	0.14	0.02	0.02	0.10	0.01	0.11	0.00	0.14	0.09	0.15	0.12	0.16	0.11	0.05	0.11	0.02	0.02	0.01	0.12	0.25	0.03
C6	0.03	0.02	0.09	0.12	0.01	0.08	0.01	0.14	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.11	0.16	0.06	0.31	0.47	0.36	0.35
C8	0.02	0.02	0.07	0.08	0.00	0.06	0.01	0.09	0.02	0.00	0.02	0.02	0.04	0.01	0.01	0.03	0.08	0.06	0.30	0.44	0.21	0.30
N1	0.04	0.01	0.13	0.17	0.02	0.10	0.01	0.15	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.01	0.03	0.14	0.23	0.06	0.30	0.45	0.35	0.33
N3	0.05	0.01	0.15	0.19	0.01	0.09	0.02	0.12	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.14	0.23	0.05	0.25	0.38	0.22	0.26
N6	0.04	0.02	0.09	0.11	0.02	0.10	0.02	0.16	0.01	0.04	0.03	0.02	0.00	0.04	0.03	0.10	0.15	0.08	0.33	0.50	0.42	0.38
N7	0.02	0.02	0.06	0.06	0.01	0.07	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.01	0.04	0.06	0.07	0.32	0.48	0.31	0.35
N9	0.01	0.03	0.04	0.03	0.01	0.02	0.02	0.05	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.01	0.00	0.03	0.04	0.04	0.23	0.38	0.13	0.23
O2'	0.02	0.16	0.00	0.03	0.08	0.11	0.07	0.11	0.11	0.03	0.14	0.14	0.10	0.04	0.03	0.00	0.06	0.11	0.11	0.11	0.14	0.10
O3'	0.02	0.26	0.03	0.01	0.14	0.01	0.11	0.02	0.16	0.08	0.23	0.23	0.15	0.06	0.04	0.06	0.00	0.02	0.23	0.22	0.27	0.23
O4'	0.01	0.06	0.02	0.02	0.04	0.01	0.06	0.02	0.06	0.06	0.06	0.05	0.08	0.07	0.04	0.11	0.02	0.00	0.18	0.33	0.20	0.19
O5'	0.15	0.28	0.07	0.14	0.26	0.03	0.30	0.01	0.31	0.30	0.30	0.25	0.33	0.32	0.23	0.11	0.23	0.18	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.31	0.41	0.13	0.10	0.41	0.09	0.46	0.12	0.47	0.44	0.45	0.38	0.50	0.48	0.38	0.11	0.22	0.33	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.06	0.29	0.11	0.17	0.21	0.15	0.30	0.25	0.36	0.21	0.35	0.22	0.42	0.31	0.13	0.14	0.27	0.20	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.15	0.29	0.09	0.14	0.27	0.04	0.32	0.03	0.35	0.30	0.33	0.26	0.38	0.35	0.23	0.10	0.23	0.19	0.01	0.01	0.01	0.00